genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20373994--20374023	13	2.3	13	94	0	51	30	13	6	50	1.67
20376222--20376248	14	1.9	14	100	0	54	22	18	14	44	1.86
20380698--20380734	19	1.9	19	88	0	56	56	27	0	16	1.40
20383748--20383803	15	3.7	15	78	7	60	60	3	1	33	1.24
20386098--20386133	18	2.0	18	88	0	54	66	8	0	25	1.19
20395162--20395330	89	1.9	89	87	2	250	30	18	12	38	1.88
20397376--20397521	52	3.0	48	77	10	145	24	17	29	28	1.98
20399496--20399528	14	2.5	14	90	9	52	63	3	0	33	1.10
20399489--20399540	10	4.6	11	80	15	54	57	1	0	40	1.10
20405883--20405958	36	2.1	36	100	0	152	43	5	2	48	1.39
20421718--20421766	22	2.2	22	81	3	53	57	6	4	32	1.42
20426986--20427046	32	1.9	32	83	6	79	44	22	21	11	1.84
20427026--20427086	21	2.9	21	64	9	52	47	19	21	11	1.81
20430350--20430375	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
20433985--20434049	34	1.9	34	83	0	85	32	4	7	55	1.49
20441089--20441130	22	2.0	22	90	4	68	61	0	0	38	0.96
20444575--20444628	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
20444618--20444645	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
20446354--20446428	25	3.2	25	63	33	65	28	4	25	42	1.73
20446343--20446435	46	2.0	46	100	0	186	27	4	25	41	1.74
20446815--20446996	46	4.0	46	89	1	249	40	14	23	21	1.90
20447695--20447730	17	2.1	17	100	0	72	19	19	22	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20448337--20448507	93	1.8	93	89	0	270	22	21	28	28	1.99
20457100--20457132	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
20460002--20460037	18	1.9	19	88	5	56	55	5	0	38	1.23
20460002--20460040	19	2.1	19	85	9	53	53	5	0	41	1.23
20461344--20461378	17	2.1	16	89	10	52	51	0	0	48	1.00
20461495--20461549	20	2.7	19	80	8	56	38	0	0	61	0.96
20461584--20461627	15	2.9	15	86	6	54	52	0	0	47	1.00
20461590--20461636	14	3.4	14	82	8	51	46	2	0	51	1.13
20461692--20461733	15	2.8	15	88	0	57	40	16	2	40	1.62
20490708--20490820	56	2.0	56	100	0	226	30	16	0	53	1.44
20509477--20509550	27	2.7	27	85	0	94	20	24	44	10	1.83
20509548--20509576	13	2.1	14	93	6	51	65	0	34	0	0.93
20510271--20510295	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
20510261--20510303	20	2.2	20	82	0	50	20	0	2	76	0.89
20510880--20510925	24	1.9	24	82	8	58	41	2	2	54	1.25
20512085--20512111	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
20529981--20530019	15	2.6	15	83	0	51	53	0	0	46	1.00
20536718--20536753	12	2.9	12	91	4	54	27	0	0	72	0.85
20536991--20537033	20	2.1	21	83	12	54	79	9	4	6	1.06
20539238--20539335	21	4.8	21	75	6	67	40	3	2	54	1.28
20539246--20539320	10	7.5	10	68	11	55	38	2	2	56	1.28
20539268--20539358	20	4.6	19	72	13	76	46	1	1	51	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20554999--20555058	15	3.9	15	79	16	61	63	1	0	35	1.05
20555018--20555075	21	2.7	21	78	5	62	62	3	0	34	1.12
20555044--20555105	23	2.7	23	77	20	67	58	4	0	37	1.20
20572482--20572508	13	2.1	13	100	0	54	14	7	22	55	1.64
20594691--20594729	20	2.0	20	94	0	69	15	41	25	17	1.89
20596561--20596724	42	3.7	42	84	8	186	29	26	14	29	1.95
20596631--20596767	49	2.9	48	86	4	179	29	26	13	29	1.94
20596836--20596984	31	4.8	31	84	0	190	24	26	20	28	1.99
20596962--20597136	50	3.5	50	92	0	287	25	21	15	37	1.93
20597611--20597667	21	2.6	22	73	15	64	28	0	5	66	1.13
20597842--20597870	15	1.9	15	100	0	58	65	6	20	6	1.40
20598252--20598292	23	1.9	21	85	14	57	53	0	21	24	1.46
20598622--20598671	15	3.3	15	82	0	73	36	2	12	50	1.51
20598879--20598913	18	1.9	18	94	0	61	48	0	22	28	1.51
20599180--20599237	23	2.5	23	94	0	98	10	3	36	50	1.54
20599206--20599264	29	2.0	29	96	0	109	8	3	40	47	1.51
20599369--20599409	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
