genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75206841--75206922	24	3.4	24	75	9	78	2	23	4	69	1.20
75209717--75209769	20	2.8	19	86	13	74	45	18	0	35	1.50
75210614--75210652	20	2.0	20	85	9	55	58	0	20	20	1.39
75216838--75216898	30	2.0	31	83	3	79	40	6	19	32	1.77
75217316--75217491	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
75217313--75217484	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
75219876--75219908	8	4.2	8	88	3	50	48	15	0	36	1.45
75220764--75220793	15	2.0	15	100	0	60	13	20	13	53	1.72
75221009--75221084	37	2.1	37	94	0	134	25	28	10	35	1.89
75224853--75224881	15	2.0	15	93	6	51	0	20	6	72	1.07
75227732--75227786	25	2.2	25	83	6	67	3	5	29	61	1.35
75227757--75227806	12	4.4	12	73	14	52	2	6	26	66	1.26
75227735--75227828	33	2.8	33	85	6	118	3	4	28	63	1.28
75227776--75227842	21	3.0	22	79	14	75	4	2	25	67	1.24
75227771--75227839	11	6.3	11	77	5	59	2	2	27	66	1.20
75228754--75228800	25	1.9	25	86	4	69	29	0	6	63	1.19
75228761--75228812	25	2.0	27	85	7	72	30	0	3	65	1.10
75238508--75238620	40	2.9	39	89	2	156	14	15	26	43	1.85
75239976--75240018	17	2.5	17	84	0	59	34	0	20	44	1.52
75240477--75240515	18	2.2	18	90	0	60	43	2	12	41	1.56
75241618--75241730	37	3.1	37	96	0	199	27	30	19	22	1.98
75241935--75242119	47	3.9	47	91	0	289	26	28	11	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75242028--75242103	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
75249219--75249302	42	2.0	42	95	0	150	27	10	16	45	1.81
75251360--75251408	24	2.1	23	85	7	64	34	6	14	44	1.70
75251844--75251874	13	2.4	13	94	0	53	64	0	0	35	0.94
75252290--75252327	20	2.1	18	85	14	51	28	0	7	63	1.23
75252489--75252522	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
75252849--75252885	8	4.8	8	86	6	58	81	0	18	0	0.70
75252848--75252885	16	2.4	16	95	0	67	81	0	18	0	0.69
75266928--75266967	6	6.5	6	94	5	71	65	0	20	15	1.28
75269843--75269899	18	3.2	18	85	2	71	40	0	43	15	1.47
75277284--75277321	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
75277551--75277721	93	1.8	93	89	2	272	30	28	19	21	1.97
75277546--75277716	46	3.7	46	77	12	188	30	28	19	22	1.98
75278141--75278200	30	2.0	30	83	0	75	33	25	5	36	1.78
75283878--75283904	6	4.5	6	100	0	54	48	0	0	51	1.00
75284076--75284178	34	3.0	34	95	0	179	40	19	11	28	1.86
75285930--75286044	37	3.1	38	85	5	146	14	19	30	35	1.92
75285987--75286178	41	4.8	41	84	1	237	14	15	28	41	1.86
75286036--75286195	82	2.0	82	84	2	214	16	16	26	40	1.89
75286039--75286217	82	2.2	82	81	2	198	18	15	25	40	1.90
75293170--75293218	25	2.0	25	91	0	80	32	16	14	36	1.89
75299634--75299692	24	2.5	24	88	2	84	22	15	27	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75299710--75299801	25	3.7	25	77	2	105	32	23	18	25	1.97
75304704--75304760	28	2.1	27	80	9	62	35	15	15	33	1.90
75311566--75311671	40	2.7	40	92	0	176	22	18	29	29	1.98
75314142--75314186	18	2.5	17	92	7	72	40	22	17	20	1.92
75319204--75319387	40	4.6	40	92	2	289	21	14	28	34	1.93
75324582--75324657	27	2.7	28	82	10	84	59	0	2	38	1.12
75324636--75324694	19	3.1	18	76	23	59	62	0	6	30	1.21
75324668--75324706	20	2.0	20	90	10	62	69	0	7	23	1.14
75324613--75324748	39	3.6	37	74	17	102	62	0	5	30	1.24
75324925--75324962	19	2.0	19	89	0	58	23	5	2	68	1.23
75324926--75324968	19	2.2	20	83	4	52	25	4	2	67	1.22
75325020--75325057	19	2.0	20	89	5	60	42	0	0	57	0.98
75324936--75325091	9	16.4	9	66	16	57	28	4	2	64	1.27
75325215--75325452	92	2.6	89	80	10	259	33	8	19	38	1.83
75327564--75327638	29	2.6	29	95	0	132	22	14	22	40	1.91
75327677--75327713	16	2.2	17	85	9	58	27	10	29	32	1.90
75327684--75327714	16	1.9	16	100	0	62	29	12	32	25	1.93
75339460--75339604	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
