genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85433339--85433878	179	3.0	176	79	9	508	26	16	18	37	1.92
85433993--85434034	21	2.0	21	90	0	66	33	9	28	28	1.88
85440694--85440747	14	3.9	13	80	20	65	42	3	3	50	1.38
85440697--85440748	13	3.9	12	79	18	50	42	3	3	50	1.39
85451661--85451702	11	3.8	11	87	0	57	54	42	2	0	1.13
85451661--85451702	22	1.9	22	95	0	75	54	42	2	0	1.13
85452234--85452287	28	1.9	28	88	0	81	20	24	0	55	1.43
85457812--85457856	23	2.0	23	86	0	63	2	31	8	57	1.41
85457819--85457968	66	2.3	66	94	2	257	3	26	8	62	1.38
85457835--85457975	38	4.0	38	73	20	133	4	26	9	60	1.46
85457819--85457994	66	2.7	66	85	3	167	4	25	10	60	1.48
85459879--85459926	21	2.3	21	88	0	78	22	25	25	27	2.00
85462304--85462440	41	3.4	39	73	18	118	42	1	2	54	1.21
85462332--85462390	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
85462371--85462439	22	3.3	22	69	22	67	43	2	0	53	1.15
85462240--85462416	70	2.6	69	85	7	195	41	0	2	55	1.19
85462393--85462436	17	2.6	17	83	16	56	43	4	0	52	1.22
85462247--85462456	18	12.6	17	64	22	63	43	0	2	53	1.20
85462684--85462751	16	4.2	16	90	0	109	35	35	1	27	1.66
85470134--85470234	50	2.0	50	94	1	177	58	10	1	28	1.43
85472143--85472407	46	5.7	46	74	14	222	28	17	29	24	1.97
85478698--85478737	20	2.0	20	100	0	80	20	25	25	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85479302--85479348	25	1.9	25	86	4	69	46	23	4	25	1.70
85482848--85482883	9	3.8	9	86	13	54	25	0	2	72	0.98
85482845--85482883	20	2.0	20	95	5	71	25	0	2	71	0.98
85491026--85491080	27	2.0	27	96	0	101	40	43	3	12	1.60
85492302--85492347	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
85496638--85496746	3	36.0	3	86	1	83	55	1	10	33	1.44
85505522--85505572	22	2.4	22	80	6	61	37	0	0	62	0.95
85505654--85505715	22	3.0	21	79	9	63	48	0	0	51	1.00
85506856--85506918	30	2.1	30	81	0	72	19	23	33	23	1.97
85508239--85508290	27	1.9	27	84	7	70	32	17	0	50	1.47
85519051--85519091	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
85525330--85525370	13	3.0	13	85	7	55	60	17	12	9	1.57
85526380--85526436	3	18.7	3	78	10	62	31	5	0	63	1.17
85526363--85526431	12	5.8	12	76	17	63	34	5	0	59	1.21
85526539--85526679	61	2.3	60	85	11	189	23	7	1	67	1.25
85528641--85528677	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
85530828--85531101	46	6.0	46	87	1	336	39	14	24	21	1.91
85530827--85531101	92	3.0	92	88	1	390	39	14	24	21	1.91
85530843--85531106	138	1.9	138	86	3	379	39	15	23	21	1.91
85532471--85532533	16	3.9	16	80	0	81	41	6	22	30	1.78
85537269--85537311	22	2.0	22	81	9	52	27	2	6	62	1.33
85538055--85538079	11	2.3	11	100	0	50	0	0	8	92	0.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85562341--85562399	31	1.9	30	82	3	73	32	5	6	55	1.48
85562151--85562420	150	1.8	147	83	7	359	37	3	9	49	1.52
85562144--85562453	150	2.1	146	77	13	325	40	3	9	47	1.53
85563018--85563052	16	2.2	16	90	10	54	20	2	5	71	1.19
85566070--85566121	26	2.0	26	100	0	104	38	7	7	46	1.61
85569964--85570104	46	3.0	46	74	12	128	29	27	19	23	1.98
85572487--85572527	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
85572489--85572536	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
85575890--85575980	45	2.0	45	93	0	155	40	13	23	23	1.89
85577752--85577949	96	2.1	96	99	0	387	33	14	24	27	1.94
85586294--85586330	3	12.7	3	94	5	67	67	0	0	32	0.91
85586298--85586326	14	2.1	14	100	0	58	65	0	0	34	0.93
85586295--85586329	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
85591825--85591874	19	2.6	19	81	6	57	74	2	2	22	1.03
85619278--85619302	12	2.1	12	100	0	50	16	16	24	44	1.86
85626097--85626373	147	1.9	147	100	0	554	18	31	16	33	1.93
