genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26131695--26131793	27	3.7	26	81	4	117	29	8	18	44	1.78
26131692--26131832	53	2.6	53	78	3	131	29	11	19	39	1.87
26131822--26131992	27	6.3	27	88	0	225	39	8	24	28	1.84
26131822--26131992	81	2.1	81	91	0	279	39	8	24	28	1.84
26133317--26133358	17	2.5	17	92	7	68	14	2	4	78	1.01
26133317--26133358	23	1.9	21	85	9	57	14	2	4	78	1.01
26141653--26141731	39	2.0	39	97	0	149	24	21	27	26	1.99
26145185--26145230	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
26145192--26145236	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
26160433--26160471	12	3.2	12	82	13	53	71	5	5	17	1.23
26160437--26160480	12	3.7	12	82	8	54	70	4	6	18	1.27
26160498--26160614	3	38.7	3	73	11	96	59	0	7	31	1.31
26160487--26160584	12	8.4	12	78	11	71	59	2	8	30	1.38
26160515--26160613	51	1.9	51	88	8	148	58	1	8	32	1.34
26161354--26161378	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
26162149--26162599	177	2.5	175	82	5	505	24	29	20	25	1.99
26162483--26162584	44	2.3	44	81	3	107	25	27	24	22	2.00
26162334--26162716	177	2.2	175	85	5	513	23	28	21	26	1.99
26162511--26162879	133	2.8	133	82	5	435	24	27	19	27	1.99
26162509--26162930	133	3.2	131	75	12	387	25	27	19	27	1.99
26163081--26163169	44	2.0	44	82	6	110	17	29	25	26	1.98
26163099--26163341	132	1.8	132	80	3	292	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26162972--26163335	176	2.1	176	83	4	457	23	25	22	28	1.99
26162149--26163385	619	2.0	620	88	1	1836	24	27	20	27	1.99
26169984--26170037	18	2.9	18	82	17	67	74	0	1	24	0.92
26170004--26170188	3	62.7	3	72	14	118	63	0	7	28	1.21
26170013--26170090	13	5.9	14	71	18	51	62	0	7	29	1.23
26172609--26172696	42	2.1	42	100	0	176	21	21	29	27	1.99
26174816--26174871	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
26174803--26174873	17	4.0	17	87	7	97	38	9	14	38	1.79
26174803--26174873	35	2.0	36	94	2	126	38	9	14	38	1.79
26174795--26174885	19	4.9	19	89	8	143	37	9	16	36	1.82
26175176--26175208	17	1.9	17	88	11	50	27	0	3	69	1.03
26179310--26179668	46	7.8	46	92	0	522	39	14	23	22	1.91
26183303--26183624	46	7.0	46	92	0	482	38	13	24	22	1.91
26183304--26183662	46	7.8	46	90	1	470	40	13	24	22	1.90
26194279--26194483	89	2.3	87	81	9	229	30	18	23	27	1.98
26194279--26194516	87	2.7	87	77	11	241	31	18	23	26	1.97
26193998--26194632	298	2.1	298	94	0	1099	31	18	23	26	1.97
26194516--26194732	78	2.8	78	82	4	276	30	19	24	24	1.98
26194746--26194945	45	4.5	45	86	1	276	31	15	29	23	1.95
26194744--26194945	89	2.3	90	86	3	291	31	15	29	23	1.95
26195302--26195372	35	2.0	36	94	2	126	39	9	14	36	1.79
26195363--26195407	23	2.0	23	86	4	65	37	2	17	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26195294--26195384	19	4.9	19	88	8	143	38	8	15	37	1.78
26195373--26195417	23	2.0	23	82	4	56	33	2	15	48	1.57
26195676--26195708	17	1.9	17	88	11	50	27	0	3	69	1.03
26199717--26199794	38	2.1	38	100	0	156	25	12	17	43	1.85
26207858--26207911	20	2.8	20	71	2	56	64	1	0	33	1.04
26208933--26209166	113	2.1	113	82	8	282	21	22	24	31	1.98
26209505--26209553	18	2.5	21	80	9	59	61	10	2	26	1.39
26209819--26209849	15	2.0	16	93	6	55	16	0	45	38	1.47
26210141--26210225	7	12.1	7	83	0	80	7	0	45	47	1.30
26210643--26211151	230	2.2	230	89	1	761	28	18	19	33	1.95
26211481--26211524	19	2.3	19	84	0	61	31	43	2	22	1.66
26213539--26213600	20	3.2	20	86	4	90	46	8	4	40	1.55
26213659--26213749	19	5.1	18	68	17	64	50	20	0	28	1.49
26213639--26213924	26	11.2	26	92	1	463	47	20	0	31	1.54
26213696--26213826	19	7.5	19	62	26	65	48	20	0	30	1.55
26213643--26213924	77	3.7	76	95	1	492	47	20	0	31	1.54
26213916--26213969	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
