genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75057601--75057995	47	8.3	47	91	2	628	28	29	8	32	1.87
75061414--75061522	57	1.9	58	88	1	166	28	28	19	23	1.98
75061721--75062081	40	9.1	40	89	1	519	25	27	22	24	2.00
75064308--75064708	96	4.2	96	93	1	693	28	29	8	32	1.87
75064308--75064702	143	2.8	141	91	2	646	28	29	8	32	1.87
75064308--75064702	47	8.3	47	91	2	628	28	29	8	32	1.87
75077770--75077808	18	2.2	18	85	0	51	48	12	5	33	1.63
75078909--75078936	5	5.6	5	100	0	56	0	17	64	17	1.30
75079092--75079150	26	2.4	25	81	10	68	66	5	0	28	1.13
75080867--75080968	52	2.0	52	92	0	168	27	16	13	42	1.86
75081673--75081711	20	1.9	20	84	5	51	46	7	15	30	1.74
75082785--75082833	23	2.1	23	100	0	98	63	8	0	28	1.23
75085422--75085466	22	2.0	22	86	0	63	17	4	22	55	1.60
75088034--75088076	16	2.7	16	81	0	50	27	4	11	55	1.55
75088023--75088102	32	2.5	32	79	4	90	23	3	18	53	1.60
75089426--75089467	19	2.2	20	95	4	77	50	9	9	30	1.67
75089451--75089477	14	1.9	14	100	0	54	37	14	3	44	1.63
75089452--75089499	25	1.9	25	83	8	62	35	16	4	43	1.67
75091974--75092040	21	3.2	21	82	4	82	14	10	4	70	1.31
75093363--75093388	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
75093511--75093573	31	2.1	29	88	11	92	58	11	3	26	1.47
75094069--75094118	18	2.9	17	85	8	66	28	10	0	62	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75094180--75094287	20	5.6	19	71	22	55	50	0	1	46	1.18
75095718--75095771	23	2.3	23	80	3	63	44	24	16	14	1.85
75097616--75097748	50	2.6	51	84	1	160	27	27	20	24	1.99
75106040--75106081	21	2.0	21	85	0	57	33	0	2	64	1.07
75112675--75112708	9	3.8	9	92	0	59	26	0	41	32	1.56
75115123--75115294	51	3.1	57	79	9	169	29	18	6	45	1.74
75116221--75116246	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
75120928--75120961	17	2.1	16	88	5	50	55	5	0	38	1.24
75121791--75121832	20	2.0	21	86	4	59	59	2	0	38	1.10
75123594--75123699	47	2.3	47	80	11	121	42	0	2	53	1.22
75123657--75123765	19	6.1	19	73	14	97	44	0	0	54	1.06
75123631--75123737	11	10.0	11	66	23	59	42	0	1	56	1.10
75123635--75123721	32	2.7	32	85	3	111	41	0	2	56	1.12
75123938--75123977	19	2.3	16	87	12	53	57	0	7	35	1.27
75124003--75124043	13	3.2	13	82	0	55	73	0	0	26	0.84
75124001--75124042	7	6.3	7	81	10	52	71	0	0	28	0.86
75124010--75124050	20	2.1	19	86	4	55	65	0	0	34	0.93
75124131--75124186	20	2.8	20	76	15	53	16	12	0	71	1.15
75124208--75124251	13	3.3	13	83	3	52	20	0	4	75	0.98
75124204--75124237	9	3.8	9	85	14	52	17	0	2	79	0.86
75124377--75124446	13	5.2	13	78	11	79	42	0	0	57	0.99
75124367--75124446	43	1.9	40	90	7	124	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75124458--75124503	20	2.2	22	88	7	69	45	2	2	50	1.26
75124525--75124583	18	3.0	19	80	12	66	37	0	1	61	1.07
75124549--75124620	29	2.6	29	80	8	78	45	1	0	52	1.09
75124535--75124585	19	2.7	18	87	6	66	41	0	0	58	0.98
75124893--75124941	15	3.3	15	88	2	55	55	2	0	42	1.11
75124984--75125045	22	2.9	21	90	4	88	61	0	0	38	0.96
75124975--75125053	21	3.5	22	83	10	90	58	1	0	40	1.06
75125043--75125115	24	3.2	21	78	16	74	53	4	0	42	1.20
75125033--75125106	24	3.1	24	72	18	73	56	2	0	40	1.13
75125034--75125142	52	2.2	48	81	14	125	58	2	0	38	1.12
75125034--75125138	47	2.2	46	79	12	115	58	2	0	39	1.13
75125129--75125156	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
75125050--75125148	47	2.1	46	80	10	103	58	2	0	39	1.10
75125127--75125215	8	10.2	8	71	15	52	74	3	7	14	1.18
75125169--75125216	17	2.8	17	83	0	60	75	6	8	10	1.20
75129751--75129789	14	2.7	15	80	8	53	43	5	0	51	1.24
75131391--75131459	26	2.6	26	75	6	68	60	1	34	2	1.20
