genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.301.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89702337--89702433	32	3.0	32	96	0	185	31	6	23	38	1.80
89708814--89708863	22	2.2	22	78	3	55	40	0	0	60	0.97
89712335--89712376	10	4.3	10	81	6	59	16	2	2	78	0.96
89713522--89713600	41	1.9	41	92	0	131	22	12	21	43	1.86
89714879--89714931	19	2.7	19	77	11	63	35	11	9	43	1.73
89730008--89730046	19	2.0	21	90	10	64	51	0	0	48	1.00
89731311--89731371	32	1.9	32	83	12	81	47	1	1	49	1.21
89733345--89733382	10	3.6	11	82	10	53	52	26	2	18	1.58
89734089--89734185	40	2.4	39	80	10	106	27	23	14	34	1.94
89736505--89736590	30	2.9	30	96	0	154	16	51	6	25	1.69
89737120--89737173	20	2.7	20	77	11	56	31	3	1	62	1.23
89737245--89737293	20	2.5	20	80	6	55	32	0	6	61	1.21
89737494--89737580	9	8.9	10	68	19	51	34	2	5	57	1.35
89737490--89737522	3	11.3	3	93	6	59	33	0	0	66	0.92
89738311--89738575	131	2.0	131	96	3	489	35	19	16	27	1.94
89752055--89752125	31	2.3	32	76	11	76	38	0	7	54	1.27
89754306--89754370	29	2.2	29	88	2	94	44	18	20	16	1.87
89754336--89754458	46	2.7	46	82	5	135	44	17	20	17	1.87
89754721--89754753	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
89766998--89767027	16	1.9	16	93	6	53	13	0	3	83	0.77
89766998--89767035	18	2.3	18	86	13	55	10	2	5	81	0.94
89775382--89775464	42	2.0	42	87	0	121	54	18	4	22	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89775771--89775811	21	2.0	21	85	9	57	36	14	7	41	1.74
89783699--89783963	46	5.9	45	85	8	310	21	23	15	40	1.91
89783877--89783952	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
89786102--89786153	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
89788529--89788667	27	5.2	27	92	2	201	29	21	8	40	1.83
89788655--89788868	27	8.0	27	82	4	200	41	20	7	30	1.81
89788660--89788867	81	2.6	82	85	6	257	41	20	7	29	1.80
89788858--89789044	80	2.3	81	87	2	252	34	19	21	24	1.96
89788858--89789044	27	7.0	27	85	1	250	34	19	21	24	1.96
89789246--89789340	25	3.8	25	88	0	136	29	25	21	24	1.99
89789246--89789367	25	5.0	23	81	9	91	30	23	21	24	1.99
89789245--89789365	50	2.5	48	77	9	136	29	23	21	24	1.99
89797973--89798026	26	2.1	26	85	0	72	44	22	20	12	1.85
89804278--89804351	30	2.5	29	95	4	139	22	39	0	37	1.55
89804884--89804947	34	1.9	33	81	15	78	39	9	0	51	1.34
89810750--89810796	24	2.0	24	100	0	94	34	17	10	38	1.84
89820422--89820446	13	1.9	13	100	0	50	0	8	0	92	0.40
89828528--89828575	24	2.0	23	92	4	78	29	4	29	37	1.76
89828697--89828740	12	3.8	12	78	6	54	68	2	0	29	1.02
89828697--89828740	23	1.9	23	85	0	61	68	2	0	29	1.02
89828697--89828740	11	3.8	11	81	6	52	68	2	0	29	1.02
89834237--89834281	22	2.0	22	82	0	54	66	13	6	13	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89836452--89836481	9	3.2	9	95	4	51	56	0	0	43	0.99
89836897--89837030	62	2.2	59	86	5	189	41	2	5	50	1.40
89840774--89840900	43	2.9	43	83	5	157	22	15	25	35	1.94
89840774--89840939	43	3.9	42	81	6	154	25	16	24	33	1.95
89846776--89846816	21	2.0	21	90	4	66	68	4	2	24	1.22
89847704--89847742	7	5.6	7	100	0	78	69	0	0	30	0.89
89848966--89848991	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
89851347--89851371	6	4.2	6	100	0	50	52	32	0	16	1.44
89854005--89854037	5	6.6	5	86	13	50	81	3	15	0	0.80
89854068--89854102	7	5.0	7	100	0	70	28	28	14	28	1.95
89855103--89855157	20	2.7	20	80	11	67	60	1	0	38	1.08
