genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  43  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16082015--16082187	85	2.0	85	98	0	337	48	5	12	32	1.65
16092283--16092322	21	1.9	21	90	10	64	45	2	0	52	1.14
16092253--16092314	31	2.0	32	81	9	74	37	3	0	59	1.13
16093754--16093791	19	2.0	19	94	0	67	34	10	7	47	1.67
16097103--16097218	58	2.0	57	91	3	189	50	6	31	12	1.66
16101952--16101982	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
16101967--16102024	27	2.1	28	81	9	66	51	3	0	44	1.18
16113225--16113265	7	5.9	7	83	11	57	60	0	0	39	0.96
16120713--16120741	14	2.1	14	100	0	58	48	0	0	51	1.00
16125758--16125866	54	2.0	54	100	0	218	28	14	9	47	1.75
16127997--16128076	40	2.0	40	100	0	160	22	25	17	35	1.95
16141898--16141939	22	1.9	22	85	0	57	52	0	0	47	1.00
16141961--16142002	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
16141965--16142001	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
16142426--16142469	14	3.2	14	87	3	54	36	9	6	47	1.62
16142444--16142484	14	2.9	14	92	7	66	36	19	7	36	1.80
16143847--16144022	46	3.8	46	77	12	198	19	20	30	29	1.97
16143844--16144014	93	1.8	93	92	0	288	19	21	30	28	1.98
16158819--16158856	5	7.6	5	88	11	60	15	0	0	84	0.63
16161140--16161305	53	3.1	53	87	6	203	25	15	28	30	1.95
16168343--16168508	53	3.1	53	87	6	212	25	15	28	30	1.96
16170147--16170297	53	2.8	54	88	6	209	30	27	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16178221--16178251	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
16183314--16183369	26	2.2	26	86	0	76	44	14	8	32	1.76
16193057--16193114	29	2.0	29	90	6	91	41	36	6	15	1.74
16198737--16198779	9	4.8	9	94	0	77	23	9	30	37	1.86
16198940--16198964	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
16203408--16203478	30	2.4	28	81	9	79	30	5	7	56	1.49
16205004--16205047	23	1.9	23	95	0	79	20	20	9	50	1.75
16207041--16207076	5	7.0	5	93	6	63	38	0	0	61	0.96
16207111--16207171	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
16208365--16208436	36	2.0	36	100	0	144	38	2	25	33	1.70
16208674--16208808	39	3.4	39	75	8	123	24	20	26	28	1.99
16214852--16214882	5	6.0	5	92	7	53	38	0	0	61	0.96
16214917--16214977	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
16216444--16216578	39	3.4	39	75	8	114	24	20	26	28	1.99
16220506--16220571	32	2.1	32	100	0	132	37	21	21	19	1.94
16224749--16224941	47	4.0	49	80	9	191	30	29	17	23	1.97
16230399--16230554	25	6.3	26	69	17	91	17	25	19	37	1.94
16230371--16230466	50	1.9	50	82	0	120	20	22	16	39	1.92
16230513--16230566	25	2.2	25	86	6	74	18	31	20	29	1.96
16231599--16231727	46	2.8	46	95	0	222	19	21	29	29	1.98
16238660--16238835	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
16238657--16238828	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16247994--16248201	67	3.2	66	78	11	221	23	28	16	31	1.96
16252479--16252613	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
16254176--16254221	5	9.0	5	95	4	83	60	0	0	39	0.97
16254815--16255068	46	5.5	46	97	0	463	38	13	25	22	1.90
16255051--16255084	16	2.1	16	100	0	68	23	11	32	32	1.91
16255071--16255197	45	2.7	47	85	3	159	39	16	25	18	1.91
16255478--16255510	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
16261974--16262001	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
16263638--16263701	29	2.2	27	76	15	65	50	7	4	37	1.52
16268504--16268587	41	2.0	41	97	0	159	20	14	27	38	1.91
16282853--16282893	14	2.8	15	82	13	50	58	2	0	39	1.11
16299127--16299168	22	1.9	22	95	0	75	23	9	4	61	1.45
16301345--16301369	12	2.1	12	100	0	50	44	8	32	16	1.76
16309427--16309571	47	3.0	47	83	5	173	31	26	15	26	1.95
16313779--16313816	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
16319330--16319557	46	5.0	46	89	1	314	40	14	22	21	1.90
