genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8766399--8766554	16	8.9	17	69	21	67	63	1	2	32	1.16
8766565--8766615	21	2.4	21	87	12	70	50	5	1	41	1.37
8767262--8767287	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8775055--8775105	25	2.0	25	100	0	102	27	11	11	49	1.74
8787892--8787989	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
8787899--8787987	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
8790833--8790876	12	3.7	12	81	0	52	45	0	0	54	0.99
8803367--8803429	30	2.1	30	93	0	108	44	1	7	46	1.42
8809090--8809137	2	24.0	2	100	0	96	50	0	50	0	1.00
8814432--8814492	29	2.1	29	96	0	113	26	14	21	37	1.92
8816257--8816428	86	2.0	86	91	2	283	27	16	23	32	1.96
8823311--8823340	9	3.3	9	95	0	51	86	3	0	10	0.67
8824090--8824122	13	2.4	14	90	5	50	42	3	6	48	1.43
8830464--8830529	29	2.2	30	81	2	80	42	13	4	39	1.65
8832232--8832262	3	10.3	3	100	0	62	0	35	0	64	0.94
8833988--8834026	10	3.8	10	86	3	51	41	0	0	58	0.98
8834458--8834533	40	1.9	38	84	10	100	31	0	7	60	1.25
8834706--8834762	23	2.5	23	83	11	64	63	10	1	24	1.36
8842222--8842384	51	3.2	52	78	14	198	37	14	20	27	1.91
8842282--8842384	46	2.3	46	91	3	165	37	13	20	28	1.90
8842349--8842456	37	3.0	36	90	4	173	36	16	22	25	1.94
8843710--8843901	49	3.9	49	94	1	305	23	14	30	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8847035--8847199	46	3.2	52	78	11	207	36	14	21	27	1.93
8847163--8847254	37	2.5	37	96	0	166	35	18	19	26	1.95
8861530--8861595	29	2.2	30	81	2	80	42	13	4	39	1.65
8863342--8863369	3	9.3	3	100	0	56	0	35	0	64	0.94
8865835--8865887	24	2.2	25	77	16	58	62	11	1	24	1.39
8869259--8869289	15	2.1	15	100	0	62	38	12	6	41	1.69
8873460--8873486	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
8889580--8889723	9	15.6	9	68	13	71	59	2	2	36	1.24
8889639--8889681	21	2.0	22	90	4	70	51	6	0	41	1.29
8889652--8889741	27	3.3	27	68	22	71	56	4	4	34	1.39
8890187--8890385	9	21.7	9	69	16	90	35	2	1	60	1.17
8890250--8890311	17	3.6	18	76	6	65	40	0	0	59	0.97
8890181--8890352	19	9.1	18	68	14	73	36	1	1	59	1.18
8890944--8890986	22	1.9	22	85	4	59	58	9	16	16	1.63
8900052--8900093	22	1.9	22	85	0	57	64	2	2	30	1.19
8907139--8907168	14	2.1	14	93	0	51	90	0	10	0	0.47
8909195--8909443	122	2.0	122	92	0	408	38	18	13	30	1.89
8911875--8911920	22	2.1	22	95	0	83	45	8	15	30	1.76
8913690--8913725	12	2.9	12	88	8	54	66	0	0	33	0.92
8914928--8914963	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
8914915--8914955	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
8915117--8915201	21	3.9	23	80	10	106	38	24	20	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8915913--8916036	39	3.2	39	95	0	221	35	23	27	13	1.93
8916027--8916111	20	4.2	19	72	11	53	37	18	21	22	1.94
8918490--8918545	15	3.7	15	87	2	85	51	12	0	35	1.40
8919075--8919102	13	2.2	13	100	0	56	0	14	7	78	0.95
8919130--8919166	18	2.1	18	89	0	56	54	2	0	43	1.14
8919556--8919612	30	1.9	30	86	13	82	47	3	0	49	1.18
8936469--8936493	12	2.1	12	100	0	50	40	8	20	32	1.81
8937955--8938008	19	2.7	20	77	5	56	40	0	3	55	1.17
8942139--8942212	21	3.5	21	81	5	78	36	24	22	16	1.94
8942145--8942220	21	3.5	22	80	8	75	36	23	22	17	1.94
8942415--8942509	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
8942429--8942512	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
8944992--8945037	12	4.0	12	86	11	69	52	0	0	47	1.00
8944992--8945037	22	2.1	22	95	0	83	52	0	0	47	1.00
8944992--8945028	10	3.5	10	92	7	56	54	0	0	45	1.00
8946143--8946204	21	3.0	21	83	4	83	14	22	17	45	1.85
8948705--8948747	21	2.0	21	82	8	52	27	2	4	65	1.25