20599496--20599528	17	1.9	17	93	0	57	48	3	21	27	1.64
20607795--20607881	40	2.2	40	85	0	111	39	19	9	32	1.83
20608657--20608708	13	3.9	13	80	9	52	13	7	3	75	1.17
20608712--20608764	19	2.8	19	75	10	56	50	3	0	45	1.19
20608982--20609042	20	3.0	20	79	13	61	55	1	3	39	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20609160--20609221	30	2.1	27	85	11	79	45	1	1	51	1.20
20609191--20609245	23	2.3	23	81	9	58	49	1	0	49	1.11
20609279--20609348	16	4.2	16	87	7	104	28	0	32	38	1.57
20609279--20609348	34	2.1	33	89	5	106	28	0	32	38	1.57
20609570--20609604	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
20610356--20610385	13	2.3	13	94	0	51	56	13	6	23	1.60
20613395--20613546	71	2.1	71	93	3	261	44	2	3	50	1.32
20613456--20613496	20	2.0	20	85	0	55	53	0	0	46	1.00
20613451--20613571	18	6.8	18	69	16	65	41	1	2	54	1.23
20615428--20615452	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
20622033--20622065	13	2.5	13	100	0	66	69	0	0	30	0.88
20627292--20627342	25	2.2	22	80	16	59	41	25	11	21	1.87
20627298--20627358	25	2.4	25	100	0	122	40	29	6	22	1.79
20630003--20630029	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
20631874--20631898	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
20637933--20637971	17	2.2	18	86	9	53	69	0	2	28	1.02
20647904--20647971	20	3.2	20	71	18	66	36	27	5	29	1.80
20652908--20652949	21	2.0	22	86	13	61	28	16	4	50	1.66
20653607--20653816	105	2.0	105	99	0	411	36	8	12	43	1.72
20653854--20653940	43	2.0	43	97	0	165	36	9	12	41	1.75
20665644--20665710	27	2.5	25	79	15	71	41	4	2	50	1.37
20668750--20668774	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20668985--20669107	65	1.9	65	89	0	192	24	24	14	36	1.93
20677943--20678005	31	2.0	31	100	0	126	39	19	19	22	1.92
20688695--20688874	47	3.8	49	76	15	164	30	28	19	22	1.98
20688703--20688874	94	1.8	93	88	3	265	29	28	19	22	1.98
20690167--20690191	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
20690179--20690285	47	2.3	47	93	0	178	40	22	20	16	1.91
20691371--20691415	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
20691603--20691637	16	2.3	15	90	5	52	51	2	0	45	1.16
20711196--20711340	74	2.0	74	98	0	281	34	15	18	31	1.93
20714392--20714426	18	1.9	18	88	0	52	28	0	0	71	0.86
20720803--20720838	19	2.0	17	89	10	54	66	0	0	33	0.92
20720803--20720836	9	3.7	9	88	7	50	64	0	0	35	0.94
20721142--20721174	14	2.2	16	89	10	52	66	0	0	33	0.92
20721373--20721537	85	1.9	85	100	0	330	44	12	18	24	1.85
20729548--20729586	19	2.1	19	85	4	53	41	0	2	56	1.13
20737993--20738037	11	3.9	11	80	11	54	33	0	2	64	1.06
20738098--20738131	3	11.7	3	93	6	61	67	0	32	0	0.91
20739358--20739492	62	2.2	62	97	1	252	48	4	20	25	1.68
20739797--20740111	46	6.8	46	88	0	398	40	14	24	20	1.90
20743062--20743106	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
20744736--20744807	21	3.2	21	66	27	58	40	11	23	25	1.87
20744735--20745095	46	7.8	46	87	1	474	42	13	24	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20754545--20754722	46	3.9	46	93	0	286	38	14	24	22	1.91
20754557--20754745	46	4.2	45	90	2	146	39	15	22	21	1.91
20755887--20755966	43	1.9	41	82	10	99	16	18	32	32	1.93
20758570--20758612	18	2.4	18	80	0	50	34	18	11	34	1.87
20758655--20758819	18	9.2	18	72	10	113	36	14	12	36	1.84
20758655--20758834	36	5.0	36	71	9	134	37	13	12	36	1.83
20762370--20762482	45	2.5	44	78	5	127	44	18	16	20	1.87
20762368--20762505	45	2.9	48	75	14	124	42	19	18	19	1.89
20763387--20763449	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
20763568--20763597	16	1.9	15	93	6	51	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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