genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59233197--59233246	24	2.1	24	100	0	100	26	38	8	28	1.84
59233101--59233342	120	2.0	119	96	3	450	29	30	8	31	1.86
59233221--59233394	49	3.6	48	97	1	314	30	29	7	32	1.85
59233054--59233391	167	2.0	168	94	1	588	28	31	8	31	1.87
59235834--59235946	49	2.3	49	83	4	129	27	19	30	23	1.98
59246175--59246216	22	1.9	22	95	0	75	45	2	19	33	1.63
59252654--59252875	49	4.7	50	76	12	195	27	18	29	25	1.98
59255641--59255868	49	4.6	49	77	5	233	28	25	19	27	1.99
59255641--59255766	50	2.6	49	85	1	153	29	26	18	25	1.98
59258253--59258430	40	4.5	40	83	6	179	27	20	26	25	1.99
59258206--59258430	80	2.8	79	79	8	215	26	20	27	25	1.99
59258259--59258463	79	2.6	79	79	11	190	27	20	27	23	1.99
59265089--59265260	79	2.2	79	84	3	220	25	21	28	24	1.99
59265036--59265258	40	5.6	39	79	7	207	26	21	27	24	1.99
59265116--59265293	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
59267994--59268033	20	2.0	20	95	0	71	32	25	12	30	1.92
59270651--59270875	40	5.6	40	94	3	373	23	23	27	26	2.00
59271134--59271177	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
59275814--59275842	15	1.9	15	100	0	58	3	62	0	34	1.12
59281647--59281822	27	6.5	27	84	3	201	30	27	14	27	1.95
59281666--59281821	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
59299144--59299282	40	3.5	39	84	8	201	23	23	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59316258--59316321	31	2.1	31	85	8	87	25	6	10	57	1.56
59324434--59324618	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
59324434--59324618	40	4.7	40	83	6	225	24	22	27	25	2.00
59324487--59324651	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
59328086--59328263	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
59328087--59328242	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
59328083--59328263	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
59331868--59331945	34	2.3	34	88	2	111	50	8	23	17	1.75
59334700--59334748	22	2.2	22	78	7	55	20	0	26	53	1.46
59344287--59344337	26	2.0	26	100	0	102	35	7	9	47	1.66
59345213--59345263	26	2.0	26	85	11	70	41	1	0	56	1.10
59347330--59347504	49	3.5	49	84	3	251	29	25	18	26	1.98
59347323--59347509	100	1.9	100	96	0	347	29	25	19	25	1.98
59348158--59348218	30	2.0	30	87	6	88	29	26	8	36	1.85
59352744--59352780	19	1.9	19	88	0	56	45	10	10	32	1.74
59359605--59359636	15	2.1	15	100	0	64	34	31	6	28	1.82
59359793--59359874	29	2.8	29	100	0	164	40	14	10	34	1.81
59365621--59365728	37	2.9	37	95	0	189	25	32	19	23	1.97
59365861--59366155	48	6.2	48	89	2	452	31	26	5	36	1.80
59365861--59366155	141	2.1	143	90	1	459	31	26	5	36	1.80
59367967--59368016	25	2.0	25	100	0	100	28	20	12	40	1.87
59369503--59369617	57	2.0	57	94	0	203	42	20	18	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59380501--59380585	42	2.0	42	95	0	152	44	21	1	32	1.60
59381145--59381180	17	2.1	17	90	10	56	47	19	0	33	1.50
59391822--59391992	93	1.8	93	92	0	288	21	22	28	26	1.99
59391826--59391997	46	3.7	46	77	13	190	22	22	27	27	1.99
59415003--59415126	61	2.0	61	100	0	248	37	3	17	41	1.66
59432053--59432108	28	2.0	28	89	0	85	39	21	5	33	1.76
59434973--59435075	46	2.2	48	85	3	138	34	13	24	27	1.93
59439749--59439955	27	7.6	27	91	3	315	26	14	28	30	1.95
59439749--59439955	55	3.8	55	96	0	360	26	14	28	30	1.95
59447851--59448057	27	7.6	27	91	3	315	26	14	28	30	1.95
59447851--59448057	55	3.8	55	96	0	360	26	14	28	30	1.95
59450715--59450834	48	2.5	48	84	5	147	34	15	22	28	1.94
59452187--59452225	21	1.9	20	85	15	53	23	5	0	71	1.05
59452226--59452280	22	2.3	23	87	9	76	38	5	0	56	1.23
59452292--59452438	7	20.1	7	67	23	56	31	2	0	65	1.12
59452292--59452451	26	6.1	26	75	17	93	31	2	1	64	1.15
