genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64251815--64251864	16	3.1	16	91	0	82	8	22	26	44	1.80
64251823--64251869	8	5.9	8	82	0	58	10	21	25	42	1.85
64254545--64254644	28	3.5	28	86	6	112	30	14	26	30	1.94
64262493--64262593	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
64264534--64264625	43	2.1	43	81	0	112	38	27	11	22	1.89
64264564--64264668	43	2.4	44	80	3	106	40	24	10	24	1.87
64275642--64275864	39	5.7	39	88	4	299	24	20	29	26	1.99
64275642--64275864	116	1.9	117	91	2	369	24	20	29	26	1.99
64275642--64275884	77	3.1	77	85	5	303	23	20	28	27	1.99
64283852--64284096	40	6.2	39	85	7	309	23	21	28	26	1.99
64283848--64284076	77	2.9	78	88	5	309	24	22	28	24	1.99
64283852--64284076	117	1.9	117	92	3	382	23	22	29	24	1.99
64285040--64285092	24	2.2	25	96	3	99	45	18	5	30	1.73
64293038--64293144	42	2.5	42	95	0	196	29	14	32	23	1.94
64293153--64293222	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
64301536--64301649	29	4.0	28	83	3	93	28	28	14	28	1.95
64301567--64301649	29	2.9	29	90	0	130	25	30	16	27	1.97
64303657--64303749	26	3.4	27	77	15	77	36	22	7	33	1.82
64303702--64304164	27	17.2	26	83	4	453	30	20	6	41	1.79
64303702--64304164	54	8.6	54	85	3	558	30	20	6	41	1.79
64303702--64304164	81	5.7	81	87	1	599	30	20	6	41	1.79
64304400--64304451	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64304723--64304803	6	13.3	6	80	12	94	18	18	13	49	1.79
64304695--64304800	43	2.5	43	87	0	149	18	19	12	49	1.79
64308836--64308936	29	3.5	29	76	2	96	29	30	15	23	1.96
64313158--64313364	40	5.2	40	81	5	213	26	22	26	25	2.00
64321116--64321302	40	4.7	40	83	0	212	27	23	24	24	2.00
64321116--64321323	40	5.2	39	77	8	168	26	23	25	24	2.00
64321156--64321323	80	2.1	80	83	2	212	26	24	26	22	2.00
64322704--64322812	45	2.4	45	86	3	139	23	17	26	32	1.97
64322746--64322893	40	3.5	43	74	10	115	26	19	26	27	1.99
64324720--64324779	27	2.2	27	85	5	77	41	15	8	35	1.77
64324735--64324833	27	3.7	27	83	5	103	40	18	10	31	1.83
64324735--64324841	54	2.0	54	81	7	128	38	19	10	31	1.85
64324819--64324880	27	2.3	27	83	5	72	35	25	8	30	1.85
64324830--64325013	27	6.8	27	86	2	217	28	22	8	40	1.83
64324927--64325131	54	3.8	54	81	2	151	34	19	9	36	1.85
64324880--64325039	81	2.0	81	81	0	185	29	18	10	41	1.83
64325006--64325233	27	8.4	27	78	3	215	39	17	10	32	1.84
64325275--64325366	27	3.4	27	85	8	116	34	19	26	19	1.96
64326340--64326453	27	4.2	27	97	0	219	33	10	29	26	1.90
64326605--64326653	25	2.0	25	87	0	71	36	24	12	26	1.91
64326695--64326747	9	5.4	9	75	16	52	33	7	20	37	1.81
64326699--64326755	11	5.5	11	74	16	59	35	10	19	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64326689--64326755	20	3.3	20	89	0	107	34	10	20	34	1.87
64326812--64326924	23	4.9	23	93	2	190	25	23	20	30	1.98
64327139--64327202	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
64341407--64341577	50	3.5	50	79	10	158	25	19	29	25	1.99
64342593--64342617	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
64342754--64342793	21	2.0	20	85	14	55	15	30	25	30	1.95
64347733--64347804	29	2.5	29	81	4	83	26	15	30	27	1.96
64347733--64347835	29	3.5	28	77	7	82	26	16	30	27	1.97
64358478--64358554	29	2.6	29	85	6	102	27	32	15	24	1.95
64361036--64361084	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
64361905--64362071	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
64369039--64369087	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
64369909--64370058	40	3.8	39	79	7	151	26	22	27	24	2.00
64369909--64370058	39	3.8	40	79	7	155	26	22	27	24	2.00
64369909--64370058	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
64379907--64379985	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
64383049--64383123	38	2.0	37	94	0	114	30	5	21	42	1.75
64386870--64386989	46	2.6	44	81	7	143	25	18	30	25	1.98
