Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  50  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18355680--18355739
28
2.2
26
80
11
75
26
25
11
36
1.90
18355687--18355765
28
2.8
28
86
0
113
29
21
11
37
1.88
18359221--18359249
7
4.1
7
100
0
58
41
0
0
58
0.98
18363109--18363233
64
2.0
64
90
0
196
33
17
12
36
1.87
18363250--18363679
133
3.2
133
90
0
682
29
19
23
28
1.98
18363620--18363854
88
2.6
88
82
2
274
30
20
24
24
1.99
18363699--18363925
88
2.6
87
81
6
228
33
20
22
23
1.97
18365211--18365485
46
6.0
46
88
2
336
21
23
14
40
1.90
18365216--18365490
92
3.0
92
87
0
379
21
23
14
40
1.90
18367648--18367684
20
1.9
20
88
5
58
51
8
0
40
1.32
18370125--18370171
3
16.0
3
78
12
53
27
2
0
70
0.99
18370125--18370166
17
2.5
17
88
7
59
26
0
0
73
0.83
18370333--18370689
130
2.7
131
84
0
464
25
18
19
36
1.94
18371613--18371659
24
2.0
24
86
0
67
44
17
2
36
1.60
18396851--18396893
21
2.0
23
86
9
63
37
0
2
60
1.10
18419407--18419456
15
3.4
15
91
2
84
36
0
12
52
1.39
18420071--18420112
20
2.2
20
87
12
61
50
0
21
28
1.49
18438762--18438797
17
2.2
16
90
5
54
44
0
0
55
0.99
18455041--18455094
21
2.7
20
74
5
63
35
7
5
51
1.53
18456351--18456412
27
2.3
28
75
10
67
17
3
35
43
1.66
18456404--18456434
7
4.4
7
100
0
62
12
16
38
32
1.86
18456395--18456434
21
1.9
21
89
0
62
15
12
40
32
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18459502--18459616
44
2.6
44
85
2
149
35
13
22
27
1.92
18459502--18459635
46
3.0
45
82
4
153
35
14
23
26
1.93
18461008--18461035
7
4.0
7
100
0
56
28
14
14
42
1.84
18464256--18464304
23
2.1
23
88
7
73
65
12
6
16
1.45
18466000--18466146
45
3.1
45
64
22
111
29
20
21
29
1.98
18466204--18467234
44
23.4
44
79
5
967
29
25
16
28
1.97
18466290--18467234
307
3.1
309
87
2
1301
29
25
16
27
1.97
18478957--18479005
23
2.1
23
88
7
73
65
12
6
16
1.45
18488765--18488802
19
2.0
19
85
10
51
31
2
2
63
1.22
18492530--18492572
18
2.4
18
88
7
61
48
2
0
48
1.14
18496537--18496566
15
2.0
15
93
0
51
36
0
0
63
0.95
18496532--18496566
18
1.9
18
88
0
52
40
0
0
60
0.97
18507900--18508256
126
2.8
127
86
2
500
24
21
21
33
1.97
18508569--18508624
28
2.0
28
96
0
103
42
12
14
30
1.82
18512115--18512162
25
1.9
25
87
8
71
33
4
6
56
1.44
18520297--18520368
5
14.8
5
74
21
64
38
0
4
56
1.18
18520326--18520368
19
2.3
19
92
8
70
41
0
0
58
0.98
18520373--18520413
19
2.2
19
90
0
64
80
2
14
2
0.92
18520378--18520423
15
3.1
15
84
9
58
76
2
17
4
1.06
18520473--18520500
4
7.0
4
100
0
56
75
0
25
0
0.81
18521287--18521420
44
3.0
45
83
4
162
35
13
23
27
1.93
18532184--18532276
18
5.2
18
89
0
132
33
16
22
27
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18532184--18532276
36
2.6
36
91
0
150
33
16
22
27
1.95
18537254--18537308
27
2.0
27
100
0
110
38
18
3
40
1.68
18560198--18560257
25
2.3
26
82
2
86
56
15
1
26
1.48
18565993--18566017
13
1.9
13
100
0
50
48
0
0
52
1.00
18569425--18569479
21
2.6
22
74
8
60
34
1
0
63
1.05
18570018--18570056
2
19.5
2
100
0
78
0
48
0
51
1.00
18575067--18575129
33
2.0
31
93
6
108
26
11
38
23
1.89
18576537--18576615
6
13.2
6
73
5
52
16
1
74
7
1.11
18576537--18576615
18
4.4
18
76
9
72
16
1
74
7
1.11
18578397--18578511
24
5.3
21
70
20
69
33
1
0
64
1.10
18578397--18578440
21
2.0
21
87
12
63
36
0
0
63
0.95
18582592--18582651
26
2.4
24
83
8
75
68
3
0
28
1.05
18582622--18582680
21
2.8
22
85
7
70
69
6
0
23
1.12
18582727--18582759
15
2.1
16
88
11
50
69
0
0
30
0.88
18585656--18585702
20
2.2
22
85
7
62
29
2
2
65
1.15
18586379--18586427
24
2.0
24
96
0
89
44
8
6
40
1.59
