genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87057555--87057595	13	3.4	13	80	19	61	51	14	0	34	1.43
87058065--87058242	41	4.3	41	80	2	187	35	14	26	23	1.93
87058068--87058245	82	2.2	82	83	2	214	35	14	26	23	1.93
87066908--87066957	25	2.0	25	100	0	100	36	24	8	32	1.84
87075181--87075281	48	2.1	48	87	3	150	29	25	8	35	1.87
87077726--87077879	39	3.9	39	86	0	191	22	21	31	24	1.98
87077726--87077879	79	1.9	79	85	2	211	22	21	31	24	1.98
87085637--87085790	39	3.9	39	86	0	191	22	21	31	24	1.98
87085637--87085790	79	1.9	79	85	2	211	22	21	31	24	1.98
87089030--87089129	27	3.5	29	79	6	105	30	15	26	29	1.95
87089059--87089129	29	2.5	28	86	4	90	30	15	25	28	1.96
87095073--87095204	29	4.6	29	86	0	165	25	15	34	25	1.95
87107585--87107691	26	4.2	26	95	2	198	36	26	6	30	1.82
87107585--87107691	51	2.1	52	96	1	198	36	26	6	30	1.82
87114534--87114641	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
87129422--87129809	42	9.1	43	80	6	310	15	28	34	20	1.94
87129422--87129664	85	2.8	86	83	3	267	16	27	34	20	1.94
87129422--87130555	43	27.0	42	74	10	424	17	30	32	20	1.95
87129587--87129905	42	7.5	43	78	4	308	16	30	32	20	1.95
87129587--87130535	170	5.7	169	75	10	736	17	30	31	19	1.95
87129841--87129977	72	1.9	73	86	1	195	18	29	33	17	1.94
87129914--87130535	43	14.6	43	77	6	579	18	31	30	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87129920--87130535	85	7.2	86	79	5	569	18	31	30	19	1.96
87129956--87130531	128	4.5	127	78	6	465	18	31	30	19	1.96
87135829--87136192	185	2.0	183	83	6	457	21	22	26	29	1.99
87145975--87146099	66	1.9	66	81	3	153	23	24	25	27	2.00
87147850--87147884	18	1.9	18	100	0	70	42	0	28	28	1.56
87147945--87148129	43	4.3	43	82	2	203	25	18	15	41	1.89
87147945--87148209	86	3.1	85	81	6	279	26	16	16	41	1.89
87148018--87148209	43	4.5	43	83	0	231	27	15	16	41	1.88
87148185--87148234	25	2.0	25	96	0	91	30	16	18	36	1.92
87148240--87148331	43	2.1	43	94	4	159	27	11	18	42	1.85
87148099--87148312	111	1.9	111	86	1	304	29	14	16	39	1.88
87148061--87148339	154	1.8	154	84	0	369	28	13	17	40	1.88
87156014--87156069	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
87156160--87156189	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
87156613--87156641	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
87156692--87156748	5	11.0	5	75	14	53	31	7	0	61	1.23
87158791--87158944	39	3.9	39	87	2	218	24	17	31	27	1.97
87158794--87158946	79	1.9	79	90	2	245	24	18	31	26	1.97
87168838--87168938	28	3.5	29	86	6	125	29	26	13	29	1.94
87174101--87174139	19	2.1	19	85	0	51	74	0	20	5	1.01
87175021--87175404	206	1.9	206	92	1	644	30	18	21	28	1.97
87177026--87177081	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87177119--87177195	14	5.4	14	70	11	50	31	3	1	63	1.20
87177171--87177200	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
87177702--87177760	10	5.7	10	76	13	57	28	6	0	64	1.19
87179365--87179399	18	2.1	17	89	10	54	14	34	31	20	1.92
87180043--87180402	131	2.7	130	78	4	364	34	18	20	26	1.96
87180693--87180732	18	2.2	18	86	0	53	65	15	5	15	1.44
87182131--87182155	10	2.5	10	100	0	50	36	36	12	16	1.85
87183545--87183575	16	1.9	16	93	0	53	38	19	0	41	1.51
87187797--87187846	22	2.3	22	86	6	66	12	2	8	78	1.05
87187810--87187844	16	2.2	16	94	0	61	8	0	8	82	0.83
87188400--87188495	43	2.2	45	86	3	133	31	26	12	30	1.93
87188192--87188541	176	2.0	175	80	3	400	28	23	17	30	1.97
87189728--87189870	51	2.8	52	83	5	182	13	22	20	43	1.87
87200831--87201290	231	2.0	230	98	0	884	48	8	11	31	1.69
87202994--87203037	16	2.7	16	85	3	61	27	2	29	40	1.68
87203116--87203147	16	2.0	16	93	0	55	6	0	15	78	0.95
87205023--87205066	20	2.2	20	88	4	63	50	0	6	43	1.29
