genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8474844--8474934	43	2.1	43	86	6	123	32	10	10	45	1.75
8478780--8478811	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8480917--8480971	16	3.4	16	84	0	74	38	7	25	29	1.83
8480957--8481045	44	2.0	46	86	4	128	35	5	22	35	1.78
8486560--8486596	18	2.0	18	89	5	56	56	0	8	35	1.29
8491509--8491554	23	2.0	23	100	0	92	47	8	8	34	1.65
8492036--8492075	20	2.1	19	85	4	53	37	7	7	47	1.60
8492654--8492703	24	2.1	24	96	0	91	18	18	18	46	1.85
8494123--8494169	23	2.0	23	84	8	60	72	0	0	27	0.85
8498054--8498111	19	2.9	19	82	7	62	43	0	10	46	1.38
8505201--8505251	25	2.0	25	100	0	102	35	15	15	33	1.90
8508002--8508079	37	2.1	38	95	2	140	38	20	12	28	1.89
8509028--8509054	13	2.1	13	100	0	54	14	22	22	40	1.90
8517423--8517453	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
8524152--8524195	22	2.2	19	88	12	61	43	15	9	31	1.79
8525450--8525479	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8525677--8525724	21	2.2	22	88	3	71	64	22	6	6	1.39
8526582--8526736	40	3.9	40	81	1	132	28	20	23	27	1.99
8530133--8530184	14	3.7	14	84	0	68	23	0	28	48	1.51
8530238--8530322	22	3.9	22	80	4	75	21	0	38	40	1.53
8530215--8530322	7	15.1	7	70	16	53	21	0	37	40	1.53
8530232--8530321	29	3.1	29	82	4	94	21	0	36	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8530265--8530322	15	3.9	15	79	4	64	20	0	41	37	1.53
8531398--8531538	52	2.7	52	80	11	155	29	23	19	28	1.98
8533110--8533354	131	1.9	130	92	0	409	35	18	19	26	1.95
8533582--8533637	28	2.0	27	83	10	69	58	7	8	25	1.53
8543426--8543512	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
8543727--8543784	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
8548842--8548950	42	2.5	43	83	2	148	35	24	22	17	1.95
8548842--8548924	21	4.0	21	95	0	130	32	27	24	15	1.95
8549164--8549221	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
8554719--8554798	15	5.4	15	73	18	69	11	15	12	61	1.57
8554710--8554787	30	2.6	30	80	11	79	12	14	14	58	1.63
8556750--8556780	16	1.9	16	93	0	53	48	9	0	41	1.36
8563606--8563666	18	3.4	18	72	0	59	40	14	8	36	1.76
8563686--8563780	18	5.3	18	73	14	79	37	14	11	35	1.83
8563944--8563968	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
8563960--8564063	45	2.3	45	93	1	174	41	21	19	18	1.91
8565573--8565612	20	2.0	21	90	5	64	5	17	7	70	1.30
8565664--8565692	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
8568635--8568880	131	1.9	131	92	0	413	33	19	20	26	1.97
8576105--8576206	52	2.0	52	84	3	134	30	23	18	27	1.98
8581139--8581173	13	2.6	14	91	8	56	51	5	0	42	1.25
8581140--8581183	13	3.3	13	87	9	54	47	6	0	45	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8581340--8581697	42	8.5	43	78	6	322	24	16	27	31	1.96
8581410--8581682	124	2.2	124	81	4	305	25	16	28	29	1.97
8582092--8582140	23	2.2	23	85	3	64	40	18	22	18	1.91
8582098--8582173	23	3.3	23	77	12	77	39	19	21	19	1.93
8585292--8585366	20	3.4	20	67	22	60	48	9	8	34	1.65
8592276--8592309	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8594245--8594352	26	4.2	26	92	0	171	34	5	23	37	1.78
8596131--8596553	137	3.1	137	96	0	785	25	18	24	31	1.98
8600308--8600413	25	4.2	25	93	4	178	33	5	23	37	1.78
8600770--8600800	13	2.4	13	100	0	62	48	22	19	9	1.78
8601907--8601955	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
8602201--8602616	137	3.1	136	96	2	754	24	18	25	31	1.97
8603536--8603646	38	3.0	37	74	18	106	38	1	1	57	1.20
8603587--8603653	3	23.0	3	71	17	52	37	1	0	61	1.05
8603589--8603650	20	3.0	21	75	20	67	38	1	0	59	1.07
8603587--8603655	23	3.0	23	77	18	81	39	1	0	59	1.06
