genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65188280--65188324	20	2.3	20	92	3	74	44	13	2	40	1.56
65188458--65188499	15	2.7	16	82	13	52	47	26	0	26	1.52
65189409--65189478	31	2.3	31	87	5	97	45	10	8	35	1.68
65194241--65194281	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
65198631--65198686	25	2.3	26	81	12	73	14	19	10	55	1.68
65199149--65199182	16	2.2	16	89	5	52	29	2	0	67	1.05
65207576--65207602	6	4.5	6	100	0	54	51	33	0	14	1.43
65209347--65209394	26	1.9	24	87	8	69	29	0	6	64	1.18
65211850--65211905	23	2.5	22	85	2	76	64	1	1	32	1.14
65219485--65219660	46	3.8	46	78	11	180	19	20	29	30	1.97
65219481--65219653	93	1.9	93	90	2	276	20	20	30	28	1.98
65224540--65224573	12	2.8	12	95	0	59	14	11	44	29	1.81
65229561--65229680	43	2.7	44	80	6	136	37	15	19	27	1.92
65231649--65231687	17	2.4	17	86	4	53	23	0	2	74	0.94
65236307--65236414	26	4.2	26	91	2	164	34	7	22	36	1.82
65237889--65237941	26	2.0	25	82	13	63	39	22	11	26	1.88
65243379--65243476	26	3.8	26	93	0	160	32	9	22	35	1.86
65246796--65246831	8	4.4	8	93	6	63	61	0	0	38	0.96
65253737--65253807	28	2.5	28	88	0	97	29	28	11	30	1.91
65256942--65256994	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
65260467--65260501	16	2.1	17	89	5	54	45	0	11	42	1.40
65261983--65262207	40	5.7	40	86	5	287	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65261983--65262207	79	2.8	79	87	5	319	25	27	22	24	2.00
65261983--65262207	119	1.9	120	86	6	323	25	27	22	24	2.00
65268832--65268864	15	2.1	16	88	5	50	30	6	12	51	1.63
65270586--65270679	33	2.9	33	72	18	99	31	26	18	23	1.97
65270617--65270671	29	1.9	28	85	3	74	32	27	18	21	1.96
65270685--65270767	31	2.7	31	92	3	134	27	24	16	31	1.97
65270978--65271029	25	2.1	25	89	3	79	26	21	19	32	1.97
65270985--65271054	25	2.8	25	86	0	95	25	24	22	27	2.00
65271850--65271910	27	2.3	28	83	10	76	27	22	19	29	1.98
65271983--65272080	27	3.6	27	81	13	110	34	9	16	39	1.80
65272057--65272202	27	5.4	27	74	8	127	29	10	19	39	1.86
65271987--65272144	54	2.9	54	80	6	158	31	8	18	41	1.81
65272201--65272292	27	3.4	27	83	3	114	42	7	20	29	1.80
65274588--65274685	40	2.5	40	89	0	142	24	17	24	33	1.96
65274594--65274724	40	3.3	40	84	2	138	25	15	24	35	1.94
65274709--65274764	28	2.0	28	92	0	94	28	10	28	32	1.90
65276113--65276156	22	2.0	23	86	4	63	34	6	20	38	1.79
65278389--65278462	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
65286482--65286555	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
65294098--65295413	652	2.0	653	97	0	2481	27	20	22	30	1.98
65296286--65296525	117	2.1	117	98	0	462	29	13	21	35	1.91
65301928--65302058	51	2.6	50	83	4	158	25	19	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65301928--65302069	49	2.9	48	81	4	167	26	19	26	28	1.99
65303859--65303992	40	3.4	39	85	4	160	22	15	26	35	1.94
65306301--65306388	44	2.0	44	100	0	176	27	18	20	34	1.96
65306853--65306892	21	1.9	21	90	10	64	62	0	10	27	1.27
65307813--65307976	35	4.6	35	72	0	130	15	7	31	45	1.74
65310749--65310784	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
65311080--65311140	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
65320177--65320264	27	3.2	27	81	1	104	35	20	21	22	1.96
65327999--65328076	27	2.9	27	90	1	122	34	21	23	20	1.97
65329295--65329364	18	3.9	18	79	5	63	64	1	30	4	1.21
65338681--65338778	40	2.5	40	91	0	169	23	18	26	31	1.97
65344107--65344251	73	2.0	73	87	2	211	41	13	18	26	1.87
65346967--65347009	22	2.0	21	86	4	59	48	0	0	51	1.00
65346979--65347022	13	3.3	14	81	6	56	54	0	0	45	0.99
65346983--65347196	31	6.6	31	67	23	88	51	1	3	43	1.28
65347507--65347540	16	2.1	17	88	5	52	29	14	0	55	1.40
65349500--65349557	30	2.0	29	82	3	71	34	22	5	37	1.76
