genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33958201--33958344	41	3.5	41	80	3	173	30	14	18	36	1.91
33958734--33958783	21	2.4	21	80	6	57	62	2	2	34	1.18
33959631--33959747	37	3.2	37	69	13	105	41	4	11	43	1.60
33968896--33968965	34	2.1	34	88	0	104	27	18	25	28	1.98
33968928--33969034	40	2.7	40	92	1	178	26	18	24	30	1.98
33975364--33975422	20	3.0	20	69	11	50	44	3	6	45	1.47
33976540--33976572	14	2.2	16	84	15	52	0	24	0	75	0.80
33978478--33978513	18	2.1	17	94	5	63	47	0	16	36	1.47
33982413--33982740	131	2.5	129	84	4	412	35	19	17	28	1.94
33985514--33985899	88	4.4	89	83	3	386	23	23	20	32	1.98
33985514--33985900	177	2.2	177	80	3	420	23	23	20	32	1.98
33997310--33997558	131	1.9	131	94	0	437	37	19	17	25	1.93
33998062--33998159	19	5.2	19	91	7	155	38	10	15	35	1.81
33998052--33998159	36	2.9	37	87	10	125	38	10	14	36	1.80
34004534--34005772	132	9.4	132	94	0	2109	31	17	24	26	1.97
34006350--34006428	19	4.2	19	85	9	108	40	10	15	34	1.81
34008225--34008251	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
34011981--34012011	9	3.3	9	91	8	53	19	3	0	77	0.90
34016435--34016465	9	3.3	9	91	8	53	19	3	0	77	0.90
34017905--34017937	17	1.9	17	93	0	57	39	0	6	54	1.25
34018055--34018080	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
34019890--34019934	22	2.0	22	91	0	72	35	33	15	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34020971--34021119	61	2.5	60	85	4	201	26	18	10	44	1.82
34021739--34021774	18	1.9	19	88	5	56	13	0	8	77	0.98
34028876--34028911	4	9.0	4	93	0	63	25	0	22	52	1.47
34029060--34029104	2	22.5	2	90	0	72	44	0	4	51	1.21
34033413--34033466	20	2.7	20	82	0	63	35	18	1	44	1.61
34033672--34033735	20	3.2	20	82	6	76	43	10	4	40	1.61
34035784--34035845	29	2.1	30	87	6	90	25	8	16	50	1.72
34038122--34038213	39	2.4	39	81	0	94	32	5	20	41	1.75
34040444--34040489	22	2.1	22	100	0	92	52	4	21	21	1.64
34040448--34040494	22	2.1	22	92	4	76	48	8	23	19	1.75
34040925--34040949	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
34042020--34042191	43	4.0	44	72	13	151	25	17	25	31	1.97
34042718--34042763	23	2.0	24	86	4	67	17	2	28	52	1.56
34044565--34044638	37	2.0	37	91	0	121	45	17	8	28	1.77
34054937--34054972	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
34064536--34064862	45	7.3	45	68	7	200	43	14	16	25	1.86
34064631--34064922	90	3.3	89	85	1	379	44	14	15	25	1.85
34064670--34064923	45	5.6	45	69	14	164	45	14	14	25	1.83
34064891--34064994	44	2.3	46	80	4	124	39	13	14	32	1.85
34066836--34066866	15	2.1	15	93	0	53	29	0	32	38	1.57
34067802--34067835	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
34070048--34070289	37	6.5	37	84	1	306	21	23	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34070048--34070324	74	3.7	74	80	3	236	20	23	19	36	1.95
34070466--34070526	22	2.9	22	85	7	83	42	1	16	39	1.58
34071880--34071922	20	2.2	19	87	4	59	48	0	0	51	1.00
34079325--34079375	6	8.2	6	87	8	75	49	17	1	31	1.58
34079446--34079502	24	2.4	24	100	0	114	38	0	22	38	1.55
34087584--34087608	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
34089755--34089822	35	1.9	35	84	0	91	30	22	16	30	1.95
34098417--34098446	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
34105902--34105940	20	2.0	20	94	0	69	17	20	48	12	1.80
34106607--34106952	133	2.6	132	82	5	383	23	24	19	31	1.98
34106721--34106915	44	4.4	44	68	11	137	21	26	18	33	1.96
34106653--34106983	133	2.5	132	82	4	421	24	25	18	32	1.97
34106981--34107121	46	3.1	46	87	0	210	20	25	18	35	1.95
34111772--34111815	21	2.1	21	91	0	70	47	6	15	29	1.72
34114179--34114203	10	2.5	10	100	0	50	12	28	8	52	1.66
34119068--34119102	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
34119234--34119297	31	2.1	31	83	16	80	75	0	4	20	0.99