59452830--59452864	18	1.9	18	88	0	52	22	0	5	71	1.07
59456503--59456529	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
59464309--59464697	44	8.9	43	74	10	290	30	14	28	26	1.95
59464304--59464678	88	4.3	88	78	7	327	30	14	28	27	1.95
59464700--59464755	20	3.1	20	66	28	61	30	17	25	26	1.97
59464687--59464755	34	2.0	34	97	0	129	34	17	24	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59464721--59464970	84	3.0	84	89	0	383	33	13	26	26	1.93
59464724--59464925	45	4.8	44	66	19	117	33	13	26	26	1.93
59464687--59464941	39	6.4	39	66	22	111	34	14	25	25	1.93
59464903--59465117	69	3.1	69	87	2	288	31	17	25	26	1.97
59465727--59465768	20	2.1	20	100	0	84	50	14	21	14	1.78
59466680--59466727	24	2.1	22	81	14	53	31	2	0	66	1.03
59466677--59466735	31	1.9	31	82	6	75	32	3	0	64	1.10
59466750--59466908	14	11.6	14	69	20	56	32	1	1	64	1.15
59466751--59466841	26	3.4	26	77	15	80	31	2	1	64	1.12
59466752--59466900	40	3.7	40	70	14	112	31	2	1	65	1.13
59466799--59466849	26	1.9	26	92	4	84	29	5	3	60	1.38
59466750--59466908	17	9.8	16	68	18	64	32	1	1	64	1.15
59467292--59467326	18	1.9	18	94	0	61	20	0	5	74	1.02
59472107--59472377	47	5.7	47	95	1	452	32	8	28	30	1.87
59472128--59472372	49	5.1	49	96	2	444	33	8	28	30	1.86
59472107--59472372	96	2.8	96	91	4	446	32	8	28	30	1.87
59472299--59472449	72	2.1	72	98	0	293	33	5	28	32	1.80
59472252--59472496	119	2.1	119	99	0	481	33	6	28	31	1.83
59472203--59472542	166	2.0	167	98	1	655	32	7	29	30	1.84
59472371--59472593	47	4.7	47	94	0	374	32	8	30	28	1.86
59472712--59472819	37	2.9	37	94	0	180	22	21	30	25	1.98
59476854--59476905	20	2.6	20	78	0	59	17	19	26	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59479742--59479836	27	3.5	28	76	12	99	33	25	13	27	1.93
59486733--59486757	13	1.9	13	100	0	50	80	0	12	8	0.92
59487826--59487850	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
59488390--59488463	28	2.5	30	79	14	84	60	10	4	24	1.47
59494863--59495027	46	3.6	44	78	8	145	24	29	21	24	1.99
59495946--59495991	23	2.1	23	84	8	60	30	30	26	13	1.93
59505363--59505580	79	2.7	79	81	8	230	24	26	22	26	2.00
59505377--59505580	40	5.1	40	80	8	220	24	26	22	25	2.00
59507900--59508080	79	2.3	81	82	7	219	25	22	27	24	2.00
59507900--59508080	40	4.6	40	81	9	201	25	22	27	24	2.00
59507949--59508113	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
59510359--59510678	93	3.4	93	78	3	234	38	18	13	29	1.89
59514581--59514636	25	2.3	24	76	11	60	60	0	3	35	1.14
59514581--59514637	18	3.3	16	75	20	53	61	0	3	35	1.13
59514573--59514636	33	1.9	34	87	12	98	62	0	3	34	1.11
59514600--59514687	26	3.5	24	82	14	99	61	1	4	32	1.24
59514601--59514687	12	6.8	13	72	19	53	60	1	4	33	1.24
59514717--59514770	25	2.2	25	90	3	83	66	1	0	31	1.02
59516170--59516729	132	4.2	132	87	1	687	25	28	16	30	1.96
59516178--59516729	44	12.6	44	81	3	556	25	27	16	30	1.96
59517774--59517837	32	2.0	32	100	0	128	25	37	9	28	1.87
59528821--59528876	25	2.3	24	76	11	60	60	0	3	35	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59528821--59528877	18	3.3	16	75	20	53	61	0	3	35	1.13
59528813--59528876	33	1.9	34	87	12	98	62	0	3	34	1.11
59528839--59528906	26	2.6	25	82	13	75	61	1	4	32	1.24
59528852--59528943	26	4.2	21	69	24	66	63	1	4	31	1.21
59528841--59528916	14	5.7	13	71	22	52	60	1	5	32	1.27
59528974--59529027	25	2.2	24	87	9	74	68	1	0	29	1.00
59528977--59529019	16	2.7	16	82	7	52	69	2	0	27	1.00
59531239--59531263	7	3.6	7	100	0	50	28	0	16	56	1.41
59537951--59537985	14	2.5	14	100	0	70	40	22	5	31	1.78
59537763--59538181	223	1.9	223	98	0	811	36	21	7	34	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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