65349724--65349849	27	4.8	27	78	6	107	30	25	21	22	1.98
65349724--65349827	27	3.9	27	86	5	122	31	26	18	23	1.97
65352259--65352425	46	3.6	46	80	7	160	22	28	20	28	1.99
65356028--65356226	99	2.0	99	93	1	337	30	25	20	24	1.99
65359819--65359852	18	1.9	18	88	5	52	23	11	17	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65367273--65367314	15	2.8	15	81	0	57	57	4	14	23	1.56
65367303--65367337	15	2.3	15	95	0	61	48	0	14	37	1.44
65371215--65371264	9	5.6	9	87	0	73	46	18	10	26	1.80
65371284--65371324	6	6.5	6	89	10	64	17	0	2	80	0.82
65371284--65371321	14	2.9	13	92	7	60	18	0	2	78	0.86
65376507--65376815	40	7.7	40	95	0	537	31	20	26	22	1.98
65381943--65381979	9	4.1	9	86	13	58	45	10	10	32	1.74
65382472--65382517	23	2.0	23	91	0	74	36	2	2	58	1.22
65385275--65385332	30	1.9	30	92	0	98	32	12	25	29	1.92
65385657--65385913	47	5.6	48	75	13	161	28	19	28	22	1.98
65392339--65392395	29	1.9	30	89	3	89	31	12	26	29	1.92
65392735--65392999	47	5.7	46	74	12	175	27	20	30	22	1.98
65396564--65396635	33	2.2	33	84	0	99	22	31	25	20	1.98
65400756--65400816	30	2.0	30	100	0	122	29	6	21	42	1.78
65401128--65401216	28	3.1	28	82	3	97	28	13	28	30	1.94
65401141--65401216	29	2.7	28	89	2	107	25	13	31	30	1.93
65401141--65401226	28	3.0	26	78	20	84	26	11	30	31	1.92
65406118--65406196	40	2.0	39	82	2	95	30	30	21	17	1.96
65406274--65406429	47	3.3	47	82	4	156	25	30	11	32	1.91
65409725--65409826	29	3.6	28	80	11	100	25	14	29	30	1.95
65428418--65428945	47	11.4	47	91	3	822	32	8	29	29	1.87
65429068--65429142	37	2.0	37	87	5	107	22	20	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65431000--65431145	43	3.4	43	96	0	274	22	15	35	26	1.94
65431127--65431200	29	2.6	29	84	4	96	25	17	32	24	1.97
65436464--65436531	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
65436353--65436680	174	1.9	174	96	0	611	31	24	14	29	1.95
65436633--65436711	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
65452563--65452630	29	2.3	29	80	5	75	29	29	11	29	1.92
65452452--65452779	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	29	1.94
65452732--65452810	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
65454813--65455254	47	9.4	47	92	0	722	32	8	30	28	1.87
65455379--65455452	37	2.0	37	86	5	105	22	16	31	29	1.96
65458229--65458264	18	2.0	18	94	0	63	27	25	0	47	1.52
65460247--65460277	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
65461274--65461422	17	8.5	18	66	21	68	50	3	3	42	1.35
65462445--65462526	26	3.2	26	94	0	146	29	4	28	37	1.78
65465729--65465803	36	2.1	36	100	0	150	42	18	14	24	1.88
65466123--65466153	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
65467927--65468143	40	5.4	40	92	1	339	23	30	22	23	1.99
65475587--65475658	16	4.4	16	71	10	65	50	5	1	43	1.34
65475696--65475802	37	2.9	35	74	16	92	50	1	1	45	1.23
65475981--65476020	15	2.7	15	92	0	62	7	25	32	35	1.84
65477427--65477460	16	2.1	16	94	0	59	70	2	5	20	1.21
65478355--65478385	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65480951--65481256	103	3.0	103	84	4	393	29	20	20	28	1.98
65495016--65495040	12	2.1	12	100	0	50	32	12	8	48	1.69
65495050--65495124	23	3.3	23	88	0	114	36	0	14	49	1.44
65497843--65497896	22	2.3	24	78	9	58	51	5	5	37	1.49
65502987--65503045	22	2.8	21	82	7	75	50	0	0	49	1.00
65509031--65509086	8	6.5	8	78	17	51	30	1	1	66	1.12
65509031--65509086	19	3.2	17	81	16	62	30	1	1	66	1.12
65509039--65509113	19	4.2	17	73	19	55	28	4	4	64	1.30
65509031--65509113	27	3.1	26	77	16	80	28	3	3	63	1.28
65509019--65509087	18	3.8	17	78	14	68	28	2	1	66	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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