genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25886690--25886865	52	3.5	51	85	9	254	34	14	23	28	1.93
25886676--25886869	98	2.0	98	94	0	343	33	14	22	28	1.94
25896313--25896367	25	2.2	26	78	12	62	14	20	5	60	1.54
25916672--25916723	24	2.2	24	100	0	104	36	23	17	23	1.95
25923265--25923289	12	2.1	12	100	0	50	20	48	24	8	1.76
25927820--25927856	18	2.1	18	94	0	65	21	13	21	43	1.87
25929504--25930468	201	4.9	200	88	4	1262	20	29	19	30	1.97
25929504--25930468	387	2.5	384	85	5	1236	20	29	19	30	1.97
25930328--25930784	162	2.8	162	88	2	659	21	31	20	26	1.98
25934642--25934684	21	2.0	21	100	0	86	37	16	0	46	1.47
25937324--25937431	54	2.0	54	96	0	198	42	20	3	33	1.70
25940097--25940151	26	2.1	26	83	6	67	30	12	18	38	1.88
25942405--25942674	47	5.7	47	89	3	334	37	19	23	19	1.94
25942405--25942698	25	12.4	24	75	10	257	37	19	23	19	1.94
25943532--25943706	25	7.4	24	79	9	164	20	25	17	36	1.94
25943532--25943684	47	3.2	47	88	4	200	19	24	18	36	1.95
25943606--25943684	22	3.5	22	75	10	86	17	22	18	40	1.91
25943581--25943706	47	2.7	46	89	6	150	19	23	17	38	1.93
25945766--25945795	14	2.1	14	93	0	51	80	0	10	10	0.92
25945846--25945887	19	2.3	19	88	8	61	71	0	28	0	0.86
25945849--25945886	14	2.7	14	88	8	51	71	0	28	0	0.87
25950434--25950513	28	2.8	29	86	3	117	16	3	32	47	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25950699--25950742	22	2.0	23	95	4	81	18	18	25	38	1.92
25965168--25965196	14	2.1	14	93	6	51	62	0	10	27	1.28
25965542--25965581	21	2.0	20	85	5	53	40	0	2	57	1.12
25973223--25973344	46	2.7	46	97	0	226	40	11	24	23	1.88
25977710--25977869	26	6.2	26	94	0	266	33	7	23	35	1.83
25977710--25977869	52	3.1	52	96	0	293	33	7	23	35	1.83
25979423--25979563	27	5.2	27	81	11	173	18	24	22	34	1.96
25979420--25979563	54	2.7	54	93	2	236	18	24	22	34	1.96
25979436--25979581	27	5.4	26	75	19	104	20	24	19	34	1.96
25979423--25979581	81	2.0	80	83	10	200	19	24	21	34	1.96
25981193--25981287	28	3.6	24	75	22	93	44	33	5	16	1.71
25981207--25981289	28	2.9	28	87	1	121	43	31	4	20	1.73
25984136--25984277	46	3.1	45	81	3	167	43	14	23	18	1.87
25984573--25984605	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
25988478--25988551	37	2.0	37	94	0	130	28	24	13	33	1.93
25991729--25991766	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
25993122--25993173	25	2.1	25	85	0	68	40	13	7	38	1.73
25996519--25996604	44	2.0	44	88	4	129	31	24	22	22	1.98
25997367--25997399	16	2.0	17	88	5	50	36	21	0	42	1.53
25998173--25998209	18	1.9	18	89	10	56	40	5	0	54	1.24
26001204--26001426	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
26001279--26001461	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26003390--26003463	16	4.7	16	73	9	71	27	0	4	68	1.07
26003391--26003473	11	7.4	11	70	23	57	25	0	4	69	1.07
26003390--26003486	47	2.0	48	98	2	187	30	0	4	64	1.12
26004943--26005051	33	3.3	33	82	6	132	33	22	11	33	1.89
26012012--26012125	33	3.5	33	83	7	142	32	23	11	32	1.90
26013361--26013435	21	3.5	21	83	3	87	37	28	21	13	1.91
26013361--26013448	21	4.1	21	79	5	86	37	26	20	15	1.93
26013826--26013865	15	2.7	14	85	11	53	52	12	0	35	1.39
26014175--26014292	51	2.3	51	88	2	166	25	22	11	40	1.88
26014730--26014761	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
26016622--26016724	27	3.8	27	89	0	152	29	22	8	39	1.84
26016608--26016743	54	2.5	54	80	0	164	31	21	9	37	1.86
26016740--26017052	27	11.6	27	75	8	215	39	21	8	30	1.84
26016740--26016943	81	2.5	81	91	0	311	40	22	7	28	1.82
26016740--26016967	81	2.8	79	85	8	282	41	21	8	28	1.82
26017085--26017172	27	3.3	27	87	3	115	34	21	26	18	1.96
26017979--26018076	26	3.8	26	94	1	171	26	23	23	26	2.00
