genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89946990--89947160	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
89946994--89947307	139	2.3	139	97	0	583	21	21	28	28	1.99
89950258--89950336	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
89950249--89950335	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
89952718--89953032	46	6.8	46	78	12	349	21	20	28	28	1.99
89952715--89952885	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
89952719--89953032	139	2.3	139	96	0	574	21	21	28	28	1.99
89961128--89961230	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
89969527--89969564	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
89969871--89969907	17	2.1	18	85	14	51	54	2	10	32	1.49
89970193--89970448	3	86.0	3	71	9	168	63	5	5	26	1.37
89974226--89974258	15	2.1	16	88	5	50	39	15	0	45	1.46
89974772--89974904	68	2.0	68	96	0	248	38	7	5	48	1.54
89978415--89978681	72	3.7	72	83	6	301	24	17	27	30	1.97
89980535--89980700	48	3.5	48	79	4	160	25	26	18	29	1.98
89983049--89983163	27	4.3	26	85	5	140	36	22	23	17	1.95
89983049--89983163	54	2.1	54	87	3	160	36	22	23	17	1.95
89984782--89984891	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
89985733--89985778	13	3.7	13	81	18	62	60	0	0	39	0.97
89985733--89985772	8	5.0	8	93	0	71	60	0	0	40	0.97
89985733--89985778	16	3.1	15	82	17	60	60	0	0	39	0.97
89986546--89986601	28	2.0	28	83	10	71	37	0	23	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89986569--89986616	18	2.7	17	81	15	53	39	0	18	41	1.51
89992156--89992201	23	2.1	23	84	8	60	43	15	4	36	1.66
89992156--89992251	19	4.7	21	76	12	76	39	16	8	35	1.79
89992156--89992214	22	2.7	22	82	7	66	40	16	5	37	1.71
89992193--89992266	19	3.9	19	87	3	114	36	16	12	35	1.86
89992186--89992266	37	2.2	38	84	8	114	35	17	11	35	1.85
89992596--89992872	45	6.1	45	71	12	197	24	25	18	31	1.98
89992694--89992845	47	3.3	46	66	17	125	23	22	21	32	1.98
89992649--89992953	92	3.5	91	85	7	402	24	23	19	31	1.98
89992892--89993702	220	3.7	220	92	0	1298	26	22	18	32	1.97
90003956--90004180	40	5.6	39	85	5	249	26	21	26	26	1.99
90003956--90004178	79	2.8	79	83	8	281	26	21	26	26	2.00
90003956--90004180	119	1.9	120	83	8	298	26	21	26	26	1.99
90003963--90004213	79	3.2	78	81	10	269	27	20	25	26	1.99
90006888--90006945	27	2.1	28	84	9	75	36	0	22	41	1.54
90006913--90006960	18	2.7	17	81	15	53	39	0	18	41	1.51
90010115--90010161	24	1.9	25	91	4	78	68	17	10	4	1.35
90010116--90010167	24	2.2	24	82	6	61	71	17	9	1	1.22
90010190--90010243	6	9.3	6	82	8	67	79	0	5	14	0.90
90010189--90010243	22	2.8	18	82	15	65	78	0	7	14	0.96
90016770--90016835	23	2.9	23	78	10	66	27	1	4	66	1.20
90028843--90029287	119	3.7	119	94	0	746	33	16	18	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90029245--90029370	62	2.0	62	93	0	216	35	16	19	28	1.93
90031225--90031251	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
90032413--90034058	48	34.0	48	89	5	2383	35	6	26	31	1.82
90032754--90032881	65	2.0	65	96	0	238	34	8	26	30	1.86
90033231--90033299	33	2.1	33	97	0	129	37	2	21	37	1.69
90033183--90033347	81	2.0	81	96	0	303	36	4	24	33	1.77
90034199--90034338	37	3.8	37	98	0	271	24	20	32	23	1.98
90036418--90036463	17	2.6	18	86	6	58	34	2	0	63	1.07
90036393--90036465	20	4.0	18	75	16	62	35	1	2	60	1.20
90036532--90036594	32	2.0	32	87	9	85	31	6	3	58	1.39
90036625--90036663	18	2.2	18	86	9	53	23	0	5	71	1.05
90036568--90036669	24	4.3	24	74	9	68	29	2	2	64	1.22
90042350--90042418	13	4.9	15	75	19	60	34	2	0	62	1.10
90042336--90042393	17	3.3	18	81	13	59	31	3	0	65	1.09
90042352--90042417	17	4.4	16	73	21	54	34	3	0	62	1.11
90042714--90042750	15	2.5	15	90	0	56	13	2	2	81	0.92
90047655--90047687	14	2.4	14	90	10	50	36	27	6	30	1.81
90049165--90049203	19	2.0	20	85	14	55	41	5	0	53	1.23
