genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15238272--15238319	25	2.0	24	87	4	69	52	2	2	43	1.24
15239438--15239463	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
15244082--15244110	11	2.5	12	88	11	51	79	0	6	13	0.93
15247133--15247168	12	3.0	12	92	8	56	27	0	16	55	1.42
15247187--15247236	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
15253978--15254123	53	2.7	53	90	2	211	30	27	15	27	1.96
15258608--15258692	31	2.7	31	87	5	118	44	9	5	40	1.61
15269934--15269969	18	1.9	18	88	5	54	50	0	27	22	1.50
15270045--15270103	29	2.0	29	83	6	73	42	1	38	16	1.59
15271740--15271809	32	2.2	32	87	5	97	44	0	0	55	0.99
15273146--15273236	46	2.0	47	93	2	157	48	13	5	32	1.65
15282938--15283029	47	2.0	47	97	0	175	35	9	22	31	1.87
15283074--15283158	34	2.5	33	81	12	109	25	14	29	30	1.95
15284744--15284776	15	2.1	17	88	11	52	57	0	0	42	0.98
15287705--15287776	34	2.1	34	92	5	119	16	5	11	66	1.40
15295327--15295367	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
15301722--15301770	20	2.4	21	76	10	57	40	2	14	42	1.57
15302144--15302181	19	2.1	19	90	9	62	76	0	23	0	0.79
15311835--15311865	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
15316986--15317016	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
15317098--15317125	12	2.3	12	100	0	56	78	0	21	0	0.75
15331065--15331227	85	1.9	85	81	12	201	41	3	7	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15331334--15331369	18	2.0	18	94	0	63	33	25	11	30	1.90
15331550--15331608	19	3.1	19	82	7	57	61	3	1	33	1.23
15336129--15336185	23	2.4	25	88	11	86	50	12	0	36	1.40
15339047--15339087	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
15347608--15347659	25	2.2	23	86	6	68	36	3	13	46	1.62
15347677--15347970	144	2.0	144	99	0	579	38	17	10	34	1.83
15351482--15351507	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
15354058--15354087	5	6.2	5	96	3	53	80	0	0	20	0.72
15368118--15368171	24	2.2	25	80	6	67	64	1	7	25	1.30
15369668--15369705	20	1.9	20	88	0	58	63	10	7	18	1.50
15371297--15371355	28	2.2	25	82	17	66	44	8	6	40	1.61
15395669--15395700	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
15398180--15398221	21	2.1	19	86	8	57	54	4	0	40	1.21
15401044--15401083	14	2.9	14	88	0	62	45	12	2	40	1.56
15403452--15403504	18	2.9	18	85	0	79	32	28	15	24	1.95
15405478--15405511	16	2.1	17	88	5	52	41	5	23	29	1.78
15407961--15408001	20	2.1	20	95	4	75	41	0	9	48	1.36
15407988--15408040	17	3.1	18	82	15	60	52	5	5	35	1.49
15410696--15410731	17	2.1	17	89	0	54	11	16	8	63	1.49
15418493--15418580	43	2.0	43	100	0	176	35	11	17	36	1.85
15429177--15429219	15	2.7	16	89	10	70	65	13	0	20	1.27
15434898--15434934	16	2.2	18	85	9	51	54	8	2	35	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15434950--15435011	27	2.3	27	86	8	83	43	1	3	51	1.27
15438298--15438376	40	2.0	40	84	0	104	30	6	21	41	1.78
15438582--15438686	45	2.3	45	85	3	131	22	20	17	39	1.93
15450851--15450875	13	1.9	13	100	0	50	16	0	40	44	1.47
15453365--15453423	29	2.0	29	87	9	84	55	13	3	27	1.54
15456336--15456407	21	2.9	27	72	23	84	33	11	6	48	1.65
15456332--15456407	27	3.0	27	70	21	92	32	10	6	50	1.63
15462896--15462922	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
15470796--15470892	45	2.2	45	90	3	151	41	17	18	22	1.90
15470870--15470894	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
15471950--15472001	13	3.9	13	82	7	61	13	9	1	75	1.14
15472270--15472335	20	3.2	20	71	18	55	50	1	1	46	1.20
15472295--15472397	36	2.8	35	74	15	91	55	1	1	40	1.22
15472903--15472969	31	2.1	33	88	5	102	16	8	31	43	1.79
15473463--15473504	20	2.2	20	87	12	61	30	4	7	57	1.47
