genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71744127--71744306	78	2.3	75	82	13	197	23	28	17	30	1.97
71744369--71744447	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
71744429--71744558	43	3.0	42	93	3	215	25	34	16	23	1.95
71746386--71746461	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
71746582--71746979	47	8.6	47	90	3	583	29	30	7	32	1.85
71746582--71746979	185	2.1	185	89	4	604	29	30	7	32	1.85
71746582--71746979	93	4.3	94	90	4	601	29	30	7	32	1.85
71748595--71748672	39	2.0	39	94	0	138	37	29	10	23	1.88
71750701--71750804	40	2.6	40	85	0	127	25	30	21	22	1.98
71750806--71750978	40	4.3	40	83	7	192	24	27	19	28	1.99
71750746--71750978	80	2.9	80	81	8	217	24	27	20	27	1.99
71751266--71751344	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
71751326--71751470	43	3.4	43	96	0	256	26	35	15	23	1.94
71753325--71753400	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
71753521--71753830	47	6.6	47	90	1	467	29	30	8	32	1.86
71753521--71753830	143	2.2	143	89	2	466	29	30	8	32	1.86
71755446--71755523	39	2.0	39	94	0	138	37	29	10	23	1.88
71770093--71770143	21	2.4	21	76	0	57	41	13	0	45	1.44
71770271--71770330	26	2.3	26	97	0	111	40	13	5	41	1.66
71772242--71772351	54	2.0	54	94	0	193	34	21	13	30	1.92
71772517--71772557	10	4.2	10	79	17	50	43	14	0	41	1.45
71772521--71772561	19	2.2	18	91	4	64	43	9	0	46	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71778019--71778070	20	2.7	19	73	5	52	65	0	3	30	1.10
71778454--71778478	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
71778767--71778897	39	3.4	36	75	16	104	35	1	1	61	1.14
71778796--71778878	19	4.4	19	76	14	66	34	1	0	63	1.02
71778752--71778896	20	7.5	19	75	12	91	33	1	2	62	1.15
71779574--71779614	19	2.2	20	87	12	61	17	2	14	65	1.37
71779580--71779620	18	2.2	19	83	12	50	21	4	9	63	1.44
71791782--71791839	24	2.4	24	82	0	62	18	51	3	25	1.62
71795963--71796006	23	2.0	23	86	13	65	50	2	9	38	1.47
71796845--71797112	47	5.7	47	82	1	304	17	16	22	42	1.88
71796845--71797109	94	2.8	94	84	2	343	17	16	22	43	1.88
71797006--71797109	22	4.5	22	70	14	75	15	19	24	41	1.89
71802274--71802428	43	3.6	42	74	6	116	32	27	14	25	1.94
71816919--71817001	39	2.1	39	86	4	114	36	2	9	51	1.48
71824743--71825033	3	97.3	3	69	10	98	29	8	1	60	1.34
71824685--71824930	15	16.4	15	68	18	104	29	7	1	61	1.31
71837342--71837503	79	2.0	84	86	6	235	45	1	14	38	1.55
71846038--71846083	18	2.6	18	80	13	58	67	10	0	21	1.21
71847477--71847581	22	5.0	22	69	14	87	19	22	16	41	1.89
71847484--71847558	39	1.9	39	94	0	132	18	22	16	42	1.88
71849762--71849800	17	2.3	17	86	8	53	0	30	0	69	0.89
71849858--71849907	2	25.0	2	87	0	73	44	0	6	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71849860--71849906	12	3.9	12	100	0	94	42	0	6	51	1.27
71850169--71850194	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
71850398--71850454	24	2.4	24	90	0	87	42	17	5	35	1.72
71850745--71850793	3	16.3	3	100	0	98	65	0	0	34	0.93
71858091--71858157	20	3.3	20	78	0	71	40	5	19	34	1.76
71863514--71863697	40	4.6	40	78	10	198	25	27	22	25	2.00
71863514--71863698	79	2.3	82	82	7	220	25	27	22	24	2.00
71865973--71865998	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
71866207--71866240	18	1.9	18	88	5	52	32	23	0	44	1.54
71866664--71866698	17	2.1	17	89	10	54	2	17	2	77	1.02
71871850--71871891	21	2.0	21	100	0	84	57	9	9	23	1.60
71873850--71873883	18	1.9	17	88	5	50	20	2	8	67	1.31
71875669--71875703	17	2.0	18	88	5	54	20	0	8	71	1.11
71877486--71877515	15	2.0	15	93	0	51	20	3	6	70	1.25
71877811--71877854	21	2.1	21	95	0	79	47	4	11	36	1.60
71877944--71877985	21	2.1	20	83	16	52	50	0	0	50	1.00
71878683--71878755	36	2.0	36	100	0	146	32	16	16	34	1.91
