genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36532828--36532855	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
36534121--36534187	27	2.4	27	76	14	66	79	0	7	13	0.94
36537037--36537075	10	3.9	10	86	0	60	66	2	10	20	1.33
36537037--36537074	20	1.9	20	94	0	67	65	2	10	21	1.35
36540686--36540725	21	1.9	21	85	10	55	62	7	15	15	1.53
36553827--36553998	93	1.9	91	88	2	263	27	17	18	36	1.93
36553931--36554205	78	3.5	77	82	6	329	33	15	19	31	1.93
36556292--36556349	28	2.0	29	83	9	75	37	3	0	58	1.15
36556333--36556399	24	2.9	23	75	20	59	26	4	2	65	1.26
36556969--36557023	24	2.2	25	78	15	60	36	1	3	58	1.26
36559388--36559429	20	2.0	22	86	9	61	54	0	0	45	0.99
36559400--36559443	22	2.0	22	81	0	52	47	2	0	50	1.13
36561981--36562090	55	2.0	55	98	0	211	39	12	21	26	1.89
36570498--36570527	14	2.1	14	93	0	51	23	23	10	43	1.83
36574171--36574203	16	1.9	18	88	11	52	42	12	3	42	1.57
36575606--36575663	25	2.2	26	78	9	64	34	25	24	15	1.95
36575619--36575680	25	2.5	25	86	2	90	40	22	20	16	1.91
36575755--36575814	26	2.3	26	88	2	86	35	23	25	16	1.95
36575751--36575825	26	2.9	25	76	9	80	36	22	24	17	1.95
36579999--36580240	87	2.8	86	93	2	405	23	19	33	24	1.97
36579999--36580240	43	5.6	43	93	2	405	23	19	33	24	1.97
36579999--36580240	130	1.9	129	93	0	421	23	19	33	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36580315--36580395	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
36586333--36586603	9	29.6	9	76	8	188	38	1	13	47	1.50
36586333--36586603	18	15.3	18	77	8	207	38	1	13	47	1.50
36586386--36586603	27	7.9	27	81	8	222	38	1	13	46	1.52
36586309--36586530	114	1.9	114	86	3	313	38	0	12	47	1.48
36586708--36586763	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
36591233--36591283	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
36591272--36591303	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
36592315--36592533	41	5.4	41	91	0	341	16	22	26	34	1.95
36592315--36592597	41	6.9	40	85	6	277	16	22	24	36	1.95
36592315--36592574	123	2.1	122	85	3	344	16	22	25	35	1.95
36597670--36597738	20	3.3	20	77	18	70	30	1	7	60	1.32
36599668--36599776	51	2.1	51	86	3	148	45	7	19	27	1.76
36602417--36602460	22	2.0	23	82	13	56	70	0	9	20	1.14
36605339--36605386	25	2.0	25	87	4	71	62	4	6	27	1.38
36605691--36605729	15	2.6	15	84	12	53	74	0	10	15	1.07
36607071--36607247	45	3.8	45	73	6	140	25	21	19	32	1.97
36607171--36607387	119	1.8	119	89	0	344	25	24	17	32	1.97
36607279--36607545	45	5.6	50	78	10	217	25	24	19	30	1.98
36607279--36607495	45	4.7	45	83	5	222	25	25	19	29	1.98
36615690--36615743	19	2.8	20	83	5	67	48	3	18	29	1.65
36619729--36619776	25	2.0	25	87	4	71	62	4	6	27	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36626471--36626513	20	2.2	20	82	0	50	62	9	2	25	1.37
36626815--36626873	26	2.1	29	81	9	70	52	6	0	40	1.28
36629246--36629279	17	2.0	17	100	0	68	41	5	11	41	1.66
36629270--36629300	5	6.2	5	100	0	62	38	0	22	38	1.54
36636073--36636132	9	6.7	9	82	5	50	85	0	6	8	0.76
36636074--36636138	8	7.6	8	79	16	51	84	0	7	7	0.77
36637023--36637418	44	9.1	44	72	12	307	30	17	24	26	1.97
36637022--36637414	132	3.0	132	93	1	666	30	17	24	26	1.97
36637746--36637968	45	5.1	44	73	8	168	33	14	26	25	1.95
36638329--36638362	17	2.0	17	100	0	68	41	5	11	41	1.66
36641413--36641699	62	4.6	62	82	3	310	20	26	28	25	1.99
36645630--36645680	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
36645640--36645682	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
36648770--36648799	14	2.1	14	93	0	51	76	0	23	0	0.78
36651246--36651297	27	2.0	26	88	3	77	80	0	13	5	0.88
36651253--36651294	9	4.8	9	85	2	59	76	0	16	7	1.00
