genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  22  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8391553--8391591	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
8396954--8397022	34	2.0	34	100	0	138	23	24	17	34	1.96
8412483--8412512	15	2.0	15	100	0	60	13	13	40	33	1.83
8417412--8417487	37	2.1	37	100	0	152	53	25	5	15	1.62
8426230--8426286	16	3.6	16	80	13	55	57	5	5	31	1.43
8427949--8427992	12	3.7	12	87	0	70	34	0	2	63	1.07
8427945--8427995	24	2.1	24	100	0	102	33	0	3	62	1.13
8428127--8428183	29	2.0	29	85	0	78	59	7	10	22	1.54
8430454--8430488	6	5.8	6	93	0	52	54	0	42	2	1.15
8436502--8436544	19	2.3	19	80	4	52	39	2	0	58	1.11
8447051--8447090	15	2.6	16	84	15	57	35	0	0	65	0.93
8472060--8472096	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
8473887--8473991	50	2.1	50	98	1	203	30	7	21	40	1.81
8477666--8477694	3	9.7	3	100	0	58	0	0	65	34	0.93
8499601--8499631	15	2.1	15	93	0	53	38	0	3	58	1.15
8501086--8501130	23	2.0	23	90	0	72	28	13	35	22	1.92
8502246--8502274	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
8503038--8503148	47	2.4	47	81	6	136	26	15	22	36	1.94
8510459--8510524	21	3.1	21	88	0	105	13	24	18	43	1.86
8533520--8533572	26	2.0	26	88	0	79	33	22	11	32	1.90
8534955--8535089	43	3.1	43	97	0	252	28	34	25	11	1.90
8535071--8535146	38	2.0	40	89	5	120	23	27	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8536315--8536351	15	2.5	15	100	0	74	29	29	0	40	1.57
8554575--8554616	22	2.0	21	86	13	59	16	9	9	64	1.49
8557671--8557712	22	2.0	21	95	4	75	52	2	2	42	1.27
8565860--8565900	20	2.0	20	85	4	55	36	2	7	53	1.42
8565912--8566102	63	3.1	63	68	22	197	43	2	5	48	1.37
8565960--8565994	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8565884--8566131	120	2.1	120	99	0	487	43	2	5	49	1.38
8566080--8566114	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8566350--8566417	16	4.2	16	94	0	118	38	33	0	27	1.57
8569222--8569253	16	1.9	17	93	6	57	31	31	18	18	1.95
8580087--8580134	23	2.1	23	96	0	87	39	8	10	41	1.69
8587071--8587116	21	2.1	23	84	8	60	41	4	4	50	1.42
8590792--8590848	29	2.0	29	86	3	80	61	7	0	31	1.23
8590819--8590862	21	2.1	21	83	8	54	47	9	0	43	1.35
8595018--8595488	208	2.3	208	92	0	800	38	11	7	42	1.69
8595408--8595446	20	2.0	21	85	10	55	20	5	5	69	1.28
8603427--8603579	46	3.2	46	82	12	132	37	14	20	28	1.91
8603375--8603566	52	3.8	51	84	8	268	34	14	21	29	1.93
8603361--8603584	98	2.3	98	92	0	367	34	14	22	28	1.93
8607063--8607213	53	2.8	53	90	2	221	29	27	16	26	1.97
8609027--8609081	27	2.0	27	89	0	83	38	27	5	29	1.79
8610156--8610213	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8610425--8610456	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
8610551--8610792	50	4.7	50	84	4	288	26	24	28	19	1.99
8610551--8610800	100	2.4	103	87	6	355	26	24	28	20	1.99
8614002--8614039	20	1.9	20	88	0	58	39	15	18	26	1.91
8614048--8614078	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
8614419--8614451	14	2.4	14	100	0	66	39	24	18	18	1.92
8617217--8617254	20	1.9	20	88	0	58	39	15	18	26	1.91
8617263--8617293	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
8618033--8618273	123	1.9	125	89	3	380	37	14	14	33	1.87
8629355--8629401	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
8633031--8633059	14	2.0	15	93	6	51	0	17	0	82	0.66
8641283--8641353	35	2.0	35	100	0	142	33	11	14	40	1.81
8641573--8641629	31	2.0	30	83	13	75	35	14	10	40	1.80
8645322--8645364	18	2.3	19	80	15	54	65	2	4	27	1.25
8648865--8648940	37	2.1	37	94	0	134	30	10	22	36	1.88
