genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  51  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18833757--18834161	52	8.1	51	86	8	516	34	14	21	28	1.93
18833757--18834161	98	4.1	98	85	9	500	34	14	21	28	1.93
18834057--18834161	46	2.3	46	93	0	174	38	13	20	27	1.90
18834125--18834234	37	3.0	37	93	1	186	38	16	20	24	1.93
18843881--18843910	8	3.8	8	100	0	60	63	0	10	26	1.26
18855635--18855721	47	1.9	45	82	13	108	49	2	8	40	1.45
18862178--18862204	6	4.5	6	100	0	54	0	62	0	37	0.95
18865567--18865592	13	2.0	13	100	0	52	30	38	15	15	1.88
18867185--18867232	22	2.1	23	82	17	57	66	4	2	27	1.21
18867492--18867549	28	2.2	26	87	6	80	50	5	0	44	1.24
18875879--18875913	12	2.9	12	91	0	61	11	37	0	51	1.38
18881882--18881931	22	2.2	21	80	19	57	28	6	2	64	1.28
18884640--18884691	21	2.5	21	83	0	68	32	30	7	28	1.85
18889614--18889780	43	4.0	41	80	12	169	28	15	23	32	1.95
18889614--18889778	86	1.9	84	83	9	210	28	15	23	32	1.95
18892353--18892478	46	2.7	46	86	6	166	34	26	19	20	1.96
18893114--18893167	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
18893153--18893201	3	17.3	3	76	19	52	28	2	0	69	1.00
18893157--18893195	11	3.5	11	92	0	69	28	2	0	69	1.02
18893153--18893194	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98
18895305--18895616	46	6.8	46	91	1	493	39	14	24	21	1.91
18895305--18895616	91	3.4	92	91	1	493	39	14	24	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18895305--18895616	137	2.3	137	96	0	570	39	14	24	21	1.91
18896095--18896134	20	2.0	20	100	0	80	50	0	5	45	1.23
18898545--18898678	25	5.5	25	78	8	159	19	26	20	34	1.96
18898524--18898720	47	4.2	47	87	5	283	18	25	19	36	1.95
18898545--18898720	97	1.8	94	91	3	289	18	26	19	35	1.95
18901174--18901339	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
18904453--18904926	237	2.0	237	99	0	939	35	10	18	35	1.86
18905714--18905873	35	4.7	35	86	4	227	41	18	22	18	1.90
18905714--18905872	67	2.3	68	89	3	239	40	18	22	18	1.91
18907876--18907920	21	2.1	22	84	12	58	68	6	11	13	1.37
18908732--18908771	20	2.0	20	100	0	80	50	0	5	45	1.23
18908770--18908810	15	2.7	16	77	11	50	51	0	2	46	1.14
18908985--18909025	19	2.2	19	91	8	66	68	0	31	0	0.90
18910563--18910711	46	3.2	46	86	1	192	40	15	23	20	1.91
18914834--18914994	44	3.8	42	73	11	125	27	13	24	34	1.93
18916620--18916648	15	1.9	15	100	0	58	27	17	27	27	1.97
18916682--18916777	43	2.3	42	82	8	106	23	18	23	33	1.97
18918590--18918757	46	3.6	46	77	13	200	30	28	19	21	1.97
18918535--18918763	93	2.5	93	94	0	404	30	30	18	20	1.97
18918542--18918705	47	3.5	46	74	14	183	29	31	18	20	1.96
18925186--18925212	13	2.1	13	100	0	54	48	0	0	51	1.00
18926026--18926084	28	2.1	28	100	0	118	40	0	20	38	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18928416--18928588	38	4.5	38	80	8	172	20	21	26	31	1.98
18928409--18928594	76	2.4	78	81	4	216	22	20	25	32	1.98
18934312--18934491	75	2.4	76	79	6	231	22	24	24	28	1.99
18936534--18936575	22	1.9	22	90	0	66	54	2	0	42	1.13
18938631--18938753	61	2.0	62	87	6	180	37	4	3	55	1.35
18940526--18940651	58	2.1	60	85	5	166	34	26	7	30	1.85
18947144--18947182	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
18947301--18947329	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
18947416--18947488	23	3.2	23	88	7	121	23	20	24	31	1.98
18952949--18953078	69	1.9	69	98	0	251	39	15	17	27	1.90
18958498--18958527	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
18967577--18967668	49	1.9	49	84	6	127	43	13	6	36	1.69
18971435--18971488	25	2.2	25	89	0	81	51	1	3	42	1.30
18971484--18971547	31	2.1	30	82	11	76	53	4	1	40	1.31
18971900--18971955	15	3.7	15	76	6	51	44	0	0	55	0.99
