genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68372258--68373052	96	8.3	94	93	3	1261	32	8	29	30	1.86
68379557--68379590	5	6.8	5	93	0	50	5	41	32	20	1.76
68379984--68380043	23	2.5	24	94	5	113	25	26	16	31	1.96
68380271--68380391	58	2.1	59	90	1	190	30	23	21	24	1.99
68380784--68380837	24	2.2	24	93	0	90	7	40	35	16	1.77
68380986--68381451	42	11.0	42	82	3	533	15	33	32	18	1.92
68381011--68381451	127	3.5	124	82	6	510	15	34	32	18	1.92
68381033--68381448	169	2.5	167	85	3	582	15	33	33	17	1.91
68384314--68384347	10	3.4	10	91	0	50	8	41	29	20	1.82
68385214--68385262	24	2.0	24	92	0	80	12	40	32	14	1.83
68385438--68385951	85	6.1	85	77	8	378	16	29	33	20	1.94
68385654--68385724	23	3.3	23	62	22	62	22	29	28	19	1.98
68385668--68385736	23	3.2	23	60	16	56	21	31	28	17	1.96
68385454--68385974	42	12.3	43	79	7	409	16	29	34	19	1.94
68390501--68391496	43	23.5	43	83	4	1073	15	32	33	18	1.93
68390501--68391473	85	11.5	87	83	5	1075	15	32	32	18	1.93
68390501--68391496	127	7.8	129	82	4	1073	15	32	33	18	1.93
68391170--68391238	23	3.2	23	64	26	60	23	30	26	20	1.98
68399423--68399449	14	1.9	14	100	0	54	11	29	37	22	1.89
68410868--68410943	24	3.2	24	79	3	91	7	38	34	19	1.81
68411245--68412169	41	22.4	43	82	9	940	16	33	32	17	1.93
68411360--68412080	208	3.5	207	82	10	894	16	34	32	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68411239--68412083	368	2.3	368	85	6	1097	16	34	31	17	1.92
68411815--68412169	84	4.3	85	81	9	380	14	33	33	18	1.91
68420085--68420205	58	2.1	59	93	4	210	33	23	19	24	1.97
68420787--68421594	41	19.5	42	83	8	803	15	32	33	18	1.92
68421337--68421630	42	7.0	43	80	7	282	14	28	37	19	1.91
68428734--68428769	5	7.2	5	96	0	54	13	38	25	22	1.91
68429424--68429544	58	2.1	59	88	1	181	32	23	20	23	1.98
68429940--68429991	24	2.2	24	89	0	77	9	40	32	17	1.82
68434934--68434967	10	3.4	10	91	0	50	8	41	29	20	1.82
68435630--68435750	58	2.1	59	87	1	172	32	22	21	23	1.98
68436146--68436196	24	2.1	24	96	0	93	9	39	33	17	1.83
68436410--68437430	42	23.9	43	80	6	895	16	31	32	18	1.94
68436569--68437407	85	9.9	86	79	6	795	16	32	32	18	1.94
68436410--68437430	127	8.0	127	78	8	853	16	31	32	18	1.94
68437104--68437173	23	3.2	23	65	29	62	25	31	24	18	1.98
68436554--68437307	212	3.6	211	79	8	506	16	33	32	18	1.93
68437247--68437466	43	5.2	42	81	6	219	15	26	39	19	1.91
68440025--68440145	58	2.1	59	90	1	190	30	23	21	24	1.99
68440782--68441540	42	17.9	43	81	5	705	16	31	33	18	1.93
68440741--68441540	85	9.4	85	81	4	792	16	31	33	18	1.93
68440782--68441540	169	4.5	169	82	4	843	16	31	33	18	1.93
68463488--68464477	85	11.7	84	79	8	578	17	31	32	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68463533--68464484	43	22.6	43	81	7	870	17	31	33	18	1.94
68463860--68463931	37	2.0	35	91	5	117	20	30	33	15	1.94
68486070--68486110	20	2.0	20	86	9	57	73	0	0	26	0.84
68486663--68486690	14	2.0	14	100	0	56	35	0	7	57	1.26
68486690--68486768	13	6.5	13	75	16	71	37	1	15	45	1.54
68486689--68486732	23	1.9	23	95	0	79	38	2	13	45	1.56
68486690--68486768	36	2.2	36	93	0	131	37	1	15	45	1.54
68491390--68491438	23	2.2	23	88	3	73	34	12	2	51	1.51
68491817--68491851	9	3.9	9	88	11	54	65	0	0	34	0.93
68491816--68491857	14	3.2	13	83	6	50	66	0	2	30	1.04
68492975--68493007	17	1.9	18	88	11	52	48	3	3	45	1.33
68497744--68497795	27	1.9	27	88	0	77	63	1	26	7	1.32
68507224--68507263	18	2.2	17	91	8	62	52	0	0	47	1.00
68507253--68507295	22	2.0	21	86	4	59	37	2	2	58	1.24
68510594--68510627	12	2.9	12	95	4	61	35	0	0	64	0.94
68513564--68513824	47	5.5	46	77	10	210	24	30	19	25	1.98
68513553--68513825	94	2.9	92	79	11	295	24	30	19	25	1.98
