genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27965822--27965860	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
27966036--27966095	18	3.7	17	69	26	58	21	6	48	23	1.74
27966037--27966135	30	3.3	30	94	0	162	18	6	48	27	1.71
27966036--27966125	18	5.8	16	65	29	52	20	6	47	25	1.74
27968378--27968463	28	3.0	28	82	1	100	50	25	3	20	1.64
27968366--27968436	28	2.9	24	77	18	74	46	30	2	19	1.64
27968508--27968533	13	2.0	13	100	0	52	38	38	0	23	1.55
27968618--27968656	17	2.3	17	90	0	60	30	23	0	46	1.53
27968615--27968663	23	2.1	24	88	3	73	34	20	0	44	1.52
27969889--27969925	16	2.3	16	90	9	58	59	5	0	35	1.20
27974590--27974642	28	1.9	27	84	3	70	26	26	18	28	1.98
27974604--27974738	60	2.2	59	83	8	157	25	25	20	27	1.99
27974731--27974786	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
27974810--27974851	22	1.9	22	85	0	57	16	50	7	26	1.71
27979653--27979687	15	2.2	16	90	5	54	42	0	5	51	1.25
27980388--27980430	19	2.3	18	84	11	52	32	4	2	60	1.30
27984666--27984772	26	4.2	26	92	1	180	36	23	7	32	1.83
27988785--27988830	16	2.7	17	80	16	51	34	8	2	54	1.43
27991531--27991638	26	4.2	26	92	0	180	37	23	7	32	1.82
27995202--27995230	11	2.5	12	88	11	51	27	0	0	72	0.85
27998186--27998233	25	1.9	25	82	0	60	29	12	4	54	1.56
27998399--27998738	137	2.5	138	90	0	538	19	24	14	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27998399--27998748	46	7.6	46	90	1	499	20	24	13	42	1.88
28001086--28001119	15	2.3	15	90	10	52	29	0	23	47	1.52
28003352--28003425	38	1.9	38	100	0	148	36	13	32	17	1.89
28008312--28008341	15	1.9	16	93	6	53	33	0	23	43	1.54
28009441--28009486	19	2.3	20	82	10	51	47	6	4	41	1.49
28009896--28010135	132	1.8	132	87	0	354	36	20	18	23	1.95
28010438--28010497	3	20.0	3	96	0	111	68	0	0	31	0.90
28010553--28010577	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28010816--28010895	3	26.3	3	72	20	53	65	1	3	30	1.18
28010814--28010896	12	6.6	12	76	16	71	65	1	3	30	1.17
28010816--28010877	18	3.3	18	81	14	72	62	1	3	32	1.20
28010814--28010903	27	3.4	27	72	15	73	66	1	3	28	1.14
28011240--28011289	21	2.6	18	80	17	64	60	34	0	6	1.21
28011211--28011313	25	4.3	24	80	15	108	61	32	0	6	1.22
28011388--28011447	13	4.7	13	68	4	50	20	15	50	15	1.79
28011386--28011465	38	2.1	38	100	0	160	21	12	50	16	1.78
28011701--28012561	44	20.2	44	85	5	1050	22	30	16	29	1.96
28024632--28024691	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
28024638--28024800	18	9.1	18	71	21	60	63	3	1	31	1.20
28025003--28025032	12	2.4	13	94	5	53	63	0	0	36	0.95
28025042--28025087	9	5.2	9	80	12	51	69	0	4	26	1.07
28025005--28025094	21	4.5	21	77	13	84	65	1	5	27	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28025041--28025096	12	4.2	13	74	17	53	73	0	3	23	0.99
28025400--28025481	25	3.3	25	88	5	105	63	29	0	7	1.21
28025556--28025615	13	4.7	13	68	4	50	20	15	50	15	1.79
28025554--28025634	38	2.1	38	100	0	162	20	12	49	17	1.79
28026652--28026862	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
28026632--28026904	137	2.0	138	99	0	539	31	25	19	24	1.98
28028680--28028803	26	4.8	26	93	2	207	37	24	4	33	1.77
28032513--28032930	136	3.1	136	93	2	736	31	24	18	24	1.97
28034698--28034833	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
28042593--28042632	6	6.5	6	97	2	71	32	0	67	0	0.91
28042593--28042637	18	2.5	19	89	10	76	33	0	66	0	0.92
28042986--28043026	14	2.9	14	96	0	73	46	0	0	53	1.00
28045660--28045696	14	2.6	14	100	0	74	24	16	8	51	1.71
28046112--28046184	37	2.0	37	89	5	112	34	24	16	24	1.95
28048382--28048454	34	2.1	34	100	0	146	34	13	10	41	1.80
28050037--28050172	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
28051646--28051697	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
