genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77790612--77790669	27	2.0	29	83	9	75	36	1	1	60	1.17
77791167--77791213	25	1.9	24	86	4	67	70	2	6	21	1.20
77795221--77795249	14	2.1	14	100	0	58	17	13	20	48	1.81
77799761--77799840	25	3.2	25	90	0	124	38	15	8	37	1.78
77801871--77801914	22	2.0	22	100	0	88	31	4	22	40	1.74
77804463--77804542	25	3.2	25	82	7	99	38	13	11	36	1.81
77806366--77806402	17	2.2	17	100	0	74	16	0	27	56	1.40
77806529--77806791	125	2.1	126	94	0	456	39	15	17	26	1.90
77808273--77808342	27	2.6	27	93	2	104	31	27	12	28	1.93
77808273--77808370	28	3.5	28	88	2	126	31	27	13	27	1.94
77815010--77815038	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
77816298--77816395	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
77822961--77823023	31	2.0	31	100	0	126	23	25	22	28	1.99
77822991--77823110	41	2.8	43	75	6	118	30	24	17	28	1.97
77824202--77824231	14	2.1	14	93	0	51	56	20	0	23	1.42
77824406--77824773	130	2.9	127	84	10	511	55	4	4	35	1.39
77827032--77827082	11	4.7	10	88	9	66	39	0	33	27	1.57
77827898--77828033	33	4.3	33	78	12	167	7	17	13	61	1.55
77827913--77827967	18	3.2	17	71	23	53	7	14	16	61	1.54
77827948--77828009	28	2.2	28	82	2	72	8	16	14	61	1.55
77829101--77829156	21	2.6	22	91	2	87	21	12	25	41	1.88
77832596--77832622	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77834023--77834217	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
77834250--77834283	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
77834250--77834288	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
77834254--77834293	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
77834373--77834507	15	8.9	15	67	24	70	42	2	3	51	1.32
77834249--77834467	120	1.8	119	89	6	345	40	3	5	50	1.44
77834475--77834516	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
77834466--77834763	154	1.9	156	95	2	537	47	5	3	44	1.40
77834616--77834650	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
77834896--77834952	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
77863862--77863911	20	2.5	20	81	15	66	50	10	12	28	1.71
77865708--77865787	42	1.9	42	100	0	160	50	0	2	47	1.14
77867064--77867093	15	1.9	16	93	6	53	10	0	16	73	1.09
77875941--77876030	40	2.2	40	82	3	110	31	16	28	23	1.96
77878365--77878416	26	2.0	25	88	3	77	32	15	13	38	1.86
77880748--77880909	81	2.0	81	92	2	272	20	10	25	42	1.84
77883160--77883223	21	2.9	22	79	6	76	40	25	18	15	1.90
77883160--77883225	23	3.0	23	80	6	91	40	24	19	15	1.90
77890368--77890410	18	2.5	17	85	11	52	6	30	4	58	1.45
77896536--77896714	31	5.8	31	91	1	288	25	26	18	29	1.98
77896690--77896816	52	2.5	51	87	6	168	25	22	17	34	1.95
77909614--77909688	37	2.0	37	100	0	150	16	13	29	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77935744--77937628	942	2.0	941	94	0	3338	31	18	20	29	1.96
77940628--77940739	56	2.0	56	98	0	215	41	10	13	33	1.79
77941697--77941856	43	3.7	43	78	15	161	24	16	25	34	1.95
77945096--77945237	30	4.8	30	87	4	198	22	24	16	36	1.94
77945098--77945358	29	8.9	28	81	11	181	22	25	13	38	1.91
77945098--77945365	58	4.6	56	84	7	236	22	25	14	38	1.92
77945197--77945358	87	1.9	87	89	2	254	21	28	11	38	1.88
77945197--77945365	29	5.8	29	84	7	202	21	27	12	38	1.89
77949884--77949962	20	4.1	19	74	9	70	37	17	29	15	1.90
77954444--77954505	29	2.1	29	96	0	115	27	25	9	37	1.87
77971780--77971865	45	1.9	45	85	4	120	18	29	20	31	1.97
77971943--77972069	46	2.8	46	84	3	148	23	29	18	27	1.98
77973897--77973942	24	1.9	24	86	8	67	65	10	0	23	1.24
77974784--77975129	172	2.0	172	98	0	674	43	21	7	28	1.79
77981281--77981377	38	2.6	38	89	0	149	38	35	10	16	1.83
77981281--77981395	38	3.0	38	83	2	115	40	32	11	15	1.83
