genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1034912--1034961	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1039551--1039600	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1047844--1047914	28	2.6	26	80	12	65	33	5	1	59	1.30
1047868--1047929	27	2.3	28	86	5	83	30	3	3	62	1.26
1061431--1061463	11	3.0	11	91	8	50	45	0	54	0	0.99
1065080--1065121	21	2.0	21	100	0	84	19	23	14	42	1.87
1065211--1065244	5	6.6	5	89	3	50	17	5	0	76	0.98
1069154--1069301	72	2.1	72	94	0	260	29	28	12	29	1.93
1074386--1074422	15	2.5	15	91	4	58	64	5	0	29	1.15
1075090--1075118	5	6.0	5	92	8	51	41	0	0	58	0.98
1076586--1076626	22	1.9	22	85	5	57	43	2	9	43	1.50
1079857--1079889	15	2.2	15	100	0	66	54	18	0	27	1.44
1084812--1084850	19	2.0	20	95	5	71	56	0	28	15	1.40
1091153--1091183	16	1.9	16	93	0	53	35	0	6	58	1.24
1102772--1102834	13	5.2	12	70	22	51	61	0	1	36	1.05
1103308--1103344	18	2.1	18	94	0	65	29	5	13	51	1.63
1106384--1106451	22	3.0	22	81	10	84	41	19	23	16	1.90
1107520--1107553	7	4.9	7	85	0	50	0	20	0	79	0.73
1107568--1107611	21	2.1	21	86	0	61	6	15	6	70	1.31
1107618--1107685	7	9.4	7	80	15	50	50	2	0	47	1.16
1107619--1107662	14	3.2	14	87	6	63	52	2	0	45	1.13
1114938--1115064	46	2.8	46	95	0	218	29	29	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1126714--1126774	29	2.1	29	93	0	104	42	14	6	36	1.72
1134314--1134344	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
1139195--1139233	14	2.8	14	84	11	53	33	17	7	41	1.79
1145250--1145338	44	2.0	45	89	8	137	42	7	5	43	1.57
1147548--1148263	124	5.9	124	85	5	870	48	8	12	30	1.70
1155629--1155706	41	1.9	39	80	14	88	37	1	6	55	1.34
1157379--1157427	16	3.2	16	75	21	59	73	0	2	24	0.94
1157572--1157607	18	1.9	19	88	5	56	63	2	19	13	1.41
1161553--1161579	6	4.5	6	100	0	54	18	51	14	14	1.76
1164539--1164793	51	5.0	51	86	0	350	41	27	15	14	1.87
1172582--1172610	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
1177009--1177137	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
1177113--1177261	31	4.8	31	90	3	228	27	19	28	24	1.99
1177284--1177492	47	4.5	46	81	6	201	27	15	28	28	1.96
1177373--1177536	42	3.7	43	82	9	172	28	14	28	28	1.95
1180100--1180189	5	17.8	5	72	19	71	1	21	3	74	1.03
1180106--1180189	26	3.3	27	71	22	74	1	21	3	73	1.05
1180353--1180377	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1181159--1181226	31	2.2	31	97	2	127	36	11	11	39	1.79
1184534--1184572	19	2.0	20	95	5	71	23	0	5	71	1.05
1184534--1184598	19	2.9	23	84	13	66	27	0	6	66	1.15
1198617--1198655	20	1.9	21	89	5	62	43	5	0	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1200115--1200216	33	3.2	33	87	5	145	38	8	1	50	1.45
1200134--1200215	31	2.6	31	90	3	119	40	9	1	48	1.44
1209628--1209804	50	3.5	50	86	2	248	35	15	21	27	1.94
1209782--1209983	31	6.5	31	91	0	314	28	18	26	26	1.98
1209989--1210017	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
1213149--1213210	29	2.0	29	82	14	72	41	3	1	53	1.27
1214109--1214206	48	2.0	48	92	0	160	18	36	4	40	1.70
1214109--1214182	24	3.1	24	67	7	69	18	35	2	43	1.65
1226331--1226374	22	2.0	23	90	4	72	25	13	4	56	1.56
1234763--1234796	17	1.9	18	88	5	52	61	0	2	35	1.11
1249993--1250051	22	2.8	20	76	16	57	45	5	1	47	1.34
1251112--1251136	11	2.3	11	100	0	50	8	0	0	92	0.40
1253437--1253490	24	2.2	25	86	3	74	66	12	1	18	1.33
1254917--1255005	39	2.3	38	83	9	101	57	2	1	39	1.19
1254991--1255023	16	1.9	18	88	11	52	69	0	0	30	0.88
1256432--1256459	3	9.3	3	100	0	56	35	32	0	32	1.58
1260215--1260251	16	2.3	16	90	9	58	56	5	27	10	1.55
1264481--1264621	75	1.9	75	85	5	196	23	41	17	17	1.89
