genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40227014--40227112	48	2.0	49	88	1	146	56	3	7	33	1.42
40234980--40235536	207	2.7	206	92	0	907	31	18	22	28	1.97
40239664--40240077	44	9.5	44	68	15	261	18	25	21	34	1.96
40239621--40240111	87	5.6	87	92	0	793	19	25	21	34	1.96
40239621--40240251	261	2.3	271	87	7	879	18	25	21	34	1.96
40240006--40240224	110	2.0	109	96	0	402	18	25	21	33	1.96
40240116--40240253	44	3.2	44	68	13	131	17	26	21	34	1.95
40240116--40240279	87	1.9	87	82	3	206	19	25	20	34	1.96
40240963--40240991	14	2.1	14	100	0	58	55	13	24	6	1.63
40248315--40248357	19	2.2	20	87	4	61	46	6	18	27	1.75
40254884--40254935	5	10.4	5	76	15	54	34	1	0	63	1.06
40254884--40255049	23	7.3	24	68	21	92	34	5	0	60	1.20
40254884--40255118	44	5.7	41	71	22	126	33	6	0	59	1.26
40255065--40255142	30	2.6	32	80	13	94	30	8	1	58	1.37
40261660--40261873	101	2.1	102	91	0	340	32	13	23	29	1.93
40261655--40261870	51	4.3	51	90	1	326	32	13	23	30	1.94
40268820--40268860	21	2.0	21	95	0	73	31	19	29	19	1.96
40272209--40272235	14	1.9	14	100	0	54	37	18	22	22	1.95
40274569--40274651	40	2.1	40	84	4	105	36	21	18	24	1.95
40276667--40276715	14	3.8	13	76	15	57	53	0	2	44	1.12
40276659--40276712	26	2.1	24	83	13	63	53	0	3	42	1.18
40276995--40277081	22	4.0	21	81	11	79	64	1	4	29	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40276995--40277160	45	3.8	41	72	15	109	62	0	3	33	1.17
40277093--40277208	52	2.3	50	80	10	119	61	0	3	34	1.19
40289260--40289320	25	2.4	26	81	13	74	63	3	0	32	1.10
40289492--40289540	24	2.0	24	84	8	62	30	4	0	65	1.11
40289490--40289531	18	2.4	17	84	4	57	30	4	0	64	1.14
40292687--40292765	39	2.0	40	90	2	124	39	16	20	24	1.92
40292612--40292765	40	3.8	39	75	7	139	36	18	22	22	1.95
40292804--40292902	40	2.5	40	85	9	130	22	20	29	28	1.98
40293143--40293176	14	2.4	14	85	0	50	29	0	32	38	1.58
40293168--40293251	22	3.9	22	78	7	73	22	0	39	38	1.54
40293281--40293334	22	2.3	23	84	6	74	38	0	0	61	0.96
40293532--40293572	21	2.0	21	95	0	73	26	0	43	29	1.55
40293529--40293582	21	2.5	20	82	11	72	24	0	42	33	1.55
40298128--40298373	43	5.7	43	87	0	278	27	18	28	25	1.98
40298128--40298373	85	2.9	86	84	2	307	27	18	28	25	1.98
40298445--40298487	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
40303741--40303893	43	3.5	44	77	8	145	28	15	24	32	1.95
40308111--40308228	43	2.8	42	80	5	139	30	16	23	28	1.97
40308974--40309066	47	2.0	46	93	2	159	30	11	25	32	1.92
40328626--40328668	18	2.5	17	84	3	50	20	25	37	16	1.93
40336193--40336290	37	2.6	37	90	0	151	32	25	18	23	1.97
40341543--40341719	80	2.2	80	85	3	239	46	26	14	11	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40341503--40341716	40	5.3	40	78	2	205	45	25	15	13	1.82
40343168--40343254	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
40351052--40351134	21	3.9	21	80	3	76	38	26	20	14	1.91
40351050--40351124	21	3.5	22	81	9	91	40	26	20	13	1.89
40355120--40355281	86	1.9	85	85	3	227	30	19	22	27	1.98
40355118--40355284	43	3.9	43	82	4	203	29	19	23	26	1.98
40355120--40355306	86	2.2	86	82	3	225	29	22	21	26	1.99
40361311--40361369	9	6.6	9	86	0	82	28	1	23	45	1.63
40361312--40361369	27	2.1	27	93	0	98	29	1	22	46	1.62
40363855--40363919	25	2.6	25	80	0	76	32	15	41	10	1.81
40365911--40365949	19	2.1	19	95	0	69	46	2	43	7	1.46
40365911--40365957	19	2.4	19	89	3	67	48	2	42	6	1.40
40365984--40366020	17	2.1	19	85	14	53	45	0	40	13	1.43
40366197--40366253	22	2.7	20	77	22	62	33	1	1	63	1.15
40366581--40366726	7	20.6	7	72	8	53	45	32	0	21	1.53
40366663--40366726	29	2.2	28	80	2	74	48	25	0	26	1.51
40367009--40367058	24	2.1	24	92	0	82	40	4	2	54	1.31
