genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  2  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287922--288034	35	3.3	35	64	16	92	42	5	13	38	1.67
287920--288053	67	2.0	67	94	0	232	44	6	12	36	1.69
290633--290724	26	3.8	24	72	19	75	65	4	0	30	1.12
320269--320301	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
320633--320678	23	2.1	21	88	8	65	50	0	2	47	1.13
321007--321063	30	2.0	28	83	13	71	38	1	21	38	1.64
322465--322511	21	2.2	22	81	11	62	10	2	29	57	1.44
322475--322511	11	3.5	11	79	20	51	8	0	32	59	1.27
323561--323809	41	6.1	40	87	2	284	35	21	22	21	1.96
323561--323810	81	3.1	81	83	4	315	35	21	22	21	1.96
323980--324009	7	4.3	7	95	0	51	23	0	33	43	1.54
324278--324321	21	2.1	21	83	8	54	36	0	36	27	1.57
324325--324435	7	15.3	7	71	9	62	18	0	36	43	1.57
324537--324589	17	3.1	17	78	10	54	50	3	3	41	1.38
324787--324837	13	3.6	14	81	7	59	60	0	0	39	0.97
331936--332159	93	2.4	92	85	2	288	20	25	15	39	1.91
331936--332159	46	4.8	46	88	1	288	20	25	15	39	1.91
334282--334333	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
335610--336126	45	11.6	45	71	9	272	26	22	20	30	1.98
335841--335995	43	3.6	42	75	7	157	26	22	21	29	1.99
335754--336042	88	3.3	88	85	1	346	26	21	20	31	1.98
340258--340320	29	2.2	29	91	0	99	33	4	30	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
340655--340860	55	3.8	52	77	11	200	34	17	26	20	1.95
351430--351546	25	4.7	25	84	8	114	36	18	23	20	1.95
351430--351546	50	2.3	50	82	8	132	36	18	23	20	1.95
359693--359753	30	2.0	30	87	0	86	34	3	26	36	1.73
360091--360296	55	3.8	53	76	10	193	34	17	26	20	1.95
361524--361557	12	2.6	13	90	9	52	41	38	5	14	1.70
361607--361669	22	2.9	22	92	4	101	36	47	0	15	1.46
361625--361693	13	5.9	13	71	28	66	36	50	0	13	1.41
362081--362174	3	31.3	3	70	19	56	28	4	1	65	1.18
362081--362178	18	5.6	18	76	15	82	29	4	1	65	1.18
362379--362441	16	3.5	19	75	16	62	33	0	6	60	1.22
364391--364525	35	3.7	37	77	10	143	32	9	22	35	1.86
371289--371423	35	3.7	37	77	12	136	33	10	22	34	1.88
374909--375085	50	3.5	50	92	3	293	33	16	24	25	1.95
375061--375209	31	4.8	31	90	3	228	26	19	26	26	1.99
375229--375349	47	2.6	46	85	1	143	28	15	25	29	1.96
375328--375435	42	2.6	42	82	7	121	32	15	24	27	1.95
380753--380778	6	4.3	6	100	0	52	34	0	34	30	1.58
383656--383748	18	5.2	18	85	0	132	29	23	15	32	1.95
389579--389653	29	2.6	29	73	2	78	56	10	4	29	1.52
405290--405344	24	2.3	23	78	9	65	58	5	1	34	1.32
414583--414612	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
418683--418774	48	1.9	48	95	0	166	19	30	8	41	1.82
427343--427375	14	2.4	14	100	0	66	27	21	21	30	1.98
427402--427431	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
427619--427659	19	2.0	19	86	13	55	43	4	2	48	1.37
429453--429510	21	2.8	21	77	15	57	17	37	36	8	1.80
430322--430522	103	2.0	99	88	7	300	36	11	1	49	1.49
430510--430573	30	2.0	32	82	8	78	56	3	0	40	1.15
443793--443836	21	2.0	23	82	8	56	56	4	0	38	1.20
447257--447318	28	2.1	29	82	11	74	58	3	0	38	1.15
448700--448752	20	2.7	19	80	8	52	47	1	1	49	1.23
449134--449202	31	2.2	31	84	5	95	55	7	17	20	1.65
455061--455236	46	3.8	45	77	14	162	29	29	19	21	1.98
455070--455240	93	1.8	93	89	0	270	28	29	19	21	1.98
457481--457530	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
457492--457539	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
464725--464804	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
464776--465050	43	6.4	43	88	0	374	13	22	32	30	1.93
