genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88168368--88168424	30	1.9	30	82	13	73	36	19	1	42	1.62
88171273--88171320	21	2.3	21	78	7	53	31	4	2	62	1.26
88171348--88171407	20	3.1	20	88	7	88	38	0	6	55	1.27
88172558--88172601	23	1.9	23	86	9	63	50	11	0	38	1.39
88178304--88178562	44	5.8	44	82	7	283	22	17	28	30	1.97
88178304--88178562	89	2.9	89	90	3	382	22	17	28	30	1.97
88180892--88180924	5	6.6	5	92	0	57	39	0	3	57	1.14
88183470--88183520	25	2.0	25	96	0	93	21	29	11	37	1.89
88188810--88188847	19	2.1	19	85	5	51	36	7	13	42	1.73
88189535--88189559	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
88201831--88201989	43	3.7	41	77	9	149	30	26	20	22	1.98
88201818--88201995	85	2.1	86	83	9	222	32	25	19	23	1.97
88206732--88206787	28	2.0	29	89	3	87	16	21	41	21	1.90
88223181--88223321	51	2.8	51	68	12	126	27	0	12	60	1.32
88223184--88223444	110	2.4	105	81	14	325	28	1	11	58	1.42
88223231--88223433	110	1.8	113	89	8	326	25	1	13	60	1.42
88226746--88226793	25	1.9	25	83	8	62	39	2	2	56	1.23
88226746--88226793	12	3.8	12	86	8	60	39	2	2	56	1.23
88227423--88227451	12	2.5	12	94	5	51	48	0	0	51	1.00
88227425--88227455	16	1.9	16	93	0	53	45	0	0	54	0.99
88227559--88227592	12	2.8	12	95	0	59	55	0	2	41	1.15
88227607--88227647	21	1.9	22	85	5	57	43	2	2	51	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88228974--88229008	18	1.9	18	88	0	52	11	40	31	17	1.85
88229090--88229119	12	2.5	12	94	0	51	30	50	13	6	1.67
88239978--88241609	652	2.5	654	92	2	2677	41	13	17	27	1.86
88242881--88242955	39	1.9	39	97	0	141	37	13	12	37	1.82
88246480--88246549	28	2.8	23	75	19	77	17	4	34	44	1.68
88246453--88246536	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
88246740--88246782	22	2.0	22	100	0	86	18	18	25	37	1.94
88255207--88255257	3	16.7	3	76	11	50	23	1	0	74	0.92
88256372--88256404	14	2.4	14	94	0	57	36	24	6	33	1.80
88256380--88256415	18	2.0	18	88	0	54	44	22	2	30	1.67
88263274--88263347	38	1.9	38	97	0	139	40	9	17	32	1.82
88264412--88264627	46	4.6	47	78	11	167	23	30	17	28	1.97
88264414--88264634	94	2.3	95	83	6	270	23	30	17	28	1.97
88264412--88264638	47	4.8	45	79	14	203	24	30	17	28	1.97
88276119--88276156	20	2.1	19	85	14	53	39	10	26	23	1.87
88281948--88282014	33	2.0	34	97	2	127	35	14	2	46	1.61
88282987--88283016	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
88289253--88289300	19	2.6	18	90	9	78	72	0	10	16	1.10
88310362--88310442	40	2.0	40	100	0	162	27	22	0	50	1.49
88311975--88312013	18	2.1	19	85	4	53	28	17	7	46	1.76
88315819--88315881	32	1.9	33	84	9	85	12	0	44	42	1.42
88315939--88315976	16	2.4	16	83	16	53	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88316080--88316464	126	3.1	123	77	5	371	36	17	16	29	1.91
88319562--88319650	29	3.1	29	66	23	80	52	4	4	38	1.42
88319573--88319666	27	3.4	27	69	22	79	58	4	4	32	1.37
88319552--88319686	56	2.4	56	96	0	252	53	5	2	37	1.41
88319591--88319677	27	3.2	26	67	23	70	52	6	2	37	1.41
88320104--88320138	18	1.9	18	88	0	52	42	2	25	28	1.69
88320749--88320802	7	7.7	7	95	0	99	57	12	0	29	1.36
88321746--88321843	48	2.0	48	88	3	144	59	3	4	33	1.32
88321994--88322059	10	6.4	10	81	13	71	39	1	27	31	1.66
88324006--88324034	15	1.9	15	100	0	58	68	13	10	6	1.37
88328873--88328913	22	1.9	21	90	5	64	53	9	0	36	1.34
88343702--88343741	21	2.0	21	85	5	55	25	17	15	42	1.88
88346664--88346705	22	2.0	21	90	4	66	54	0	4	40	1.21
88362305--88362364	27	2.2	27	88	5	86	50	0	0	50	1.00
88362305--88362364	13	4.4	14	89	6	88	50	0	0	50	1.00
88362307--88362365	14	4.3	14	89	6	77	49	0	0	50	1.00
88362343--88362438	49	2.0	48	82	13	117	46	4	1	47	1.28
88369979--88370011	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