40367580--40367615	16	2.2	16	90	0	54	22	2	25	50	1.63
40367628--40367900	41	6.8	41	85	6	371	19	24	21	34	1.97
40378931--40379435	47	10.6	47	92	2	803	33	8	29	28	1.86
40378931--40379435	96	5.3	94	94	1	803	33	8	29	28	1.86
40390386--40390446	20	3.1	20	86	6	81	32	3	0	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40390386--40390551	10	17.6	9	66	19	63	36	4	1	58	1.25
40390391--40390558	20	8.8	19	72	19	77	35	4	1	58	1.28
40398081--40398122	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
40403418--40403459	21	2.0	21	100	0	84	14	9	33	42	1.78
40409659--40409830	94	1.8	94	81	2	211	31	16	25	26	1.96
40409752--40409829	33	2.4	33	79	12	88	30	17	25	25	1.97
40411588--40411651	18	3.6	18	79	8	76	31	15	15	37	1.89
40411763--40411797	6	5.8	6	89	0	52	42	17	22	17	1.88
40412045--40412081	19	2.0	19	89	5	58	37	10	2	48	1.52
40414429--40414557	50	2.5	51	91	2	206	34	17	23	25	1.96
40414533--40414681	31	4.8	31	93	0	244	25	20	28	25	1.99
40414781--40414885	49	2.2	48	91	5	167	30	13	24	31	1.93
40414793--40414955	42	3.7	43	80	10	163	31	14	25	29	1.94
40416203--40416247	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
40418510--40418619	26	4.2	26	96	0	184	34	5	24	35	1.79
40420070--40420134	27	2.4	26	80	14	69	29	26	13	30	1.94
40420238--40420323	27	3.2	26	81	4	91	17	22	23	37	1.94
40424000--40424107	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
40428551--40428728	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
40428572--40428727	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
40434280--40434388	26	4.2	26	87	9	168	36	22	7	33	1.82
40435024--40435064	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40436689--40436713	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
40436892--40436945	20	2.8	18	81	13	63	46	0	0	53	1.00
40445183--40445237	22	2.5	23	77	14	62	60	0	5	34	1.20
40448756--40448881	63	2.0	63	90	0	198	31	13	25	29	1.94
40450123--40450171	20	2.5	19	83	9	64	38	14	24	22	1.91
40450111--40450171	19	3.1	20	81	9	72	34	16	26	22	1.95
40457982--40458018	19	1.9	19	100	0	74	32	21	10	35	1.88
40458013--40458067	18	3.0	18	81	2	65	36	12	14	36	1.84
40460501--40460962	124	3.8	124	82	6	504	23	19	23	33	1.97
40460754--40460959	110	1.9	110	85	6	292	25	19	22	33	1.97
40465342--40465429	29	3.0	29	83	1	104	37	23	15	22	1.93
40469432--40469535	24	4.3	24	74	8	86	18	25	21	34	1.96
40477205--40477274	35	2.0	35	100	0	140	37	17	22	22	1.94
40490505--40490623	38	3.1	38	87	4	159	22	23	24	29	1.99
40490620--40490751	45	3.0	45	81	7	148	25	20	28	26	1.99
40491817--40491894	34	2.3	35	84	8	99	30	17	19	32	1.95
40493520--40493570	22	2.3	22	100	0	102	41	7	15	35	1.76
40498791--40498844	26	2.1	26	96	0	99	35	18	18	27	1.94
40502303--40502358	25	2.3	23	77	17	58	32	14	12	41	1.83
40511122--40511221	19	5.3	19	92	7	168	36	16	10	38	1.82
40511113--40511221	36	2.8	37	89	9	157	37	15	10	36	1.81
40511420--40511492	28	2.6	29	86	4	103	28	15	34	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40520326--40520362	16	2.3	16	90	0	56	48	18	21	10	1.78
40520556--40520675	28	4.2	28	83	1	150	27	15	32	24	1.96
40521948--40522001	26	2.1	26	100	0	108	31	11	11	46	1.74
40545125--40545178	24	2.2	25	74	9	58	31	16	3	48	1.64
40548491--40548526	11	3.1	11	85	14	54	38	2	0	58	1.13
40548491--40548529	13	3.2	12	86	13	53	41	2	0	56	1.13
40551660--40551875	48	4.5	48	85	6	269	30	20	25	23	1.98
40551660--40552067	48	8.5	49	77	8	233	28	19	26	25	1.99
40551660--40552025	98	3.8	97	78	11	319	28	19	26	24	1.99
40554720--40554761	22	1.9	22	90	0	66	33	26	11	28	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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