genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82857449--82857557	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
82857704--82857887	48	3.8	48	91	5	300	30	26	7	35	1.83
82857857--82858050	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	33	1.90
82857704--82857981	145	1.9	141	81	10	332	29	27	8	34	1.87
82857950--82858021	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
82857810--82858050	94	2.6	94	84	4	281	27	28	9	33	1.89
82867248--82867358	39	2.8	39	95	1	195	22	20	32	24	1.98
82875056--82875099	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
82879302--82879345	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
82882390--82882430	17	2.3	18	87	4	57	24	7	19	48	1.74
82883548--82883591	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
82893556--82893662	28	3.8	28	88	0	142	33	13	24	28	1.93
82893771--82893899	43	3.0	43	78	10	129	25	18	29	26	1.98
82893832--82893979	40	3.6	41	76	5	147	27	18	29	24	1.98
82896550--82896660	26	4.4	26	88	4	158	30	22	18	28	1.97
82896706--82896762	20	2.8	20	94	0	96	31	19	12	36	1.89
82896808--82896855	25	1.9	25	86	0	69	29	12	22	35	1.91
82909035--82909091	30	1.9	30	85	0	78	17	29	33	19	1.95
82911725--82911758	17	2.0	17	88	0	50	11	32	26	29	1.92
82914869--82914915	22	2.0	22	84	8	58	21	17	14	46	1.83
82915813--82915969	39	4.0	39	85	7	201	22	29	19	28	1.98
82919196--82919226	15	2.1	15	100	0	62	19	41	19	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82919409--82919440	16	2.0	16	100	0	64	12	43	18	25	1.85
82923536--82923605	26	2.7	27	82	4	81	31	20	21	27	1.98
82923833--82923858	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
82926988--82927169	41	4.4	41	88	3	240	24	14	27	33	1.94
82936885--82936965	27	3.0	26	91	5	126	38	22	24	14	1.92
82938385--82938455	24	3.0	24	91	0	115	25	36	1	36	1.65
82938360--82938455	48	2.0	48	82	10	115	22	35	4	37	1.74
82944815--82944903	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
82944815--82944894	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
82944826--82944903	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
82947851--82948021	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
82947843--82948023	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
82952937--82953155	40	5.7	38	84	9	250	24	21	28	25	1.99
82961031--82961149	40	3.2	35	81	15	116	23	21	30	25	1.99
82961050--82961151	40	2.6	40	89	4	154	23	21	30	24	1.99
82972969--82973183	78	2.7	80	85	7	285	26	20	26	26	1.99
82972962--82973185	40	5.7	40	86	6	280	25	20	27	25	1.99
82972962--82973192	118	1.9	119	82	7	283	25	20	27	25	1.99
82978218--82978268	23	2.2	23	92	0	84	21	27	19	31	1.97
82980429--82980499	28	2.5	28	90	0	106	30	28	9	30	1.89
82982261--82982460	98	2.0	98	100	0	400	32	12	23	32	1.91
82985833--82985883	20	2.5	20	81	12	61	9	29	21	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82988942--82988972	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
82991585--82991650	29	2.3	29	83	0	78	34	22	21	21	1.96
82997823--82998032	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
83005958--83006167	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
83010291--83010355	22	2.9	22	93	2	103	35	18	24	21	1.96
83011772--83011812	21	2.0	20	86	9	57	17	34	14	34	1.90
83014134--83014358	40	5.7	40	86	7	282	24	22	27	25	2.00
83014141--83014381	79	3.0	79	81	11	278	26	21	26	25	1.99
83024537--83024585	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
83025408--83025574	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
83032536--83032584	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
83033404--83033570	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
83035454--83035502	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
83036322--83036488	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
83040842--83040992	40	3.8	40	77	11	132	26	23	26	23	2.00