88372863--88372921	6	9.8	6	92	0	100	81	1	1	15	0.86
88378284--88378316	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
88380783--88380807	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
88380758--88380825	34	1.9	37	88	8	106	39	1	5	52	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88380765--88380842	34	2.3	35	78	12	90	43	0	5	51	1.24
88382086--88382236	39	3.9	39	84	0	194	39	11	12	37	1.79
88382117--88382173	18	2.8	20	69	15	55	42	8	12	36	1.74
88382099--88382162	18	3.4	18	72	16	58	40	4	14	40	1.66
88383103--88383263	76	2.2	74	86	7	220	19	24	19	36	1.95
88386603--88386761	43	3.7	43	78	7	162	32	24	17	25	1.97
88389251--88389322	32	2.2	33	76	14	78	48	12	4	34	1.60
88394029--88394112	28	3.2	28	64	25	74	25	16	28	29	1.97
88393981--88394170	50	3.8	49	84	1	227	25	18	26	28	1.98
88397126--88397194	14	4.8	13	73	26	52	11	11	14	62	1.55
88399550--88399739	50	3.8	49	84	1	227	25	18	26	28	1.98
88401870--88401943	29	2.6	29	84	4	96	48	20	18	12	1.80
88405259--88405438	40	4.4	41	81	9	199	26	15	26	31	1.96
88405259--88405438	81	2.2	82	81	10	217	26	15	26	31	1.96
88405540--88405564	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
88409311--88409378	31	2.2	31	97	0	127	27	14	25	32	1.95
88411869--88412035	35	4.6	35	82	8	192	31	10	23	33	1.89
88411869--88412039	75	2.4	75	84	7	212	32	11	23	33	1.90
88436631--88436689	21	2.8	21	94	0	100	22	25	30	22	1.99
88437043--88437118	3	25.3	3	72	10	57	30	9	0	60	1.28
88437211--88437239	9	3.3	9	90	9	51	17	0	0	82	0.66
88439765--88439818	26	2.1	26	96	0	99	29	16	0	53	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88439909--88439988	3	27.7	3	71	12	51	25	7	3	63	1.37
88450238--88450424	48	3.9	48	75	6	191	27	17	27	28	1.97
88450240--88450426	96	1.9	96	89	2	286	27	17	27	27	1.98
88454433--88454642	75	2.8	75	89	2	298	25	21	23	29	1.99
88454489--88454642	35	4.1	38	73	15	117	25	21	23	29	1.99
88454505--88454642	35	3.8	34	74	13	132	25	21	23	28	1.99
88459069--88459134	17	4.1	16	72	14	55	50	3	1	45	1.26
88459446--88459653	41	5.1	41	88	0	301	36	18	24	20	1.95
88460176--88460205	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
88460276--88460644	183	2.0	183	96	1	686	27	15	14	42	1.86
88460845--88460873	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
88461096--88462334	358	3.5	358	98	0	2365	35	14	11	38	1.83
88462544--88462599	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
88462704--88462893	9	20.6	9	74	10	107	47	13	1	37	1.52
88462738--88462893	17	8.9	17	71	11	93	47	12	1	39	1.49
88462677--88462884	96	2.1	96	80	5	231	47	12	1	38	1.52
88468104--88468132	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
88468544--88468605	21	3.0	21	83	9	90	29	20	50	0	1.49
88468979--88469189	43	4.9	43	94	0	368	21	28	20	28	1.98
88470692--88470731	17	2.3	18	86	4	55	67	2	0	30	1.04
88472364--88472388	13	1.9	13	100	0	50	28	8	16	48	1.74
88478359--88478571	3	71.0	3	68	19	83	32	3	2	60	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88478676--88478731	24	2.5	22	80	13	69	25	5	3	66	1.29
88492207--88492295	44	2.0	44	82	6	110	44	13	25	15	1.83
88493078--88493422	78	4.5	77	83	5	421	31	16	20	31	1.94
88493288--88493551	135	2.0	134	83	6	338	30	14	17	37	1.90
88494445--88494490	19	2.3	19	85	7	56	52	23	13	10	1.71
88494601--88494634	14	2.4	14	90	0	50	79	11	2	5	1.02
88495188--88495231	3	14.7	3	81	9	54	34	4	0	61	1.16
88495254--88495287	8	4.0	8	88	11	50	38	0	2	58	1.13
88495244--88495329	26	3.2	26	77	14	68	36	1	1	61	1.11
88495485--88495550	23	3.0	22	78	10	71	25	1	4	68	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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