genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92454058--92454248	45	4.3	45	87	1	276	31	15	28	24	1.95
92454058--92454251	89	2.2	90	86	5	286	31	15	28	23	1.95
92454594--92454671	19	4.4	19	87	10	94	37	12	12	37	1.82
92454602--92454671	19	3.8	19	90	9	119	37	11	14	37	1.82
92454594--92454672	36	2.2	34	85	12	106	37	12	12	36	1.82
92454962--92454995	17	1.9	18	88	5	52	32	0	0	67	0.91
92456173--92456205	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
92457361--92457418	29	2.0	29	100	0	116	31	6	27	34	1.83
92459343--92459374	8	4.0	8	95	0	55	71	0	3	25	1.00
92459327--92459399	37	2.0	36	86	7	103	64	0	5	30	1.16
92459358--92459412	27	2.0	27	85	7	74	61	0	7	30	1.23
92459475--92459557	34	2.6	30	74	18	71	57	3	1	37	1.24
92459477--92459613	5	27.0	5	66	16	59	58	2	1	37	1.22
92459475--92459613	36	4.0	36	74	12	114	58	2	1	37	1.22
92459561--92459610	26	2.0	26	92	4	84	60	0	2	38	1.09
92459703--92459732	16	1.9	16	93	6	53	66	0	6	26	1.16
92465591--92465665	23	3.3	22	71	17	64	36	17	25	21	1.95
92467510--92467876	130	2.8	130	80	4	407	33	17	19	29	1.95
92468870--92468915	23	2.0	23	100	0	92	52	4	4	39	1.41
92470802--92471452	132	4.9	132	85	1	743	29	24	17	29	1.97
92470951--92471131	43	4.1	43	71	6	139	27	21	20	30	1.98
92471024--92471222	44	4.5	43	70	8	132	31	24	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92480064--92480108	22	2.0	22	95	0	81	6	37	8	46	1.61
92483053--92483394	130	2.6	129	76	6	325	35	17	18	27	1.94
92483092--92483524	130	3.3	127	78	7	390	34	18	19	27	1.95
92484673--92484697	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
92487343--92487401	16	3.2	17	77	22	66	52	0	0	47	1.00
92487348--92487391	22	2.0	22	86	8	63	54	0	0	45	0.99
92487411--92487452	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
92487415--92487451	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
92487484--92487539	15	3.5	15	71	19	51	51	0	0	48	1.00
92490446--92490481	19	1.9	18	94	5	63	66	13	0	19	1.24
92493440--92493488	21	2.4	21	89	3	73	22	10	6	61	1.50
92493866--92493898	16	2.1	16	88	11	50	33	3	0	63	1.10
92501025--92501075	9	5.7	9	76	15	52	33	1	1	62	1.17
92510582--92510679	29	3.2	32	76	13	91	36	1	0	62	1.02
92511117--92511184	34	2.0	34	97	0	127	41	19	8	30	1.82
92512739--92512783	21	2.1	21	83	0	54	24	17	6	51	1.70
92514543--92514714	63	2.7	63	80	3	177	34	35	4	25	1.77
92518415--92518511	49	2.0	49	95	0	176	34	14	13	38	1.85
92531413--92531469	21	2.8	20	76	7	60	21	15	19	43	1.87
92531474--92531534	30	2.0	30	90	6	97	36	21	19	22	1.95
92534467--92534499	16	2.1	16	88	5	50	45	0	9	45	1.35
92540559--92540617	26	2.2	26	76	8	66	54	3	8	33	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92540778--92540911	25	5.1	25	74	12	117	54	4	7	33	1.49
92540958--92541007	21	2.5	20	84	9	59	58	6	2	34	1.34
92541001--92541046	15	3.1	15	87	9	58	63	0	4	32	1.14
92540999--92541073	18	4.5	17	73	20	68	60	0	4	36	1.16
92541007--92541054	25	2.0	24	91	4	78	62	0	4	33	1.14
92544028--92544056	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
92547073--92547238	53	3.1	53	88	6	221	26	16	27	29	1.97
92554117--92554270	53	2.9	53	88	4	215	26	16	28	28	1.97
92560924--92560957	17	1.9	18	88	5	52	47	2	0	50	1.16
92561511--92561581	27	2.6	27	90	0	106	25	7	25	42	1.80
92562264--92562330	21	3.2	20	71	14	55	25	0	22	52	1.47
92562364--92562406	22	2.0	21	82	13	52	25	0	23	51	1.49
92563759--92563789	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
92564032--92564097	21	3.1	22	71	18	59	27	1	21	50	1.58
92564632--92564665	7	4.9	7	85	0	50	26	2	26	44	1.69
92564882--92564950	29	2.4	29	81	15	81	28	1	20	49	1.58