85627273--85627312	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
85627238--85627304	34	1.9	35	87	3	100	44	13	10	31	1.77
85630720--85630754	18	2.0	18	88	5	54	48	8	11	31	1.69
85643869--85643915	22	2.1	22	100	0	94	40	4	0	55	1.19
85644062--85644091	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
85646876--85646916	10	3.9	10	81	12	55	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85646879--85646926	22	2.2	22	92	7	80	37	0	0	62	0.95
85648038--85648075	20	1.9	20	100	0	76	39	13	5	42	1.66
85648114--85648194	23	3.5	23	89	3	119	37	18	13	30	1.90
85650981--85651028	21	2.3	21	96	0	87	25	18	56	0	1.42
85651330--85651615	43	6.5	43	84	6	308	30	19	21	29	1.98
85654538--85654749	107	2.0	108	96	0	390	30	11	15	42	1.81
85657197--85657237	20	2.0	20	95	0	73	41	14	2	41	1.59
85657760--85657809	25	2.0	24	88	3	73	36	20	2	42	1.63
85660184--85660215	14	2.3	14	100	0	64	43	28	6	21	1.77
85662096--85662174	14	5.6	13	74	22	63	25	6	1	67	1.22
85663547--85663654	26	4.2	26	95	0	180	33	7	23	36	1.83
85670624--85670664	10	4.1	10	77	22	50	48	2	9	39	1.49
85670624--85670664	20	2.0	20	86	9	57	48	2	9	39	1.49
85670878--85670916	20	2.0	20	89	0	60	35	2	25	35	1.70
85671333--85671395	20	3.0	21	78	21	69	33	3	4	58	1.35
85671822--85671880	29	2.1	29	84	9	77	20	50	0	28	1.48
85672177--85672248	35	2.1	35	89	0	108	31	6	18	43	1.76
85674808--85674843	16	2.2	16	90	0	54	38	27	2	30	1.71
85674865--85674938	32	2.3	32	83	0	94	41	18	9	29	1.82
85676061--85676220	43	3.7	43	78	2	178	28	30	16	24	1.97
85676068--85676232	86	1.9	87	82	1	206	29	29	14	26	1.95
85676850--85676896	24	2.0	24	95	0	85	8	31	8	51	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85679970--85680003	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
85680425--85680464	14	2.9	14	88	0	53	60	30	0	10	1.30
85681164--85681271	41	2.6	41	95	0	189	26	30	20	22	1.98
85681244--85681325	41	2.0	40	88	2	119	21	23	20	34	1.97
85685605--85685789	79	2.3	80	80	8	207	25	27	22	24	2.00
85685586--85685789	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
85693674--85693855	39	4.6	39	80	9	183	25	28	22	23	1.99
85693674--85693857	40	4.6	41	80	9	195	25	28	22	23	1.99
85693674--85693857	79	2.3	80	79	9	198	25	28	22	23	1.99
85699448--85699713	46	5.7	46	71	15	215	28	27	19	23	1.98
85699455--85699763	93	3.3	93	93	0	519	28	27	19	23	1.99
85699502--85699767	47	5.7	46	73	8	252	28	27	19	24	1.99
85700747--85701332	294	2.0	294	95	0	1057	36	19	9	34	1.85
85701559--85701711	51	3.0	51	92	0	252	33	26	10	29	1.90
85701850--85701958	33	3.3	33	77	7	89	22	44	2	30	1.67
85702926--85702961	16	2.2	16	90	0	54	30	2	27	38	1.71
85704467--85704525	30	1.9	31	86	3	84	27	20	5	47	1.71
85704466--85704535	30	2.3	31	80	7	81	30	18	5	45	1.72
85704951--85705008	30	1.9	30	86	6	82	18	41	0	39	1.51
85706664--85706714	15	3.5	15	68	10	52	47	0	19	33	1.50
85706661--85706719	28	2.1	28	100	0	118	52	0	16	30	1.44
85711415--85711463	22	2.2	22	79	13	57	61	10	8	20	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85712034--85712065	6	5.3	6	96	0	55	50	12	34	3	1.56
85714728--85714772	15	3.3	14	85	14	67	66	0	2	31	1.04
85714727--85714777	19	2.9	18	80	11	54	66	0	3	29	1.09
85714725--85714801	27	2.7	27	76	15	68	61	5	3	29	1.36
85714955--85715006	16	3.2	16	75	17	54	61	7	0	30	1.24
85714976--85715027	21	2.5	20	81	12	59	63	5	0	30	1.18
85723081--85723120	21	2.0	20	85	5	53	47	30	2	20	1.63
85729581--85729625	22	2.0	22	100	0	90	42	8	13	35	1.75
85732124--85732405	33	8.3	35	69	11	97	27	24	16	31	1.96
85732191--85732365	33	5.2	33	70	8	129	28	24	16	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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