genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.323.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95639237--95639386	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
95640208--95640253	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
95647164--95647329	40	4.2	40	82	4	185	25	27	21	25	2.00
95648154--95648199	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
95650079--95650625	206	2.7	206	92	1	898	28	22	17	30	1.97
95656919--95656958	21	2.0	21	85	5	55	57	5	2	35	1.34
95656965--95657026	14	4.2	14	72	10	52	62	1	3	32	1.20
95658663--95659215	206	2.7	206	91	1	894	28	22	18	30	1.97
95665701--95665779	39	2.0	39	100	0	158	36	7	22	32	1.83
95673057--95673085	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
95673164--95673225	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
95673669--95673708	21	2.0	21	85	5	55	57	5	2	35	1.34
95673715--95673776	14	4.2	14	72	10	52	62	1	3	32	1.20
95685414--95685471	28	2.0	29	83	3	73	56	1	5	36	1.32
95687683--95687719	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
95690516--95690553	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
95703800--95703831	16	1.9	17	93	6	57	25	6	0	68	1.12
95704230--95704370	43	3.1	43	83	6	165	32	13	15	38	1.87
95704254--95704397	49	3.1	49	86	5	183	32	11	15	40	1.83
95705354--95705380	12	2.2	12	100	0	54	22	0	7	70	1.12
95705364--95705410	24	1.9	25	86	4	69	31	0	6	61	1.21
95705375--95705422	26	1.9	26	83	8	64	35	0	4	60	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95706628--95706660	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
95706769--95706815	24	2.0	24	83	8	60	53	4	2	40	1.32
95708809--95708843	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
95710596--95710628	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
95710596--95710629	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
95710885--95710960	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
95710914--95711011	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
95710921--95711011	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
95712192--95712302	47	2.4	47	80	6	127	36	21	15	27	1.93
95713588--95713627	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
95713820--95714093	45	6.1	45	78	6	268	26	26	15	31	1.96
95714033--95714326	78	3.8	78	89	2	457	24	25	18	31	1.98
95714179--95714299	37	3.2	37	63	15	93	22	23	19	33	1.97
95714033--95714326	155	1.9	156	90	2	466	24	25	18	31	1.98
95722471--95722506	13	2.7	13	86	4	54	52	13	0	33	1.41
95722771--95722866	40	2.5	39	75	8	99	30	29	25	15	1.96
95730705--95730755	26	1.9	27	88	4	77	29	5	17	47	1.71
95731323--95731363	22	1.9	22	90	5	66	51	0	2	46	1.14
95731508--95731546	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
95736894--95736943	9	5.4	9	79	11	57	24	0	2	74	0.93
95741608--95741633	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
95741849--95741893	20	2.2	20	80	0	54	64	11	4	20	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95745807--95745847	21	2.0	21	95	0	73	60	0	0	39	0.96
95745912--95745967	22	2.4	24	82	8	62	64	0	1	33	1.04
95746525--95746567	20	2.1	21	91	4	70	32	0	2	65	1.06
95752453--95752513	30	2.1	29	96	3	113	26	13	24	36	1.92
95761671--95761785	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
95761671--95761785	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
95763391--95763495	26	4.3	26	83	14	132	36	25	5	32	1.80
95763476--95763537	30	2.1	30	90	6	99	30	16	3	50	1.61
95763490--95763539	10	5.1	10	79	15	52	30	12	6	52	1.62
95767436--95767550	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
95767436--95767550	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
95769160--95769269	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
95778997--95779056	23	2.6	23	75	15	61	53	8	8	30	1.60
95779879--95779934	27	2.1	27	86	0	76	39	16	16	28	1.89