92565096--92565216	27	4.5	25	72	14	80	19	1	26	52	1.55
92565126--92565211	14	6.3	14	71	9	70	17	1	29	52	1.52
92565118--92565211	20	4.6	21	72	15	63	18	1	27	53	1.51
92565439--92565592	20	7.6	20	66	17	61	19	0	24	56	1.42
92565439--92565598	7	23.6	7	72	13	86	19	0	24	56	1.42
92565439--92565598	13	11.8	13	67	18	78	19	0	24	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92565553--92565610	28	2.1	28	83	6	73	20	1	24	53	1.55
92565532--92565657	20	6.2	20	68	15	71	22	1	20	55	1.52
92565748--92565791	21	2.1	21	86	0	61	22	2	20	54	1.56
92565934--92565993	14	4.4	14	83	6	79	20	0	31	48	1.50
92565921--92565992	20	3.5	20	81	7	92	20	0	29	50	1.49
92565921--92565993	7	10.7	7	75	11	62	20	0	30	49	1.49
92565952--92566011	27	2.2	27	80	11	70	18	0	28	53	1.45
92566052--92566122	20	3.6	20	75	17	60	22	0	22	54	1.44
92566111--92566157	7	6.9	7	82	2	60	14	0	29	55	1.40
92566226--92566260	13	2.7	13	90	0	61	22	2	28	45	1.67
92566052--92566287	13	17.3	13	65	17	54	21	0	24	53	1.51
92566311--92566350	21	1.9	21	85	10	55	25	0	17	57	1.40
92566560--92566791	7	33.9	7	75	14	139	25	0	24	50	1.55
92566433--92566799	20	18.2	20	66	20	112	26	1	22	48	1.60
92566589--92566799	34	6.1	34	71	16	134	25	0	23	50	1.56
92566560--92566828	27	9.9	26	72	13	143	24	1	23	50	1.56
92567448--92567506	3	21.0	3	76	13	54	1	28	1	67	1.10
92567445--92567504	11	5.5	11	72	7	50	1	28	1	68	1.09
92567448--92567504	14	3.9	14	78	17	62	1	28	1	68	1.09
92570425--92570470	15	3.0	15	83	3	56	26	8	17	47	1.76
92582317--92582435	64	1.9	63	92	1	202	36	26	16	21	1.94
92588736--92588840	52	2.0	51	98	1	201	47	21	7	22	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92590705--92590742	16	2.3	18	86	13	55	73	0	15	10	1.09
92601446--92601526	40	2.0	40	85	2	108	54	13	18	13	1.71
92602361--92602682	86	3.6	88	89	2	461	27	16	21	33	1.95
92602613--92602837	78	2.9	77	89	1	360	28	16	22	32	1.95
92602613--92602855	77	3.1	77	87	1	351	29	16	20	33	1.94
92603647--92603673	14	1.9	14	100	0	54	7	51	7	33	1.58
92604032--92604086	15	3.5	15	82	9	58	69	3	0	27	1.05
92604798--92604840	22	2.0	22	86	9	61	39	6	2	51	1.42
92605028--92605085	26	2.2	27	81	3	64	22	1	10	65	1.32
92605028--92605086	27	2.2	27	81	6	66	22	1	10	66	1.31
92605161--92605199	19	2.1	19	90	0	60	28	15	5	51	1.64
92605620--92605708	36	2.8	31	81	11	92	33	3	7	55	1.46
92605683--92605712	13	2.3	13	100	0	60	40	0	6	53	1.27
92605764--92605788	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
92609231--92609317	45	1.9	45	85	0	120	43	12	19	24	1.85
92623737--92623819	6	13.8	6	87	5	123	21	31	16	30	1.96
92623733--92623829	18	5.4	18	90	2	151	24	29	16	28	1.97
92626392--92626756	188	1.9	190	93	2	628	43	21	14	21	1.88
92627865--92627893	14	2.0	15	93	6	51	55	10	20	13	1.68
92632707--92632781	9	8.3	9	89	0	96	45	21	8	25	1.79
92632794--92632834	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
92635140--92635198	26	2.3	26	87	0	82	23	40	11	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92639582--92639623	17	2.5	17	88	3	59	66	2	26	4	1.23
92642995--92643036	22	1.9	22	85	9	59	38	33	11	16	1.86
92644277--92644315	21	1.9	21	84	5	53	41	5	2	51	1.38
92652813--92652862	20	2.5	19	87	6	73	36	16	10	38	1.82
92653051--92653101	25	2.0	25	100	0	102	11	19	23	45	1.83
92658708--92658750	22	2.0	22	86	9	61	37	0	9	53	1.33
92658936--92658960	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
92658904--92658948	23	1.9	24	81	4	56	37	2	6	53	1.40
92666567--92666636	34	2.1	34	97	0	131	17	15	31	35	1.91
92671303--92671363	20	2.9	21	81	11	72	52	19	1	26	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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