genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91656616--91656696	22	3.5	22	76	8	65	66	8	4	19	1.37
91656720--91656768	15	3.2	16	78	18	59	57	0	10	32	1.32
91656929--91656968	21	1.9	21	85	10	55	47	17	20	15	1.83
91662665--91662941	50	5.5	50	90	0	428	36	16	21	25	1.94
91662665--91662941	100	2.8	100	94	0	473	36	16	21	25	1.94
91662962--91663131	49	3.7	48	83	7	194	29	14	25	30	1.95
91663011--91663174	42	3.7	43	82	9	172	29	14	26	29	1.95
91663824--91663874	23	2.2	23	100	0	102	43	7	15	33	1.76
91665428--91665459	2	16.0	2	93	0	55	0	53	0	46	1.00
91669146--91669195	20	2.6	19	77	3	55	56	0	6	38	1.24
91669367--91669427	10	6.4	10	74	9	56	32	1	1	63	1.13
91669384--91669426	19	2.3	19	88	11	63	37	2	0	60	1.10
91669385--91669427	18	2.2	20	92	8	72	34	2	0	62	1.08
91669544--91669763	93	2.4	89	85	8	302	39	6	14	40	1.71
91671071--91671267	98	2.0	98	87	0	286	24	21	12	41	1.88
91676435--91676559	44	2.9	42	76	13	130	27	17	25	29	1.98
91685767--91685792	6	4.3	6	100	0	52	19	0	0	80	0.71
91686616--91686643	11	2.5	11	100	0	56	21	14	35	28	1.92
91689581--91689620	8	4.8	8	82	11	53	87	2	0	10	0.63
91689583--91689621	13	3.0	13	82	10	53	84	2	0	12	0.72
91690205--91690259	13	4.5	13	77	13	71	40	0	10	49	1.38
91690219--91690271	23	2.3	23	86	3	70	45	0	11	43	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91695261--91695331	36	2.0	36	100	0	142	50	5	9	33	1.59
91698707--91698812	53	2.0	53	96	0	194	39	16	9	34	1.80
91703665--91703706	14	2.9	14	89	3	57	47	0	4	47	1.23
91704300--91704415	34	3.4	34	74	7	119	47	18	7	26	1.75
91704333--91704444	33	3.4	33	71	7	118	43	17	8	30	1.78
91704300--91704444	67	2.2	67	97	0	272	45	18	7	28	1.77
91709317--91709358	21	2.0	20	86	4	57	66	0	4	28	1.12
91709331--91709368	15	2.5	15	87	8	51	73	0	0	26	0.83
91714578--91714603	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
91714684--91714890	41	5.1	41	82	2	265	35	23	21	19	1.96
91715382--91715439	14	4.1	14	75	4	55	18	0	46	34	1.50
91715597--91715623	14	1.9	14	100	0	54	22	0	33	44	1.53
91715646--91715688	15	3.0	15	80	10	54	20	0	32	46	1.51
91715641--91715683	22	2.0	22	81	9	52	23	0	30	46	1.52
91716246--91716318	8	8.8	8	75	14	51	67	4	0	28	1.09
91717943--91718214	138	2.0	138	94	1	474	26	9	14	48	1.74
91719258--91719340	43	1.9	43	95	0	148	20	22	33	22	1.97
91721238--91721284	23	2.0	23	84	12	60	31	2	4	61	1.27
91721463--91721519	17	3.3	17	97	2	105	66	26	0	7	1.17
91721569--91721593	8	3.1	8	100	0	50	24	52	12	12	1.72
91721851--91721904	21	2.5	21	96	3	99	0	7	11	81	0.87
91723569--91723604	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91732046--91732210	71	2.3	70	86	5	224	23	15	20	41	1.89
91732466--91732499	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
91732144--91732753	140	4.5	140	91	6	1006	24	16	21	37	1.93
91732479--91732742	126	2.1	127	95	4	480	25	15	21	37	1.93
91732674--91732896	72	3.0	72	83	12	274	30	16	19	34	1.93
91732850--91732944	48	2.0	49	95	2	174	30	15	21	32	1.94
91732778--91733016	120	2.0	121	94	0	426	30	16	18	33	1.93
91732899--91733249	77	4.7	75	87	6	439	31	16	19	32	1.94
91732724--91733093	197	1.9	193	87	6	546	32	15	17	34	1.92
91733264--91733624	79	4.5	75	75	13	240	29	16	19	34	1.93
91733024--91733831	241	3.3	241	82	9	873	29	16	19	35	1.93
91733420--91733880	87	5.4	86	70	14	294	28	14	19	37	1.92
91734485--91734542	26	2.3	26	90	3	91	77	15	1	5	1.02
91734496--91734567	32	2.3	30	80	4	90	70	22	2	4	1.17
91737131--91737180	15	3.3	15	83	13	66	66	0	0	34	0.92
91737043--91737187	23	6.2	23	70	25	101	61	0	1	37	1.05
91737060--91737203	77	1.9	78	82	10	188	62	0	1	36	1.04
