genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79593286--79593368	28	2.9	28	77	13	89	44	14	18	22	1.86
79596166--79596204	19	2.1	19	85	9	53	25	12	5	56	1.57
79598973--79599069	28	3.5	28	77	4	115	46	17	15	20	1.84
79612110--79612159	21	2.4	22	86	6	68	20	14	22	44	1.86
79614923--79614972	19	2.6	20	84	6	59	52	4	8	36	1.50
79615057--79615127	22	3.2	22	78	4	81	69	4	23	2	1.20
79615808--79615848	7	5.9	7	94	0	73	41	0	26	31	1.56
79629213--79629262	24	2.1	24	85	7	66	52	0	0	48	1.00
79632123--79632168	24	1.9	25	82	8	60	65	0	10	23	1.24
79633535--79633832	45	6.7	44	74	9	212	26	22	21	29	1.99
79633535--79633837	135	2.3	135	88	1	439	26	22	21	29	1.99
79633535--79633875	135	2.5	135	86	2	420	26	23	20	29	1.99
79642138--79642206	35	2.0	35	97	0	129	31	26	10	31	1.89
79647002--79647036	12	2.9	12	91	0	52	71	2	0	25	1.00
79651345--79651374	12	2.4	13	88	11	53	76	6	0	16	0.99
79657219--79657339	43	2.9	42	77	3	118	24	14	24	35	1.94
79658055--79658097	11	4.1	10	80	11	50	16	2	27	53	1.55
79661139--79661211	26	2.8	26	91	0	119	30	19	10	39	1.86
79670516--79670630	23	4.9	23	81	8	117	25	23	18	33	1.97
79670507--79670594	45	1.9	46	93	2	151	26	25	20	28	1.99
79670507--79670620	46	2.5	45	85	5	131	24	23	19	32	1.97
79671805--79671844	10	4.0	10	81	12	55	67	2	7	22	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79672477--79672510	18	1.9	18	88	5	52	2	11	0	85	0.71
79672529--79672817	99	2.9	99	88	4	404	32	22	14	30	1.94
79673809--79673857	25	2.0	24	84	4	62	75	0	4	20	0.96
79674182--79674367	89	2.1	89	97	0	354	39	16	8	36	1.79
79684442--79684559	43	2.8	42	83	2	146	33	15	23	27	1.95
79694809--79694855	6	7.8	6	100	0	94	17	31	0	51	1.46
79716606--79716789	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
79716606--79716786	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
79716607--79716826	40	5.6	38	78	10	165	24	20	27	27	1.99
79719829--79719887	28	2.1	28	100	0	118	27	8	23	40	1.83
79721238--79721342	56	1.9	55	84	2	138	26	8	14	50	1.71
79721594--79721725	41	3.2	41	75	2	113	20	23	25	30	1.99
79726085--79726643	131	4.3	131	83	0	650	33	15	12	38	1.84
79726085--79726643	263	2.1	262	83	0	704	33	15	12	38	1.84
79730451--79730500	25	2.0	25	100	0	100	36	0	28	36	1.58
79732983--79733010	14	2.0	14	100	0	56	7	42	0	50	1.30
79741680--79741704	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
79742503--79742591	42	2.1	42	87	4	126	51	12	6	29	1.65
79746418--79746506	42	2.1	42	89	0	133	50	13	6	29	1.67
79746531--79746570	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
79752299--79752329	13	2.3	14	94	5	55	12	0	0	87	0.55
79754112--79754136	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79762632--79762841	55	3.9	54	80	6	246	34	18	24	22	1.96
79762639--79762841	108	1.9	110	87	4	304	33	18	24	23	1.97
79762795--79762888	49	1.9	49	86	0	134	36	17	25	21	1.94
79763079--79763109	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
79766322--79766522	46	4.4	46	89	1	260	41	15	21	20	1.89
79770920--79771090	93	1.8	93	88	2	263	30	30	18	20	1.96
79770911--79771080	46	3.7	46	70	18	136	32	30	17	20	1.95
79773480--79773559	30	2.6	31	81	11	94	55	15	18	11	1.69
79773482--79773559	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
79776481--79776652	93	1.8	93	91	2	283	28	30	19	21	1.98
79776473--79776648	46	3.8	46	76	14	182	29	29	19	21	1.98
79781629--79781774	22	6.3	23	74	14	113	36	18	20	23	1.94
79781621--79781759	45	3.1	45	79	7	138	38	17	21	22	1.94
79781693--79781780	24	3.6	24	79	10	90	38	19	19	22	1.93
79787754--79787793	16	2.4	17	87	4	55	60	22	10	7	1.54
79792244--79792304	32	1.9	32	86	0	86	27	19	34	18	1.95
79800099--79800141	21	2.0	21	100	0	86	9	27	4	58	1.49
