genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78192533--78192616	44	1.9	44	87	4	125	33	22	19	25	1.97
78199205--78199301	40	2.5	40	79	3	117	38	35	13	13	1.84
78209331--78209427	40	2.5	40	77	3	108	39	34	13	13	1.84
78219563--78219735	46	3.7	46	75	13	174	21	20	27	31	1.98
78231629--78231662	6	5.7	6	92	0	50	55	0	23	20	1.43
78231825--78231881	26	2.2	26	90	0	87	47	10	12	29	1.74
78233923--78233947	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
78234639--78234905	47	5.7	46	77	13	219	27	19	29	23	1.98
78234642--78234904	140	1.9	141	85	7	365	27	19	29	23	1.98
78239844--78240022	40	4.5	40	88	5	229	27	26	20	25	1.99
78248230--78248497	47	5.8	44	72	19	172	28	19	28	23	1.98
78248270--78248494	47	4.8	46	80	11	210	28	18	29	23	1.98
78252234--78252392	43	3.7	42	77	5	167	27	14	25	32	1.94
78261334--78261365	13	2.5	13	94	0	55	21	6	15	56	1.62
78262248--78262316	18	3.4	18	68	24	57	15	10	15	57	1.64
78262234--78262320	43	2.0	43	100	0	174	16	9	16	58	1.62
78262846--78262916	16	4.4	16	80	3	81	40	8	23	26	1.83
78262845--78262908	32	2.0	32	90	0	101	43	7	23	25	1.80
78262902--78262990	44	2.0	46	89	8	139	32	4	26	35	1.77
78266853--78267100	48	5.2	48	97	0	451	31	27	6	35	1.81
78266853--78267233	96	4.1	96	87	9	601	30	27	6	35	1.82
78267065--78267134	34	2.1	34	100	0	140	30	28	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78267017--78267182	82	2.0	82	97	0	314	30	27	7	34	1.84
78266969--78267230	130	2.0	130	99	0	515	30	27	6	35	1.83
78267099--78267233	48	2.8	48	97	0	252	31	26	6	35	1.82
78270720--78270909	29	6.7	29	77	5	172	31	29	17	21	1.96
78270747--78270909	57	2.8	57	89	2	166	31	30	17	21	1.96
78270720--78270877	86	1.8	86	86	2	228	32	29	16	21	1.95
78270917--78271191	40	6.9	40	93	1	428	26	28	22	23	1.99
78272682--78272929	48	5.2	48	96	0	442	31	27	5	35	1.80
78272682--78273062	96	4.1	96	86	9	583	31	27	5	35	1.80
78272894--78272963	34	2.1	34	100	0	140	30	28	8	32	1.87
78272846--78273011	82	2.0	82	96	0	305	31	27	6	34	1.83
78272798--78273059	130	2.0	130	97	0	497	31	27	6	35	1.81
78272928--78273062	48	2.8	48	96	0	243	31	26	5	35	1.81
78277638--78277707	35	2.0	35	97	0	131	47	5	32	14	1.68
78277646--78277702	18	3.2	18	65	5	53	42	7	38	12	1.70
78279320--78279643	46	7.0	46	91	1	443	40	14	23	21	1.90
78279923--78279955	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
78281359--78281436	26	3.0	26	98	0	147	30	6	26	35	1.82
78285697--78285736	21	2.0	20	85	5	53	17	20	45	17	1.86
78289546--78289653	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
78294836--78294880	18	2.5	18	92	0	81	40	11	13	35	1.80
78297151--78297209	28	2.1	28	83	0	73	18	25	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78297432--78297540	51	2.1	51	76	3	112	31	22	11	34	1.89
78303098--78303179	26	3.2	26	66	19	73	24	13	30	31	1.93
78311424--78311533	43	2.6	43	88	1	168	30	22	26	20	1.98
78313481--78313561	36	2.2	36	82	4	92	35	14	12	37	1.84
78313467--78313564	18	5.4	18	79	4	81	37	13	11	37	1.80
78313675--78313703	6	4.8	6	100	0	58	48	17	17	17	1.82
78313944--78313986	20	2.2	20	87	8	61	32	11	4	51	1.59
78313957--78313993	19	2.0	19	89	5	58	37	10	2	48	1.52
78314813--78314856	19	2.4	18	85	14	63	0	34	0	65	0.93
78317360--78317393	16	2.0	17	88	11	52	64	11	11	11	1.50
78318983--78319018	17	2.0	19	89	10	58	33	0	0	66	0.92
78321753--78321876	49	2.5	50	82	5	144	26	19	25	29	1.98
78325738--78325781	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
78328107--78328151	20	2.2	20	96	0	81	33	11	22	33	1.89
78328200--78328303	23	4.4	24	92	3	167	28	19	23	28	1.98
78328201--78328296	47	2.1	46	94	2	165	28	19	21	30	1.98
78328511--78328574	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
