genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  79  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27036759--27036799	15	2.6	17	77	14	52	56	0	2	41	1.13
27038618--27038673	21	2.6	21	88	2	76	42	25	10	21	1.85
27039740--27039875	33	4.3	33	75	12	149	61	12	17	8	1.56
27041447--27041501	30	1.9	30	89	10	89	36	5	5	52	1.48
27045318--27045532	47	4.6	48	78	11	189	28	17	29	23	1.97
27045318--27045477	46	3.4	46	83	10	159	27	16	31	24	1.97
27053642--27053703	30	2.1	30	96	0	115	33	11	22	32	1.90
27067247--27067291	21	2.2	20	84	11	56	28	17	24	28	1.97
27068343--27068439	5	19.4	5	100	0	194	40	0	0	59	0.97
27072954--27073497	44	11.9	44	69	13	269	27	22	20	30	1.98
27072954--27073224	140	1.9	140	89	3	420	26	22	20	29	1.98
27073102--27073276	95	1.8	95	86	2	253	26	22	23	28	1.99
27081471--27081508	19	2.0	19	89	0	58	39	5	23	31	1.77
27084345--27084396	27	2.0	27	88	3	79	30	7	26	34	1.85
27085083--27085178	45	2.1	45	82	3	113	22	16	16	43	1.87
27088297--27088336	20	2.0	20	85	4	55	0	22	12	65	1.26
27093552--27093614	23	2.7	23	97	0	117	46	33	4	15	1.67
27093552--27093669	23	4.6	26	84	7	113	45	33	5	16	1.69
27093566--27093672	28	4.0	29	82	11	122	45	30	4	18	1.70
27096887--27096927	21	2.0	21	85	0	55	26	26	17	29	1.97
27096958--27097026	30	2.3	31	82	7	79	20	10	20	49	1.77
27097175--27097256	41	2.0	41	100	0	164	21	12	26	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27101033--27101101	8	7.9	8	72	23	50	56	0	7	36	1.27
27101035--27101101	35	1.9	35	96	0	125	56	0	7	35	1.27
27101016--27101102	9	9.6	9	70	16	54	59	2	5	32	1.33
27101037--27101102	19	3.6	19	80	12	84	57	0	7	34	1.27
27103750--27103799	23	2.2	23	100	0	100	36	12	8	44	1.71
27109953--27109985	11	2.8	12	86	9	50	33	6	3	57	1.38
27118726--27118843	57	2.1	58	85	4	159	28	20	5	45	1.72
27119623--27119664	5	8.4	5	100	0	84	40	0	0	59	0.97
27119742--27119785	20	2.1	21	87	4	63	72	0	25	2	0.96
27122797--27122831	18	1.9	18	94	0	61	68	11	11	8	1.39
27123007--27123048	18	2.4	17	81	18	50	66	0	30	2	1.04
27123190--27123222	11	3.0	11	91	8	50	33	0	12	54	1.37
27124351--27124422	27	2.7	26	77	10	74	68	1	9	20	1.26
27124380--27124416	16	2.2	17	90	4	58	67	2	13	16	1.34
27124405--27124463	19	3.2	19	73	21	63	71	0	6	22	1.09
27124397--27124453	11	5.2	11	79	8	55	70	0	7	22	1.11
27124403--27124470	35	2.0	34	86	11	95	69	0	7	23	1.14
27124446--27124782	140	2.4	138	84	5	446	56	5	8	29	1.51
27126741--27126774	12	2.8	12	86	0	50	32	38	17	11	1.86
27130599--27130631	16	2.1	16	88	11	50	0	24	0	75	0.80
27130746--27130802	27	2.1	27	93	0	96	24	29	31	14	1.94
27131976--27132023	18	2.6	18	83	9	53	50	6	0	43	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27138727--27138783	17	3.4	17	72	13	55	57	14	0	28	1.37
27138886--27138915	16	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
27139155--27139218	10	6.5	10	72	16	53	35	3	1	59	1.23
27144974--27145035	32	2.0	30	87	6	88	40	6	1	51	1.37
27145125--27145181	9	6.1	9	73	15	53	29	1	3	64	1.20
27145130--27145183	18	2.9	18	81	13	65	31	1	3	62	1.23
27149985--27150028	23	2.0	22	81	4	52	54	0	11	34	1.36
27151960--27152166	47	4.2	47	82	7	209	32	28	14	23	1.94
27151942--27152166	93	2.3	98	81	9	246	32	28	15	24	1.95
27152066--27152167	53	1.9	53	88	4	152	32	27	14	25	1.95
27154190--27154239	11	4.9	10	80	9	57	68	10	18	4	1.34
27154254--27154280	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
27155026--27155086	30	2.0	30	100	0	122	27	16	13	42	1.85
27154983--27155122	75	1.9	75	89	0	217	22	17	15	44	1.86
27155296--27155478	18	10.2	18	78	7	174	35	12	14	37	1.84
27155284--27155579	18	16.1	18	72	8	139	35	11	15	37	1.84
27167412--27167456	21	2.1	21	84	8	56	33	4	24	37	1.76