75343045--75343070	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
75347069--75347110	21	2.0	21	81	9	50	42	2	0	54	1.13
75351254--75351438	79	2.3	81	83	7	218	27	27	21	24	1.99
75351254--75351438	40	4.7	40	83	7	225	27	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75359273--75359457	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
75359254--75359457	40	5.1	40	83	8	238	25	26	22	25	2.00
75369654--75369829	46	3.8	46	75	12	180	21	19	28	31	1.97
75369651--75369822	93	1.8	93	90	2	274	21	19	28	30	1.98
75373586--75373610	13	1.9	13	100	0	50	48	4	16	32	1.64
75385603--75385830	40	5.7	40	93	0	375	21	26	20	31	1.98
75396985--75397163	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
75399356--75399673	47	6.6	47	89	4	465	33	8	29	28	1.86
75399356--75399673	98	3.3	96	92	2	505	33	8	29	28	1.86
75399356--75399662	145	2.1	146	91	3	498	33	8	29	28	1.87
75400937--75401122	40	4.7	40	86	5	216	27	26	20	24	1.99
75402250--75402370	57	2.1	57	95	1	217	22	23	9	44	1.82
75406069--75406116	23	2.1	23	96	0	87	31	6	29	33	1.82
75410254--75410358	47	2.2	47	94	0	183	34	8	30	26	1.86
75412422--75412657	40	5.9	40	90	0	382	20	23	30	25	1.99
75419116--75419230	57	2.0	57	81	5	133	46	6	19	27	1.75
75422590--75422646	29	2.0	29	92	0	96	40	3	19	36	1.69
75423984--75424077	39	2.4	39	77	8	95	29	27	18	24	1.98
75425566--75425631	24	2.8	24	81	2	80	56	7	1	34	1.37
75430883--75431051	46	3.7	46	79	13	211	28	30	20	19	1.97
75430891--75431063	93	1.9	94	93	1	303	27	30	21	19	1.98
75430886--75431078	46	4.2	46	75	12	144	29	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75436083--75436148	24	2.8	24	81	2	80	56	7	1	34	1.37
75462857--75463011	29	5.4	29	89	3	217	33	25	11	29	1.91
75462857--75463011	57	2.7	58	89	4	217	33	25	11	29	1.91
75466462--75466540	37	2.1	37	88	0	113	24	31	20	24	1.98
75466658--75467137	47	9.7	47	83	12	579	29	30	9	31	1.89
75466848--75466941	23	4.0	23	73	13	102	25	31	11	30	1.91
75466848--75466987	70	2.0	69	95	1	253	27	31	10	30	1.90
75466754--75467081	163	2.0	164	96	0	604	28	30	9	31	1.89
75466801--75467034	116	2.0	117	94	0	416	28	30	10	30	1.90
75466666--75467136	257	1.8	259	96	1	883	29	29	9	30	1.89
75475313--75475469	29	5.5	29	88	3	212	33	26	11	28	1.91
75475313--75475469	57	2.7	58	88	3	212	33	26	11	28	1.91
75485736--75485913	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
75485757--75485912	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
75494379--75494424	16	2.7	17	83	16	60	43	0	0	56	0.99
75494479--75494512	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
75507468--75507516	18	2.5	19	80	16	55	51	4	2	42	1.32
75509970--75510451	47	10.1	47	92	2	757	32	9	29	28	1.88
75509970--75510451	192	2.5	192	93	0	815	32	9	29	28	1.88
75510570--75510648	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
75512821--75512964	40	3.6	40	81	11	154	25	23	28	22	1.99
75512939--75513095	40	3.9	40	88	0	224	23	22	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75516682--75516760	25	3.3	25	61	10	65	32	7	29	30	1.85
75516666--75517191	47	11.1	47	93	3	833	32	9	29	28	1.88
75516666--75517191	189	2.8	192	92	2	891	32	9	29	28	1.88
75517310--75517388	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
75519538--75519629	49	2.0	47	82	8	116	27	13	10	48	1.75
75527060--75527084	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
75528130--75528188	31	2.0	30	83	6	75	44	13	8	33	1.74
75528125--75528191	31	2.3	27	78	14	71	41	11	8	37	1.73
75533109--75533353	121	2.0	121	98	0	472	37	17	5	39	1.73
75539262--75539330	28	2.5	28	78	4	77	69	2	0	27	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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