genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66893804--66893857	11	5.1	11	77	8	67	33	14	20	31	1.93
66894891--66894972	41	2.0	41	88	4	121	20	17	32	29	1.95
66904560--66904601	23	1.9	22	85	9	59	26	7	47	19	1.74
66904629--66904694	34	1.9	34	87	0	96	33	21	19	25	1.97
66932466--66932642	40	4.5	39	80	4	178	24	21	27	27	1.99
66932466--66932642	80	2.2	80	84	3	223	24	21	27	27	1.99
66932870--66932911	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
66935685--66935812	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
66935685--66935812	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
66936238--66936714	235	2.0	236	93	4	805	32	14	18	34	1.90
66936734--66936761	10	2.8	10	100	0	56	32	21	0	46	1.52
66939729--66939760	13	2.5	13	95	5	57	34	0	40	25	1.56
66940269--66940303	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
66940416--66940490	26	2.9	26	88	4	98	45	4	6	44	1.48
66941386--66941449	31	2.1	31	87	0	92	25	25	14	35	1.93
66941657--66941761	25	4.4	24	88	9	162	28	21	19	30	1.97
66941809--66941875	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
66941809--66941864	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
66951964--66952092	24	5.4	23	90	6	179	29	22	17	31	1.96
66952142--66952180	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
66952143--66952187	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
66953958--66954035	15	5.4	14	71	10	59	44	38	1	15	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66953978--66954035	21	2.7	21	86	2	71	41	41	1	15	1.57
66953996--66954028	14	2.3	15	89	5	50	39	45	0	15	1.46
66954066--66954147	42	2.0	41	82	2	101	32	37	1	28	1.65
66954112--66954200	29	3.1	28	82	10	92	33	40	1	24	1.63
66954719--66954812	40	2.4	39	80	5	109	29	23	17	29	1.97
66954899--66955030	40	3.3	38	79	9	138	22	20	24	32	1.98
66966704--66966799	39	2.4	39	89	1	147	33	27	4	35	1.76
66968622--66968661	21	2.0	20	85	9	55	72	2	22	2	1.09
66970975--66971013	21	1.9	20	89	5	60	28	2	20	48	1.62
66972170--66972199	11	2.6	12	89	10	53	20	0	26	53	1.46
66973590--66973631	22	1.9	22	85	0	57	42	0	21	35	1.53
66974092--66974253	42	3.8	42	80	4	184	32	16	23	27	1.95
66981323--66981361	21	1.9	20	89	5	60	30	7	20	41	1.80
66983173--66983309	45	3.0	44	90	2	211	27	21	35	16	1.95
66985592--66985762	93	1.8	93	92	2	290	21	21	28	28	1.99
66985596--66985767	46	3.7	45	77	13	188	22	21	27	28	1.99
66993601--66993853	68	3.9	64	77	10	210	29	16	29	24	1.97
66993670--66993853	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
67004043--67004067	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
67008935--67009113	27	6.6	26	79	8	162	27	15	27	29	1.96
67008935--67009113	54	3.3	54	78	9	184	27	15	27	29	1.96
67008932--67009114	83	2.2	82	80	4	217	27	15	27	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67009017--67009124	27	3.9	27	82	2	72	26	15	27	29	1.96
67017056--67017234	27	6.6	26	80	8	171	27	16	27	28	1.97
67017056--67017234	54	3.3	54	80	9	193	27	16	27	28	1.97
67017053--67017235	83	2.2	82	81	4	226	27	16	27	28	1.97
67017138--67017245	27	3.9	27	82	2	72	26	15	27	29	1.96
67021356--67021439	41	2.1	40	80	10	91	42	1	14	41	1.53
67042934--67042993	31	1.9	32	90	10	97	46	10	0	43	1.37
67046914--67047096	48	3.8	48	87	1	233	33	24	17	25	1.96
67046914--67047096	96	1.9	96	86	0	258	33	24	17	25	1.96
67048320--67048371	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
67050284--67050335	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
67054376--67054417	21	2.0	21	100	0	84	33	19	14	33	1.91
67061696--67061727	11	2.9	11	95	0	55	21	62	0	15	1.32
67061823--67061886	14	4.6	14	74	5	58	6	25	0	68	1.12
67061824--67061886	28	2.2	28	77	5	65	6	25	0	68	1.13
