genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19092282--19092499	54	4.1	55	86	8	306	37	16	16	29	1.91
19092478--19092512	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
19092601--19092848	85	2.8	87	81	10	299	36	18	18	26	1.94
19092761--19092794	16	2.1	16	88	0	50	64	5	11	17	1.45
19092601--19092855	91	2.9	88	82	9	315	36	18	18	26	1.93
19092900--19093045	73	2.0	73	89	0	220	32	19	13	33	1.91
19092868--19093063	73	2.7	71	81	9	211	36	19	13	30	1.90
19093325--19093551	122	1.9	122	84	3	305	34	21	14	30	1.92
19092813--19093621	191	4.2	193	97	0	1516	35	20	13	29	1.92
19092813--19093621	384	2.1	385	97	1	1514	35	20	13	29	1.92
19101540--19101646	56	1.9	57	88	1	162	43	8	12	35	1.72
19101610--19101705	17	5.6	17	75	8	97	44	14	10	30	1.79
19101617--19101715	17	6.0	16	73	11	76	44	15	11	29	1.80
19101649--19101723	34	2.2	34	92	0	123	44	16	10	29	1.81
19101610--19101723	51	2.2	50	80	6	113	43	14	10	30	1.80
19101650--19101731	17	4.9	17	77	2	78	42	14	8	34	1.76
19101744--19102118	17	20.6	17	66	13	90	41	10	13	34	1.78
19101865--19101926	19	3.3	18	78	13	54	35	9	11	43	1.73
19101873--19101981	57	1.9	56	83	7	141	35	11	11	40	1.79
19101756--19101950	35	5.5	35	73	10	135	40	11	12	35	1.79
19101850--19102061	38	5.7	38	73	13	140	40	10	12	37	1.77
19101865--19102036	94	1.8	94	85	5	240	37	9	12	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19101928--19102108	38	4.8	37	74	10	136	40	9	13	35	1.78
19102039--19102130	34	2.7	34	83	5	105	45	8	17	28	1.78
19102270--19102319	17	2.9	17	85	8	66	70	2	0	28	0.99
19102447--19102520	11	6.8	11	75	17	66	0	20	0	79	0.73
19102447--19102523	20	3.9	20	76	17	72	0	20	0	79	0.74
19102796--19102855	24	2.5	24	86	7	79	0	33	0	66	0.92
19102784--19102855	3	24.0	3	78	16	62	0	30	0	69	0.89
19102807--19102855	13	3.9	13	75	24	52	0	36	0	63	0.95
19102824--19102852	10	2.9	10	100	0	58	0	37	0	62	0.96
19103227--19103343	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
19103242--19103343	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
19109925--19110006	37	2.2	37	91	0	128	40	15	8	35	1.78
19110049--19110124	33	2.3	33	97	0	143	43	15	5	35	1.70
19113146--19114134	121	8.2	121	95	1	1722	43	4	5	46	1.45
19114083--19114117	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19114282--19114372	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
19114353--19114421	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
19114353--19114421	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
19123213--19123243	6	5.2	6	96	0	53	3	16	48	32	1.62
19124186--19124246	27	2.3	27	97	2	115	40	18	18	22	1.91
19127115--19127175	28	2.2	28	96	0	113	40	8	4	45	1.55
19127981--19128021	15	2.5	17	84	7	50	26	4	0	68	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19130079--19130130	26	2.0	25	82	10	61	59	17	0	23	1.37
19131199--19131268	36	1.9	36	82	5	88	57	4	4	34	1.38
19135298--19135336	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
19137202--19137377	46	3.8	45	80	10	203	20	21	30	28	1.98
19137200--19137370	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
19139717--19139835	57	2.1	57	100	0	238	44	8	15	31	1.77
19153095--19153202	44	2.5	42	83	7	137	31	29	18	20	1.96
19154371--19154433	13	4.6	13	74	18	56	36	4	0	58	1.19
19154383--19154439	20	2.9	20	77	12	64	42	3	0	54	1.17
19154744--19154768	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
19154727--19154767	9	4.7	9	82	11	50	75	0	4	19	0.98
19157426--19157470	23	2.0	23	81	0	54	46	4	20	28	1.69
19158944--19158985	17	2.4	18	88	4	59	59	9	2	28	1.41
19161271--19161300	14	2.1	14	100	0	60	6	13	46	33	1.69
19166397--19166426	14	2.1	14	100	0	60	6	13	46	33	1.69
