genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.308.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  308  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97412670--97412712	7	6.1	7	78	10	52	44	13	2	39	1.57
97412667--97412710	15	3.2	13	78	15	52	43	13	4	38	1.65
97416753--97416788	17	2.1	17	100	0	72	38	16	0	44	1.48
97416757--97416795	17	2.3	17	90	0	60	46	10	0	43	1.37
97426334--97426363	14	2.1	14	93	0	51	63	0	10	26	1.26
97426506--97426544	20	2.0	20	85	10	53	56	7	5	30	1.49
97426651--97426729	14	5.7	13	74	21	63	70	0	2	26	0.99
97426651--97426729	21	3.7	21	78	10	72	70	0	2	26	0.99
97433818--97433853	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
97434849--97434891	15	2.9	15	82	0	59	13	34	18	32	1.90
97438498--97438544	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
97441637--97441714	40	2.0	40	100	0	156	32	11	12	43	1.79
97442703--97442740	16	2.2	18	86	9	53	50	2	21	26	1.62
97445089--97445121	16	2.1	16	100	0	66	24	12	12	51	1.73
97456977--97458897	960	2.0	960	100	0	3842	33	13	18	33	1.90
97467989--97468281	146	2.0	146	95	0	523	33	20	10	35	1.88
97468020--97468314	146	2.0	145	86	5	416	35	20	10	33	1.87
97469104--97469138	12	2.9	12	91	0	52	28	31	14	25	1.95
97469354--97469445	22	4.1	22	74	2	85	38	16	14	31	1.88
97469354--97469444	45	2.0	45	89	0	137	38	16	14	30	1.88
97469456--97469545	44	2.1	43	83	6	110	34	21	17	26	1.95
97469736--97469813	15	5.1	15	69	6	57	30	19	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97472735--97472770	10	3.4	10	85	14	54	2	8	0	88	0.59
97473712--97473741	13	2.2	14	94	5	53	33	0	0	66	0.92
97473717--97473762	16	3.0	15	82	17	51	26	0	6	67	1.15
97475626--97475701	38	1.9	39	86	5	109	36	3	7	51	1.50
97478562--97478586	9	2.8	9	100	0	50	24	8	32	36	1.84
97478747--97478771	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
97480507--97480558	22	2.4	22	93	0	86	42	7	3	46	1.51
97492738--97492774	4	9.2	4	100	0	74	51	24	0	24	1.49
97493081--97493110	13	2.2	14	94	5	53	76	23	0	0	0.78
97505079--97505108	7	4.3	7	91	0	51	40	0	3	56	1.16
97507893--97507935	18	2.4	18	92	0	68	25	13	4	55	1.58
97510389--97510433	25	2.0	24	83	16	60	60	0	28	11	1.31
97512376--97513024	325	2.0	326	93	0	1111	26	16	23	33	1.96
97516650--97516692	20	2.0	22	86	8	63	44	6	9	39	1.64
97526576--97526699	33	3.8	33	96	0	230	29	42	9	17	1.81
97529358--97529409	18	2.7	20	82	11	63	57	1	0	40	1.10
97532607--97532728	56	2.2	54	85	2	154	44	13	14	27	1.83
97534020--97534076	28	2.0	28	96	0	105	40	22	14	22	1.90
97535361--97535495	65	2.1	65	97	0	252	53	14	17	15	1.73
97544519--97544739	110	2.0	110	87	0	316	28	16	23	31	1.96
97548331--97548364	10	3.1	11	91	8	52	61	0	0	38	0.96
97548333--97548381	9	5.2	9	83	13	55	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97548348--97548382	18	2.0	18	94	5	63	80	0	0	20	0.72
97549598--97549632	17	2.1	17	94	0	61	31	20	14	34	1.92
97560397--97560643	123	2.0	123	86	0	341	23	38	10	27	1.87
97563419--97563444	7	3.7	7	100	0	52	46	11	0	42	1.40
97572075--97572263	105	1.8	105	95	0	342	14	20	22	41	1.89
97572239--97572308	21	3.2	21	65	31	56	8	28	17	45	1.77
97572219--97572308	45	2.0	45	100	0	180	8	28	15	46	1.76
97572219--97572287	22	3.0	24	64	31	60	10	30	13	46	1.75
97572226--97572298	24	3.2	24	62	18	64	8	28	13	49	1.71
97572238--97572311	24	3.2	24	63	18	66	9	28	16	45	1.78
97577973--97578491	259	2.0	259	96	0	966	25	15	22	37	1.93
97578596--97578620	4	6.2	4	100	0	50	0	28	0	72	0.86
97579324--97579489	42	4.0	42	82	5	185	26	23	24	25	2.00
97581710--97581740	6	5.2	6	100	0	62	35	48	0	16	1.46
97583378--97583574	42	4.8	42	82	4	231	25	26	20	26	1.99