91737177--91737201	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
91737045--91737188	8	17.4	8	73	17	100	61	0	1	36	1.05
91737045--91737200	9	17.3	9	75	16	105	62	0	1	35	1.03
91746518--91746578	29	2.2	29	85	5	81	32	3	0	63	1.10
91752261--91752321	8	6.3	10	82	16	51	75	11	0	13	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91752271--91752323	17	3.1	17	82	17	65	77	11	0	11	1.00
91752286--91752323	8	4.6	8	96	3	67	78	10	0	10	0.95
91752255--91752300	12	4.0	12	77	8	51	78	8	0	13	0.97
91753550--91753653	44	2.3	45	75	6	104	30	17	23	28	1.97
91754085--91754190	44	2.4	44	80	4	115	30	16	21	32	1.95
91753570--91754272	177	4.0	177	86	0	931	30	17	24	28	1.97
91755902--91755936	15	2.3	15	85	0	52	40	2	0	57	1.14
91758607--91758692	23	3.7	23	75	18	88	30	3	5	60	1.37
91758900--91759069	25	6.9	24	71	14	116	34	7	4	53	1.50
91758945--91759206	26	10.0	26	69	16	123	34	5	5	54	1.47
91759128--91759167	21	2.0	21	90	5	64	35	10	2	52	1.48
91764142--91764195	22	2.4	23	81	6	74	24	22	3	50	1.65
91764174--91764198	4	6.2	4	100	0	50	24	24	0	52	1.48
91767611--91767796	50	3.7	50	88	0	273	20	30	22	26	1.98
91767891--91767921	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
91775103--91775492	73	5.1	75	80	11	416	29	15	20	34	1.93
91775272--91775535	73	3.5	75	84	4	316	30	14	19	35	1.92
91776575--91776625	15	3.3	15	73	15	50	29	1	0	68	1.00
91776587--91776627	22	2.0	20	90	9	64	31	2	0	65	1.05
91776756--91777367	22	26.3	23	66	23	135	34	5	4	55	1.43
91776756--91776855	25	4.2	24	77	16	93	34	4	4	58	1.36
91776770--91776957	65	2.8	66	75	18	160	32	3	5	59	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91777126--91777240	25	4.6	25	81	8	110	34	5	5	54	1.45
91777294--91777337	20	2.1	21	87	4	63	38	4	2	54	1.33
91777263--91777368	47	2.3	46	81	12	119	34	3	3	57	1.35
91777175--91777367	70	2.7	70	70	18	159	34	3	5	55	1.41
91782981--91783054	16	4.6	15	72	20	51	62	5	4	28	1.36
91783946--91783987	22	1.9	22	85	0	57	59	9	7	23	1.53
91789085--91789143	29	2.0	29	90	0	91	37	11	6	44	1.68
91793124--91793157	14	2.4	14	95	5	59	32	0	0	67	0.91
91798468--91798533	13	5.1	13	81	0	78	34	22	9	33	1.86
91806151--91806182	16	2.0	16	100	0	64	18	0	12	68	1.20
91806561--91806642	36	2.3	36	82	4	94	25	7	21	45	1.78
91806563--91806642	18	4.4	18	76	6	81	26	7	21	45	1.78
91807277--91807350	17	4.4	17	75	0	67	28	10	17	43	1.83
91807279--91807387	51	2.1	51	86	3	148	31	9	16	43	1.79
91809509--91809573	31	2.1	31	97	0	121	26	9	16	47	1.77
91816547--91816612	14	4.6	14	83	10	80	27	6	1	65	1.25
91816539--91816600	30	2.1	29	93	3	106	29	4	3	62	1.31
91816535--91816599	29	2.3	28	87	10	96	30	4	3	61	1.31
91816714--91816744	16	1.9	16	93	0	53	48	6	0	45	1.28
91817791--91817852	16	3.9	16	72	8	54	58	1	11	29	1.42
91817790--91817860	32	2.2	33	80	12	85	53	4	11	30	1.55
91818019--91818153	59	2.3	59	85	2	191	48	1	2	47	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91828815--91828855	17	2.3	18	91	4	66	46	2	2	48	1.28
91830228--91830267	21	2.0	20	85	5	53	50	12	5	32	1.62
91836811--91836854	22	2.0	22	82	8	54	59	2	0	38	1.10
91836807--91836846	19	2.0	19	85	9	53	55	2	0	42	1.13
91838753--91838804	28	1.9	26	88	7	77	71	3	0	25	1.03
91838827--91838867	21	1.9	22	90	5	66	29	14	4	51	1.63
91841449--91841533	35	2.4	35	92	0	143	18	22	24	34	1.96
91846202--91846228	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
91851000--91851042	22	2.0	22	100	0	86	34	23	9	32	1.87
91854333--91854382	11	4.7	11	78	9	59	32	2	0	66	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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