8603898--8603946	3	16.3	3	95	0	89	34	0	0	65	0.93
8605046--8605158	45	2.5	45	86	2	156	20	17	19	42	1.89
8611653--8611764	43	2.6	44	86	1	154	35	14	22	27	1.93
8617774--8617888	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
8617774--8617907	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
8626033--8626097	31	2.1	32	94	2	114	24	15	3	56	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8638968--8639014	5	9.2	5	77	13	51	0	27	19	53	1.45
8638965--8639014	26	1.9	26	100	0	100	0	28	20	52	1.47
8641432--8641461	6	5.0	6	100	0	60	0	16	0	83	0.65
8641969--8642052	42	2.0	42	88	0	123	48	13	10	27	1.75
8642083--8642122	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
8645035--8645158	33	3.8	33	93	0	212	29	41	9	19	1.83
8656045--8656082	20	1.9	19	89	5	58	65	2	0	31	1.06
8657180--8657249	33	2.2	32	86	2	95	65	5	8	20	1.40
8657222--8657271	21	2.3	22	82	3	66	70	8	10	12	1.35
8659670--8659908	42	5.6	43	80	4	261	31	28	14	25	1.95
8659670--8659908	85	2.8	85	82	5	279	31	28	14	25	1.95
8663295--8663353	16	3.3	18	69	11	50	71	6	5	16	1.26
8663764--8663876	14	7.5	14	68	18	66	43	31	1	23	1.64
8663766--8663846	21	3.8	21	69	9	65	45	28	2	23	1.65
8664314--8664406	38	2.4	40	85	7	111	27	24	21	25	1.99
8664262--8664406	40	3.7	38	76	12	141	28	23	20	27	1.99
8664455--8664835	40	9.6	40	72	7	240	29	22	17	30	1.97
8664185--8664598	192	2.1	193	84	5	534	29	22	17	29	1.97
8664265--8664835	235	2.4	232	82	4	684	29	22	18	30	1.97
8664493--8664892	195	2.1	195	84	0	521	28	21	18	31	1.97
8664514--8664947	195	2.3	192	78	7	451	28	22	17	30	1.97
8664789--8664997	106	2.0	105	89	0	319	25	22	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8664988--8665505	40	13.2	40	68	9	190	27	22	19	30	1.98
8664638--8665191	299	1.8	301	88	1	844	27	22	19	31	1.97
8664894--8665256	193	1.9	193	87	1	530	28	22	18	29	1.98
8665032--8665436	155	2.6	154	86	1	560	28	22	18	29	1.98
8665341--8665505	40	4.1	40	88	0	231	27	22	18	30	1.97
8671295--8671372	29	2.7	27	75	13	66	50	3	2	43	1.34
8674290--8674320	14	2.2	14	94	0	53	25	6	6	61	1.45
8674351--8674414	31	2.1	31	88	2	94	28	3	12	56	1.51
8675537--8675561	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
8675576--8675632	28	2.1	28	83	3	71	33	0	5	61	1.18
8675825--8675858	17	1.9	18	94	5	61	20	0	0	79	0.73
8675822--8675856	8	4.4	8	85	0	52	20	0	0	80	0.72
8685907--8685954	25	2.0	25	91	4	80	43	8	14	33	1.75
8690503--8690552	20	2.5	20	83	3	57	48	2	4	46	1.32
8707744--8707786	23	1.9	22	85	4	59	27	2	0	69	1.00
8708056--8708146	26	3.5	26	84	0	119	30	7	24	37	1.83
8708056--8708146	13	7.0	13	76	0	101	30	7	24	37	1.83
8711847--8711871	9	2.8	9	100	0	50	20	8	0	72	1.10
8713943--8714072	46	2.8	45	82	8	154	23	29	19	27	1.98
8730129--8730154	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
8730346--8730377	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8733164--8733234	21	3.2	21	67	18	63	40	11	23	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8733163--8733526	46	8.0	46	90	1	491	42	14	22	20	1.88
8735575--8735631	15	3.5	15	71	17	51	47	0	1	50	1.11
8735981--8736013	13	2.4	14	85	5	50	60	0	0	39	0.97
8739272--8739307	18	2.1	18	89	5	56	33	2	13	50	1.57
8748042--8748093	19	2.7	19	76	5	52	73	3	1	21	1.10
8748556--8748586	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8750651--8750700	16	3.1	16	75	16	50	42	0	0	58	0.98
8750770--8750834	29	2.3	26	78	19	69	63	1	6	29	1.28
8761254--8761315	31	2.0	31	90	0	97	45	6	9	38	1.63
8762639--8762684	23	2.0	23	86	0	65	56	8	13	21	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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