8949377--8949429	26	2.0	26	85	3	70	49	0	7	43	1.31
8949437--8949474	18	2.2	18	95	4	69	57	0	0	42	0.98
8949437--8949476	19	2.2	18	90	4	62	60	0	0	40	0.97
8949442--8949507	32	2.1	32	82	0	78	56	3	3	37	1.30
8956444--8956476	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8957135--8957273	60	2.3	59	79	9	158	27	23	20	28	1.99
8958572--8958627	17	3.1	18	76	7	60	60	0	35	3	1.14
8961576--8961726	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
8967002--8967131	61	2.1	62	97	2	253	36	18	7	36	1.80
8968259--8968482	39	5.7	39	95	0	394	28	29	22	19	1.98
8977575--8977601	14	1.9	14	100	0	54	48	14	0	37	1.45
8980428--8980480	5	10.0	5	80	11	61	41	0	1	56	1.10
8980425--8980481	8	6.6	9	74	22	59	43	0	1	54	1.10
8980426--8980481	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
8981802--8981840	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
8982078--8982178	38	2.5	41	72	15	104	23	18	28	28	1.98
8982080--8982214	39	3.4	39	75	6	121	24	19	28	28	1.98
8982337--8982377	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
8986874--8986931	5	10.8	5	80	12	53	43	0	3	53	1.17
8986877--8986932	12	4.5	12	81	16	69	42	0	3	53	1.18
8988247--8988285	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
8988523--8988623	38	2.5	41	72	15	104	23	18	28	28	1.98
8988525--8988635	39	2.8	40	73	5	109	24	18	27	29	1.98
8988768--8988807	19	2.2	19	91	8	66	45	0	25	30	1.54
8995695--8995724	15	2.0	15	93	0	51	43	6	6	43	1.57
8996255--8996284	15	2.0	15	93	0	51	26	3	30	40	1.72
8996528--8996589	20	3.3	19	78	21	76	46	0	3	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9010761--9010801	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
9011934--9011976	7	6.1	7	88	0	59	23	0	34	41	1.55
9015730--9015779	23	2.2	22	82	3	55	56	6	2	36	1.36
9016651--9016693	20	2.2	20	91	0	68	37	2	2	58	1.24
9016807--9016943	62	2.3	59	80	14	147	43	2	11	43	1.53
9017476--9017504	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
9017485--9017530	24	1.9	24	86	8	67	26	0	2	71	0.97
9017476--9017527	10	5.2	11	78	21	53	23	0	1	75	0.91
9028946--9028977	13	2.5	13	100	0	64	78	0	6	15	0.95
9028975--9029010	14	2.6	14	95	0	63	69	0	13	16	1.19
9029319--9029366	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
9031989--9032057	21	3.4	21	71	15	72	55	7	1	36	1.37
9032769--9032809	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
9035272--9035535	136	1.9	136	97	0	501	33	14	17	33	1.91
9042033--9042076	19	2.4	17	79	17	52	59	0	2	38	1.10
9042781--9042811	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
9043205--9043265	24	2.6	23	82	7	77	42	1	6	49	1.38
9044909--9044943	16	2.2	16	95	5	63	45	0	5	48	1.26
9045232--9045445	31	6.9	31	68	19	74	41	2	1	55	1.21
9045386--9045432	23	2.0	23	83	4	58	44	2	0	53	1.12
9045342--9045427	40	2.2	40	81	8	95	44	2	0	53	1.13
9048770--9048810	20	2.0	20	90	0	64	46	4	0	48	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9050774--9050834	22	2.7	23	80	7	72	42	3	1	52	1.27
9050773--9050833	23	2.8	21	83	11	70	42	3	1	52	1.27
9064433--9064552	55	2.2	55	98	0	231	19	17	11	51	1.75
9065061--9065205	44	3.3	43	71	10	141	35	20	22	21	1.96
9065052--9065217	88	1.9	87	92	1	278	36	21	21	21	1.95
9065590--9065739	43	3.5	42	77	7	142	38	24	18	19	1.93
9066665--9066711	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
9066972--9067107	46	3.0	47	89	2	188	22	24	14	38	1.91
9069241--9069305	31	2.1	30	83	8	78	55	3	1	40	1.25
9071138--9071181	15	2.9	15	80	12	54	29	4	9	56	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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