19175603--19175631	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
19176394--19176504	47	2.4	47	83	6	145	26	16	22	35	1.95
19184170--19184232	32	2.0	32	84	6	83	33	3	1	61	1.21
19184338--19184403	33	2.0	33	93	0	114	51	9	1	37	1.43
19184347--19184428	33	2.5	33	83	13	100	51	8	3	36	1.50
19185275--19185355	38	2.2	38	88	4	121	22	9	24	43	1.83
19186083--19186118	17	2.1	17	100	0	72	41	16	0	41	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19186095--19186451	188	1.9	188	98	0	696	27	16	19	35	1.94
19186452--19186478	2	13.5	2	100	0	54	48	51	0	0	1.00
19186482--19186540	28	2.1	28	87	3	84	54	15	5	25	1.61
19187453--19187557	39	2.7	39	82	5	140	35	12	10	41	1.77
19187980--19188015	9	3.8	9	86	13	54	0	16	0	83	0.65
19190496--19190557	20	3.1	20	100	0	124	30	9	16	43	1.80
19192574--19192623	15	3.3	15	82	0	64	38	34	10	18	1.84
19192838--19193004	89	1.9	89	96	0	307	39	14	14	31	1.87
19192961--19193085	48	2.6	48	93	0	205	44	18	15	22	1.87
19193155--19193214	6	10.0	6	83	0	57	58	15	6	20	1.59
19193234--19193353	6	19.7	6	73	11	84	60	16	4	18	1.51
19193225--19193303	18	4.1	18	77	17	86	59	12	7	20	1.57
19193234--19193291	24	2.4	24	94	0	98	63	13	5	17	1.47
19193234--19193303	24	2.9	24	89	0	95	61	12	7	18	1.54
19193258--19193375	62	1.9	62	94	0	209	57	17	5	19	1.58
19200759--19200845	31	2.9	29	75	11	86	21	20	20	36	1.95
19201899--19201961	31	2.1	31	93	3	110	50	7	15	25	1.71
19204240--19204274	3	11.7	3	93	0	61	65	2	31	0	1.07
19205599--19205631	10	3.2	11	87	12	52	24	0	6	69	1.10
19212958--19213004	17	2.7	19	78	21	59	63	2	0	34	1.06
19213063--19213146	41	2.0	41	100	0	168	25	23	2	48	1.63
19213974--19214034	32	1.9	32	89	0	95	45	6	8	39	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19217599--19217649	22	2.2	24	82	6	61	66	0	0	33	0.92
19218714--19218806	29	3.1	29	76	7	89	40	2	3	53	1.29
19219567--19219610	16	2.8	15	86	13	54	63	0	2	34	1.07
19231754--19231881	43	3.0	43	77	11	143	30	28	17	22	1.97
19236692--19236721	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
19240064--19240093	15	2.1	15	93	6	53	86	0	0	13	0.57
19240064--19240093	7	4.1	7	91	8	51	86	0	0	13	0.57
19244651--19244685	17	2.1	17	89	10	54	25	2	0	71	1.00
19245210--19245263	15	3.7	15	85	2	56	48	1	14	35	1.55
19246371--19246438	34	2.0	34	100	0	136	29	11	26	32	1.92
19246640--19246664	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
19251907--19251949	14	3.0	14	79	3	50	55	6	0	37	1.27
19252364--19252481	61	1.9	62	87	5	177	54	1	5	38	1.35
19252878--19252915	20	1.9	20	84	10	51	39	5	0	55	1.23
19255249--19255274	12	2.2	12	100	0	52	73	0	26	0	0.84
19258779--19258837	30	2.0	30	90	3	93	38	3	11	45	1.58
19264586--19264624	20	2.0	20	89	0	60	46	0	0	53	1.00
19282118--19282152	17	2.1	17	89	10	54	31	0	0	68	0.90
19282198--19282231	12	2.8	12	90	0	50	29	0	11	58	1.33
19289218--19289247	13	2.2	14	94	5	53	40	3	13	43	1.60
19292157--19292208	20	2.6	20	84	0	77	21	32	30	15	1.94
19293855--19293990	56	2.4	56	92	0	227	27	15	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19295159--19295259	39	2.6	39	90	0	148	37	22	25	13	1.92
19295177--19295241	20	3.2	21	69	20	57	40	20	26	13	1.89
19296867--19296902	18	1.9	19	88	5	56	41	0	22	36	1.54
19298774--19298820	22	2.1	23	88	4	69	76	0	19	4	0.95
19300797--19301011	46	4.7	46	92	1	324	40	13	23	21	1.89
19302894--19302942	24	2.0	24	100	0	98	34	32	12	20	1.90
19308487--19308533	24	2.0	24	87	8	69	36	14	14	34	1.88
19316309--19316441	66	2.0	66	86	0	185	23	33	18	24	1.97
19316385--19316586	45	4.5	45	89	1	289	25	25	24	25	2.00
19318865--19318901	18	2.1	18	100	0	74	10	16	16	56	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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