67072384--67072423	17	2.4	17	86	0	53	17	42	22	17	1.89
67073304--67073332	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
67073306--67073341	13	2.8	13	84	16	56	38	0	0	61	0.96
67073396--67073443	23	2.1	23	88	0	69	43	4	10	41	1.58
67073524--67073609	4	20.8	4	71	15	52	69	2	26	1	1.07
67073515--67073555	17	2.4	17	87	4	55	73	4	21	0	1.02
67073530--67073611	21	3.7	23	77	16	75	68	2	28	1	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67073581--67073614	15	2.1	16	89	10	52	67	0	32	0	0.91
67073580--67073618	16	2.3	18	82	13	55	69	0	30	0	0.89
67074474--67074589	40	2.9	39	85	3	142	40	9	15	34	1.80
67077025--67077069	7	6.3	7	82	14	56	11	0	4	84	0.76
67088258--67088289	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
67088258--67088288	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
67092707--67092747	5	8.6	5	89	10	68	19	0	0	80	0.71
67092707--67092746	9	4.3	9	93	6	71	20	0	0	80	0.72
67092707--67092746	14	2.9	14	85	14	64	20	0	0	80	0.72
67102362--67102414	26	2.0	26	85	7	72	73	3	0	22	0.99
67102361--67102466	9	10.8	9	71	23	63	66	2	0	30	1.05
67102378--67102425	22	2.2	23	81	11	64	70	2	0	27	0.98
67102390--67102454	22	2.9	22	88	2	94	61	3	0	35	1.12
67103000--67103135	9	14.3	9	71	17	62	34	5	3	56	1.39
67103000--67103064	29	2.3	28	81	2	76	36	6	3	53	1.41
67103037--67103083	21	2.3	21	85	7	62	38	4	4	53	1.40
67103093--67103215	8	14.0	8	69	19	52	30	4	2	62	1.27
67103485--67103563	29	2.7	28	77	14	79	30	13	6	49	1.67
67105191--67105227	18	2.1	18	89	0	56	45	10	16	27	1.80
67105803--67106088	143	2.0	143	96	0	527	30	16	22	31	1.96
67108293--67108466	51	3.4	51	90	1	287	32	14	22	29	1.94
67112931--67113074	72	2.0	72	98	0	279	23	19	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67118814--67118890	38	2.0	38	100	0	154	46	20	0	32	1.51
67122708--67122777	34	2.1	34	100	0	140	41	2	8	47	1.49
67123598--67123681	26	3.2	26	94	0	141	33	4	23	38	1.76
67125304--67125417	27	4.2	26	81	7	120	16	21	22	38	1.93
67135528--67135562	9	3.9	9	92	0	52	25	37	0	37	1.57
67135773--67135798	10	2.6	10	100	0	52	46	0	0	53	1.00
67140213--67140295	26	3.2	26	64	16	73	42	10	15	31	1.82
67140201--67140303	51	2.0	51	98	0	197	39	11	19	29	1.87
67140203--67140282	25	3.2	25	63	16	65	37	12	17	32	1.87
67140920--67140977	23	2.5	23	70	10	55	62	6	1	29	1.31
67141286--67141363	5	15.0	5	72	17	52	57	2	2	37	1.26
67141248--67141331	26	3.1	27	72	14	77	55	4	2	36	1.34
67143259--67144136	205	4.3	206	91	1	1361	28	21	17	32	1.96
67143259--67144136	411	2.1	410	90	2	1386	28	21	17	32	1.96
67155679--67155736	23	2.5	23	70	10	55	62	6	1	29	1.31
67156050--67156126	5	15.0	5	74	15	59	57	2	2	37	1.27
67160312--67160370	28	2.1	28	93	0	100	32	16	16	33	1.92
67164464--67164524	30	2.0	30	100	0	122	44	22	0	32	1.54
67165377--67165416	20	2.1	19	85	4	53	55	7	0	37	1.29
67166151--67166340	88	2.2	86	84	3	249	34	21	8	35	1.84
67166732--67166853	55	2.2	56	82	4	140	34	3	0	61	1.18
67166861--67167073	87	2.5	85	79	9	234	32	8	19	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67169043--67169197	26	6.2	26	65	21	82	39	21	18	20	1.93
67174740--67174865	46	2.6	47	80	11	121	30	34	13	21	1.92
67174784--67174950	52	3.2	52	81	5	192	31	27	14	25	1.95
67177583--67177636	28	1.9	28	81	7	65	37	3	3	55	1.35
67181294--67181332	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
67191339--67191406	29	2.3	29	82	5	84	27	30	14	26	1.95
67191228--67191555	174	1.9	174	96	0	611	31	24	14	29	1.95
67191515--67191586	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
67199470--67199536	29	2.3	29	84	5	91	28	29	13	28	1.94
67199358--67199685	174	1.9	174	95	0	593	30	24	14	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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