genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56213610--56213813	40	5.2	40	86	4	263	24	20	26	28	1.99
56215807--56215893	27	3.1	29	82	6	92	34	21	25	18	1.96
56215999--56216063	28	2.3	28	86	0	85	29	9	29	32	1.88
56221666--56221816	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
56233445--56233559	55	2.1	56	82	11	139	35	21	23	19	1.96
56233470--56233559	28	3.2	27	86	10	112	33	23	23	20	1.97
56233470--56233559	27	3.2	28	81	13	114	33	23	23	20	1.97
56233665--56233729	28	2.3	28	89	5	96	29	7	30	32	1.85
56236358--56236533	43	4.1	43	85	0	226	12	21	31	35	1.90
56236687--56236795	57	1.9	58	88	1	166	23	20	28	27	1.99
56248053--56248144	28	3.2	28	84	1	103	29	13	30	27	1.94
56258190--56258312	40	3.0	40	96	2	219	23	21	24	30	1.99
56258192--56258319	42	3.1	41	91	4	204	23	20	24	32	1.98
56258192--56258343	82	1.9	81	87	5	225	23	21	23	30	1.99
56259480--56259517	18	2.1	18	90	0	58	36	7	13	42	1.73
56263539--56263669	65	2.0	65	98	0	253	41	17	15	25	1.88
56263552--56263652	30	3.2	30	67	26	82	42	16	16	23	1.88
56263672--56263728	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
56265808--56266238	43	10.0	43	82	2	508	27	16	25	30	1.97
56267517--56267549	13	2.4	14	90	5	50	21	0	15	63	1.30
56270088--56270976	47	18.6	47	92	3	1400	29	29	8	32	1.87
56270161--56270238	22	3.4	22	66	10	66	26	33	11	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56270088--56270976	286	3.1	285	93	2	1433	29	29	8	32	1.87
56270629--56270938	152	2.0	152	98	0	602	30	29	7	33	1.85
56274399--56274706	40	7.7	40	87	1	431	24	27	22	25	2.00
56276933--56277656	47	15.5	47	80	12	574	29	29	8	32	1.86
56277123--56277178	16	3.4	16	68	18	51	33	30	3	32	1.75
56277124--56277193	34	2.1	34	100	0	140	32	32	5	28	1.81
56277077--56277242	81	2.0	82	94	2	289	31	30	7	31	1.84
56277158--56277656	96	5.2	95	92	3	824	30	29	8	32	1.86
56277158--56277656	143	3.5	144	95	2	873	30	29	8	32	1.86
56280432--56280733	27	11.3	26	81	5	141	40	20	8	30	1.83
56280478--56280770	27	10.8	28	82	3	275	39	20	8	30	1.83
56280433--56280770	54	6.3	54	79	9	284	39	20	8	30	1.83
56280433--56280770	81	4.2	81	81	6	375	39	20	8	30	1.83
56280589--56280812	27	8.3	27	83	3	152	39	19	11	29	1.87
56285269--56285368	25	4.0	23	73	15	74	32	5	3	60	1.34
56285264--56285402	26	5.3	26	72	9	113	33	3	4	58	1.35
56285507--56285568	19	3.2	19	90	4	97	40	9	1	48	1.46
56285623--56285676	29	2.0	27	85	10	74	29	9	1	59	1.39
56285720--56285837	26	4.5	26	84	5	130	29	2	4	63	1.26
56285720--56285837	53	2.2	53	80	7	132	29	2	4	63	1.26
56285753--56285797	15	3.2	15	69	18	51	28	0	8	62	1.25
56288376--56288420	19	2.4	19	85	7	56	22	20	13	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56288553--56288602	12	4.2	12	77	7	57	52	16	24	8	1.70
56291741--56291816	8	8.5	8	71	25	55	77	3	1	17	0.99
56291732--56291810	19	4.3	19	78	16	94	74	6	1	17	1.09
56291763--56291802	11	3.9	11	75	18	50	75	7	0	17	1.03
56291732--56291808	37	2.1	36	86	11	104	75	6	1	16	1.08
56293059--56293205	44	3.3	45	77	8	185	28	14	29	27	1.96
56298930--56299090	73	2.2	74	86	6	238	23	21	19	34	1.96
56298930--56299111	24	7.6	24	73	8	113	23	21	20	35	1.96
56298998--56299116	45	2.5	47	80	14	129	23	21	19	35	1.96
56298930--56299111	23	7.6	23	72	15	122	23	21	20	35	1.96
56305318--56305387	25	2.8	25	93	0	113	27	22	24	25	2.00
56305435--56305482	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
56312044--56312095	25	2.1	25	92	3	88	25	19	21	34	1.96
56312024--56312096	25	3.0	23	84	9	83	24	21	23	30	1.99
56312143--56312190	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
56315205--56315382	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
56315206--56315361	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
56315202--56315382	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
