genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23653054--23653166	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
23653052--23653166	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
23659390--23659525	26	5.2	26	95	1	229	33	4	25	36	1.76
23662451--23662706	49	5.3	49	90	1	367	32	7	30	28	1.86
23665324--23665463	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
23665324--23665463	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
23669036--23670292	477	2.6	477	98	0	2426	41	11	10	36	1.75
23673816--23673862	12	4.0	11	81	13	58	42	0	0	57	0.98
23673851--23673882	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
23674685--23674734	25	2.0	25	84	11	66	40	26	4	30	1.74
23674945--23675165	41	5.4	41	88	0	343	18	23	24	33	1.96
23675013--23675230	41	5.3	39	79	8	116	17	23	22	35	1.95
23675133--23675230	40	2.4	41	82	3	126	14	24	20	40	1.89
23681643--23681988	174	2.0	174	98	0	665	30	13	19	36	1.91
23683306--23683372	32	2.1	32	100	0	134	34	17	8	38	1.82
23683704--23683744	22	1.9	22	85	5	57	31	7	14	46	1.72
23686438--23686486	26	1.9	25	87	4	71	67	0	4	28	1.09
23686440--23686481	19	2.3	18	88	8	59	69	0	4	26	1.08
23686440--23686482	18	2.4	17	81	11	50	67	0	4	27	1.10
23686469--23686501	15	2.3	15	89	5	50	75	0	3	21	0.93
23686438--23686504	23	2.8	23	78	17	59	68	0	2	28	1.04
23692650--23692825	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23692647--23692817	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
23696911--23696947	19	1.9	19	88	0	56	32	29	27	10	1.90
23697269--23697305	18	2.1	18	100	0	74	43	18	10	27	1.83
23700247--23700405	43	3.7	43	78	12	175	32	24	17	25	1.97
23700255--23700409	44	3.6	41	80	11	161	32	23	17	26	1.96
23702335--23702386	22	2.4	21	93	6	86	50	9	5	34	1.59
23702428--23702461	17	1.9	18	88	5	52	79	0	5	14	0.91
23710052--23710123	29	2.5	30	80	15	80	37	2	0	59	1.12
23711125--23711247	62	2.0	62	90	0	192	38	4	23	33	1.76
23713768--23713846	41	1.9	42	87	7	117	36	24	13	25	1.92
23722148--23722216	33	2.1	33	100	0	138	42	8	5	43	1.59
23727267--23727292	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
23729111--23729165	28	2.0	28	100	0	110	21	18	5	54	1.63
23731675--23731730	29	1.9	29	92	0	94	53	7	17	21	1.67
23748511--23748998	44	10.6	44	67	18	181	31	18	20	29	1.96
23748646--23748771	50	2.5	51	81	3	139	36	17	15	30	1.91
23748797--23749002	44	4.7	44	79	1	214	29	18	22	29	1.97
23749487--23749596	12	8.8	12	70	20	57	18	5	2	73	1.14
23751130--23751159	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
23753274--23753312	20	2.0	20	85	10	53	61	5	2	30	1.31
23753814--23753851	17	2.2	17	100	0	76	34	5	18	42	1.73
23755651--23755695	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23757535--23757907	46	8.1	46	89	0	478	42	13	23	20	1.87
23757535--23757911	138	2.7	139	88	2	535	42	13	23	20	1.87
23760489--23760527	20	2.0	20	85	10	53	61	5	2	30	1.31
23762408--23762540	48	2.8	48	83	7	148	33	9	5	51	1.58
23764130--23764167	18	2.1	18	95	0	67	23	26	10	39	1.87
23768067--23768097	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
23768064--23768103	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
23768341--23768545	55	3.8	53	80	5	232	22	24	16	35	1.95
23768341--23768541	108	1.8	110	88	4	309	22	24	16	35	1.95
23768294--23768549	55	4.8	53	76	11	224	21	25	16	36	1.94
23770457--23770964	126	4.0	126	93	0	854	27	20	18	33	1.96
23771509--23771581	20	3.8	20	69	20	64	45	24	0	30	1.54
23771526--23771602	38	2.1	36	84	13	97	41	24	0	33	1.55
23771660--23771732	8	9.2	8	73	5	60	54	32	1	10	1.44
23771660--23771707	16	3.0	16	87	0	69	56	33	2	8	1.41
23771693--23771739	22	2.1	22	88	0	67	53	34	0	12	1.39
23774358--23774398	21	2.0	21	90	0	64	26	12	9	51	1.70