26018221--26018312	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
26018336--26018414	31	2.5	31	91	0	131	30	17	25	26	1.97
26021787--26021811	7	3.6	7	100	0	50	56	0	12	32	1.36
26022149--26022253	37	2.8	37	81	9	133	16	14	30	39	1.88
26022229--26022318	37	2.5	37	83	1	110	20	12	28	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26026114--26026173	23	2.6	23	91	2	93	48	11	13	26	1.76
26029968--26030024	25	2.3	25	75	0	69	35	15	24	24	1.95
26031498--26031552	24	2.3	24	90	0	83	54	5	12	27	1.60
26056830--26056865	16	2.2	17	90	9	58	69	2	0	27	1.02
26060109--26060141	16	2.0	17	88	5	50	45	0	6	48	1.27
26063869--26063935	29	2.2	29	80	15	73	46	7	2	43	1.47
26064841--26064869	14	2.1	14	100	0	58	34	17	6	41	1.76
26064948--26064975	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
26064909--26064952	23	1.9	23	86	9	63	45	9	6	38	1.63
26082107--26082142	19	1.9	19	88	5	56	61	0	2	36	1.11
26082107--26082154	19	2.6	19	80	3	53	56	2	4	37	1.30
26083095--26083155	31	2.0	31	90	0	95	37	4	4	52	1.45
26087421--26087452	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
26090146--26090188	21	2.0	21	86	0	59	30	11	25	32	1.91
26091997--26092030	9	3.8	9	84	0	50	64	0	14	20	1.28
26093836--26093874	19	2.1	19	100	0	78	35	0	15	48	1.45
26095707--26095917	40	5.3	40	85	2	248	28	27	19	23	1.98
26098105--26098194	25	3.6	25	73	11	76	17	25	18	37	1.93
26098161--26098230	25	2.8	25	75	14	65	18	21	24	35	1.95
26098120--26098294	50	3.5	50	74	9	133	19	26	18	35	1.95
26098658--26098707	25	2.0	25	100	0	100	40	12	8	40	1.72
26104346--26104370	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26104747--26104892	42	3.4	43	79	4	134	23	18	26	31	1.97
26104747--26104901	43	3.6	42	79	4	141	22	18	27	32	1.97
26106410--26106442	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
26117510--26117544	17	2.0	18	88	5	54	22	5	5	65	1.36
26120238--26120289	20	2.6	20	96	0	95	15	30	36	17	1.91
26121324--26121462	31	4.5	31	90	0	206	28	26	17	28	1.97
26121488--26121577	42	2.1	42	97	0	171	33	20	14	32	1.92
26121725--26121794	25	2.8	26	84	6	99	25	25	25	22	2.00
26122601--26122665	27	2.4	27	87	5	87	21	23	18	36	1.95
26122723--26122932	27	7.7	27	70	9	108	29	8	19	42	1.80
26122754--26122904	54	2.8	53	79	7	142	30	6	19	43	1.76
26122936--26123093	27	5.9	27	83	3	176	40	8	21	29	1.82
26122940--26123105	81	2.1	80	89	3	253	40	7	22	28	1.82
26125340--26125423	31	2.7	31	87	1	116	27	26	16	29	1.97
26125451--26125538	42	2.1	42	91	0	140	31	17	15	35	1.91
26125686--26125755	25	2.8	25	86	4	79	24	22	24	28	1.99
26126564--26126628	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
26126682--26126788	27	3.9	27	77	10	92	33	8	15	42	1.78
26126731--26126867	27	5.1	26	76	9	107	29	7	20	42	1.79
26126744--26126867	53	2.3	53	86	4	160	28	7	21	42	1.79
26126744--26126909	54	3.1	53	78	10	142	28	10	21	39	1.86
26126766--26126907	27	5.3	26	69	16	76	28	11	21	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26126899--26127069	27	6.3	27	87	0	207	39	7	23	29	1.81
26126903--26127069	81	2.1	81	89	2	255	39	6	23	29	1.80
26127233--26129147	953	2.0	951	97	0	3634	30	28	14	25	1.95
26130263--26130346	31	2.7	31	94	1	143	27	26	17	28	1.98
26130374--26130461	42	2.1	42	93	0	149	32	17	15	34	1.91
26130609--26130678	25	2.8	25	89	4	97	24	24	24	27	2.00
26131487--26131551	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
26131605--26131712	27	3.9	27	77	4	90	33	9	15	41	1.79
26131609--26131738	56	2.4	54	80	5	127	31	8	17	42	1.79
26131650--26131793	27	5.3	27	76	9	98	31	8	17	43	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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