75131486--75131531	12	3.6	13	77	13	51	63	0	34	2	1.07
75131494--75131531	20	1.9	19	89	5	58	57	0	39	2	1.12
75131605--75131666	13	5.1	12	79	13	65	19	1	14	64	1.37
75131616--75131656	23	1.9	22	85	14	59	14	2	17	65	1.37
75131585--75131672	39	2.4	35	83	11	104	17	2	14	65	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75131606--75131675	16	4.1	16	74	15	61	20	1	15	62	1.39
75131665--75131727	19	3.3	19	68	18	58	34	7	9	47	1.65
75131726--75131768	13	3.1	13	83	10	50	20	0	16	62	1.32
75131723--75131762	16	2.5	16	95	0	71	22	0	12	65	1.26
75131684--75131801	55	2.2	54	90	4	186	30	5	11	53	1.58
75135996--75136047	24	2.2	24	82	0	59	11	30	30	26	1.92
75139038--75139392	46	7.3	49	87	7	428	35	14	21	28	1.93
75139026--75139392	98	3.7	97	84	9	483	34	13	22	29	1.93
75139040--75139392	196	1.8	196	92	0	598	35	14	22	28	1.93
75139356--75139501	37	4.0	37	92	5	244	35	16	23	24	1.95
75139026--75139381	150	2.4	149	88	4	458	34	14	21	29	1.93
75140837--75140945	33	3.4	33	84	5	152	32	1	4	61	1.27
75140894--75140945	17	3.0	17	72	11	52	32	1	1	63	1.16
75141194--75141271	35	2.3	35	82	6	88	51	0	2	46	1.14
75141488--75141561	18	3.8	18	71	20	51	2	36	0	60	1.11
75141793--75141828	18	2.0	18	89	10	56	5	11	11	72	1.28
75143851--75143891	9	4.6	9	84	0	55	26	7	19	46	1.76
75144584--75144642	31	1.9	31	96	0	109	16	27	5	50	1.66
75148676--75148736	18	3.4	18	70	17	54	52	0	4	42	1.23
75150291--75150443	41	3.7	41	82	6	218	29	16	25	28	1.97
75155540--75155895	179	2.0	178	82	7	436	33	15	14	36	1.88
75156041--75156108	29	2.3	29	82	5	84	27	19	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75157366--75157461	48	2.0	48	93	0	165	26	16	27	30	1.97
75158378--75158717	135	2.5	132	80	7	346	23	20	17	37	1.94
75158344--75158717	67	5.6	67	74	5	272	24	20	17	37	1.93
75162512--75162552	19	2.1	20	86	4	57	46	4	19	29	1.71
75162540--75162578	19	2.1	19	85	9	53	56	5	0	38	1.22
75162598--75162643	5	10.0	5	82	17	64	41	0	0	58	0.98
75162598--75162643	13	3.8	13	80	13	62	41	0	0	58	0.98
75162598--75162643	18	2.6	18	96	0	83	41	0	0	58	0.98
75162609--75162654	23	2.0	23	82	0	56	50	0	2	47	1.13
75162654--75162692	18	2.1	18	85	4	51	76	10	7	5	1.13
75172998--75173095	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
75173026--75173108	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
75172998--75173109	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
75174772--75174820	22	2.3	21	83	13	64	34	12	2	51	1.51
75179227--75179256	15	2.0	15	100	0	60	20	33	20	26	1.97
75185782--75185864	18	4.6	18	87	3	105	31	16	15	36	1.91
75185799--75185879	18	4.5	18	85	3	92	30	14	16	38	1.89
75185782--75185879	36	2.7	36	81	6	101	30	15	16	37	1.89
75185782--75185890	54	2.0	54	81	10	125	33	13	15	37	1.87
75186847--75186886	21	1.9	21	85	10	55	52	7	25	15	1.68
75188458--75188605	78	1.9	78	88	2	226	24	26	13	35	1.92
75188761--75188820	31	1.9	32	86	10	88	40	28	5	26	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75191775--75191828	11	5.6	10	81	16	53	74	1	22	1	1.02
75192164--75192203	18	2.1	20	86	9	57	10	30	0	60	1.30
75192863--75192909	21	2.2	21	85	7	60	4	27	8	59	1.45
75196334--75196381	24	2.0	24	91	0	78	33	16	20	29	1.95
75197032--75197091	30	2.0	30	96	0	111	25	10	3	61	1.43
75198089--75198122	17	1.9	18	88	5	52	26	2	11	58	1.47
75200243--75200506	46	5.7	45	75	16	213	30	29	18	21	1.97
75200297--75200464	47	3.6	46	80	13	209	29	29	19	22	1.98
75200250--75200515	93	2.9	91	89	3	406	29	30	19	21	1.97
75206570--75206628	19	3.0	19	73	12	57	33	18	3	44	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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