465367--465493	45	2.9	44	79	10	136	24	22	27	25	2.00
468725--468998	46	6.0	46	93	0	424	22	23	14	39	1.91
469801--469832	16	2.0	16	93	0	55	28	18	6	46	1.73
479009--479053	13	3.5	13	85	11	58	73	2	0	24	0.95
480105--480160	21	2.7	21	94	5	96	28	8	33	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
480124--480170	21	2.4	19	86	10	60	29	10	36	23	1.89
480377--480459	18	4.8	18	68	24	70	49	3	2	44	1.32
484122--484171	25	2.0	25	100	0	100	20	16	4	60	1.52
485938--485964	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
491104--491151	25	1.9	25	95	0	87	29	14	12	43	1.82
493527--493552	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78
503601--503646	20	2.3	20	85	10	60	43	2	0	54	1.12
505137--505163	13	2.1	13	100	0	54	0	7	0	92	0.38
506988--507074	18	4.7	18	70	13	61	55	3	3	37	1.34
527456--527502	19	2.5	19	82	0	58	65	0	23	10	1.23
530422--530567	42	3.5	42	77	12	172	23	20	26	29	1.99
530392--530567	42	4.1	42	74	13	146	25	19	25	28	1.99
530392--530567	85	2.1	85	92	0	289	25	19	25	28	1.99
532336--532360	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
542514--542752	41	5.8	41	87	6	290	27	24	20	27	1.99
542514--542742	123	1.9	122	85	7	320	27	24	19	27	1.99
549714--549910	41	4.8	41	93	5	326	29	20	21	27	1.98
550125--550188	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
550132--550205	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
551191--551285	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
551205--551288	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
553809--553842	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
553831--553881	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
554031--554067	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
554629--554662	16	2.1	16	88	0	50	29	14	5	50	1.67
555625--555668	23	2.0	22	86	4	61	77	2	9	11	1.08
556654--556718	23	2.8	23	97	2	121	7	7	40	44	1.62
562599--562651	20	2.7	20	85	8	65	41	0	5	52	1.25
563624--563670	25	1.9	24	86	4	67	46	0	4	48	1.21
566342--566511	53	3.2	53	82	8	211	24	25	17	32	1.97
567447--567805	183	2.0	183	94	0	628	35	8	22	33	1.85
568447--568479	8	4.0	8	96	4	57	84	0	3	12	0.72
570404--570450	23	2.0	23	100	0	94	40	8	8	42	1.66
574618--574666	15	3.3	14	86	11	62	77	0	22	0	0.77
574630--574666	5	7.4	5	88	11	58	78	0	21	0	0.75
590405--590605	106	1.9	106	95	0	366	29	19	19	30	1.97
598135--598290	54	2.8	54	85	7	183	38	19	17	23	1.93
603255--603295	15	2.6	16	92	7	66	34	14	0	51	1.43
604782--604818	15	2.6	14	83	8	56	62	0	0	37	0.96
606818--606944	58	2.3	58	82	9	149	43	6	3	46	1.47
610097--610146	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
614737--614786	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
621176--621230	28	2.0	28	85	7	76	41	3	5	49	1.43
626923--626980	22	2.6	22	80	17	59	60	1	0	37	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
626932--626970	20	2.0	20	84	0	51	61	2	0	35	1.10
626936--626980	23	2.0	22	86	4	63	57	2	0	40	1.11
628812--628845	16	2.1	17	88	5	52	11	0	8	79	0.94
629008--629041	17	2.0	17	94	0	59	61	2	5	29	1.34
630236--630358	45	2.8	45	81	8	144	33	11	13	42	1.79
645917--645985	32	2.2	32	94	2	122	26	2	23	47	1.65
653616--653640	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
655366--655452	30	3.0	28	73	18	79	59	1	1	37	1.12
656875--656915	19	2.2	19	86	8	57	51	2	0	46	1.14
665924--665976	16	3.4	16	76	23	60	50	5	0	43	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318