genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22488398--22488434	19	1.9	19	94	0	65	51	2	13	32	1.55
22488477--22488546	24	2.8	24	74	12	61	58	10	1	30	1.39
22488518--22488592	30	2.5	30	81	10	82	57	6	1	34	1.33
22488630--22488672	23	1.9	22	90	4	68	60	6	0	32	1.23
22488629--22488697	28	2.3	31	83	11	83	59	7	0	33	1.25
22498460--22498506	7	6.7	7	100	0	94	14	0	55	29	1.40
22499422--22499448	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
22518576--22518638	13	4.8	13	80	2	63	38	4	19	38	1.73
22518581--22518638	26	2.2	27	87	3	82	41	5	20	32	1.75
22520892--22520938	20	2.6	18	81	15	60	72	2	2	23	1.06
22520933--22520998	27	2.4	26	80	14	71	60	0	1	37	1.06
22520963--22520996	16	2.1	17	94	5	61	67	0	0	32	0.91
22520946--22521014	28	2.4	27	85	9	84	63	0	1	34	1.03
22524023--22524067	22	2.1	22	88	8	67	66	2	4	26	1.22
22524023--22524068	20	2.3	20	85	14	60	67	2	4	26	1.21
22524246--22524289	18	2.4	18	82	10	54	27	11	0	61	1.30
22524294--22524337	8	5.9	7	84	12	52	36	0	2	61	1.09
22524300--22524340	8	5.2	8	86	13	59	41	0	0	58	0.98
22524300--22524337	15	2.4	16	95	4	69	39	0	0	60	0.97
22524624--22524692	31	2.2	32	82	7	79	59	0	5	34	1.21
22524741--22524771	15	2.1	15	93	0	53	38	0	6	54	1.26
22525859--22525971	39	2.8	39	90	4	163	35	17	15	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22529152--22529233	26	3.1	25	73	20	69	1	20	3	74	1.04
22529166--22529251	11	7.7	11	75	16	54	4	17	3	74	1.13
22529403--22529430	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
22532818--22532869	26	2.0	27	85	7	72	51	3	0	44	1.19
22533020--22533068	26	1.9	25	91	4	80	22	0	20	57	1.41
22533574--22533616	20	2.2	19	87	4	59	46	4	2	46	1.36
22537372--22537449	39	2.0	39	100	0	156	28	15	10	46	1.78
22537719--22537775	29	2.0	29	83	13	73	54	3	1	40	1.28
22538451--22538506	29	1.9	29	81	0	67	44	3	5	46	1.43
22541723--22541836	40	3.0	39	77	8	128	34	12	21	32	1.90
22541712--22541832	35	3.3	36	75	15	122	32	10	23	33	1.89
22543154--22543187	13	2.6	13	85	0	50	38	0	11	50	1.39
22543557--22543602	22	2.1	22	100	0	92	36	15	13	34	1.86
22544668--22544749	27	2.9	28	87	8	114	41	41	3	13	1.62
22545827--22545883	3	19.0	3	75	7	53	35	3	0	61	1.13
22545825--22545877	18	2.9	18	88	5	81	39	3	0	56	1.17
22545819--22545878	9	6.6	9	81	9	68	38	3	0	58	1.15
22545979--22546087	21	5.4	21	68	26	67	33	2	4	58	1.33
22546065--22546118	21	2.6	20	83	13	65	31	1	0	66	1.02
22545987--22546095	12	9.3	12	67	25	65	32	2	4	60	1.31
22546253--22546464	25	9.4	21	67	22	78	35	6	4	54	1.45
22546336--22546383	26	1.9	25	83	8	62	37	2	4	56	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22551477--22551578	17	6.1	17	73	22	83	17	4	0	76	1.02
22551481--22551578	5	18.8	5	72	22	69	17	5	1	76	1.02
22551477--22551558	6	13.8	6	76	10	62	15	4	1	78	0.99
22554446--22554478	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
22560789--22560836	18	2.7	19	72	21	50	56	0	12	31	1.37
22561852--22562018	35	4.6	35	83	8	192	30	9	24	35	1.87
22561852--22562022	75	2.4	74	85	7	226	30	9	23	35	1.88
22569354--22569402	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
22569366--22569430	25	2.9	23	82	15	75	66	9	0	24	1.21
22569392--22569430	19	2.0	20	95	5	71	71	10	0	17	1.12
22571249--22571307	21	2.8	21	97	0	109	30	28	28	11	1.92
22571232--22571349	42	2.7	41	78	8	110	36	23	22	17	1.95
22571317--22571362	23	2.1	22	92	8	76	39	19	17	23	1.92
22571455--22571509	24	2.3	24	82	14	62	29	20	0	50	1.48
22579540--22579592	18	2.8	18	83	8	54	67	0	9	22	1.19
22581866--22583201	476	2.8	477	97	0	2539	33	13	19	33	1.90
22588137--22588177	16	2.6	16	92	0	73	9	31	29	29	1.89