34119327--34119367	20	2.0	20	86	9	57	58	4	12	24	1.53
34119394--34119443	26	1.9	26	87	0	73	58	0	8	34	1.28
34119590--34119695	3	34.0	3	74	11	61	62	2	4	30	1.30
34122144--34122358	46	4.7	46	84	1	243	20	22	15	41	1.90
34122336--34122374	16	2.4	16	100	0	78	23	25	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34122290--34122417	62	2.1	62	95	0	229	24	25	14	35	1.93
34122352--34122485	46	2.9	46	95	0	241	24	25	14	35	1.93
34122198--34122485	154	1.9	154	88	0	441	22	24	14	38	1.92
34126836--34126870	12	3.0	12	95	4	63	34	0	0	65	0.93
34126994--34127056	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
34127713--34127745	17	1.9	17	100	0	66	42	0	0	57	0.98
34129575--34129638	30	2.2	30	85	2	85	31	7	4	56	1.49
34131448--34131551	46	2.3	46	89	3	156	25	17	26	29	1.97
34131864--34131901	20	1.9	20	88	0	58	23	2	18	55	1.55
34132914--34132938	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
34134154--34134191	19	2.0	20	89	5	60	34	13	18	34	1.89
34135787--34135862	40	1.9	40	88	0	116	38	34	14	13	1.85
34142231--34142297	35	1.9	35	93	0	116	26	34	22	16	1.95
34143019--34143081	26	2.3	28	83	8	85	7	9	3	79	1.04
34143063--34143114	10	4.9	10	81	9	59	0	11	5	82	0.82
34143084--34143116	13	2.6	13	90	4	50	0	9	12	78	0.95
34149859--34149883	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
34150751--34150820	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
34157713--34157737	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
34158611--34158680	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
34159553--34159586	16	2.1	17	88	5	52	55	0	14	29	1.40
34161410--34161480	35	2.0	35	94	0	124	29	32	23	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34162571--34162602	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
34162813--34163146	50	6.6	50	76	4	271	29	24	19	26	1.98
34162813--34163045	101	2.3	100	78	4	227	29	24	18	27	1.98
34162805--34163136	151	2.2	151	91	1	540	29	24	19	26	1.98
34165647--34165701	30	1.9	28	89	10	85	18	20	10	50	1.76
34166867--34166969	26	4.0	25	92	5	170	33	7	22	35	1.83
34166867--34166969	51	2.0	52	94	1	181	33	7	22	35	1.83
34168567--34168642	27	2.9	27	84	13	104	18	23	22	35	1.96
34170064--34170101	16	2.4	16	86	8	51	55	0	28	15	1.41
34170129--34170158	15	2.0	15	93	0	51	53	0	23	23	1.46
34173777--34174223	40	11.2	40	84	1	522	15	27	18	38	1.91
34173777--34174245	20	23.5	20	66	9	149	15	26	18	38	1.91
34174994--34175049	20	2.8	19	83	5	58	51	3	23	21	1.63
34178131--34178207	33	2.3	33	76	12	86	37	18	20	23	1.94
34180174--34180218	21	2.1	21	88	8	65	33	2	17	46	1.61
34182095--34182127	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
34182809--34182862	27	2.0	26	82	3	63	27	20	22	29	1.98
34184027--34184089	12	5.3	12	71	16	51	34	0	3	61	1.12
34184333--34184389	24	2.4	23	77	13	62	42	0	3	54	1.17
34184348--34184433	3	30.0	3	75	13	83	37	0	3	59	1.15
34184559--34184605	16	2.9	16	80	3	58	36	0	4	59	1.17
34185786--34185853	34	1.9	36	88	11	106	41	0	23	35	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34185783--34185864	17	4.8	17	81	10	96	42	0	23	34	1.54
34185781--34185875	12	8.1	13	72	19	59	41	0	24	34	1.55
34187081--34187213	69	1.9	70	87	1	196	33	13	15	37	1.87
34187971--34188359	39	9.9	39	86	2	438	21	22	28	28	1.99
34187987--34188320	40	8.4	39	85	4	361	20	22	28	28	1.99
34187990--34188338	119	2.9	119	87	2	504	21	21	27	28	1.99
34188291--34188367	39	2.0	39	94	0	136	20	20	25	32	1.97
34195054--34195088	12	2.8	13	83	16	56	40	5	0	54	1.24
34195334--34195378	20	2.2	20	84	8	54	68	2	11	17	1.29
34196098--34196316	40	5.5	40	80	1	235	15	29	18	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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