90050377--90050436	31	1.9	31	89	0	93	41	13	11	33	1.80
90051485--90051610	35	3.5	36	87	9	177	35	15	11	37	1.83
90051485--90051610	54	2.3	54	97	2	236	35	15	11	37	1.83
90051517--90051608	17	5.5	15	87	8	78	35	15	10	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90051485--90051610	19	6.9	19	87	12	194	35	15	11	37	1.83
90051961--90052234	45	6.1	45	77	8	270	25	27	15	31	1.96
90051961--90052234	89	3.0	88	80	8	284	25	27	15	31	1.96
90052191--90052315	62	2.0	62	98	0	241	24	26	16	33	1.95
90052253--90052452	78	2.6	78	89	0	292	25	24	19	32	1.98
90052677--90053325	87	7.4	87	86	3	858	30	25	15	27	1.96
90052659--90053325	261	2.6	261	86	3	948	30	25	15	27	1.96
90053097--90053413	44	7.2	44	77	11	256	27	26	16	29	1.97
90052632--90053428	174	4.6	171	86	4	918	29	25	15	28	1.96
90054383--90054441	6	9.7	6	78	21	61	0	15	0	84	0.62
90054395--90054430	11	3.2	11	88	7	54	0	13	0	86	0.58
90054384--90054439	18	2.9	19	86	7	87	0	16	0	83	0.64
90054383--90054441	30	1.9	31	89	6	93	0	15	0	84	0.62
90059922--90060051	19	6.7	21	80	12	68	39	16	8	36	1.79
90059922--90059979	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
90059958--90060102	54	2.7	54	98	1	281	36	15	11	37	1.83
90059951--90060103	73	2.1	71	90	8	247	35	15	10	37	1.82
90059958--90060102	19	7.9	19	90	9	248	36	15	11	37	1.83
90071721--90071799	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
90072898--90072935	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
90079515--90079593	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
90082581--90082911	163	2.0	164	91	0	538	35	17	8	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90087128--90087311	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
90087168--90087356	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
90095329--90095498	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
90098210--90098259	25	2.0	25	100	0	100	40	16	16	28	1.89
90102441--90102540	6	16.3	6	74	15	80	48	14	18	20	1.82
90102441--90102540	31	3.3	31	79	6	98	48	14	18	20	1.82
90102935--90103100	27	6.3	27	85	2	221	27	19	19	34	1.96
90102960--90103181	54	4.1	53	79	7	173	27	14	20	37	1.92
90102958--90103127	81	2.1	80	85	3	234	27	17	19	35	1.94
90102961--90103154	81	2.4	81	83	4	214	27	16	19	36	1.93
90103174--90103359	81	2.3	81	90	0	275	38	8	22	30	1.83
90103084--90103532	27	16.7	27	78	7	218	33	8	22	35	1.85
90105186--90105231	24	1.9	24	100	0	92	50	15	8	26	1.73
90107940--90108040	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
90113245--90113298	21	2.7	20	77	5	54	24	18	14	42	1.88
90113266--90113336	21	3.4	21	74	0	61	19	21	15	43	1.87
90113271--90113378	42	2.6	42	80	0	108	17	24	15	42	1.88
90115906--90116131	40	5.7	40	90	4	323	24	21	26	26	1.99
90121184--90121313	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
90121184--90121347	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
90127418--90127641	78	2.8	79	88	6	321	24	21	26	27	1.99
90127425--90127664	118	2.0	119	85	7	328	26	20	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90127418--90127641	40	5.7	40	89	6	314	24	21	26	27	1.99
90131838--90131912	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
90131896--90131969	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
90139713--90139787	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
90139771--90139844	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
90155099--90155249	40	3.8	40	76	11	130	22	25	23	28	1.99
90155099--90155248	80	1.9	80	82	8	189	22	26	23	28	1.99
90164599--90164848	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
90172771--90172980	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
90179060--90179097	20	1.9	20	84	10	51	31	18	21	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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