genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53049091--53049124	12	2.8	12	95	0	59	35	26	38	0	1.57
53056292--53056332	14	3.1	14	83	13	52	53	0	0	46	1.00
53056456--53056507	9	5.9	9	72	4	52	50	0	5	44	1.26
53056451--53056488	17	2.2	17	95	0	67	50	0	7	42	1.31
53057847--53057900	27	2.0	27	92	0	90	40	11	12	35	1.79
53059798--53059860	24	2.6	24	92	0	99	30	33	14	22	1.93
53062444--53062596	33	4.6	33	72	6	119	28	26	14	30	1.95
53062484--53062630	68	2.2	69	81	6	174	29	24	13	31	1.94
53082226--53082259	12	2.8	12	90	0	50	35	23	38	2	1.70
53089974--53089999	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
53091704--53091755	9	5.9	9	72	4	52	50	0	5	44	1.26
53091699--53091736	17	2.2	17	95	0	67	50	0	7	42	1.31
53093092--53093145	27	2.0	27	88	0	81	44	12	12	29	1.80
53096382--53096439	27	2.1	27	90	6	91	17	0	27	55	1.42
53101815--53101859	20	2.2	21	88	4	65	42	22	2	33	1.66
53109706--53110789	545	2.0	542	93	0	1855	31	17	20	30	1.95
53120084--53120122	17	2.3	17	81	0	51	38	2	2	56	1.27
53120143--53120261	62	2.0	59	88	5	175	40	3	5	51	1.40
53128410--53128519	54	2.0	54	94	0	193	30	15	25	29	1.96
53130424--53130741	153	2.1	153	93	1	539	20	22	32	24	1.98
53131387--53131427	14	2.7	16	77	14	50	46	0	7	46	1.30
53132839--53132875	19	1.9	19	88	0	56	45	0	16	37	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53133276--53133474	68	3.0	66	75	18	198	41	3	4	50	1.40
53133346--53133462	62	1.9	62	87	5	177	41	3	4	50	1.38
53134519--53134682	82	2.0	82	91	0	265	37	8	15	38	1.79
53136369--53136428	29	2.1	29	100	0	120	46	20	3	30	1.66
53138803--53138978	90	2.0	90	85	4	239	36	18	7	37	1.80
53139189--53139272	20	4.3	20	80	7	84	69	1	2	27	1.09
53139580--53139663	19	4.4	19	79	11	100	28	1	3	66	1.15
53139592--53139663	10	7.4	10	78	12	78	29	0	2	68	1.04
53139592--53139672	10	8.1	11	76	12	52	28	1	2	67	1.11
53139591--53139720	58	2.2	59	82	8	160	34	0	1	63	1.10
53139592--53139731	9	14.7	9	70	13	84	34	1	1	62	1.13
53139591--53139732	28	4.9	28	74	14	119	34	1	1	62	1.13
53140758--53141290	268	2.0	268	93	0	913	30	13	23	33	1.93
53141621--53141649	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
53146615--53146682	33	2.1	33	94	0	118	20	14	30	33	1.93
53150231--53150291	31	2.0	31	90	6	97	26	31	19	22	1.98
53150387--53150583	35	5.6	35	88	1	279	31	25	12	29	1.93
53163017--53163061	23	2.0	23	82	8	56	64	11	13	11	1.50
53168528--53168565	20	1.9	20	88	0	58	23	18	26	31	1.97
53179533--53180221	343	2.0	343	97	0	1306	38	15	18	28	1.91
53180516--53180558	21	2.0	21	86	8	61	27	25	18	27	1.98
53187472--53187513	18	2.5	18	81	11	54	33	0	4	61	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53191208--53191276	21	3.4	21	76	11	72	59	1	5	33	1.30
53191342--53191431	9	9.6	9	68	20	51	62	3	2	32	1.24
53191341--53191383	19	2.2	20	87	4	61	65	4	0	30	1.13
53191362--53191430	29	2.4	27	77	15	68	62	2	2	31	1.25
53192891--53192937	16	2.9	17	75	12	53	38	21	4	36	1.73
53194313--53194379	5	14.0	5	87	9	104	59	1	0	38	1.06
53196000--53196034	17	2.1	17	100	0	70	34	11	25	28	1.91
53197643--53197674	13	2.5	13	100	0	64	25	34	28	12	1.92
53198475--53198701	47	4.8	47	74	15	186	24	29	18	27	1.98
53200614--53200709	25	3.8	25	86	2	129	26	25	22	26	2.00
53200614--53200709	51	1.9	50	89	2	147	26	25	22	26	2.00
53200929--53201012	31	2.8	31	94	3	145	33	17	25	23	1.97
53208130--53208305	46	3.8	46	78	4	201	22	20	29	27	1.98
53208125--53208297	93	1.9	93	92	0	292	21	20	30	26	1.98
53210726--53210827	51	2.0	51	100	0	204	29	9	19	41	1.84
53211560--53211655	25	3.8	25	87	2	138	26	25	22	26	2.00
53211845--53211928	31	2.7	31	90	1	134	33	16	25	25	1.96