8654776--8654809	18	1.9	17	94	5	59	55	0	0	44	0.99
8657625--8657795	60	2.8	60	80	6	168	28	46	8	15	1.76
8657716--8657833	21	5.9	21	64	20	65	31	45	5	16	1.72
8657750--8657984	39	6.2	39	77	6	223	32	46	7	13	1.71
8657728--8657995	78	3.5	75	75	9	213	32	45	7	13	1.72
8657770--8657983	72	2.8	77	76	9	233	32	46	7	13	1.72
8657975--8658158	39	4.6	39	76	6	140	33	46	4	15	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8657920--8658044	60	2.1	60	83	5	155	30	48	6	15	1.70
8657692--8658070	210	1.8	210	83	5	507	32	46	7	13	1.71
8657920--8658290	21	18.2	21	65	17	104	31	48	5	14	1.67
8658132--8658192	27	2.4	23	76	21	68	24	52	1	21	1.56
8658135--8658187	27	2.0	27	96	0	97	22	52	1	22	1.56
8658098--8658224	66	1.9	66	88	3	193	30	49	3	16	1.61
8658164--8658269	39	2.7	39	91	0	158	33	50	5	11	1.62
8658202--8658869	60	11.1	60	75	11	385	32	47	7	12	1.69
8658164--8658356	99	1.9	99	88	0	287	34	48	6	11	1.64
8658284--8658426	72	2.0	72	87	0	205	32	46	8	11	1.71
8658100--8658488	132	2.9	132	77	11	349	32	48	5	13	1.66
8658262--8658911	39	16.7	39	68	15	242	32	47	7	12	1.69
8658471--8658645	81	2.2	79	81	10	189	31	47	7	13	1.71
8658412--8658703	138	2.1	138	89	2	435	31	47	7	13	1.71
8658376--8658971	21	30.2	21	63	19	95	32	48	6	12	1.67
8658413--8658778	138	2.7	138	77	10	320	31	47	7	13	1.70
8658790--8658869	18	4.3	18	68	14	54	35	51	3	10	1.53
8658730--8659194	99	4.7	99	74	6	327	32	46	6	13	1.70
8658202--8658944	117	6.4	117	72	13	451	32	47	6	12	1.68
8658525--8658947	177	2.4	177	78	8	448	31	47	7	13	1.69
8658727--8658971	60	4.1	60	80	7	211	33	50	4	11	1.59
8658358--8658989	156	4.0	156	75	10	471	32	47	7	12	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8658883--8659010	21	6.4	21	69	10	88	34	50	3	11	1.57
8658907--8659032	39	3.2	39	86	0	171	34	49	4	11	1.59
8658809--8659134	138	2.4	138	81	2	354	33	46	6	13	1.69
8659123--8659221	21	4.9	21	74	7	78	29	43	10	17	1.81
8659090--8659268	60	3.0	60	83	0	214	30	44	8	17	1.78
8659204--8659294	39	2.3	40	77	7	98	31	40	7	19	1.80
8661860--8661927	34	2.0	34	100	0	136	32	14	8	44	1.76
8663497--8663533	18	2.1	18	100	0	74	21	10	0	67	1.21
8684858--8684925	19	3.4	21	76	21	67	55	2	0	41	1.15
8685402--8685532	35	3.7	35	86	0	172	34	10	23	31	1.89
8685375--8685533	70	2.3	70	85	1	201	35	10	22	31	1.88
8691105--8691200	47	2.0	47	90	4	149	33	12	18	35	1.89
8695340--8695467	65	2.0	66	87	1	186	51	6	7	34	1.56
8695570--8695633	33	1.9	34	84	9	87	28	3	7	60	1.39
8695587--8695644	21	2.8	21	85	12	75	24	1	6	67	1.25
8696135--8696180	20	2.3	20	85	14	60	65	2	0	32	1.05
8696108--8696180	33	2.2	33	83	9	87	64	4	0	31	1.12
8707913--8707938	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
8708062--8708129	34	2.0	34	100	0	136	55	2	8	32	1.45
8718371--8718412	22	1.9	22	95	0	75	35	21	11	30	1.90
8720355--8720486	39	3.4	39	96	2	248	12	28	22	36	1.91
8722150--8722217	29	2.3	31	75	17	72	61	7	0	30	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8742127--8742151	12	2.1	12	100	0	50	32	36	24	8	1.84
8750323--8750349	13	2.1	13	100	0	54	33	22	7	37	1.82
8755267--8755297	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
8757292--8757340	24	2.0	25	96	4	91	40	18	16	24	1.90
8760373--8760416	18	2.4	19	84	3	54	45	2	4	47	1.35
8764708--8764756	24	2.1	24	84	3	64	34	16	2	46	1.58
8765107--8765150	20	2.2	20	83	0	52	45	9	18	27	1.79
8765185--8765218	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
8766398--8766552	9	17.7	9	67	19	69	63	1	2	32	1.16
8766398--8766534	26	5.2	26	69	19	88	65	0	2	30	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318