genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76809354--76809409	16	3.4	16	74	11	51	33	3	7	55	1.45
76835548--76835583	18	1.9	19	88	5	56	22	25	5	47	1.73
76841450--76841484	11	3.2	11	91	0	52	34	0	11	54	1.37
76842326--76842350	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
76847002--76847037	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
76853002--76853050	22	2.3	20	80	16	55	59	6	6	28	1.46
76853327--76853372	23	2.0	23	100	0	92	52	8	8	30	1.62
76860424--76860688	47	5.6	47	70	12	161	23	28	19	28	1.98
76863245--76863388	40	3.6	40	79	12	145	24	23	27	24	2.00
76863297--76863395	39	2.5	39	86	4	110	25	23	28	23	2.00
76867353--76867559	27	7.6	27	91	3	315	26	14	28	30	1.95
76867353--76867559	55	3.8	55	96	0	360	26	14	28	30	1.95
76870011--76870124	54	2.1	54	81	0	129	30	20	8	40	1.83
76870038--76870168	27	4.9	27	88	0	190	28	19	9	43	1.81
76870146--76870420	27	10.2	27	77	7	202	40	21	8	29	1.83
76870038--76870193	81	1.9	81	80	0	177	31	18	8	41	1.82
76870146--76870418	81	3.4	80	82	5	282	40	21	8	29	1.83
76870212--76870392	54	3.4	53	84	4	229	40	20	9	29	1.84
76870125--76870479	54	6.5	55	76	6	181	39	19	9	31	1.84
76870537--76870628	27	3.4	27	86	8	125	34	20	26	18	1.96
76871427--76871564	54	2.7	51	92	7	219	28	21	23	26	1.99
76871427--76871564	26	5.3	26	86	6	185	28	21	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76871770--76871848	31	2.5	31	91	0	131	31	16	22	29	1.96
76878050--76878113	31	2.1	31	96	0	119	14	28	18	39	1.90
76880483--76880507	7	3.6	7	100	0	50	84	0	0	16	0.63
76880952--76880982	14	2.2	14	94	0	53	25	45	0	29	1.54
76897928--76898082	43	3.7	43	78	3	161	30	27	16	25	1.96
76916008--76916089	23	3.6	22	80	4	83	32	18	24	24	1.97
76916008--76916098	45	2.0	45	80	4	103	32	18	24	24	1.97
76919810--76920531	244	3.0	245	99	0	1428	34	15	8	42	1.77
76920995--76921069	28	2.7	28	87	0	114	29	33	10	26	1.90
76949233--76949280	24	2.0	24	91	0	78	4	54	10	31	1.53
76949603--76949691	40	2.3	38	79	12	92	29	3	4	62	1.31
76951324--76951382	6	10.3	6	75	10	52	15	1	6	76	1.07
76951324--76951382	12	5.3	11	77	16	59	15	1	6	76	1.07
76951324--76951382	18	3.5	17	76	19	61	15	1	6	76	1.07
76953791--76954138	131	2.7	130	84	2	358	32	18	19	29	1.96
76954471--76954496	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
76969524--76969556	16	2.1	16	94	0	57	51	3	0	45	1.16
76969602--76969636	15	2.5	15	90	9	56	62	0	0	37	0.95
76969669--76969725	15	3.5	15	73	17	60	49	1	1	47	1.22
76970837--76970878	23	1.9	21	90	9	66	54	9	0	35	1.33
76971118--76971185	31	2.3	30	82	12	86	64	0	0	35	0.94
76986174--76986226	15	3.6	15	79	2	63	79	0	13	7	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76988690--76988744	27	2.0	27	100	0	110	32	20	18	29	1.96
76996966--76997015	25	2.0	25	96	0	91	36	22	2	40	1.65
76999088--76999156	28	2.5	28	90	4	104	33	26	13	27	1.93
77005658--77005691	17	2.0	17	88	0	50	8	38	38	14	1.78
77005900--77005952	27	2.0	27	92	0	88	32	18	16	32	1.94
77010638--77010745	40	2.7	40	79	0	117	24	19	24	32	1.98
77024360--77024464	43	2.4	43	85	3	140	34	24	14	26	1.94
77028246--77028344	42	2.3	42	84	8	130	32	21	19	27	1.97
77033431--77033655	47	4.8	46	77	13	171	21	20	27	30	1.98
77033479--77033601	47	2.6	47	93	0	210	22	21	26	30	1.99
77036606--77036852	50	4.8	50	84	4	271	20	29	24	25	1.99
77036606--77036852	100	2.4	104	87	6	342	20	29	24	25	1.99
77036947--77036978	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
77037190--77037247	30	1.9	30	85	0	80	31	22	5	41	1.76
77037808--77037840	16	2.1	16	94	0	57	3	18	0	78	0.87
77037849--77037920	5	14.4	5	75	20	62	55	4	1	38	1.28
77037850--77037892	19	2.3	19	92	8	70	55	0	2	41	1.12
77037856--77037921	24	2.7	24	81	9	71	57	4	1	36	1.28