71879183--71879210	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
71880331--71880373	14	3.1	14	96	0	77	32	20	16	30	1.95
71886245--71886286	10	4.3	10	93	3	68	85	0	4	9	0.72
71887384--71887416	16	2.1	16	94	0	57	54	12	6	27	1.60
71892197--71892253	28	2.0	28	96	0	105	45	5	24	24	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71892691--71892736	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
71901962--71902033	24	3.0	24	86	6	85	34	15	22	27	1.94
71901974--71902079	23	4.6	22	73	16	83	34	16	21	27	1.94
71932347--71932457	39	2.8	40	81	12	142	27	21	26	25	2.00
71939900--71940036	40	3.4	40	94	4	233	24	24	27	23	2.00
71939900--71940061	40	4.1	40	88	7	215	24	22	27	24	2.00
71953202--71953233	12	2.6	13	90	9	50	25	40	0	34	1.56
71954664--71954839	46	3.8	46	79	12	207	21	20	29	28	1.98
71954661--71954832	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	27	1.98
71964723--71964827	53	2.0	53	84	3	140	20	27	18	33	1.96
71972376--71972629	55	4.8	53	80	8	227	21	25	16	35	1.95
71972422--71972622	108	1.8	110	89	4	318	22	25	16	34	1.95
71973971--71974379	48	8.7	48	75	11	232	24	29	17	28	1.97
71974130--71974286	45	3.5	44	83	4	181	25	26	17	29	1.98
71974254--71974382	47	2.8	46	80	8	152	23	31	20	25	1.98
71975882--71975962	23	3.6	22	73	17	76	34	19	19	25	1.96
71983245--71983574	48	6.9	47	76	8	240	24	29	18	27	1.98
71983293--71983415	46	2.6	45	77	11	122	24	28	17	29	1.98
71991171--71991248	25	3.2	24	67	20	63	26	30	14	28	1.95
71990964--71991333	144	2.6	141	85	3	501	25	31	17	26	1.97
71990868--71991333	48	9.7	49	78	8	412	24	30	17	26	1.97
72002610--72002674	34	1.9	34	84	6	87	33	20	24	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72005005--72005033	14	2.1	14	93	6	51	27	6	10	55	1.59
72006098--72006268	92	1.9	92	92	2	290	27	29	22	20	1.98
72006090--72006264	46	3.8	45	80	8	210	28	29	21	20	1.98
72011613--72011786	46	3.8	46	77	11	176	29	28	20	22	1.98
72011619--72011790	93	1.8	93	90	2	274	27	29	20	22	1.98
72024043--72024222	43	4.2	43	83	3	209	24	14	31	29	1.94
72024611--72024660	21	2.4	21	75	0	55	8	52	14	26	1.68
72030162--72030191	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
72030420--72030451	16	1.9	17	93	6	57	65	12	9	12	1.47
72031256--72031296	12	3.6	12	77	12	50	36	2	29	31	1.71
72031257--72031302	22	2.1	22	83	0	56	41	2	23	32	1.67
72033392--72033452	29	2.1	28	87	3	86	26	0	14	59	1.36
72033479--72033518	20	2.1	19	86	13	55	20	0	32	47	1.50
72034403--72034742	111	3.0	111	78	3	331	27	22	20	30	1.98
72047140--72047286	43	3.4	43	77	5	154	29	14	25	30	1.95
72049439--72049483	23	2.0	23	82	4	56	20	11	6	62	1.50
72060447--72060621	93	1.9	93	95	2	316	31	27	17	23	1.97
72060440--72060612	46	3.7	46	71	14	149	32	27	16	23	1.96
72060491--72060634	46	3.1	46	67	11	114	31	25	18	24	1.98
72063010--72063080	15	4.7	15	78	13	83	59	12	15	12	1.62
72063010--72063089	30	2.7	30	79	14	85	57	13	15	13	1.66
72063468--72063657	99	1.9	99	96	0	353	37	22	12	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72074493--72074529	16	2.3	16	85	0	56	24	29	18	27	1.98
72075092--72075117	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
72077271--72077329	27	2.2	27	81	3	66	45	0	16	37	1.48
72078577--72078611	17	2.1	17	100	0	70	42	11	17	28	1.83
72082272--72082306	16	2.2	16	100	0	70	57	11	5	25	1.56
72082662--72082779	50	2.4	49	84	8	143	23	24	21	30	1.99
72084787--72085013	46	4.9	47	78	11	191	25	19	33	21	1.97
72084789--72084990	93	2.2	93	81	7	232	26	18	32	21	1.97
72086839--72087023	40	4.7	40	80	6	207	25	27	22	24	2.00
72094931--72095113	79	2.3	80	82	7	212	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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