97590754--97590814	15	4.2	14	80	15	63	44	6	0	49	1.28
97599414--97599550	42	3.3	42	79	2	132	23	24	24	28	2.00
97601323--97601557	116	2.0	116	99	0	461	30	34	11	24	1.90
97611586--97611620	16	2.1	16	89	5	52	68	5	0	25	1.11
97611613--97611670	21	2.8	19	82	10	62	70	8	0	20	1.13
97614663--97614723	30	2.0	30	100	0	122	19	9	22	47	1.79
97618063--97618092	4	7.5	4	100	0	60	73	0	26	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97620533--97620558	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
97626674--97626729	25	2.2	25	81	9	60	35	1	1	60	1.17
97626696--97626745	17	3.0	16	80	13	57	32	0	2	66	1.03
97626693--97626741	25	2.0	25	92	8	82	32	0	2	65	1.04
97626999--97627037	15	2.5	15	91	8	60	43	0	0	56	0.99
97631115--97631140	6	4.3	6	100	0	52	34	30	15	19	1.93
97642890--97642934	10	4.5	10	77	0	54	62	0	0	37	0.96
97643332--97643377	21	2.3	21	81	7	60	28	0	2	69	1.00
97652582--97652825	117	2.1	117	96	0	443	26	9	42	22	1.83
97653592--97653654	27	2.4	28	76	10	69	53	4	0	41	1.22
97654309--97654445	17	7.3	19	67	23	69	48	0	0	49	1.11
97654339--97654388	25	1.9	27	84	15	70	48	0	0	52	1.00
97654389--97654444	22	2.5	23	80	11	62	50	1	1	46	1.22
97657936--97658030	48	2.0	48	89	0	145	53	9	7	29	1.60
97662646--97662679	6	5.7	6	85	0	50	70	2	0	26	1.01
97666451--97666489	19	2.0	20	85	5	53	23	7	5	64	1.40
97668314--97668349	16	2.2	16	95	0	63	44	0	33	22	1.53
97668590--97668723	18	7.9	18	68	17	81	56	1	0	41	1.13
97668641--97668696	15	4.0	15	73	17	57	55	0	0	44	0.99
97668651--97668709	26	2.3	25	85	8	82	57	1	0	40	1.09
97668646--97668844	59	3.3	60	72	14	214	54	3	1	41	1.24
97668624--97668866	120	2.0	120	96	0	450	51	4	1	42	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97677707--97677747	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
97679423--97679483	31	2.0	31	100	0	122	40	32	6	19	1.77
97683150--97685602	210	11.7	210	96	0	4329	30	17	19	33	1.94
97686893--97686948	29	1.9	29	88	0	85	53	12	7	26	1.64
97691506--97692016	210	2.5	207	85	6	649	32	18	16	33	1.93
97699488--97699546	20	2.8	21	82	5	75	45	0	3	50	1.18
97699519--97699587	32	2.2	32	80	17	81	50	0	2	46	1.16
97700620--97700654	18	2.0	18	94	5	63	48	5	11	34	1.63
97700811--97700929	51	2.3	53	83	4	152	18	19	19	42	1.89
97701045--97701148	18	5.8	18	88	0	136	37	10	16	35	1.83
97703192--97703230	20	1.9	21	89	5	62	25	12	15	46	1.81
97708644--97708695	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
97709366--97709414	23	2.1	24	92	3	82	32	0	2	65	1.04
97710269--97710529	129	2.0	128	91	2	416	31	16	22	29	1.96
97712772--97712869	5	18.4	5	69	26	51	73	5	2	19	1.12
97712777--97712840	28	2.3	28	83	0	74	76	4	3	15	1.08
97712803--97712844	22	2.0	22	85	4	59	78	4	0	16	0.91
97712772--97712869	15	6.5	15	73	18	62	73	5	2	19	1.12
97712908--97712979	3	24.7	3	70	16	53	65	5	1	27	1.23
97712918--97712970	14	3.7	15	76	16	58	60	7	1	30	1.35
97713453--97713482	11	2.9	10	90	9	51	23	6	0	70	1.11
97718739--97718794	22	2.6	20	76	15	58	35	1	1	60	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97721403--97721429	12	2.2	12	100	0	54	29	37	7	25	1.83
97722885--97722993	52	2.1	52	94	0	191	18	40	15	25	1.90
97723311--97723364	12	4.2	12	79	9	54	40	1	1	55	1.21
97723303--97723352	25	1.9	25	84	8	64	40	2	2	56	1.22
97724212--97724245	17	2.1	17	94	5	61	52	0	0	47	1.00
97724366--97724510	39	3.7	38	76	13	125	28	21	22	26	1.99
97724603--97724686	39	2.1	40	88	2	125	22	22	20	34	1.97
97731791--97731873	43	2.0	42	90	2	130	48	19	7	25	1.74
97734306--97734361	17	3.4	16	79	16	60	42	1	0	55	1.10
97736805--97736888	43	2.0	43	92	0	141	25	7	19	48	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318