15474263--15474498	128	1.8	129	88	2	368	27	16	19	36	1.93
15477256--15477384	50	2.5	51	89	2	197	34	17	23	25	1.96
15477268--15477401	50	2.8	46	85	7	119	33	17	23	26	1.96
15477360--15477595	31	7.8	31	80	11	292	29	19	26	25	1.98
15477514--15477564	25	2.0	25	84	0	66	35	19	25	19	1.95
15477614--15477785	47	3.6	47	80	7	172	27	13	28	29	1.95
15477664--15477789	49	2.6	48	86	3	157	28	14	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15477756--15477853	42	2.3	42	84	3	126	33	13	23	29	1.93
15491298--15491353	20	2.5	23	80	16	73	21	1	10	66	1.32
15491298--15491353	22	2.5	22	83	13	71	21	1	10	66	1.32
15495518--15495687	47	3.6	47	78	13	224	28	28	20	22	1.98
15495511--15495730	47	4.7	46	74	16	186	29	28	19	22	1.98
15495511--15495736	93	2.4	93	93	0	389	29	28	19	22	1.98
15513884--15514807	467	2.0	467	99	0	1839	37	17	24	20	1.94
15521011--15521173	81	2.0	82	86	3	231	31	20	23	24	1.98
15521192--15521307	45	2.6	45	82	4	146	31	21	22	24	1.98
15521292--15521321	14	2.1	14	93	0	51	26	13	40	20	1.89
15523102--15523140	19	2.0	20	85	5	53	38	2	7	51	1.44
15523161--15523190	15	2.1	14	93	6	51	33	6	0	60	1.23
15523712--15523959	128	1.9	129	90	0	390	27	17	18	36	1.93
15524500--15524556	21	2.9	19	75	12	62	47	0	3	49	1.18
15526236--15526590	46	7.7	46	84	2	410	41	12	23	22	1.88
15528900--15528938	17	2.3	17	86	8	53	30	0	20	48	1.50
15534936--15535106	52	3.4	51	71	19	135	59	2	3	34	1.27
15539608--15539834	46	4.9	46	90	1	321	22	24	13	40	1.89
15541887--15541934	11	4.2	11	79	10	60	64	0	0	35	0.94
15541881--15541936	24	2.3	24	87	3	76	60	1	0	37	1.07
15552627--15552689	21	3.1	21	67	17	60	36	7	11	44	1.69
15557018--15557043	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15561347--15561379	6	5.5	6	100	0	66	18	33	30	18	1.94
15564764--15564802	21	1.9	20	84	5	51	46	2	5	46	1.38
15580303--15580341	15	2.5	16	83	4	53	35	20	10	33	1.86
15580284--15580329	15	3.1	15	78	12	51	34	30	8	26	1.86
15581786--15581848	30	2.1	30	94	5	110	26	3	9	60	1.43
15585836--15585903	29	2.3	30	87	7	95	44	0	0	55	0.99
15592888--15593091	102	2.0	102	98	0	390	40	20	11	27	1.87
15596498--15596544	22	2.1	22	92	0	76	27	17	21	34	1.95
15602952--15603062	44	2.5	44	91	0	168	37	20	14	27	1.91
15614240--15614294	24	2.4	22	76	8	65	61	0	1	36	1.06
15615237--15615261	8	3.1	8	100	0	50	0	12	40	48	1.40
15617326--15617532	47	4.2	48	79	6	179	25	15	28	30	1.96
15621266--15621376	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
15627291--15627328	15	2.5	15	86	4	58	78	0	21	0	0.74
15627293--15627332	19	2.2	18	86	13	55	75	0	25	0	0.81
15628714--15628756	21	2.0	21	100	0	86	32	23	4	39	1.75
15636568--15636594	13	2.1	13	100	0	54	14	33	14	37	1.88
15650188--15650247	26	2.3	25	83	11	68	55	1	0	43	1.10
15654219--15654245	13	2.1	13	100	0	54	55	14	7	22	1.64
15658606--15658662	30	1.9	30	82	13	73	45	3	0	50	1.18
15659383--15659472	45	2.0	45	100	0	180	37	13	24	24	1.91
15664908--15665014	26	4.2	26	91	1	180	33	7	23	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15666634--15666774	54	2.6	54	90	2	221	17	24	23	35	1.95
15666634--15666774	27	5.2	27	82	6	171	17	24	23	35	1.95
15666634--15666792	27	5.9	27	78	11	157	18	24	22	35	1.96
15671131--15671169	14	2.8	14	84	0	51	46	17	0	35	1.49
15674097--15674138	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
15680769--15680822	22	2.4	23	79	11	60	50	0	1	48	1.11
15711135--15711269	39	3.4	39	74	11	116	28	27	20	23	1.99
15713516--15713556	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
15713593--15713654	30	2.1	30	91	8	101	29	4	8	58	1.48
15721887--15721948	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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