genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67199638--67199716	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
67204603--67204668	33	2.0	33	100	0	132	36	9	21	33	1.85
67206592--67206767	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
67206588--67206759	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
67211163--67211231	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
67211154--67211241	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
67213626--67213801	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
67213622--67213793	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
67216548--67216616	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
67216539--67216626	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
67219003--67219178	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
67218999--67219170	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
67221930--67221998	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
67221921--67222008	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
67224394--67224568	46	3.8	46	78	13	189	22	20	28	29	1.98
67224390--67224559	93	1.8	92	92	1	286	22	20	28	28	1.99
67242683--67242708	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
67247833--67247862	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
67257293--67257470	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67257294--67257449	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67257290--67257470	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67261728--67261838	55	2.0	55	80	3	125	26	28	29	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67265398--67265451	27	2.0	26	89	3	81	37	20	20	22	1.95
67265452--67265543	27	3.4	27	86	0	121	23	20	20	34	1.96
67274555--67274606	26	2.0	26	84	0	68	19	26	15	38	1.91
67274744--67274791	8	5.9	8	80	4	60	68	0	0	31	0.90
67274742--67274791	17	3.0	17	82	5	66	68	0	0	32	0.90
67274812--67274889	26	2.8	27	84	11	104	44	3	0	51	1.19
67274812--67274900	31	3.1	29	81	13	112	47	3	0	49	1.18
67277921--67277969	21	2.3	22	80	16	59	38	2	0	59	1.09
67283037--67283079	19	2.3	19	84	11	54	39	0	4	55	1.20
67285082--67285240	33	4.8	32	69	9	86	32	16	23	27	1.96
67285013--67285243	101	2.3	101	90	0	354	32	16	22	27	1.96
67285596--67285654	10	5.9	10	82	7	75	20	8	1	69	1.23
67300479--67300740	140	1.9	140	80	6	316	28	17	30	24	1.97
67306975--67307044	35	2.0	35	91	0	113	25	24	31	18	1.98
67307587--67307622	18	2.0	18	100	0	72	27	16	22	33	1.95
67310721--67310815	42	2.3	42	85	5	122	32	6	24	36	1.81
67310849--67311038	43	4.4	43	78	4	159	28	13	25	32	1.94
67310891--67311082	43	4.5	43	79	1	161	30	14	23	31	1.95
67313036--67313113	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
67313066--67313393	174	1.9	174	94	1	586	30	14	24	30	1.95
67321188--67321265	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
67321218--67321545	174	1.9	174	94	0	575	29	14	24	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67323575--67323668	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
67328082--67328175	23	4.1	23	84	0	125	22	24	4	48	1.68
67328085--67328175	46	2.0	46	91	0	146	23	24	4	48	1.69
67329378--67329429	19	2.7	19	88	11	88	26	11	13	48	1.77
67329416--67329449	17	1.9	18	94	5	61	38	14	5	41	1.70
67336552--67336767	83	2.7	81	86	4	285	25	27	24	23	2.00
67336552--67336771	40	5.4	40	84	3	280	25	26	24	23	2.00
67341495--67341539	20	2.3	20	81	14	58	26	15	28	28	1.96
67345822--67346183	47	7.6	47	90	3	523	34	8	29	28	1.86
67350648--67350810	42	3.9	40	75	9	139	27	14	26	31	1.95
67352981--67353010	8	3.6	8	95	4	51	13	0	26	60	1.34
67353405--67353496	44	2.1	45	91	2	150	20	17	26	35	1.95
67353415--67353537	44	2.8	44	84	8	144	21	17	26	33	1.96
67358233--67358292	27	2.3	26	82	2	66	33	20	23	23	1.97
67368835--67369008	56	3.1	56	90	0	267	33	23	13	29	1.93