83040882--83041008	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
83046890--83048283	540	2.6	538	86	3	1946	25	21	15	38	1.92
83050385--83050479	40	2.4	40	96	0	172	21	20	29	29	1.98
83055228--83055288	31	2.0	31	90	0	95	44	16	6	32	1.73
83056792--83056850	21	2.8	21	80	10	66	54	1	1	42	1.20
83056963--83056993	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
83060351--83060391	20	2.0	20	86	9	57	51	4	2	41	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83066102--83066227	66	1.9	66	96	0	234	19	20	7	51	1.72
83070097--83070390	49	5.9	49	80	7	315	25	19	27	27	1.99
83070093--83070391	100	3.0	101	87	3	419	25	19	28	27	1.99
83076831--83076911	28	2.9	28	88	0	108	33	18	23	24	1.97
83076844--83076925	28	2.9	28	85	3	85	34	18	24	23	1.96
83076929--83076974	23	2.0	22	83	4	56	45	13	26	15	1.82
83079477--83079526	22	2.3	22	89	6	75	28	12	12	48	1.76
83080687--83080767	31	2.7	29	74	20	78	46	1	2	49	1.23
83086145--83086175	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
83092038--83092106	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
83093923--83093966	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
83096323--83096391	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
83100578--83100635	30	1.9	30	86	6	82	22	3	0	74	0.97
83100731--83100775	5	9.0	5	90	0	63	15	6	0	77	0.96
83104930--83104961	14	2.3	14	94	0	55	40	0	12	46	1.42
83107382--83107415	17	1.9	18	94	5	61	82	5	0	11	0.83
83108274--83108316	21	2.0	21	95	0	77	18	6	9	65	1.44
83108277--83108324	21	2.3	21	85	0	60	18	8	12	60	1.57
83111190--83111224	15	2.3	15	100	0	70	57	14	0	28	1.38
83113822--83113881	26	2.3	26	91	0	93	23	1	20	55	1.53
83114354--83114382	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
83114597--83114634	16	2.4	16	86	8	51	28	7	0	63	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83114738--83114769	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
83114769--83114997	3	77.0	3	66	14	82	31	7	3	58	1.43
83114781--83114812	13	2.6	13	90	9	50	25	6	3	65	1.31
83118899--83118928	15	2.0	15	100	0	60	53	6	33	6	1.53
83123990--83124032	22	2.0	22	100	0	86	37	11	23	27	1.89
83127877--83127906	15	2.0	15	100	0	60	53	6	33	6	1.53
83135822--83136608	204	3.9	205	93	1	1298	29	18	22	29	1.98
83135822--83136608	407	1.9	408	91	2	1294	29	18	22	29	1.98
83136662--83136747	44	2.0	43	84	6	111	29	16	29	25	1.97
83137175--83137253	31	2.7	29	84	5	106	25	2	18	53	1.58
83137710--83137747	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
83137955--83137997	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
83138100--83138131	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
83138131--83138359	3	77.0	3	66	14	82	31	7	3	58	1.43
83138143--83138174	13	2.6	13	90	9	50	25	6	3	65	1.31
83145188--83145272	40	2.1	43	78	14	99	30	4	2	62	1.28
83145202--83145262	18	3.4	17	76	14	61	32	1	1	63	1.13
83145735--83145793	5	12.2	5	72	13	52	40	3	0	55	1.16
83145747--83145808	14	4.2	14	83	8	63	37	3	1	58	1.24
83145747--83145807	29	2.0	31	84	15	83	37	3	1	57	1.25
83145747--83145808	15	4.2	14	78	12	54	37	3	1	58	1.24
83146064--83146096	16	2.0	17	88	5	50	18	6	0	75	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83151212--83151274	30	2.1	30	87	0	90	57	11	3	28	1.49
83152693--83152755	31	2.1	31	88	8	94	58	11	3	26	1.47
83156129--83156162	16	2.1	15	89	10	50	70	5	2	20	1.21
83156650--83156756	7	15.1	7	75	22	84	69	0	0	29	0.95
83156648--83156746	20	5.2	19	76	18	98	69	1	0	29	0.95
83156650--83156757	27	3.7	29	80	18	118	68	0	0	30	0.96
83156664--83156757	23	4.3	23	70	17	83	68	1	0	30	0.97
83156648--83156800	47	3.3	46	73	14	134	65	1	0	33	1.01
83156651--83156756	34	3.2	33	77	16	112	68	0	0	30	0.96
83156637--83156813	29	6.2	29	70	21	74	64	1	0	33	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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