genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63169724--63169818	50	1.9	49	81	10	113	24	17	20	37	1.93
63171537--63171730	101	1.9	102	88	1	291	50	19	7	22	1.72
63171976--63172371	201	2.0	202	87	1	571	41	13	10	34	1.78
63177345--63177470	29	4.4	28	79	8	123	24	30	15	30	1.95
63177707--63177737	16	1.9	16	93	0	53	16	12	16	54	1.71
63178394--63178425	16	2.0	16	93	0	55	56	34	0	9	1.32
63179706--63179741	16	2.2	16	90	0	54	47	16	25	11	1.79
63179826--63179910	27	3.1	27	62	14	66	18	12	40	28	1.88
63179826--63179937	55	2.0	55	94	0	197	20	12	41	25	1.87
63180012--63180120	29	3.9	28	83	8	125	26	16	29	27	1.97
63180019--63180129	57	1.9	58	87	1	161	26	17	29	27	1.97
63180980--63181032	18	2.8	18	80	5	61	30	3	3	62	1.30
63187614--63187659	24	1.9	24	86	8	67	73	2	17	6	1.14
63188896--63189077	39	4.6	39	95	0	301	24	23	26	24	2.00
63192775--63192936	41	3.9	40	73	18	143	22	22	27	27	1.99
63194582--63194636	16	3.4	16	89	0	83	32	7	30	29	1.84
63194618--63194711	44	2.1	46	88	4	138	31	6	26	35	1.82
63194814--63194982	63	2.8	61	87	8	211	53	2	1	42	1.23
63194867--63194904	14	2.5	15	83	12	51	55	0	0	44	0.99
63194878--63194934	24	2.4	24	82	8	73	52	3	0	43	1.18
63195067--63195105	16	2.6	16	92	8	64	38	15	0	46	1.46
63196749--63196960	40	5.3	40	94	1	347	26	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63196749--63197012	80	3.3	80	87	6	353	26	27	21	25	1.99
63207103--63207172	25	2.8	25	100	0	140	24	24	27	24	2.00
63207332--63207395	27	2.4	28	78	7	78	37	25	18	18	1.94
63207375--63207481	27	4.0	27	86	0	142	24	21	19	34	1.96
63207374--63207492	54	2.2	53	89	4	184	24	20	18	36	1.94
63207502--63207652	81	1.9	81	83	2	196	29	7	19	43	1.79
63207474--63207720	27	9.2	27	78	4	178	31	7	21	38	1.81
63207535--63207863	81	4.2	81	78	8	248	36	7	22	33	1.83
63207645--63207730	27	3.2	27	88	0	136	37	5	25	31	1.80
63207645--63207872	54	4.4	54	85	10	296	39	7	23	29	1.83
63207645--63207828	98	1.9	98	91	0	305	39	7	23	29	1.81
63207734--63207897	81	2.0	81	90	0	256	37	8	23	30	1.84
63207734--63207872	27	5.1	27	94	0	242	39	8	23	28	1.84
63217664--63217793	44	2.9	45	90	2	199	37	26	11	24	1.89
63217665--63217826	46	3.7	43	81	8	166	35	25	12	26	1.92
63219846--63219883	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
63221649--63221688	13	3.1	13	96	0	71	17	32	35	15	1.91
63225711--63225815	55	1.9	55	84	3	140	26	36	26	10	1.89
63235859--63235906	24	2.0	24	95	0	87	37	8	14	39	1.76
63240576--63240612	19	2.1	19	85	10	51	51	0	8	40	1.32
63240693--63240721	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
63243033--63243082	25	2.0	25	92	0	82	36	24	14	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63243129--63243185	11	5.5	11	72	16	59	35	10	19	35	1.86
63243119--63243185	20	3.3	20	91	0	107	34	10	20	34	1.87
63243234--63243382	24	6.2	24	86	4	221	30	22	20	26	1.98
63243236--63243380	23	6.1	23	86	4	200	29	23	20	26	1.98
63243235--63243382	47	3.1	47	93	1	233	30	22	20	26	1.98
63249077--63249129	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
63250951--63251204	45	5.6	45	94	1	411	22	21	29	26	1.99
63250951--63251242	91	3.3	90	89	4	425	23	21	30	25	1.99
63250951--63251201	136	1.8	136	93	1	432	21	21	29	26	1.99
63254690--63254749	30	2.0	30	93	0	102	26	0	13	60	1.34
63262086--63262116	10	3.1	10	100	0	62	32	9	0	58	1.31
63270567--63270659	4	22.8	4	80	4	96	66	2	25	5	1.24
63277833--63277913	4	19.8	4	77	5	72	65	3	25	4	1.30
63280252--63280427	97	1.8	97	87	2	264	24	15	27	31	1.96
63284959--63285046	33	2.7	33	89	0	131	48	15	18	17	1.81
63293402--63293428	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
63295041--63295078	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