87205534--87205576	20	2.2	20	83	4	52	48	2	4	44	1.36
87204781--87210915	511	12.1	513	94	2	10476	36	14	13	35	1.86
87211767--87211850	27	3.1	27	82	0	114	30	20	5	42	1.76
87211890--87211985	27	3.6	27	80	8	81	44	22	7	25	1.78
87211916--87211986	27	2.6	27	82	8	90	46	25	4	23	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87212974--87213043	25	2.8	25	84	0	95	28	25	22	22	1.99
87213024--87213070	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
87213191--87213282	42	2.2	42	88	3	132	30	13	20	35	1.91
87213306--87213415	31	3.5	31	94	0	193	27	17	25	30	1.97
87214171--87217135	510	5.8	513	92	1	4855	36	14	13	35	1.85
87216905--87216945	16	2.3	18	84	12	50	43	2	9	43	1.50
87218736--87218809	37	2.0	37	100	0	148	51	8	5	35	1.55
87218919--87219026	50	2.2	50	89	0	162	23	24	14	37	1.92
87221633--87221670	20	1.9	19	85	15	51	7	18	2	71	1.23
87227773--87227870	19	5.2	19	88	7	146	37	8	16	37	1.78
87227762--87227881	36	3.2	35	75	18	100	35	9	15	40	1.79
87227773--87227887	19	5.9	21	87	7	106	35	8	17	38	1.81
87228843--87228887	22	2.0	22	100	0	90	28	22	17	31	1.97
87230232--87230455	43	5.3	43	63	19	121	29	20	22	27	1.98
87230173--87230761	84	7.0	84	86	4	780	31	21	21	25	1.98
87241847--87241912	1	66.0	1	84	0	78	90	0	9	0	0.44
87241847--87241912	19	3.4	19	87	10	98	90	0	9	0	0.44
87242860--87243482	84	7.4	84	86	4	841	31	21	21	25	1.98
87242860--87243482	167	3.7	168	86	5	850	31	21	21	25	1.98
87245572--87245639	19	3.7	19	90	7	113	38	11	14	35	1.83
87245591--87245628	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
87261832--87261884	19	2.8	19	91	5	81	79	0	16	3	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87261843--87261901	11	5.5	11	77	18	61	79	0	15	5	0.89
87262850--87263460	84	7.3	84	88	4	896	30	22	22	24	1.99
87262850--87263460	167	3.6	168	87	5	889	30	22	22	24	1.99
87262943--87263413	41	11.3	41	62	24	141	30	22	22	25	1.99
87264200--87264297	19	5.2	19	92	7	164	36	11	16	35	1.84
87264190--87264297	36	2.9	35	78	20	112	37	11	15	36	1.83
87267232--87267404	93	1.9	93	91	0	283	20	20	30	28	1.98
87267237--87267411	46	3.8	46	76	13	160	20	20	29	29	1.97
87268994--87269118	66	1.9	66	80	3	144	24	23	24	27	2.00
87270920--87270954	18	1.9	18	94	0	61	42	0	25	31	1.55
87271015--87271299	43	6.6	42	82	4	194	25	17	16	40	1.90
87271052--87271377	43	7.6	43	85	0	310	26	15	16	41	1.88
87275601--87275723	47	2.6	47	88	1	167	33	28	15	22	1.95
87281735--87287850	512	12.0	512	91	2	9569	36	14	13	35	1.86
87283275--87283305	14	2.2	14	100	0	62	35	35	6	22	1.80
87285046--87285079	16	2.1	17	88	5	52	35	0	11	52	1.38
87287083--87287126	20	2.3	19	84	11	54	43	2	6	47	1.42
87287592--87287635	20	2.3	19	88	4	61	47	0	4	47	1.22
87287592--87287635	19	2.2	20	84	11	56	47	0	4	47	1.22
87288262--87288333	35	2.1	35	86	5	101	26	25	11	37	1.89
87293436--87293507	35	2.1	35	89	5	110	26	25	12	36	1.91
87293639--87297750	510	8.1	498	89	3	5816	36	14	13	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87296912--87296945	16	2.1	17	88	5	52	35	0	11	52	1.38
87299150--87299232	26	3.2	26	100	0	166	31	7	26	34	1.84
87306119--87306223	25	4.2	26	93	6	189	31	6	25	36	1.82
87312318--87312579	42	6.3	42	83	7	329	22	18	31	26	1.97
87312396--87312579	85	2.2	84	92	1	305	21	18	33	27	1.96
87313578--87313692	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
87313603--87313692	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
87313801--87313884	27	3.1	27	94	0	141	32	8	26	33	1.86
87314133--87314164	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
87320476--87320509	15	2.2	16	89	5	52	38	5	5	50	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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