79800976--79801060	36	2.4	36	98	2	163	49	2	7	41	1.43
79805683--79805727	23	2.0	23	82	8	56	44	0	4	51	1.21
79811379--79811419	22	1.9	22	90	5	66	65	9	9	14	1.46
79813727--79813801	29	2.6	28	77	12	71	58	0	4	37	1.17
79813727--79813793	29	2.3	29	82	10	75	56	0	2	40	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79814139--79814172	17	1.9	18	94	5	61	29	5	2	61	1.34
79814147--79814222	20	3.7	19	73	18	64	28	2	2	65	1.19
79814115--79814276	9	17.0	9	71	17	96	31	1	3	63	1.20
79815025--79815053	14	2.0	15	93	6	51	62	3	0	34	1.12
79818897--79818926	16	1.9	16	93	6	53	53	10	0	36	1.35
79820300--79820330	13	2.4	13	94	0	53	32	3	0	64	1.09
79821864--79821915	20	2.6	20	93	0	86	11	25	36	26	1.90
79823748--79823831	28	3.2	28	65	25	74	25	15	29	29	1.96
79823700--79823884	50	3.7	49	82	2	199	25	16	27	30	1.97
79829654--79829685	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
79831125--79831242	29	4.2	29	76	7	109	28	14	30	26	1.95
79834615--79834665	22	2.3	22	89	0	75	17	37	1	43	1.61
79836653--79836733	24	3.4	24	100	0	162	50	3	0	45	1.19
79842195--79842308	27	4.2	26	85	5	138	36	21	23	17	1.94
79842195--79842308	54	2.1	54	85	3	158	36	21	23	17	1.94
79843926--79844035	26	4.2	26	93	4	177	37	24	4	33	1.76
79847954--79848067	27	4.2	26	86	5	138	36	23	22	16	1.94
79847954--79848067	54	2.1	54	87	6	160	36	23	22	16	1.94
79849644--79849805	26	6.2	26	98	0	288	37	25	4	32	1.77
79854551--79854586	10	3.6	10	92	7	56	72	11	0	16	1.12
79860314--79860342	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
79861156--79861319	42	3.9	42	84	6	197	31	14	22	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79861156--79861319	85	1.9	84	82	6	206	31	14	22	31	1.94
79864815--79864930	40	3.0	40	78	5	121	34	20	20	24	1.97
79864985--79865228	41	6.0	41	94	0	407	18	23	28	29	1.98
79865914--79865973	14	4.3	14	77	8	50	26	0	41	31	1.56
79865927--79865965	7	5.6	7	90	0	51	23	0	46	30	1.53
79865914--79865973	21	2.8	20	73	9	57	26	0	41	31	1.56
79870461--79870551	43	2.1	43	87	2	130	35	10	9	43	1.73
79870796--79870826	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
79870824--79871028	42	4.8	43	86	7	260	21	18	32	27	1.97
79872478--79872502	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
79873462--79873518	16	3.7	15	88	9	71	75	1	8	14	1.11
79873463--79873517	14	3.7	14	90	7	74	74	1	9	14	1.14
79874698--79874731	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
79876610--79876634	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
79888300--79888360	20	3.0	20	75	15	52	50	13	3	32	1.57
79890585--79890731	29	5.2	29	76	8	133	27	14	31	26	1.95
79895041--79895077	19	2.0	19	89	5	58	27	18	37	16	1.92
79895146--79895268	29	4.3	29	76	3	115	30	12	30	26	1.92
79895161--79895298	29	4.8	29	73	7	104	28	14	32	23	1.94
79895161--79895289	57	2.3	57	82	10	149	29	14	32	23	1.94
79903096--79903153	29	2.0	30	86	6	84	32	18	0	48	1.49
79905631--79905772	51	2.8	51	89	4	207	25	16	28	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79908768--79908994	49	4.6	49	81	6	251	32	26	15	25	1.96
79908918--79908994	26	3.1	26	62	24	65	32	28	14	24	1.94
79909242--79909295	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
79912628--79912663	18	2.1	18	89	5	56	27	16	11	44	1.82
79913896--79913989	28	3.3	28	82	8	102	24	29	12	32	1.92
79913967--79914009	21	2.0	21	90	0	68	32	30	9	27	1.88
79917599--79917638	21	1.9	21	100	0	80	15	20	22	42	1.88
79919354--79919387	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
79920641--79920714	28	2.6	28	79	6	87	24	33	16	25	1.95
79925994--79926030	18	2.1	19	90	10	60	10	27	43	18	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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