56315287--56315393	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
56320416--56320449	11	3.1	11	95	0	59	35	35	0	29	1.58
56323163--56323417	55	4.8	54	78	11	244	35	17	24	21	1.95
56323173--56323370	108	1.8	109	87	4	301	34	17	24	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56323609--56323639	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
56330671--56330700	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
56335550--56335615	25	2.6	25	77	13	64	60	1	3	34	1.21
56336161--56336194	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
56338818--56338982	46	3.6	46	96	1	305	29	22	27	21	1.99
56341332--56341443	27	4.1	27	86	7	147	37	24	24	14	1.92
56355464--56355507	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
56355576--56355609	11	3.0	11	91	4	50	50	0	0	50	1.00
56357912--56357959	25	1.9	25	91	0	78	31	25	18	25	1.98
56358003--56358060	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
56358007--56358060	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
56358111--56358183	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
56358110--56358204	24	4.0	24	89	6	140	28	21	22	28	1.99
56358397--56358460	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
56361332--56361562	48	4.9	48	75	9	208	29	23	19	27	1.98
56366790--56366855	24	2.6	25	80	4	80	27	24	15	33	1.95
56367513--56367549	18	2.1	18	89	0	56	40	16	21	21	1.91
56367875--56368084	27	7.8	27	74	9	144	41	20	11	26	1.86
56367870--56368085	54	4.0	54	74	12	185	41	19	12	26	1.86
56367898--56368085	81	2.3	81	84	4	236	42	18	11	27	1.84
56368073--56368218	27	5.4	27	85	1	107	20	18	21	39	1.92
56368128--56368239	27	4.2	26	89	4	161	18	16	23	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56368128--56368239	53	2.1	54	89	1	172	18	16	23	41	1.89
56372629--56373039	47	8.6	47	90	4	624	31	9	30	28	1.88
56372629--56373028	145	2.8	145	91	3	637	31	9	30	28	1.88
56372629--56373039	192	2.1	192	94	0	714	31	9	30	28	1.88
56373158--56373236	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
56376394--56376520	63	2.0	63	93	0	218	25	18	27	29	1.98
56377584--56377831	68	3.8	64	75	9	182	29	16	29	24	1.97
56378836--56378865	16	1.9	16	93	6	53	43	0	20	36	1.52
56380936--56381059	46	2.7	46	88	0	176	30	27	20	20	1.98
56387947--56388120	46	3.8	44	78	12	181	28	28	21	21	1.99
56387954--56388124	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.99
56411543--56411888	27	12.9	27	85	3	421	26	13	20	39	1.90
56416901--56417092	40	4.8	40	88	2	235	22	21	29	26	1.99
56420425--56420750	48	6.9	48	76	10	251	23	30	19	27	1.98
56420427--56420744	141	2.2	142	79	7	342	23	29	19	27	1.98
56441786--56442039	50	5.1	50	81	3	251	30	12	18	39	1.87
56441786--56442039	100	2.5	100	84	4	316	30	12	18	39	1.87
56448351--56448498	50	3.0	50	84	7	194	23	17	31	27	1.97
56451053--56451081	14	2.0	15	93	6	51	20	0	27	51	1.47
56453411--56453519	27	4.1	27	85	5	132	38	19	23	18	1.93
56453413--56453518	54	2.0	53	86	1	149	38	19	22	18	1.93
56454730--56454790	30	2.1	29	81	6	70	57	1	34	6	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56455375--56455601	50	4.5	50	82	3	260	31	11	18	38	1.87
56460215--56460390	46	3.8	46	77	10	178	21	19	28	30	1.98
56460209--56460382	93	1.9	93	90	0	276	21	20	28	29	1.98
56465781--56465956	46	3.8	46	76	10	169	21	19	28	31	1.97
56465777--56465948	93	1.8	93	88	0	263	20	19	29	30	1.97
56471347--56471522	46	3.8	46	77	10	178	21	21	28	29	1.98
56471343--56471514	93	1.8	93	89	0	272	20	21	29	28	1.98
56472669--56472720	25	2.0	26	82	10	63	42	1	5	50	1.37
56472687--56472735	20	2.6	19	81	12	66	44	2	4	48	1.33
56474524--56474707	64	2.8	65	89	6	259	33	14	29	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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