18586721--18586755
17
2.0
18
88
5
54
31
2
0
65
1.07
18589751--18589894
39
3.6
39
86
7
184
26
27
22
23
2.00
18597332--18597494
39
4.1
40
82
7
183
25
27
22
24
2.00
18599591--18599630
20
2.0
20
85
0
53
37
15
2
45
1.59
18611892--18611951
18
3.4
17
73
13
59
53
0
23
23
1.46
18612027--18612085
29
2.0
30
86
6
84
40
0
42
16
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18612345--18612392
18
2.7
18
80
6
53
50
14
4
31
1.62
18619067--18619101
12
2.9
12
91
0
61
2
0
5
91
0.50
18631526--18631551
6
4.3
6
100
0
52
84
0
0
15
0.62
18640724--18640783
18
3.4
17
73
13
59
53
0
23
23
1.46
18640860--18640918
29
2.0
30
86
6
84
40
0
42
16
1.49
18641018--18641079
30
2.1
30
84
6
81
45
0
35
19
1.51
18641178--18641225
18
2.7
18
80
6
53
50
14
4
31
1.62
18648105--18648129
5
5.0
5
100
0
50
60
20
20
0
1.37
18660836--18660878
20
2.2
20
91
0
68
25
11
0
62
1.29
18668848--18668888
19
2.0
19
86
13
55
46
2
2
48
1.28
18685898--18685922
5
5.0
5
100
0
50
80
20
0
0
0.72
18691233--18691276
20
2.2
20
83
0
52
0
0
20
79
0.73
18696235--18696299
30
2.2
30
94
0
112
30
3
7
58
1.42
18697659--18697700
11
3.6
11
81
12
57
59
2
0
38
1.10
18727642--18727675
18
1.9
18
94
5
61
8
5
5
79
1.05
18728897--18728929
6
5.5
6
92
0
57
36
15
30
18
1.91
18737855--18737889
12
3.0
12
95
4
63
82
0
8
8
0.83
18741420--18741453
17
2.1
17
89
10
54
41
0
0
58
0.98
18745839--18745925
9
9.7
9
69
9
52
32
8
13
45
1.73
18745839--18745924
18
4.8
18
82
5
102
32
6
13
46
1.71
18762134--18762220
21
4.0
23
80
10
92
14
21
25
37
1.92
18767016--18767055
22
1.9
21
85
10
55
27
10
5
57
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18775693--18775790
50
1.9
53
81
6
121
40
3
2
54
1.28
18775690--18775804
24
4.7
24
70
11
63
39
2
1
56
1.23
18775742--18775811
11
6.2
11
74
15
54
37
1
0
61
1.05
18775789--18775825
19
1.9
19
88
0
56
24
5
0
70
1.08
18776097--18776235
45
3.1
45
91
0
224
46
12
12
28
1.77
18779348--18779547
100
2.0
100
99
0
391
50
16
15
18
1.78
18785211--18785250
20
2.0
20
95
0
71
45
7
15
32
1.74
18788047--18788089
22
2.0
22
100
0
86
27
9
13
48
1.73
18790310--18790499
47
3.9
47
84
5
202
24
16
28
29
1.97
18790293--18790518
93
2.3
97
78
10
237
26
15
27
30
1.96
18792378--18792407
15
1.9
16
93
6
53
40
16
6
36
1.75
18794802--18794877
37
2.0
40
82
12
97
32
21
2
43
1.66
18802184--18802213
5
6.0
5
100
0
60
60
0
0
40
0.97
18802737--18802912
46
3.8
46
80
10
205
19
21
30
28
1.98
18802733--18802905
93
1.9
93
93
0
301
20
21
30
27
1.98
18804912--18804944
3
11.3
3
93
6
59
30
0
0
69
0.88
18806399--18806452
20
2.6
21
82
11
67
35
0
7
57
1.27
18806442--18806469
11
2.5
11
100
0
56
28
0
0
71
0.86
18811200--18811337
54
2.6
54
91
0
222
28
17
22
31
1.96
18811376--18811447
21
3.2
21
64
21
56
40
9
25
25
1.86
18811398--18811472
25
3.2
25
62
21
61
44
12
22
21
1.85
18811375--18811693
46
7.0
46
88
2
430
40
13
23
22
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18811375--18811711
183
1.8
183
86
3
491
41
13
23
21
1.89
18811375--18811693
137
2.3
137
85
6
448
40
13
23
22
1.89
18820068--18820129
30
2.0
31
96
3
117
50
16
6
27
1.69
18825941--18825988
20
2.3
20
76
13
53
27
20
10
41
1.85
18828640--18829044
52
8.1
51
87
8
534
34
14
22
28
1.93
18828632--18829044
98
4.1
98
85
9
523
34
14
22
28
1.93
18828940--18829119
37
4.3
44
86
10
192
37
14
21
26
1.92
18829008--18829117
37
3.0
37
94
1
195
37
16
21
24
1.93
18830373--18830615
49
4.9
49
91
1
387
24
16
29
29
1.97
18830373--18830615
99
2.5
98
92
1
387
24
16
29
29
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318