53212707--53212766	30	2.0	30	100	0	120	36	26	3	33	1.73
53218231--53218279	26	1.9	26	87	4	73	22	8	6	63	1.44
53218231--53218286	26	2.2	25	83	6	67	25	8	5	60	1.47
53218516--53218561	24	2.0	23	82	4	56	26	4	4	65	1.30
53228691--53228826	46	2.9	46	79	5	148	25	30	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53245439--53245728	55	5.5	52	72	13	202	22	24	18	35	1.96
53245439--53245736	54	5.6	54	74	9	229	22	24	17	35	1.95
53245614--53245783	47	3.5	47	72	10	169	27	23	14	35	1.93
53245559--53245785	101	2.2	101	93	0	382	25	22	15	36	1.94
53249079--53249165	44	2.0	44	84	4	113	24	26	12	36	1.91
53251833--53252005	46	3.7	46	77	11	183	23	20	26	30	1.98
53251830--53252000	93	1.8	93	89	2	272	22	20	27	29	1.99
53252230--53252267	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
53257365--53257599	40	5.7	40	81	9	267	28	26	20	24	1.99
53257418--53257588	88	1.9	88	95	0	306	29	27	19	22	1.98
53261951--53262259	54	5.9	54	76	10	289	23	24	16	35	1.95
53262137--53262359	47	4.6	47	75	9	205	27	23	13	35	1.92
53261974--53262312	101	3.3	101	87	4	430	24	23	15	35	1.94
53262359--53262495	45	3.0	47	75	10	138	23	24	19	32	1.97
53266763--53266831	30	2.3	30	76	0	84	17	33	28	20	1.95
53275568--53275878	46	6.7	46	80	8	251	22	28	20	27	1.98
53280327--53281465	48	23.8	48	93	0	1926	35	6	26	31	1.81
53281008--53281078	22	3.2	22	65	21	58	35	7	29	28	1.83
53281512--53281653	37	3.8	37	88	0	203	23	17	33	25	1.96
53281509--53281653	74	2.0	74	90	0	227	22	17	33	26	1.96
53282876--53283067	40	4.8	40	92	1	287	28	21	25	24	1.99
53286760--53286971	109	2.0	102	86	11	295	39	5	23	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53286760--53286971	51	4.0	51	81	15	245	39	5	23	32	1.78
53287018--53287158	58	2.8	46	82	17	151	34	6	25	33	1.81
53287076--53287189	58	1.9	60	87	7	171	38	5	23	32	1.77
53287333--53287378	20	2.2	20	84	11	56	39	0	19	41	1.52
53287251--53287402	63	2.4	64	78	12	163	34	5	24	35	1.80
53287473--53287611	36	3.8	37	88	3	203	23	17	33	25	1.97
53288813--53289004	40	4.8	40	92	1	287	28	21	25	24	1.99
53292700--53293035	48	7.0	48	94	0	582	35	5	26	32	1.81
53293080--53293224	37	3.9	37	95	0	254	23	19	33	24	1.97
53296535--53296560	13	2.0	13	100	0	52	38	30	0	30	1.58
53307787--53307848	20	3.0	20	86	6	72	50	1	25	22	1.59
53312090--53312267	27	6.6	27	83	3	205	29	28	15	26	1.96
53312111--53312266	82	1.9	81	88	3	233	28	28	15	26	1.96
53315869--53315945	24	3.2	24	80	12	88	23	25	16	33	1.96
53317682--53318087	46	8.6	45	74	10	228	23	29	19	28	1.98
53317684--53318089	140	2.9	138	80	10	380	23	29	19	28	1.98
53326157--53326185	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
53327266--53327487	45	4.9	45	85	0	291	23	15	27	34	1.94
53327278--53327487	90	2.3	90	90	0	321	23	16	27	32	1.96
53327898--53327946	24	2.0	24	96	0	89	30	0	16	53	1.43
53330418--53330689	48	5.7	49	75	10	190	27	19	29	23	1.98
53330559--53330733	49	3.6	47	81	11	169	25	17	30	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53338036--53338118	27	3.1	27	85	0	112	25	18	19	37	1.94
53339774--53339949	46	3.8	46	81	4	219	28	30	20	21	1.98
53339782--53339952	93	1.8	93	94	0	306	27	30	21	21	1.98
53342350--53342397	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
53345342--53345517	46	3.8	46	81	4	219	28	30	20	21	1.98
53345350--53345520	93	1.8	93	94	0	306	27	30	21	21	1.98
53356549--53356706	42	3.7	42	80	3	165	30	23	15	31	1.95
53361641--53361670	7	4.3	7	100	0	60	26	13	0	60	1.34
53361896--53361978	25	3.4	25	88	5	116	32	20	19	27	1.97
53361896--53362003	25	4.4	25	83	5	114	31	21	19	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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