16320846--16320912	23	2.8	24	80	8	75	64	4	0	31	1.14
16321690--16321732	18	2.4	17	81	11	50	37	0	16	46	1.47
16322149--16322176	13	2.2	13	100	0	56	53	0	0	46	1.00
16322690--16322753	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
16325361--16325404	15	2.9	15	82	0	61	36	2	13	47	1.56
16325913--16325952	19	2.2	18	86	13	55	47	0	22	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16328779--16328815	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
16329378--16329551	46	3.8	46	78	13	194	20	18	29	30	1.97
16329373--16329543	93	1.8	93	91	0	279	20	19	29	29	1.97
16337086--16337313	46	5.0	46	89	1	296	22	24	14	38	1.91
16339775--16339816	21	2.0	21	81	9	50	52	2	11	33	1.51
16344565--16344593	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
16348110--16348214	50	2.1	50	98	1	203	30	7	21	40	1.81
16348927--16349508	131	4.5	131	89	1	755	27	18	18	36	1.94
16362208--16362252	20	2.2	20	92	0	72	28	4	8	57	1.48
16370671--16370737	32	2.0	33	86	11	93	58	2	2	35	1.29
16379449--16379558	38	2.8	38	87	2	148	24	20	23	31	1.98
16379556--16379709	43	3.6	43	92	0	254	10	25	33	30	1.89
16380042--16380165	45	2.8	44	86	7	164	23	21	30	24	1.99
16382003--16382138	53	2.6	53	88	2	193	25	16	28	29	1.97
16385558--16385598	11	3.9	11	81	12	59	29	7	21	41	1.80
16385560--16385603	20	2.2	20	100	0	88	31	4	22	40	1.74
16385963--16386021	25	2.5	24	81	13	68	44	5	11	38	1.63
16387545--16387645	47	2.1	47	87	3	141	20	21	25	31	1.98
16391298--16391546	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
16391297--16391546	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
16391641--16391672	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
16392666--16392771	20	5.5	17	68	23	68	0	25	11	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16392683--16392754	23	3.4	23	70	21	84	0	29	8	62	1.24
16392648--16392782	40	3.3	40	95	2	234	0	27	8	63	1.24
16392800--16392853	3	20.0	3	75	21	57	61	0	0	38	0.96
16392792--16392856	5	13.2	5	80	19	75	60	0	0	40	0.97
16392803--16392856	8	6.5	8	76	23	58	61	0	0	38	0.96
16392792--16392856	29	2.2	28	89	8	94	60	0	0	40	0.97
16393386--16393536	53	2.8	53	87	4	196	25	15	27	31	1.96
16395933--16396088	41	3.8	41	97	0	285	29	21	22	26	1.99
16396303--16396366	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
16396310--16396383	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
16411435--16411839	52	8.1	51	81	10	489	34	14	22	28	1.93
16411421--16411840	98	4.3	98	95	0	741	34	14	22	28	1.93
16411803--16411991	37	5.0	37	87	8	265	38	16	21	23	1.93
16411819--16411974	80	2.0	80	96	0	285	39	16	20	23	1.92
16413244--16413411	58	3.0	58	87	10	237	22	13	30	33	1.92
16413263--16413353	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
16413304--16413446	49	2.9	49	93	0	232	23	13	30	32	1.94
16416582--16417043	52	9.3	51	83	9	569	34	13	22	29	1.93
16416574--16417063	98	5.0	98	90	3	684	34	14	22	28	1.93
16416568--16417033	150	3.1	147	85	10	592	34	14	22	28	1.93
16417002--16417189	37	5.0	37	90	4	272	36	15	22	25	1.94
16424153--16424187	18	1.9	18	88	0	52	54	11	0	34	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16424265--16424305	13	3.2	13	92	0	64	58	24	0	17	1.38
16430695--16430740	24	1.9	24	82	8	58	45	0	0	54	0.99
16440324--16440370	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
16447298--16447358	20	3.0	20	69	13	52	32	0	8	59	1.27
16455626--16455684	19	3.1	19	85	7	66	67	1	0	30	1.00
16457259--16457310	25	2.1	25	88	0	77	40	15	7	36	1.76
16457414--16457482	34	2.0	34	94	0	120	31	27	4	36	1.77
16458421--16458475	25	2.3	23	78	12	58	41	3	16	38	1.66
16458584--16458655	27	2.6	28	73	8	67	61	4	6	27	1.41
16458541--16458749	25	8.6	25	70	16	100	55	4	6	33	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318