18981560--18981614	15	3.7	15	76	13	51	43	3	5	47	1.44
18988145--18988174	6	5.0	6	100	0	60	16	33	0	50	1.46
18988145--18988180	18	2.0	18	88	0	54	19	27	0	52	1.46
19005474--19005559	18	4.7	18	83	1	109	41	13	8	36	1.75
19005739--19005848	45	2.4	45	84	0	148	42	20	17	20	1.89
19005829--19005854	12	2.2	12	100	0	52	42	15	23	19	1.89
19006599--19006652	15	3.5	15	80	12	65	5	16	1	75	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19006758--19006820	31	2.0	32	84	9	85	47	4	0	47	1.23
19009481--19009549	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
19009536--19009566	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
19014635--19014822	49	3.8	49	80	2	223	29	22	17	30	1.97
19014640--19014820	100	1.8	100	91	2	301	29	22	18	29	1.97
19020673--19020705	11	3.0	11	95	0	57	27	21	27	24	1.99
19021602--19021687	18	4.7	18	82	1	100	40	13	9	36	1.77
19021568--19021687	36	3.3	37	79	4	120	40	15	9	35	1.78
19021864--19021973	45	2.4	45	80	5	141	42	20	17	20	1.89
19022877--19022939	31	2.0	32	84	9	85	47	4	0	47	1.23
19024116--19024305	96	2.0	96	85	2	256	37	15	34	12	1.85
19025820--19025861	11	3.8	11	81	9	50	33	0	23	42	1.55
19026277--19026329	21	2.3	23	75	21	58	43	0	3	52	1.19
19026443--19026485	3	14.7	3	81	13	54	37	0	2	60	1.10
19026442--19026483	13	3.2	13	77	16	50	38	0	2	59	1.10
19035960--19036015	26	2.2	26	100	0	112	44	19	14	21	1.86
19039794--19039956	51	3.2	51	87	3	238	39	10	20	28	1.86
19041600--19041695	40	2.4	40	94	0	165	32	27	19	20	1.97
19050070--19050109	21	2.0	19	85	9	53	40	0	17	42	1.49
19050301--19050325	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
19050541--19050732	72	2.7	72	79	6	176	36	12	14	36	1.83
19050542--19050824	54	5.1	55	74	10	209	35	12	15	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19050542--19050837	18	16.1	18	72	9	159	35	12	15	37	1.84
19051955--19052037	21	3.9	21	77	3	67	37	25	21	15	1.93
19051953--19052027	21	3.5	22	81	7	82	38	25	21	14	1.91
19052411--19052468	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
19058814--19058877	29	2.2	29	86	5	85	23	3	0	73	0.97
19058798--19058870	20	3.6	20	69	10	58	26	1	0	72	0.93
19058815--19058877	11	6.3	10	74	17	51	22	3	0	74	0.96
19077623--19077669	7	6.7	7	100	0	94	25	0	0	74	0.82
19080715--19080763	23	2.2	22	89	10	73	42	36	8	12	1.72
19081686--19081747	3	21.0	3	79	9	65	61	4	0	33	1.17
19083645--19083678	17	1.9	18	94	5	61	44	0	8	47	1.34
19084713--19084833	39	3.1	39	95	0	215	19	24	32	23	1.98
19087652--19087686	17	1.9	19	88	11	56	51	0	5	42	1.25
19088738--19088802	33	2.0	33	84	0	85	12	30	9	47	1.72
19090196--19090303	57	1.9	57	86	3	155	44	8	12	35	1.72
19090239--19090276	20	1.9	20	94	0	67	47	0	7	44	1.32
19090274--19090358	33	2.6	32	85	5	116	47	14	11	27	1.78
19090267--19090785	17	29.8	17	69	13	220	43	11	11	33	1.77
19090499--19090594	18	5.2	20	81	14	86	40	11	12	35	1.79
19090534--19090702	94	1.8	94	83	7	229	38	9	13	38	1.77
19090938--19090988	17	3.0	16	77	11	57	72	1	0	25	0.95
19091115--19091187	11	6.8	11	75	18	66	0	20	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19091115--19091190	19	3.9	20	76	18	72	0	21	0	78	0.74
19091463--19091522	24	2.5	24	86	7	79	0	33	0	66	0.92
19091451--19091522	3	24.0	3	78	16	62	0	30	0	69	0.89
19091474--19091522	13	3.9	13	75	24	52	0	36	0	63	0.95
19091491--19091519	10	2.9	10	100	0	58	0	37	0	62	0.96
19091594--19091634	8	4.8	9	82	11	50	0	41	0	58	0.98
19091597--19091640	20	2.1	22	87	8	65	0	38	0	61	0.96
19091894--19092010	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
19091909--19092010	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
19092006--19092040	14	2.4	15	90	4	54	25	0	2	71	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318