36651246--36651286	18	2.3	18	100	0	82	80	0	14	4	0.87
36652259--36652381	41	2.9	43	66	22	114	31	21	20	26	1.98
36652242--36653022	84	9.3	84	90	2	1171	30	22	21	24	1.99
36653728--36653784	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
36653728--36653820	36	2.4	38	87	8	127	36	10	16	36	1.83
36653728--36653820	19	4.8	19	85	11	127	36	10	16	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36655537--36655693	43	3.7	42	78	5	138	29	21	19	29	1.97
36662734--36662762	14	2.1	14	100	0	58	44	13	6	34	1.71
36662974--36663045	10	7.7	9	79	14	67	63	1	0	34	1.03
36662977--36663044	9	7.3	9	76	15	50	63	1	0	35	1.04
36662974--36663036	19	3.3	18	75	18	65	63	1	0	34	1.04
36662950--36663045	19	5.3	17	72	20	63	63	2	2	32	1.18
36663069--36663164	10	9.7	9	75	15	57	67	2	2	28	1.13
36663070--36663164	11	9.4	10	77	11	61	68	2	2	27	1.12
36666733--36666762	14	2.1	14	93	0	51	30	20	6	43	1.77
36668716--36668802	44	2.0	44	88	4	131	26	12	14	45	1.81
36669694--36669723	12	2.6	12	94	5	53	70	6	0	23	1.11
36670055--36670203	75	2.0	75	94	0	262	36	8	24	30	1.85
36672099--36672138	21	1.9	21	84	0	53	17	22	15	45	1.85
36673348--36673489	42	3.4	42	81	2	151	29	14	26	29	1.95
36673350--36673505	85	1.8	84	80	4	188	29	15	26	28	1.96
36680366--36680390	13	1.9	13	100	0	50	16	8	4	72	1.24
36682345--36682393	25	2.0	25	88	4	73	34	14	6	44	1.70
36683175--36683204	12	2.5	12	94	0	51	50	16	13	20	1.78
36683248--36683294	24	2.0	24	91	0	76	42	14	19	23	1.88
36683671--36683752	4	20.8	4	97	2	157	50	25	0	24	1.50
36700420--36700681	46	5.7	46	88	2	332	20	23	14	41	1.89
36700420--36700681	92	2.9	92	87	1	366	20	23	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36700412--36700674	138	1.9	136	86	1	373	20	23	14	41	1.90
36703656--36703707	27	1.9	27	96	0	95	34	23	15	26	1.94
36705239--36705305	29	2.3	29	80	12	75	29	7	5	56	1.51
36707067--36707091	11	2.3	11	100	0	50	44	8	0	48	1.32
36718370--36718436	33	2.0	33	100	0	134	26	29	0	43	1.55
36718677--36718702	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
36728895--36728929	18	2.0	17	94	5	61	48	0	0	51	1.00
36729091--36729185	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
36729166--36729217	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
36729330--36729396	31	2.1	33	91	5	111	25	1	35	37	1.65
36729330--36729396	16	4.2	16	90	5	109	25	1	35	37	1.65
36729596--36729930	122	2.7	122	92	6	531	50	6	0	42	1.32
36729613--36729908	63	5.0	56	65	22	160	51	5	0	42	1.30
36742561--36742601	16	2.6	16	96	0	73	31	7	34	26	1.84
36743017--36743069	19	2.8	19	100	0	106	32	9	9	49	1.67
36743406--36743440	18	1.9	18	94	0	61	34	20	14	31	1.92
36743455--36743518	20	3.2	20	66	24	53	32	17	9	40	1.81
36743444--36743624	40	4.5	40	90	0	281	32	16	8	43	1.78
36758907--36758962	28	2.0	28	82	6	69	30	7	1	60	1.33
36759009--36759059	12	4.2	12	78	14	50	39	1	0	58	1.09
36759031--36759074	12	3.5	13	85	11	56	34	2	0	63	1.07
36761300--36761404	43	2.4	43	93	0	174	30	19	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36764447--36764602	54	3.0	54	89	5	225	25	18	8	47	1.77
36766593--36766766	20	9.2	19	66	24	75	31	5	1	61	1.28
36766577--36766656	37	2.3	32	78	18	79	32	2	2	62	1.22
36778688--36779079	114	3.5	115	87	8	581	34	16	18	30	1.93
36791577--36791616	21	1.9	21	89	0	62	30	22	30	17	1.97
36797338--36797626	43	6.6	43	78	7	267	24	14	28	31	1.95
36799332--36799438	43	2.5	43	83	3	126	30	28	17	23	1.97
36799453--36799523	10	7.0	10	73	19	58	60	2	1	35	1.20
36801080--36801107	7	4.0	7	100	0	56	28	0	28	42	1.56
36803659--36803712	16	3.8	16	70	27	57	48	3	9	38	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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