63299345--63299444	21	4.7	21	64	7	67	64	4	8	24	1.38
63299340--63299467	64	2.0	64	98	0	247	59	5	7	27	1.47
63301342--63301385	20	2.2	20	91	0	70	34	13	27	25	1.93
63307234--63307298	33	1.9	34	93	3	114	33	21	18	26	1.96
63321754--63321835	43	1.9	43	85	5	112	34	21	14	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63327538--63327567	14	2.1	14	100	0	60	36	6	23	33	1.81
63331602--63331795	48	4.0	48	95	0	325	36	6	26	30	1.81
63331936--63332038	37	2.8	37	92	0	170	23	17	32	27	1.97
63343929--63344151	94	2.3	93	80	7	227	28	19	29	22	1.98
63344183--63344248	31	2.1	32	94	2	116	21	25	24	28	1.99
63346811--63346883	36	2.0	36	100	0	146	41	0	8	50	1.32
63347310--63347361	25	2.1	25	85	7	70	50	0	1	48	1.12
63355741--63355830	24	3.7	22	75	16	72	34	20	28	16	1.94
63358975--63359156	28	6.5	28	95	0	312	34	28	11	25	1.91
63359631--63359657	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
63366105--63366234	63	2.1	63	80	2	145	22	19	29	29	1.98
63366812--63366885	22	3.4	22	78	0	94	20	18	14	45	1.85
63370657--63370719	33	1.9	33	100	0	126	39	6	6	47	1.54
63371494--63371563	22	3.2	22	91	0	104	35	8	15	40	1.78
63371494--63371554	12	5.4	12	70	21	51	36	9	16	37	1.82
63371632--63371722	43	2.1	43	85	0	119	17	23	26	32	1.96
63371880--63371927	15	3.2	15	75	0	51	27	20	22	29	1.99
63371952--63372036	14	6.1	14	83	2	91	25	34	22	17	1.96
63371952--63372030	28	2.9	28	84	1	106	25	34	22	17	1.96
63372521--63372761	123	1.9	126	89	5	380	28	8	11	51	1.67
63381228--63381265	20	1.9	20	88	0	58	36	0	5	57	1.21
63392727--63392769	22	2.0	22	95	0	77	30	13	25	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63393561--63393613	27	2.0	27	88	7	81	20	3	43	32	1.70
63397203--63397278	20	3.8	20	69	19	59	31	19	28	19	1.97
63397203--63397267	20	3.2	20	72	23	64	29	18	29	23	1.98
63399391--63399503	44	2.6	44	86	0	154	26	11	24	37	1.90
63402844--63403067	40	5.7	40	86	6	271	25	27	22	24	2.00
63402844--63403067	118	1.9	120	83	7	296	25	27	22	24	2.00
63408289--63408335	24	2.0	24	95	0	85	34	8	36	21	1.84
63411390--63411446	26	2.1	27	96	3	107	38	15	7	38	1.75
63411677--63411835	43	3.7	42	76	10	119	27	25	17	29	1.97
63414539--63414590	23	2.3	23	89	0	77	38	19	23	19	1.93
63417508--63418101	47	12.6	47	92	1	954	32	8	29	28	1.87
63417508--63418101	143	4.2	143	92	1	1002	32	8	29	28	1.87
63420326--63420566	40	6.1	40	84	2	297	25	22	27	24	2.00
63423886--63424299	47	9.2	39	90	6	188	33	8	28	29	1.87
63423886--63423966	38	2.2	37	91	8	130	33	7	27	32	1.84
63423935--63424375	47	9.3	47	91	2	679	33	8	29	28	1.87
63423935--63424375	143	3.1	142	92	2	701	33	8	29	28	1.87
63438315--63438372	26	2.2	28	77	22	72	48	13	8	29	1.73
63438320--63438368	26	1.9	25	88	12	73	57	10	10	22	1.62
63439609--63439783	68	2.6	67	80	1	172	30	20	23	26	1.98
63442855--63442919	32	2.0	32	100	0	130	38	6	15	40	1.72
63444893--63445028	43	3.2	43	73	10	118	26	25	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63445811--63445844	6	5.7	6	100	0	68	0	17	0	82	0.67
63447429--63447466	20	1.9	20	88	0	58	47	10	7	34	1.67
63456028--63456066	21	1.9	20	94	5	69	56	5	12	25	1.57
63466405--63466434	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
63466398--63466434	18	2.1	18	89	0	56	35	0	2	62	1.10
63472005--63472083	3	26.0	3	89	2	86	35	7	0	56	1.28
63472205--63472229	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
63484895--63484929	18	1.9	18	94	0	61	40	48	2	8	1.49
63484906--63484930	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
63484958--63484996	20	2.0	20	84	0	51	74	5	2	17	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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