77994257--77994302	23	2.0	23	100	0	92	21	0	26	52	1.47
77998196--77998237	22	1.9	22	90	0	66	28	2	2	66	1.16
77999167--77999224	30	1.9	30	86	6	82	20	43	0	36	1.52
78007335--78007359	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
78009423--78009474	26	2.0	26	88	3	68	57	0	9	32	1.31
78020809--78020992	40	4.6	40	77	10	189	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78020776--78020993	79	2.7	82	79	11	231	25	27	21	26	1.99
78024751--78024795	21	2.2	20	84	4	54	4	22	0	73	1.01
78026090--78026368	18	15.1	18	70	11	134	37	15	11	35	1.84
78026182--78026368	72	2.6	72	79	7	200	37	14	11	36	1.83
78026550--78026690	45	3.1	45	92	0	219	41	19	19	19	1.91
78028237--78028278	5	8.2	5	97	2	75	57	0	0	42	0.99
78030561--78030609	24	2.0	26	88	8	75	30	2	2	65	1.15
78031701--78031735	18	1.9	18	94	0	61	40	2	28	28	1.71
78042006--78042047	12	3.5	12	83	0	57	54	0	0	45	0.99
78042471--78042495	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
78042498--78042537	20	2.1	19	85	4	53	60	7	0	32	1.25
78046042--78046091	15	3.3	15	75	5	55	44	12	20	24	1.85
78046326--78046424	19	4.9	19	69	21	67	39	1	4	55	1.25
78046335--78046376	18	2.4	18	84	11	52	42	0	0	57	0.99
78056304--78056346	16	2.5	17	81	11	52	20	9	32	37	1.85
78056633--78056676	21	2.1	21	83	8	54	40	0	4	54	1.21
78059923--78060004	40	2.0	40	83	0	101	29	32	7	30	1.85
78066874--78066916	19	2.2	20	84	12	54	72	0	9	18	1.11
78072796--78072840	20	2.2	20	88	0	63	35	11	13	40	1.80
78087342--78087702	181	2.0	181	85	0	488	24	8	23	43	1.81
78090453--78090508	27	2.1	27	93	0	94	32	17	12	37	1.88
78099980--78100119	59	2.4	59	84	4	149	42	12	18	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78100013--78100150	59	2.3	59	85	2	179	37	13	21	27	1.91
78105468--78105534	31	2.2	31	88	0	98	43	8	4	43	1.56
78116354--78116382	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
78121412--78121470	30	2.0	30	83	12	77	33	1	8	55	1.40
78124525--78124638	57	2.0	57	96	0	210	34	25	13	27	1.93
78127043--78127122	41	1.9	42	82	7	101	21	32	23	22	1.98
78128900--78128933	17	1.9	18	94	5	61	0	23	0	76	0.79
78128900--78128953	25	2.2	24	83	3	63	1	25	1	70	1.07
78129820--78129881	23	2.8	22	90	4	90	46	17	20	14	1.83
78134251--78134347	30	3.2	30	72	5	79	27	26	15	29	1.96
78134757--78134781	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
78139498--78139528	8	3.9	8	91	0	53	45	25	25	3	1.69
78139495--78139528	16	2.1	16	100	0	68	47	23	23	5	1.73
78139750--78139815	28	2.3	27	80	10	78	27	15	34	22	1.94
78139767--78139829	28	2.2	28	94	0	108	26	14	33	25	1.94
78142227--78142432	105	2.0	105	90	0	322	32	10	19	37	1.86
78144509--78144568	18	3.3	18	79	4	66	20	5	5	70	1.26
78144612--78144670	18	3.3	18	80	0	55	28	3	0	67	1.06
78144607--78144669	8	6.9	9	73	21	51	30	3	0	66	1.07
78146499--78146529	2	15.5	2	93	0	53	0	54	0	45	0.99
78153113--78153255	43	3.3	43	90	0	214	33	19	16	30	1.94
78156909--78157085	52	3.5	51	83	8	204	29	28	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78156955--78157088	52	2.6	52	91	0	214	30	27	16	25	1.97
78158646--78158803	54	2.9	53	83	8	187	34	18	24	22	1.97
78158665--78158816	53	2.9	51	82	14	175	33	18	25	23	1.97
78165135--78165280	43	3.4	43	89	0	220	33	21	15	30	1.94
78171321--78171623	127	2.4	126	83	3	383	36	20	16	25	1.94
78180912--78180970	30	2.0	30	86	0	82	30	3	10	55	1.49
78181838--78181873	14	2.5	15	86	9	56	52	2	0	44	1.15
78190394--78190418	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
78190580--78190658	9	8.8	9	97	0	131	37	29	10	22	1.87
78192435--78192540	47	2.3	47	78	3	115	32	25	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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