68522755--68522800	23	2.0	23	91	0	74	36	8	17	36	1.81
68525676--68525746	36	2.0	36	100	0	142	28	9	11	50	1.70
68525761--68525794	17	2.1	16	88	5	50	38	0	2	58	1.13
68529477--68529521	23	2.0	23	82	8	56	51	13	4	31	1.61
68549671--68549721	24	2.1	24	85	0	66	35	1	37	25	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68551084--68551167	24	3.2	26	80	10	100	14	23	22	39	1.91
68552098--68552141	19	2.4	19	85	14	65	34	0	6	59	1.24
68564600--68564757	43	3.7	43	78	10	171	29	26	19	24	1.99
68565384--68565443	24	2.5	24	78	2	68	33	3	6	56	1.42
68565491--68565533	17	2.6	16	82	13	52	46	0	13	39	1.44
68586632--68586659	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
68594225--68594307	25	3.2	26	81	8	71	44	1	2	51	1.22
68594264--68594321	5	11.4	5	98	1	107	39	0	0	60	0.97
68594360--68594423	13	5.1	12	73	16	58	67	1	28	3	1.15
68594360--68594431	24	2.9	24	74	15	58	68	1	27	2	1.12
68594801--68594843	18	2.4	18	88	0	68	44	4	16	34	1.68
68595088--68595160	27	2.9	26	75	18	82	38	0	23	38	1.55
68596215--68596329	41	2.8	42	80	6	126	27	23	33	14	1.94
68604215--68604239	11	2.3	11	100	0	50	44	20	36	0	1.52
68608326--68608363	20	2.0	20	89	5	60	50	13	15	21	1.78
68609490--68609601	27	4.2	26	79	7	116	34	21	25	18	1.96
68609490--68609601	54	2.1	54	83	3	136	34	21	25	18	1.96
68617059--68617130	36	2.0	36	82	15	87	6	18	4	70	1.26
68619444--68619474	15	2.1	15	93	0	53	51	6	16	25	1.68
68631575--68631623	21	2.2	23	82	13	59	36	0	24	38	1.56
68634612--68634697	38	2.3	38	91	0	136	20	22	25	31	1.98
68634702--68634775	25	3.2	25	60	25	61	20	22	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68634690--68634954	45	5.9	45	90	0	379	21	21	28	28	1.99
68634690--68634997	90	3.4	90	86	3	383	22	21	28	27	1.99
68634699--68634997	45	6.7	45	85	5	235	23	21	28	27	1.99
68634691--68634997	135	2.3	135	83	3	388	22	21	28	27	1.99
68643782--68643817	17	2.1	17	100	0	72	16	25	16	41	1.89
68645395--68645419	12	2.1	12	100	0	50	24	36	40	0	1.55
68653569--68653608	12	3.2	12	82	10	53	52	0	27	20	1.46
68661375--68661429	17	3.3	17	65	14	51	16	14	16	52	1.75
68661371--68661442	33	2.2	33	97	2	137	19	11	18	51	1.75
68661703--68661806	40	2.6	40	80	6	120	20	17	24	38	1.93
68662782--68662817	15	2.4	16	86	13	58	36	27	11	25	1.90
68671706--68671871	40	4.2	40	86	2	237	24	21	25	28	1.99
68673778--68674036	46	5.6	47	72	15	216	29	29	18	21	1.97
68673786--68674036	93	2.7	92	91	2	421	29	29	19	21	1.97
68673832--68673999	47	3.6	47	77	13	193	29	29	19	21	1.97
68678886--68678963	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
68678916--68679242	173	1.9	174	92	0	557	30	14	24	31	1.94
68687194--68687347	28	5.5	28	96	0	265	25	12	27	33	1.92
68687169--68687347	56	3.2	56	91	1	270	25	12	27	34	1.92
68692618--68692789	46	3.7	46	79	13	208	27	29	22	20	1.99
68692623--68692793	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	20	1.98
68693213--68693272	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68699819--68699848	15	2.0	15	93	0	51	76	0	20	3	0.92
68699936--68700019	18	4.6	17	78	14	80	27	0	3	69	1.05
68699940--68700038	47	2.1	48	81	9	114	25	3	3	68	1.18
68711459--68711676	47	4.6	47	77	10	162	29	16	28	24	1.97
68714834--68714867	10	3.3	10	88	8	50	58	17	20	2	1.51
68717949--68718089	70	2.0	70	100	0	282	36	18	19	25	1.95
68733942--68733989	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
68734026--68734072	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88
68734121--68734261	24	5.9	24	90	3	212	27	24	21	26	1.99
68734122--68734290	24	7.0	23	87	4	205	29	22	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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