95781162--95781212	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
95785852--95785879	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
95786134--95786238	39	2.7	39	93	0	183	23	24	20	30	1.99
95794347--95794471	39	3.2	39	89	2	162	24	24	20	30	1.99
95802088--95802112	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
95804423--95804590	40	4.2	40	81	3	169	25	26	22	26	2.00
95804439--95804590	80	1.9	80	82	8	193	24	26	22	26	2.00
95809697--95809983	50	5.7	50	89	0	412	30	19	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95811865--95812179	47	6.8	45	73	19	229	27	18	29	23	1.98
95811867--95812079	46	4.6	46	80	14	201	27	18	29	24	1.98
95811965--95812067	44	2.3	42	88	11	145	27	19	28	25	1.99
95820952--95821011	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
95824806--95824977	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
95824799--95824974	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
95832344--95832515	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
95832337--95832512	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
95836288--95836328	20	2.0	20	85	0	55	31	21	12	34	1.91
95839246--95839364	27	4.3	27	76	11	105	36	23	24	15	1.93
95840971--95841080	26	4.2	26	96	0	184	34	24	7	33	1.83
95842347--95842406	18	3.2	18	65	21	50	46	10	3	40	1.54
95842326--95842406	39	2.1	39	100	0	162	44	8	4	41	1.57
95842326--95842389	21	3.2	21	66	20	64	43	7	6	42	1.58
95844606--95844649	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
95849686--95849770	30	2.8	30	85	0	107	28	12	22	36	1.91
95849824--95849862	19	2.1	19	90	4	62	41	0	23	35	1.55
95860489--95860532	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
95863871--95863904	18	2.0	16	88	11	50	47	0	0	52	1.00
95870423--95870463	18	2.3	18	91	0	64	14	41	0	43	1.45
95876820--95876879	29	2.1	29	87	3	86	48	0	20	31	1.50
95877367--95877520	43	3.6	44	81	8	165	29	15	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95878931--95878970	13	3.2	13	89	10	57	80	0	10	10	0.92
95880512--95880585	32	2.6	28	78	17	80	35	6	18	39	1.78
95882944--95882985	22	2.0	21	95	4	75	47	0	2	50	1.14
95886090--95886129	15	2.7	15	88	0	62	17	20	27	35	1.95
95886734--95886758	11	2.3	11	100	0	50	60	0	24	16	1.36
95886805--95886861	29	1.9	30	89	3	89	15	24	36	22	1.94
95887806--95887839	17	2.0	17	100	0	68	35	11	5	47	1.65
95892218--95892299	26	3.2	26	98	0	155	30	7	25	36	1.83
95895620--95895690	26	2.7	26	91	0	115	30	4	2	61	1.29
95895786--95895849	3	21.3	3	82	6	58	26	3	7	62	1.38
95899271--95899426	3	52.7	3	77	13	110	27	7	2	62	1.34
95899259--95899350	9	10.2	8	82	13	76	27	2	1	69	1.07
95901617--95901822	113	1.8	113	87	0	304	25	18	20	34	1.96
95906784--95906831	19	2.5	19	93	0	78	29	22	29	18	1.98
95908133--95908173	21	2.0	21	95	0	73	43	21	24	9	1.83
95908739--95908822	41	2.0	41	97	0	159	33	17	2	46	1.61
95911166--95911238	26	2.8	26	83	4	85	38	9	23	28	1.86
95918436--95918483	9	5.1	9	79	5	51	70	0	2	27	0.98
95918509--95918547	17	2.2	17	90	9	60	66	0	33	0	0.92
95920276--95920322	20	2.3	20	88	0	67	21	40	27	10	1.86
95920790--95920847	2	29.0	2	100	0	116	50	0	50	0	1.00
95927812--95927840	14	2.0	15	93	6	51	27	27	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95928518--95928660	49	2.9	49	96	0	259	32	9	15	43	1.78
95929646--95929698	17	3.0	18	81	10	56	32	0	0	67	0.91
95930292--95930326	17	2.1	16	89	5	52	62	0	0	37	0.95
95930443--95930497	9	6.0	9	76	19	51	60	0	0	40	0.97
95930514--95930545	12	2.7	12	95	0	55	31	0	6	62	1.20
95930773--95930811	19	2.1	18	86	13	53	25	2	5	66	1.25
95930783--95930831	22	2.4	22	83	10	59	26	4	2	67	1.19
95935196--95935251	22	2.5	22	75	13	60	10	8	5	75	1.19
95935451--95935491	16	2.6	17	77	14	52	58	0	0	41	0.98
95935498--95935523	10	2.6	10	100	0	52	53	15	0	30	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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