77039664--77039720	30	1.9	29	89	3	87	10	15	17	56	1.67
77042434--77042697	46	5.7	46	74	12	252	22	18	28	30	1.98
77042477--77042645	47	3.6	46	77	13	202	22	18	28	30	1.97
77042425--77042692	93	2.9	93	93	0	455	22	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77046479--77046556	25	3.2	25	79	1	68	29	21	21	26	1.99
77046515--77046563	25	2.0	25	83	0	62	32	18	24	24	1.97
77048536--77048581	22	2.1	22	100	0	92	65	0	17	17	1.28
77048539--77048591	22	2.4	22	90	6	81	66	1	13	18	1.34
77051220--77051273	20	2.7	20	91	0	90	20	37	29	12	1.90
77052599--77052670	35	2.0	36	83	2	92	45	12	19	22	1.83
77052599--77052666	18	3.8	18	76	3	75	47	11	19	22	1.81
77053013--77053211	81	2.5	81	89	0	290	40	19	14	25	1.89
77052981--77053211	27	8.6	27	84	0	246	40	19	14	25	1.89
77053453--77053486	17	1.9	17	88	5	50	17	38	26	17	1.92
77054066--77054105	21	1.9	21	85	10	55	57	2	40	0	1.12
77063361--77063390	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
77065054--77065217	43	3.9	43	82	5	165	24	21	29	23	1.99
77088883--77089025	41	3.5	41	80	6	148	34	23	20	22	1.97
77090463--77090501	20	2.0	20	84	0	51	20	41	2	35	1.66
77100544--77100697	64	2.3	65	82	7	175	22	30	14	31	1.94
77101207--77101267	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
77102299--77102337	20	1.9	21	89	5	62	43	7	17	30	1.77
77104107--77104414	49	6.5	49	75	11	259	24	27	19	28	1.98
77104049--77104417	142	2.6	144	77	8	387	24	26	19	29	1.98
77108762--77108819	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
77109090--77109247	49	3.2	48	94	2	264	31	7	30	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77109365--77109443	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
77112539--77112588	25	2.0	25	92	0	82	28	26	6	40	1.79
77113210--77113261	18	2.9	18	83	8	54	53	15	11	19	1.71
77113270--77113350	6	13.0	6	70	17	58	50	16	14	18	1.78
77113240--77113350	31	3.5	31	87	3	152	50	14	16	18	1.78
77113487--77113588	27	3.8	26	88	5	132	35	20	23	20	1.96
77113505--77113606	54	1.9	54	84	4	127	36	22	22	18	1.95
77113747--77113811	22	3.0	22	77	8	78	33	23	21	21	1.97
77114238--77114830	27	22.0	27	88	0	747	24	20	19	34	1.96
77114835--77114907	27	2.7	27	79	8	76	32	6	24	35	1.82
77114860--77115054	81	2.4	81	81	5	207	30	9	20	40	1.83
77114857--77115054	27	7.3	27	82	2	182	30	9	20	39	1.84
77119926--77120058	49	2.7	49	82	9	164	24	28	18	27	1.98
77120116--77120244	47	2.7	47	79	8	145	23	28	19	28	1.98
77123230--77123645	47	8.8	47	95	1	724	32	8	29	29	1.87
77123230--77123645	190	2.2	188	95	0	733	32	8	29	29	1.87
77123763--77123841	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
77128064--77128110	19	2.5	20	75	10	53	31	0	6	61	1.21
77128118--77128162	23	2.0	23	86	8	65	64	2	11	22	1.36
77129022--77129089	25	2.7	25	86	0	91	22	29	16	32	1.95
77136183--77136214	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
77136239--77136555	158	2.0	158	92	0	526	29	10	23	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77138167--77138219	22	2.5	22	81	3	63	16	32	32	18	1.94
77139599--77139737	57	2.4	57	78	3	145	30	24	17	27	1.98
77140769--77140802	16	2.1	17	89	10	54	23	14	0	61	1.33
77141178--77141283	25	4.2	25	75	9	117	21	21	28	28	1.99
77150058--77150133	11	7.5	11	74	16	83	35	11	19	32	1.88
77150057--77150133	20	3.8	20	96	0	145	35	11	19	33	1.88
77150069--77150125	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
77150183--77150255	26	2.8	26	91	0	119	28	23	23	24	1.99
77150477--77150597	38	3.4	33	81	15	129	37	17	22	23	1.94
77150492--77150600	38	2.9	38	97	0	200	38	14	22	24	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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