64388169--64388224	30	1.9	28	85	7	76	23	17	39	19	1.92
64388356--64388395	21	2.0	21	85	5	55	15	30	25	30	1.95
64399272--64399353	41	2.0	41	95	0	146	23	23	18	35	1.96
64402458--64402533	27	2.8	27	81	0	71	35	23	17	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64405409--64405466	27	2.1	27	87	6	82	34	18	20	25	1.96
64405421--64405475	27	2.0	27	85	0	74	34	21	21	21	1.97
64406125--64406175	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
64408370--64408445	27	2.8	27	81	0	71	35	23	17	23	1.95
64410497--64410590	29	3.2	29	96	0	170	26	28	15	28	1.96
64410459--64410590	58	2.3	58	84	2	167	25	33	15	25	1.95
64418454--64418546	29	3.2	29	93	0	159	24	27	17	30	1.97
64418387--64418547	29	5.6	29	81	1	153	24	32	17	25	1.97
64422549--64422578	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
64424238--64424398	29	5.6	29	82	1	162	24	16	32	26	1.96
64424432--64424470	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
64427886--64428070	40	4.7	40	82	7	209	23	21	28	27	1.99
64427886--64428070	79	2.3	80	80	12	218	23	21	28	27	1.99
64427920--64428103	79	2.3	77	79	10	192	26	20	26	26	1.99
64448866--64449036	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
64456873--64457043	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
64458495--64458647	40	3.9	40	83	5	188	26	21	26	25	2.00
64458495--64458680	79	2.4	79	81	8	202	27	20	26	25	1.99
64461534--64461574	16	2.7	15	84	3	55	39	0	9	51	1.35
64469915--64469977	28	2.2	28	88	0	90	23	20	38	17	1.93
64472636--64472753	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64472604--64472767	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64480017--64480134	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64479985--64480148	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
64486319--64486469	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
64488367--64488453	27	3.3	26	80	4	93	19	19	20	40	1.92
64491513--64491573	28	2.1	29	82	8	72	42	3	22	31	1.70
64493875--64493974	43	2.3	43	75	3	112	30	18	23	29	1.97
64497162--64497264	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
64504896--64504998	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
64511471--64511549	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
64512189--64512222	2	17.0	2	87	0	50	44	2	2	50	1.32
64519551--64519623	29	2.5	29	88	4	103	26	31	16	26	1.96
64527257--64527465	46	4.5	47	74	13	150	24	28	17	30	1.97
64527339--64527465	47	2.7	46	79	11	134	23	29	17	29	1.97
64530497--64530621	40	3.1	40	83	4	155	24	24	22	28	2.00
64531329--64531360	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
64537778--64537815	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
64538588--64538645	30	2.0	29	82	3	71	31	27	3	37	1.73
64541250--64541495	45	5.5	44	88	4	350	27	27	21	24	1.99
64541250--64541495	90	2.7	90	92	1	413	27	27	21	24	1.99
64541241--64541494	135	1.9	135	90	1	411	27	27	20	24	1.99
64543309--64543361	27	2.0	27	85	3	72	43	20	7	28	1.79
64546452--64546657	47	4.6	47	79	11	241	31	22	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64546493--64546694	38	4.8	40	74	16	144	30	24	15	30	1.95
64546439--64546616	85	2.1	85	94	0	320	32	22	14	30	1.94
64546531--64546664	48	2.8	48	86	1	189	31	22	15	30	1.95
64546452--64546694	133	1.8	132	89	0	378	30	23	15	30	1.95
64547624--64547782	27	5.9	27	76	2	158	25	12	20	42	1.87
64548084--64548123	17	2.3	18	86	4	55	17	17	17	47	1.83
64551059--64551088	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
64556656--64556863	40	5.2	40	84	2	240	25	21	26	26	1.99
64560630--64560792	71	2.3	71	97	1	310	35	17	27	19	1.94
64570619--64570767	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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