27169921--27170071	68	2.2	67	85	3	205	25	23	15	35	1.94
27180716--27180754	18	2.0	20	85	14	55	5	10	0	84	0.76
27180719--27180762	19	2.4	18	85	7	61	4	13	0	81	0.83
27181426--27181482	22	2.5	22	80	11	53	29	8	0	61	1.26
27181686--27181728	3	14.7	3	80	4	52	32	0	4	62	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27181844--27181887	23	1.9	23	85	0	61	45	9	2	43	1.48
27182019--27182071	26	2.0	27	85	3	72	26	7	3	62	1.39
27182997--27183034	15	2.5	16	83	12	53	13	0	18	68	1.21
27190991--27191100	50	2.2	50	83	0	130	31	18	29	20	1.96
27191004--27191107	25	4.2	25	88	0	136	32	16	30	20	1.94
27193525--27193557	13	2.5	13	95	0	57	27	36	9	27	1.87
27209570--27209656	41	2.1	41	85	4	113	39	2	11	47	1.53
27211443--27211496	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
27211434--27211567	52	2.7	49	75	15	114	55	4	7	32	1.47
27212162--27212257	25	3.8	25	71	22	67	38	0	4	57	1.18
27212455--27212492	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
27214383--27214557	46	3.7	46	89	7	278	36	13	25	24	1.93
27214525--27214590	33	2.0	33	96	0	123	37	12	22	27	1.90
27214488--27214636	79	1.9	79	91	0	244	38	13	24	22	1.90
27214560--27214684	46	2.7	46	85	2	162	43	12	23	21	1.86
27214428--27214682	130	2.0	127	87	5	363	39	13	24	23	1.90
27215328--27215358	15	2.1	15	93	0	53	61	0	6	32	1.21
27216385--27216449	9	7.0	9	75	13	60	33	3	1	61	1.21
27216385--27216449	19	3.5	18	75	12	60	33	3	1	61	1.21
27216377--27216434	28	2.1	27	84	9	73	36	5	0	58	1.20
27219922--27219973	27	1.9	27	84	0	68	76	1	11	9	1.09
27219927--27219982	14	4.0	14	77	15	53	75	1	12	10	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27220542--27220650	53	2.1	53	91	0	173	22	21	16	39	1.92
27229316--27229355	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
27233931--27234023	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
27234045--27234084	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
27237055--27237129	39	1.9	39	88	0	114	18	9	18	53	1.71
27238720--27238777	30	1.9	30	86	6	82	37	6	6	48	1.57
27242203--27242282	29	2.8	29	90	0	124	53	8	12	25	1.66
27245136--27245173	14	2.8	14	84	4	51	36	0	13	50	1.42
27250420--27250455	15	2.4	15	90	0	54	25	19	16	38	1.92
27252919--27252990	36	2.0	36	94	0	126	25	0	45	29	1.53
27256199--27256296	48	2.0	48	100	0	196	52	11	8	28	1.66
27279513--27279578	32	2.1	32	100	0	132	30	12	9	48	1.71
27279616--27279790	86	2.0	86	93	0	296	20	24	13	42	1.87
27286891--27286942	27	1.9	27	84	0	68	40	13	5	40	1.68
27297623--27297653	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
27297675--27297707	17	1.9	17	88	11	50	27	0	3	69	1.03
27297688--27297748	30	2.0	30	90	0	95	27	6	11	54	1.61
27299437--27299475	11	3.5	11	82	0	51	20	2	7	69	1.26
27302996--27303030	18	1.9	18	88	0	52	42	0	14	42	1.45
27308343--27308394	22	2.4	22	74	6	52	32	15	15	36	1.89
27311154--27311192	20	2.0	20	85	10	53	58	0	7	33	1.26
27313043--27313082	17	2.3	18	83	16	57	67	2	0	30	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27313050--27313082	17	2.0	17	94	5	59	66	0	0	33	0.92
27314500--27314569	19	3.5	20	71	11	54	52	5	1	40	1.34
27322131--27322171	20	2.0	20	95	0	73	26	17	9	46	1.79
27322523--27322557	17	2.1	17	89	10	54	57	2	0	40	1.14
27323588--27323619	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
27335120--27335185	33	2.0	33	93	0	114	45	12	25	16	1.82
27337986--27338015	14	2.1	14	93	0	51	26	26	0	46	1.53
27338951--27338979	6	4.8	6	100	0	58	48	17	34	0	1.47
27339332--27339418	43	2.0	43	95	0	156	27	6	20	44	1.77
27343103--27343171	31	2.2	32	80	10	81	40	20	8	30	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318