67372142--67372211	30	2.3	29	83	7	95	34	15	24	25	1.95
67375956--67376092	68	2.0	68	100	0	274	37	14	24	23	1.92
67377513--67377682	40	4.3	40	90	0	225	27	28	21	23	1.99
67377511--67377735	40	5.7	40	80	7	199	27	28	20	24	1.99
67377667--67377744	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
67390428--67390495	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
67390597--67390675	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67398576--67398643	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
67398465--67398792	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
67398745--67398823	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
67402518--67402654	46	2.9	46	90	5	204	21	29	19	29	1.98
67402518--67402696	94	1.9	93	84	7	238	21	28	20	29	1.98
67403034--67403115	30	2.8	30	86	1	112	32	26	9	30	1.89
67406809--67406857	22	2.2	22	85	0	71	32	10	28	28	1.90
67408209--67408318	26	4.3	27	71	15	83	23	21	16	38	1.93
67424974--67425287	47	6.7	48	71	16	196	24	28	18	27	1.98
67424974--67425287	46	6.7	46	74	14	195	24	28	18	27	1.98
67427435--67427471	19	1.9	19	100	0	74	27	10	13	48	1.75
67428817--67428874	30	1.9	30	89	6	91	12	27	37	22	1.89
67430686--67430754	32	2.2	32	84	10	88	71	4	4	20	1.21
67431778--67431927	75	2.0	75	93	0	255	38	18	12	31	1.87
67440863--67440891	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
67440914--67440945	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
67442216--67442272	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
67442644--67442752	21	5.1	21	85	4	128	16	22	24	35	1.95
67444930--67445003	32	2.3	31	81	4	85	54	18	2	24	1.57
67445456--67445492	19	1.9	19	88	0	56	24	21	10	43	1.84
67447377--67447408	10	2.8	12	81	18	50	50	0	0	50	1.00
67448418--67448444	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67449708--67449744	18	2.1	18	90	5	58	16	24	40	18	1.90
67457613--67457644	14	2.2	15	94	5	57	25	37	12	25	1.91
67457632--67458163	44	11.7	44	75	8	413	27	19	18	34	1.95
67457632--67458160	89	5.8	89	75	8	420	27	19	18	34	1.95
67457634--67458163	140	3.9	136	81	8	555	27	19	18	34	1.95
67488882--67488954	36	2.2	34	83	11	89	56	1	5	36	1.31
67493200--67493367	47	3.6	47	76	11	164	28	17	30	22	1.97
67494495--67494534	21	1.9	21	94	0	71	17	40	22	20	1.92
67500716--67501130	155	2.7	153	84	7	522	44	4	8	42	1.54
67501076--67501120	20	2.2	20	92	0	72	42	2	8	46	1.47
67501067--67501121	20	2.6	21	82	11	67	40	3	9	47	1.53
67501302--67501360	10	5.6	10	73	11	55	18	5	3	72	1.17
67508449--67508514	6	10.7	6	81	15	73	16	3	0	80	0.84
67508462--67508515	16	3.3	16	82	12	65	18	3	0	77	0.91
67513576--67513607	12	2.5	13	95	5	57	75	12	0	12	1.06
67530394--67530650	131	2.0	131	86	1	363	27	17	18	36	1.93
67534493--67534529	9	4.1	9	92	0	65	24	18	0	56	1.41
67535436--67535547	26	4.2	25	74	8	71	28	3	8	59	1.42
67540013--67540050	14	2.8	14	80	4	51	36	2	0	60	1.11
67543041--67543078	12	3.2	12	82	10	51	76	5	2	15	1.08
67544759--67544800	18	2.2	19	87	8	59	21	16	0	61	1.34
67545012--67545154	27	5.3	27	89	0	223	35	13	25	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67545975--67546022	18	2.8	17	81	6	60	64	6	6	22	1.39
67545984--67546023	20	2.0	21	90	5	64	62	7	5	25	1.42
67546257--67546352	47	2.1	47	98	2	185	40	2	22	34	1.66
67552075--67552246	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
67552077--67552299	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
67552075--67552299	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
67552231--67552308	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
67556656--67556692	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
67558200--67558760	44	12.6	44	72	9	347	30	20	17	32	1.95
67566589--67566625	12	3.1	12	88	0	56	27	21	0	51	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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