26213890--26213955	18	3.6	18	84	10	89	46	18	0	34	1.49
26213805--26213969	18	9.5	18	66	30	69	45	20	0	33	1.52
26219418--26219488	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
26219712--26219745	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
26219811--26219973	43	3.9	41	82	4	166	31	20	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26219899--26220017	42	2.8	43	91	2	179	22	23	21	31	1.98
26221233--26221279	24	2.0	24	87	4	69	51	36	2	10	1.49
26221591--26221640	26	1.9	26	83	0	64	40	22	2	36	1.65
26221718--26222054	45	7.4	44	79	7	214	20	22	17	38	1.93
26221728--26221901	46	3.8	46	91	1	251	21	23	14	40	1.90
26224377--26224408	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
26224797--26224886	28	3.2	27	81	7	101	21	23	22	33	1.97
26224843--26224897	29	1.9	28	81	3	65	25	23	18	32	1.97
26225975--26226008	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
26232464--26232553	28	3.2	27	84	7	110	21	24	22	32	1.98
26235248--26235301	20	2.8	20	71	2	56	64	1	0	33	1.04
26235527--26235585	30	1.9	31	86	3	84	28	20	3	47	1.66
26235782--26235849	25	2.7	25	79	6	75	19	0	23	57	1.41
26237683--26237768	43	2.0	43	84	4	111	25	18	27	27	1.98
26238198--26238226	12	2.5	12	94	5	51	44	0	6	48	1.29
26244004--26244077	33	2.2	33	95	0	130	51	5	12	31	1.61
26269759--26269793	13	2.7	13	86	0	52	17	37	34	11	1.85
26271532--26271563	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
26271627--26272209	303	1.9	303	97	0	1112	33	5	21	39	1.77
26273910--26273973	22	2.6	25	72	23	64	60	0	6	32	1.21
26274008--26274064	29	2.0	29	82	6	71	64	0	3	31	1.10
26274094--26274150	25	2.4	24	80	11	64	61	1	1	35	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26275580--26275690	44	2.5	44	85	4	143	22	30	15	31	1.95
26275667--26275755	21	4.1	21	73	11	90	17	32	14	34	1.91
26275619--26275755	65	2.1	65	93	0	229	19	30	14	35	1.92
26275690--26275848	44	3.6	44	92	1	248	23	28	15	32	1.95
26275580--26275799	109	2.0	110	91	4	356	22	30	15	31	1.95
26275782--26275912	67	2.0	67	90	0	208	22	28	14	34	1.94
26295002--26295049	22	2.2	21	77	3	51	62	2	4	31	1.26
26295056--26295138	19	4.2	19	75	14	60	60	1	2	36	1.18
26295080--26295138	13	4.4	13	76	14	57	61	0	1	37	1.07
26295097--26295138	15	2.7	15	82	13	50	61	0	2	35	1.09
26300516--26300629	28	4.1	27	78	5	111	27	14	29	28	1.95
26317194--26317255	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
26322198--26322237	19	2.1	19	90	0	62	52	2	15	30	1.55
26328616--26328660	17	2.7	17	82	3	56	31	13	8	46	1.74
26330501--26330648	40	3.7	40	96	0	260	21	27	20	30	1.98
26333935--26334065	58	2.3	58	90	0	208	21	22	21	34	1.97
26341627--26341714	47	1.9	47	83	4	117	29	27	7	35	1.85
26345441--26345639	40	5.0	40	87	0	263	28	29	19	22	1.98
26353502--26353532	6	5.2	6	92	0	53	80	0	3	16	0.83
26372886--26373034	67	2.2	66	83	8	176	30	16	30	22	1.95
26372910--26373093	67	2.8	64	80	8	212	29	16	30	23	1.96
26377938--26378040	44	2.3	44	94	0	179	28	26	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26382074--26382100	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
26392457--26392489	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
26397863--26397935	6	12.7	6	76	11	64	19	5	0	75	0.99
26397859--26397935	27	2.8	27	84	11	86	19	5	0	75	0.99
26402185--26402264	40	2.0	40	97	0	151	22	6	22	48	1.72
26411175--26411318	40	3.6	40	83	5	184	27	22	25	25	2.00
26411175--26411354	80	2.3	79	85	5	231	26	21	26	26	2.00
26418464--26418730	40	6.7	40	87	5	346	26	26	21	25	1.99
26418464--26418721	119	2.2	120	86	5	362	27	26	21	24	1.99
26453004--26453225	40	5.6	40	91	1	349	28	25	22	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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