Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  44  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16459234--16459292
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Indices
Period
Size
Copy
Number
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Size
Percent
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Indels
Score
A
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G
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25
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2.3
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275
20
29
24
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
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(0-2)
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25
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43
1.70
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102
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1.99
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20
27
27
1.99
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70
0
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1.85
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9
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1.85
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1.84
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28
1.95
16602734--16602902
81
2.1
81
86
2
241
34
15
21
28
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16603109--16603202
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3.8
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27
25
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25
1.99
16603423--16603504
29
2.7
30
74
9
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32
21
21
23
1.98
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50
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2.3
19
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12
50
40
2
7
50
1.44
16617227--16617283
29
2.0
29
92
0
96
31
31
12
24
1.92
16618630--16618664
4
9.2
4
87
12
56
74
0
25
0
0.82
16625438--16625488
14
3.8
14
90
10
72
39
3
7
49
1.51
16635161--16635195
17
2.0
18
88
5
54
42
11
0
45
1.40
16635643--16635725
41
2.0
41
95
0
148
30
22
9
37
1.86
16664202--16664236
2
17.5
2
100
0
70
51
0
48
0
1.00
16665040--16665066
13
2.1
13
100
0
54
29
14
14
40
1.86
16671116--16671144
13
2.1
14
93
6
51
41
0
0
58
0.98
16672569--16672593
5
5.0
5
100
0
50
80
0
20
0
0.72
16675394--16675431
19
2.0
19
94
0
67
50
13
10
26
1.73
16677550--16677626
31
2.5
31
91
0
118
35
14
15
35
1.88
16679193--16679238
3
15.3
3
100
0
92
32
0
0
67
0.91
16688889--16688977
45
2.0
45
100
0
178
35
6
13
43
1.70
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16691879--16691930
25
2.1
25
100
0
104
25
23
15
36
1.93
16698154--16698183
5
5.8
5
96
4
51
80
0
20
0
0.72
16700005--16700072
27
2.5
27
73
15
68
54
13
2
29
1.53
16706683--16706812
61
2.1
64
80
12
164
37
7
4
50
1.52
16706814--16706843
12
2.5
12
94
0
51
53
13
0
33
1.40
16709717--16709782
25
3.2
20
73
22
64
71
4
0
24
1.05
16709723--16709780
19
3.1
19
79
16
50
75
5
0
18
0.98
16709705--16709756
20
2.6
18
82
17
59
73
5
1
19
1.14
16709729--16709780
25
2.1
25
96
3
97
75
5
0
19
1.01
16711432--16711465
17
2.0
17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
16716072--16716105
17
2.0
17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
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22
2.0
20
90
9
66
61
0
0
38
0.96
16724260--16724305
16
2.9
16
83
0
56
60
0
0
39
0.97
16724256--16724316
22
2.6
22
80
19
63
60
0
0
39
0.97
16724257--16724312
20
2.7
20
81
10
60
62
0
0
37
0.95
16729420--16729458
17
2.2
18
86
4
53
28
0
5
66
1.12
16730012--16730076
31
2.1
32
83
13
82
49
0
1
49
1.10
16741083--16741144
19
3.2
19
90
6
90
51
4
0
43
1.23
16741115--16741168
26
2.1
25
86
3
72
50
5
0
44
1.25
16741127--16741176
25
2.0
26
84
4
66
50
4
0
46
1.20
16755011--16755035
11
2.3
11
100
0
50
8
28
0
64
1.22
16757338--16757371
6
5.7
6
85
0
50
17
17
14
50
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16757582--16757742
18
8.5
18
68
14
74
34
10
14
40
1.80
16757656--16757738
36
2.3
36
82
0
94
40
8
12
38
1.73
16761562--16761621
29
2.0
30
87
3
86
53
8
3
35
1.48
16775388--16775420
16
2.1
16
100
0
66
24
21
6
48
1.72
16777096--16777131
6
6.0
6
100
0
72
33
33
0
33
1.58
16783050--16783269
107
2.1
107
98
0
422
26
16
15
40
1.89
16788138--16788197
26
2.3
26
81
13
63
41
31
1
25
1.65
16788931--16788973
23
1.9
22
85
4
59
37
2
0
60
1.10
16802926--16802953
8
3.5
8
100
0
56
0
10
0
89
0.49
16804787--16804826
21
2.0
21
85
5
55
35
5
0
60
1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318