28055848--28055981	26	5.2	26	94	3	218	33	5	24	36	1.78
28057454--28057505	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
28061662--28061797	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
28063273--28063324	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
28063633--28063724	32	2.9	33	75	6	91	26	21	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28064707--28064988	130	2.2	126	79	3	296	38	19	16	26	1.92
28064782--28065015	130	1.8	130	83	1	317	38	20	15	25	1.92
28065118--28065171	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
28065144--28065241	51	2.0	49	84	11	128	55	3	9	32	1.47
28065348--28065403	23	2.4	23	82	11	69	60	0	10	28	1.30
28065388--28065426	14	2.8	13	85	14	51	66	0	5	28	1.12
28065392--28065434	20	2.0	22	86	8	63	62	0	6	30	1.21
28065698--28065737	17	2.4	17	91	0	62	62	5	10	22	1.46
28066428--28066522	43	2.2	45	82	3	113	32	20	16	30	1.95
28066549--28066653	43	2.4	44	87	4	142	25	19	21	33	1.97
28066460--28066734	131	2.1	131	85	1	363	23	22	20	33	1.97
28066548--28066734	44	4.3	43	71	13	157	22	21	20	34	1.97
28066591--28067196	88	7.0	87	88	2	739	20	22	21	35	1.96
28066636--28066776	44	3.2	44	68	16	121	19	24	21	33	1.97
28067215--28067704	179	2.7	177	84	4	592	28	21	18	30	1.97
28067315--28067591	45	6.2	45	69	7	168	27	22	19	30	1.98
28074126--28074179	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
28074357--28074412	23	2.4	23	82	11	69	60	0	10	28	1.30
28074397--28074472	14	5.6	13	74	21	52	67	1	6	25	1.23
28074401--28074476	18	4.2	17	71	15	55	67	1	6	25	1.23
28074707--28074748	17	2.5	17	92	0	66	64	4	9	21	1.42
28077538--28077572	6	5.8	6	89	0	52	20	42	0	37	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28078971--28079044	35	2.1	36	97	2	141	36	16	0	47	1.47
28083394--28083579	40	4.7	40	86	5	218	25	21	26	26	2.00
28083450--28083602	80	1.9	79	81	9	186	27	19	26	26	1.99
28090052--28090092	18	2.4	17	91	4	64	53	0	0	46	1.00
28090057--28090100	18	2.8	15	78	21	54	59	0	0	40	0.98
28093083--28093132	25	2.0	25	96	0	91	30	8	26	36	1.85
28099481--28099536	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
28099730--28099766	19	1.9	19	89	10	58	29	8	0	62	1.24
28100052--28100261	115	1.8	113	87	6	314	27	17	11	43	1.83
28113619--28113655	18	2.1	18	100	0	74	27	10	21	40	1.86
28114014--28114203	40	4.8	40	77	7	138	24	23	28	23	1.99
28114013--28114194	78	2.3	80	80	6	201	24	24	28	23	2.00
28115604--28115999	44	8.9	44	67	14	197	31	19	25	23	1.98
28115604--28115999	182	2.2	173	80	7	420	31	19	25	23	1.98
28115870--28116076	87	2.4	87	85	0	279	31	18	23	26	1.97
28117529--28117594	3	22.0	3	93	6	116	31	0	0	68	0.90
28118111--28118320	116	1.8	113	85	8	298	27	16	12	43	1.84
28119241--28119288	16	3.1	15	78	6	51	29	0	2	68	1.01
28120811--28120849	18	2.2	18	90	0	60	23	23	10	43	1.84
28124978--28125027	24	2.0	26	84	7	68	36	20	18	26	1.95
28127613--28128131	125	4.2	124	77	6	476	32	17	13	37	1.88
28128214--28128342	34	3.9	33	81	11	149	45	16	0	37	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28132929--28132959	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
28133356--28133398	18	2.2	21	88	12	65	23	18	18	39	1.92
28136226--28136269	21	2.0	22	86	4	63	29	0	13	56	1.38
28140642--28140678	10	3.8	10	82	17	51	67	5	0	27	1.12
28140625--28140703	29	2.8	28	76	14	63	67	5	2	25	1.24
28140634--28140679	18	2.4	19	92	7	76	69	4	0	26	1.07
28140859--28140914	10	5.5	10	76	23	55	35	0	0	64	0.94
28140857--28140917	31	2.0	29	87	12	88	34	0	0	65	0.93
28140865--28140964	19	5.3	19	70	16	57	28	3	2	67	1.17
28140896--28140947	26	2.0	25	82	10	61	25	3	1	69	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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