23774571--23774619	21	2.3	21	96	3	89	18	4	36	40	1.70
23787474--23787500	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
23787719--23787776	28	2.0	28	83	6	71	27	12	8	51	1.68
23794395--23794480	21	3.9	23	76	10	72	37	25	22	15	1.93
23794851--23794904	15	3.5	15	87	2	81	51	11	0	37	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23796127--23796173	20	2.3	20	100	0	94	4	19	6	70	1.26
23796225--23796253	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
23797486--23797523	20	1.9	20	88	0	58	44	5	15	34	1.69
23803180--23803220	21	2.0	21	90	0	64	26	12	9	51	1.70
23807425--23807473	22	2.3	23	82	13	68	8	10	10	71	1.31
23808401--23808429	6	4.8	6	100	0	58	13	34	0	51	1.42
23809558--23809664	32	3.4	31	81	5	115	41	8	10	40	1.69
23817411--23817449	20	2.1	19	90	9	62	58	15	20	5	1.55
23824378--23824451	6	11.5	6	70	18	51	22	5	0	71	1.06
23824419--23824451	17	1.9	17	93	0	57	15	3	0	81	0.80
23827573--23827604	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
23834775--23834803	10	2.7	11	89	10	51	82	0	0	17	0.66
23841910--23841973	22	2.9	22	77	13	60	62	4	0	32	1.16
23841947--23841988	16	2.9	15	86	13	61	59	7	0	33	1.25
23842036--23842704	112	5.9	113	94	2	1062	51	14	1	32	1.52
23842976--23843058	3	26.3	3	73	9	67	2	40	0	56	1.12
23842976--23843051	10	7.9	10	72	16	63	2	40	0	56	1.13
23842976--23843062	22	3.7	24	89	6	101	2	41	0	56	1.12
23842998--23843062	22	3.0	22	97	0	121	3	44	0	52	1.16
23848648--23848755	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
23854590--23854697	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
23864320--23864385	34	1.9	34	90	0	105	48	21	10	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23869103--23869143	21	2.0	21	85	9	57	43	0	2	53	1.13
23871394--23871769	130	2.9	130	78	4	303	35	18	18	27	1.94
23871460--23871884	130	3.3	129	82	4	408	33	17	19	29	1.95
23874700--23874871	87	2.0	88	85	1	238	29	22	19	28	1.98
23874762--23875180	132	3.2	132	92	0	676	29	23	17	29	1.97
23875112--23875369	45	5.8	45	72	8	204	27	25	17	28	1.98
23874980--23875370	177	2.2	177	93	0	674	28	24	17	29	1.97
23874700--23875312	264	2.3	261	74	6	617	29	23	18	29	1.97
23887119--23887471	130	2.7	130	82	2	377	35	16	19	28	1.94
23887185--23887512	130	2.5	130	83	1	370	34	19	17	28	1.95
23904519--23904670	52	2.9	52	78	2	162	26	17	26	29	1.97
23906948--23907002	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
23907075--23907127	26	2.0	26	85	7	72	30	9	5	54	1.55
23908018--23908068	22	2.3	22	74	12	52	49	11	5	33	1.64
23915765--23915846	38	2.2	38	95	0	146	31	15	24	28	1.96
23916895--23917078	72	2.6	72	80	7	205	38	14	11	36	1.82
23916801--23917078	18	15.1	18	70	11	152	37	14	12	35	1.84
23917196--23917301	42	2.5	43	82	3	142	35	25	22	16	1.94
23917219--23917291	21	3.4	21	96	3	128	32	28	26	12	1.92
23917680--23917730	15	3.4	15	91	0	84	54	13	0	31	1.39
23919642--23919690	25	1.9	26	84	12	66	24	18	6	51	1.69
23923005--23923188	72	2.5	73	81	6	214	37	14	11	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23922911--23923188	18	15.1	18	72	10	159	37	15	12	35	1.84
23923306--23923411	42	2.5	43	81	3	133	36	25	21	16	1.94
23923332--23923401	21	3.2	21	95	4	122	32	28	25	12	1.93
23923790--23923840	15	3.4	15	91	0	84	54	13	0	31	1.39
23928905--23928985	27	3.0	27	75	10	85	39	14	1	44	1.54
23928905--23928985	26	3.0	28	75	10	89	39	14	1	44	1.54
23932140--23932174	17	2.1	17	94	0	61	37	25	2	34	1.71
23936732--23936765	6	5.7	6	96	0	50	35	8	32	23	1.86
23936728--23936765	12	3.2	12	92	0	58	34	7	34	23	1.84
23940404--23940439	14	2.6	14	90	0	54	19	0	11	69	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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