genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39173950--39174085	23	5.8	23	73	6	94	63	3	5	27	1.32
39174878--39174918	16	2.6	16	88	7	57	73	7	17	2	1.17
39180560--39180654	3	31.7	3	97	0	181	0	32	0	67	0.91
39191434--39191509	25	3.0	25	80	14	77	47	1	1	50	1.18
39192340--39192386	20	2.3	21	85	3	60	68	2	29	0	1.02
39200353--39200404	22	2.3	22	86	3	68	57	3	0	38	1.17
39201516--39201559	22	2.0	21	91	4	70	6	22	25	45	1.77
39205737--39206019	50	5.6	50	81	5	293	31	26	16	25	1.97
39205787--39205968	101	1.8	101	90	2	294	29	26	18	26	1.98
39205716--39206019	151	2.0	152	86	2	423	30	26	16	25	1.97
39208753--39208796	20	2.3	18	84	7	52	22	29	36	11	1.89
39210452--39210485	13	2.6	13	95	0	59	41	44	2	11	1.56
39210815--39210854	21	1.9	21	89	0	62	35	2	2	60	1.24
39217062--39217127	29	2.3	30	92	7	111	40	0	24	34	1.55
39220339--39220527	47	3.9	47	83	5	191	29	30	16	23	1.97
39220320--39220527	93	2.1	94	80	8	222	28	29	17	25	1.97
39234998--39235064	30	2.2	31	84	12	86	28	2	5	62	1.33
39237649--39237714	27	2.7	23	79	13	69	39	1	0	59	1.07
39237647--39237700	27	2.0	27	85	7	74	37	1	0	61	1.07
39247207--39247235	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
39251002--39251041	19	2.2	19	86	4	55	57	0	20	22	1.41
39252087--39252172	44	2.0	43	93	2	145	47	1	4	46	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39252136--39252169	18	1.9	17	88	5	50	58	0	0	41	0.98
39257819--39257869	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
39257822--39257869	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
39262486--39262536	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
39262489--39262536	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
39267282--39267322	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
39273205--39273245	19	2.2	19	90	0	64	39	14	4	41	1.67
39277023--39277060	6	6.5	6	90	3	60	47	0	52	0	1.00
39281120--39281187	32	2.1	32	81	10	77	22	4	17	55	1.59
39281183--39281255	32	2.5	27	76	19	83	26	4	19	50	1.65
39281196--39281256	32	1.9	32	93	0	104	27	4	18	49	1.68
39282238--39282286	22	2.2	22	92	0	80	28	4	20	46	1.68
39282209--39282299	22	4.2	22	69	23	59	29	7	19	42	1.79
39282747--39282790	14	3.2	14	90	3	63	38	13	6	40	1.71
39282747--39282798	14	3.6	14	84	7	52	38	11	5	44	1.65
39282946--39282981	11	3.5	11	78	21	51	22	0	25	52	1.47
39282946--39282985	19	2.1	19	100	0	80	20	0	25	55	1.44
39283639--39283669	16	1.9	16	93	0	53	54	0	0	45	0.99
39284650--39284686	17	2.1	19	90	10	60	32	8	0	59	1.27
39284873--39284915	23	1.9	22	86	13	61	44	23	6	25	1.78
39287474--39287525	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
39289442--39289493	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39296556--39296588	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
39296725--39296815	44	2.1	44	100	0	182	34	27	6	31	1.83
39296913--39297277	46	8.0	46	92	0	570	21	24	13	39	1.90
39301195--39301231	18	2.1	18	89	0	56	43	16	0	40	1.48
39302108--39302140	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
39302426--39302785	46	7.8	46	90	1	454	21	23	14	41	1.89
39302421--39302785	92	4.0	92	89	1	500	21	23	14	41	1.89
39305702--39305904	101	2.0	101	87	1	291	29	22	16	32	1.96
39308131--39308163	11	2.8	12	90	9	50	72	0	0	27	0.85
39308131--39308164	12	2.9	11	87	12	50	70	0	0	29	0.87
39308902--39309008	50	2.1	50	94	0	187	36	12	22	28	1.90
39308987--39309028	20	2.1	20	100	0	84	45	9	28	16	1.79
39308935--39309078	70	2.0	71	90	1	227	38	13	22	25	1.90
39309074--39309191	31	3.8	31	81	0	137	29	16	24	28	1.97
39313768--39313810	22	1.9	23	85	4	61	25	4	0	69	1.07
39316619--39316663	23	2.0	23	86	0	63	4	22	2	71	1.15