1264525--1264719	99	2.0	99	86	2	275	24	40	16	18	1.91
1264600--1264645	24	1.9	24	90	0	74	26	41	13	19	1.88
1264653--1264983	93	3.6	93	77	6	319	23	41	16	19	1.90
1276210--1276250	17	2.3	19	83	8	50	36	0	4	58	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1277365--1277403	20	1.9	21	89	5	62	33	2	5	58	1.33
1281989--1282101	58	1.9	58	81	0	136	46	15	14	24	1.82
1282417--1282441	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
1285290--1285322	16	1.9	18	88	11	52	18	6	3	72	1.18
1291348--1291384	5	7.2	5	93	6	65	21	2	0	75	0.92
1296965--1297014	24	2.1	24	85	7	66	50	0	4	46	1.20
1306533--1306588	10	5.8	10	76	16	64	37	3	0	58	1.15
1306533--1306590	19	3.1	19	89	0	89	36	3	0	60	1.14
1306532--1306588	29	2.0	28	83	13	71	38	3	0	57	1.16
1315296--1315339	15	2.9	15	79	3	52	38	2	4	54	1.33
1315557--1315611	22	2.3	22	84	12	65	29	1	5	63	1.27
1324205--1324281	32	2.5	30	80	12	84	36	9	14	40	1.77
1324410--1324444	18	2.0	17	88	5	52	51	5	0	42	1.25
1327784--1327830	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
1331619--1331662	23	2.0	23	90	4	72	43	40	4	11	1.61
1332775--1332807	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
1334385--1334442	30	1.9	30	89	0	89	41	0	24	34	1.55
1334654--1334685	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1334780--1335021	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
1334780--1335029	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
1336545--1336578	14	2.5	13	86	13	50	17	0	17	64	1.29
1336717--1336757	18	2.2	20	86	8	59	19	0	14	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1336932--1336976	22	2.0	24	86	8	67	17	4	4	73	1.17
1356259--1356339	18	4.5	18	77	0	72	37	7	38	17	1.78
1356269--1356333	15	4.1	15	77	11	58	32	7	40	20	1.80
1356326--1356360	15	2.3	15	90	0	52	45	2	45	5	1.41
1367195--1367232	18	2.1	19	90	5	60	60	2	5	31	1.33
1367196--1367238	18	2.5	17	85	11	52	65	2	6	25	1.30
1382682--1382724	22	1.9	22	85	4	59	30	0	4	65	1.13
1388994--1389044	22	2.3	21	80	9	57	39	1	3	54	1.30
1389026--1389093	31	2.2	32	80	19	83	45	0	2	51	1.16
1389034--1389101	29	2.4	29	83	16	81	47	0	1	51	1.09
1403283--1403412	61	2.1	61	80	4	147	43	13	7	35	1.72
1404508--1404578	34	2.1	34	94	0	124	25	25	16	32	1.96
1404590--1404742	34	4.5	34	89	2	218	35	24	13	26	1.93
1404590--1404742	67	2.2	69	87	3	220	35	24	13	26	1.93
1413369--1413398	15	2.0	15	100	0	60	20	26	6	46	1.75
1413639--1413663	10	2.5	10	100	0	50	0	0	92	8	0.40
1414437--1414462	11	2.4	11	100	0	52	0	0	7	92	0.39
1417609--1417660	26	1.9	28	84	7	72	55	0	3	40	1.18
1418749--1418773	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
1422831--1422857	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
1425975--1426041	22	3.0	22	79	16	66	34	1	2	61	1.20
1432719--1432766	17	2.8	17	80	3	60	70	4	0	25	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1432716--1432772	8	6.8	8	75	11	51	68	3	0	28	1.06
1437952--1438013	31	2.0	31	87	6	90	40	11	4	43	1.62
1441160--1441354	45	4.3	45	90	0	291	24	18	15	41	1.90
1441686--1441740	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
1444057--1444254	68	2.9	68	96	2	371	16	20	16	46	1.84
1444887--1445081	45	4.3	45	90	0	282	24	18	15	41	1.89
1445413--1445467	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
1445633--1445744	39	2.8	40	73	8	104	30	25	21	23	1.99
1447306--1447336	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
1448093--1448221	50	2.5	51	88	5	190	34	17	22	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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