22588157--22588427	43	6.3	43	84	1	357	13	22	30	33	1.92
22588157--22588439	127	2.2	129	84	2	338	14	21	30	33	1.93
22588596--22588752	29	5.5	28	68	11	111	23	19	26	29	1.98
22588593--22588758	58	2.9	58	91	0	271	24	19	27	28	1.98
22602370--22602413	13	3.3	13	77	3	52	34	0	4	61	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22602369--22602438	30	2.5	28	82	13	74	37	0	5	57	1.23
22610760--22610893	57	2.4	57	97	0	259	25	18	20	35	1.96
22612093--22612136	16	2.8	16	96	0	79	18	18	4	59	1.55
22612523--22612568	22	2.2	21	84	7	58	54	8	0	36	1.32
22628283--22628371	44	2.0	43	97	2	169	37	8	6	47	1.62
22629755--22629788	14	2.4	15	85	14	54	55	0	0	44	0.99
22633137--22633182	21	2.2	20	84	3	56	28	8	19	43	1.80
22644480--22644547	27	2.5	26	80	13	84	52	1	1	44	1.19
22652123--22652182	21	2.9	21	84	0	75	36	26	23	13	1.92
22653502--22653527	8	3.2	8	100	0	52	57	11	0	30	1.34
22663430--22663472	16	2.7	16	70	0	50	11	0	34	53	1.37
22665717--22665800	24	3.5	24	87	7	118	38	28	13	20	1.90
22669103--22669165	33	1.9	33	96	0	117	14	17	39	28	1.89
22669081--22669268	76	2.3	80	84	8	240	12	23	34	29	1.91
22669143--22669268	43	2.9	43	95	0	225	11	24	34	30	1.90
22672170--22672469	104	2.9	104	83	1	332	30	24	14	30	1.94
22672171--22672469	139	2.2	139	83	1	384	30	24	14	30	1.95
22672171--22672469	35	8.6	35	84	1	323	30	24	14	30	1.95
22674659--22674786	46	2.8	45	87	4	177	30	5	21	42	1.76
22679801--22679828	10	2.8	10	100	0	56	17	42	17	21	1.89
22697699--22697765	28	2.3	29	84	5	82	62	1	4	31	1.24
22702301--22702339	10	3.9	10	80	12	53	25	2	0	71	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22705266--22705290	6	4.2	6	100	0	50	0	16	52	32	1.44
22710724--22710760	19	1.9	19	100	0	74	35	10	16	37	1.83
22723415--22723439	13	1.9	13	100	0	50	0	8	28	64	1.22
22728627--22728666	19	2.2	19	86	4	55	32	0	0	67	0.91
22728908--22728952	3	15.0	3	81	9	56	66	0	33	0	0.92
22731663--22731707	12	3.8	12	81	0	54	26	33	37	2	1.69
22735906--22735947	16	2.5	17	88	3	59	61	0	0	38	0.96
22740999--22741034	17	2.1	17	94	0	63	30	44	0	25	1.54
22741525--22741561	10	3.6	10	96	3	65	18	10	0	70	1.16
22741961--22742010	25	2.0	25	84	7	66	32	2	4	62	1.25
22744031--22744075	19	2.4	19	85	7	56	20	22	15	42	1.89
22748374--22748501	64	2.0	64	87	0	184	29	14	15	40	1.86
22748602--22748887	45	6.4	44	68	12	188	31	17	21	29	1.96
22748635--22748872	89	2.7	91	84	5	326	31	17	21	29	1.96
22748770--22749142	120	3.0	122	74	15	407	31	18	21	28	1.97
22748999--22749191	45	4.3	44	72	23	147	33	18	20	27	1.96
22748888--22749339	134	3.4	133	81	4	446	31	18	21	28	1.97
22749625--22749660	17	2.1	17	100	0	72	30	47	0	22	1.52
22755923--22755981	11	4.8	12	75	19	50	15	8	1	74	1.13
22756002--22756044	13	3.2	13	86	3	50	18	0	4	76	0.95
22755998--22756031	9	3.8	9	85	14	52	17	0	2	79	0.86
22756076--22756117	11	3.9	11	82	11	52	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22756056--22756116	24	2.5	24	80	20	65	40	0	1	57	1.08
22756073--22756341	36	8.0	32	67	20	126	42	1	1	54	1.22
22756199--22756227	14	2.1	14	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22756246--22756283	19	2.0	20	89	5	60	50	0	2	47	1.15
22756247--22756354	20	5.6	19	70	13	78	38	0	1	58	1.15
22756275--22756317	13	3.2	13	78	15	52	27	2	4	65	1.25
22756275--22756317	14	3.1	14	77	16	54	27	2	4	65	1.25
22756308--22756358	20	2.5	20	96	0	93	37	0	0	62	0.95
22756319--22756379	32	1.9	32	82	0	77	45	0	0	54	1.00
22756441--22756490	26	2.0	26	84	4	66	56	4	2	38	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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