39323253--39323311	30	2.0	30	93	0	100	57	10	5	27	1.52
39331170--39331202	16	2.0	17	94	5	59	51	0	6	42	1.26
39336306--39336344	19	2.1	19	100	0	78	35	5	20	38	1.75
39339708--39339735	12	2.3	12	100	0	56	32	0	28	39	1.57
39342061--39342124	32	2.0	32	96	0	119	39	21	23	15	1.92
39343447--39343786	49	7.0	48	74	6	200	35	16	25	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39343491--39343758	99	2.7	97	77	7	238	34	16	25	23	1.95
39344476--39344512	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
39345099--39345272	86	2.0	86	95	0	312	37	7	6	48	1.57
39346824--39346871	25	1.9	25	82	0	60	29	8	16	45	1.76
39347271--39347298	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
39347871--39347920	15	3.5	15	81	10	52	64	0	0	36	0.94
39348437--39348464	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
39349727--39349791	21	3.2	21	71	20	75	40	3	15	41	1.63
39349723--39349804	39	2.1	39	100	0	164	37	2	14	45	1.58
39350375--39350515	70	2.0	70	97	0	264	43	2	4	48	1.37
39353149--39353185	16	2.4	16	86	8	51	48	8	8	35	1.62
39354205--39354229	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
39355072--39355143	37	2.0	35	81	10	83	69	5	12	12	1.35
39355808--39355866	29	2.0	30	86	3	84	28	5	13	52	1.61
39358927--39359025	30	3.1	30	71	18	83	32	19	11	37	1.87
39358927--39359063	66	2.1	66	80	2	150	33	18	12	35	1.89
39361723--39361833	40	2.8	40	87	2	152	32	17	12	37	1.87
39362694--39362732	17	2.3	18	86	13	64	0	30	0	69	0.89
39362945--39362981	8	4.8	8	90	3	58	56	0	0	43	0.99
39366713--39366751	21	1.9	20	84	5	51	35	0	10	53	1.35
39367801--39367843	9	4.9	9	82	5	61	44	2	9	44	1.49
39370357--39370397	22	2.0	20	85	9	55	68	4	2	24	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39373555--39373592	19	2.0	19	100	0	76	36	10	15	36	1.82
39386995--39387048	23	2.3	23	81	6	65	72	1	22	3	1.10
39389816--39389858	22	1.9	23	85	4	61	69	0	4	25	1.07
39400195--39400299	44	2.2	49	85	11	139	38	15	23	22	1.92
39405131--39405228	45	2.2	46	87	8	127	40	8	25	25	1.83
39405249--39405510	46	5.9	44	84	12	306	42	13	24	20	1.87
39405614--39405700	42	2.1	43	95	4	160	31	5	27	35	1.80
39405838--39405871	17	2.1	17	94	5	61	50	0	14	35	1.44
39417517--39417559	23	1.9	22	86	13	61	25	6	23	44	1.78
39417747--39417783	17	2.1	19	90	10	60	59	0	8	32	1.27
39419437--39419475	19	2.1	19	100	0	78	53	25	0	20	1.45
39429799--39429897	30	3.3	30	89	0	162	26	48	6	19	1.72
39430444--39430514	25	2.8	26	80	6	92	36	7	2	53	1.43
39430473--39430583	29	4.0	28	74	12	97	31	5	4	58	1.41
39430454--39430518	14	4.6	14	75	19	55	36	4	1	56	1.29
39430527--39430568	22	1.9	22	90	0	66	28	2	7	61	1.35
39430533--39430586	26	2.1	26	86	6	74	31	3	7	57	1.44
39430577--39430635	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
39430514--39430620	48	2.2	48	79	11	110	28	6	5	58	1.46
39430748--39430782	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
39436521--39436554	16	2.1	17	88	5	52	41	5	23	29	1.78
39438196--39438230	18	1.9	18	94	0	61	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39438406--39438441	18	1.9	19	88	5	56	38	0	16	44	1.48
39440288--39440318	10	3.1	10	90	0	53	38	0	9	51	1.35
39441007--39441058	20	2.6	21	79	14	65	46	1	1	50	1.23
39441020--39441073	17	2.9	18	83	10	65	42	1	0	55	1.10
39441590--39441868	129	2.2	126	82	6	339	34	19	17	28	1.94
39446683--39446720	17	2.3	17	86	4	51	23	0	0	76	0.79
39446653--39446710	29	1.9	31	83	13	77	25	1	5	67	1.21
39452186--39452232	24	2.0	24	100	0	94	34	4	31	29	1.77
39456685--39456714	11	2.7	11	94	0	51	30	0	6	63	1.20
39463490--39463519	14	2.1	14	93	0	51	50	6	3	40	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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