78329716--78329744	15	1.9	15	100	0	58	55	6	24	13	1.63
78329829--78329853	11	2.3	11	100	0	50	16	16	40	28	1.89
78343437--78343478	21	2.1	21	86	8	61	26	4	7	61	1.42
78347882--78347918	18	2.1	18	89	0	56	27	24	13	35	1.93
78350119--78350175	29	2.0	29	85	0	78	35	28	12	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78354011--78354075	25	2.6	25	77	0	67	33	20	24	21	1.97
78360386--78360444	30	2.0	30	100	0	118	45	10	16	27	1.80
78364738--78364792	5	10.6	5	88	7	83	78	1	1	18	0.94
78368172--78368236	32	2.0	32	100	0	130	41	9	15	33	1.79
78391029--78391121	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
78391482--78391511	15	2.1	15	93	6	53	56	6	0	36	1.26
78392214--78392247	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
78392236--78392286	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
78392436--78392472	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
78393106--78393138	16	2.1	16	94	0	57	15	42	24	18	1.88
78396712--78396777	20	3.3	20	70	8	62	15	27	19	37	1.92
78396714--78396792	40	2.0	40	89	0	122	16	29	16	37	1.91
78397906--78397944	21	1.9	20	84	5	51	23	12	12	51	1.74
78398066--78398202	73	1.9	73	81	3	168	24	16	23	35	1.94
78403808--78403866	29	2.0	29	83	6	75	55	11	0	32	1.36
78404474--78404518	19	2.3	19	80	3	54	37	6	6	48	1.56
78407178--78407202	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
78417625--78417736	27	4.2	26	82	7	116	38	21	23	16	1.93
78419147--78419217	24	3.0	24	91	0	106	25	35	1	38	1.65
78440418--78440480	30	2.1	30	88	5	92	58	12	4	23	1.53
78441661--78441685	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
78442651--78442724	33	2.2	32	76	6	85	28	6	9	55	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78444931--78445025	29	3.3	29	65	19	81	34	5	13	46	1.66
78444914--78445026	57	2.0	57	100	0	226	36	5	12	46	1.64
78453157--78453190	13	2.6	13	100	0	68	17	52	23	5	1.66
78456628--78456667	20	2.0	20	90	0	62	40	2	32	25	1.69
78458082--78458137	29	2.0	27	82	6	67	42	3	25	28	1.71
78458087--78458145	29	2.1	27	81	6	64	45	1	25	27	1.63
78461093--78461117	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
78462503--78462694	40	4.8	40	80	0	222	26	27	21	24	2.00
78462475--78462695	80	2.8	79	87	2	309	27	26	21	24	1.99
78470544--78470734	40	4.8	40	80	1	222	26	27	21	24	1.99
78470516--78470735	80	2.8	79	88	2	316	27	27	20	24	1.99
78478570--78478617	19	2.5	20	86	10	64	4	18	2	75	1.07
78479705--78479748	23	1.9	23	81	9	54	50	13	15	20	1.78
78496798--78497012	48	4.5	48	95	0	376	34	6	29	28	1.83
78497154--78497298	37	3.9	37	92	0	227	25	17	31	25	1.97
78498581--78498813	40	5.8	40	89	2	349	23	22	28	26	1.99
78498571--78498815	82	3.0	82	92	1	404	24	22	27	26	1.99
78498977--78499027	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
78502389--78502603	48	4.5	48	94	0	358	35	6	28	29	1.82
78502745--78502889	37	3.9	37	91	0	227	24	17	31	26	1.97
78506812--78507126	49	6.6	48	74	10	195	25	19	29	25	1.99
78506815--78507074	142	1.8	138	81	11	323	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78519302--78519334	5	6.8	5	93	6	59	36	0	0	63	0.95
78519306--78519336	9	3.3	9	95	4	53	35	0	0	64	0.94
78519302--78519334	14	2.3	14	94	5	57	36	0	0	63	0.95
78519497--78519556	23	2.6	22	82	10	59	21	8	1	68	1.25
78519494--78519556	20	3.0	20	74	17	65	20	9	1	68	1.26
78522107--78522145	18	2.1	19	85	4	53	23	10	12	53	1.69
78525444--78525472	11	2.6	11	100	0	58	62	0	6	31	1.22
78527616--78527657	22	1.9	22	85	0	57	33	16	21	28	1.95
78531964--78532011	18	2.7	18	83	0	60	31	8	18	41	1.80
78549244--78549363	48	2.6	46	86	5	152	29	18	28	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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