89855103--89855159	11	5.5	11	72	19	50	59	1	0	38	1.08
89858485--89858539	21	2.8	19	79	12	67	36	0	3	60	1.15
89859780--89859848	27	2.7	26	74	12	70	53	0	4	42	1.20
89859840--89859876	19	1.9	20	88	5	58	48	0	0	51	1.00
89862838--89862868	14	2.2	14	94	0	53	41	0	9	48	1.36
89864570--89864617	15	3.3	14	79	5	51	47	2	0	50	1.12
89865175--89865214	9	4.3	9	84	15	55	37	0	0	62	0.95
89865242--89865272	16	1.9	16	93	0	53	22	0	3	74	0.96
89865243--89865286	23	1.9	23	90	0	70	15	2	4	77	1.04
89868377--89868460	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
89870070--89870183	27	4.2	27	85	3	131	16	23	22	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89870068--89870183	54	2.1	54	88	3	171	16	23	23	37	1.94
89872480--89872515	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
89875218--89875255	20	1.9	19	85	15	51	23	5	7	63	1.42
89876123--89876167	23	2.0	23	90	0	72	42	4	4	48	1.43
89881165--89881278	43	2.7	43	82	5	133	29	23	17	28	1.97
89882547--89882589	2	21.5	2	100	0	86	51	48	0	0	1.00
89885883--89885997	31	3.7	31	97	1	214	27	26	17	27	1.98
89886021--89886112	42	2.2	42	100	0	184	31	20	16	31	1.95
89886257--89886352	25	3.8	25	87	1	129	27	20	22	29	1.99
89886402--89886458	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
89887141--89887209	27	2.6	28	82	13	83	26	23	20	30	1.98
89887153--89887217	27	2.4	27	84	5	87	23	24	16	35	1.95
89887248--89887512	27	9.7	27	76	4	131	30	10	19	39	1.85
89887268--89887512	54	4.5	54	74	7	147	31	10	18	40	1.84
89887359--89887484	54	2.3	54	83	5	166	29	8	22	39	1.84
89887331--89887517	81	2.3	80	80	6	198	29	10	19	39	1.86
89887516--89887686	27	6.3	27	83	5	166	39	7	23	28	1.82
89887548--89887686	54	2.6	54	94	0	233	38	7	25	28	1.82
89887516--89887686	81	2.1	81	86	2	236	39	7	23	28	1.82
89887516--89887708	81	2.4	82	81	6	232	38	8	22	30	1.84
89887516--89887686	54	3.2	54	86	5	184	39	7	23	28	1.82
89888987--89889032	23	2.0	24	95	4	85	15	8	21	54	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89890988--89891099	40	2.8	40	81	10	122	24	27	24	24	2.00
89891806--89891837	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
89893891--89893975	42	2.0	42	97	0	161	34	8	8	49	1.63
89896749--89896800	10	5.1	10	80	11	52	57	3	0	38	1.17
89896758--89896801	22	2.0	22	95	0	79	54	2	0	43	1.12
89902967--89903042	40	1.9	40	91	0	125	18	10	35	35	1.85
89904919--89904965	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
89905102--89905131	13	2.3	13	94	0	51	36	26	0	36	1.57
89905220--89905612	46	8.7	46	88	5	552	22	24	14	38	1.92
89905220--89905660	92	5.0	92	90	3	576	22	24	14	38	1.92
89905220--89905660	138	3.3	135	84	9	566	22	24	14	38	1.92
89905491--89905650	38	4.0	38	85	12	221	25	25	15	33	1.95
89905445--89905660	84	2.6	84	96	0	396	24	25	14	35	1.94
89913925--89914002	40	2.0	40	92	0	129	19	14	33	33	1.91
89915552--89915701	41	3.7	41	84	1	212	21	23	27	28	1.99
89915904--89916084	90	2.0	90	100	0	362	29	11	24	35	1.90
89918453--89918501	24	2.0	24	96	0	89	42	0	22	34	1.54
89920022--89920073	10	5.1	10	80	11	52	55	3	0	40	1.18
89920025--89920074	22	2.2	23	92	3	84	52	4	0	44	1.20
89922091--89922129	20	2.1	18	90	9	60	30	0	5	64	1.15
89922061--89922130	15	4.2	15	73	19	50	34	1	2	61	1.20
89922354--89922388	16	2.2	16	89	0	52	31	22	0	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89923516--89923560	16	2.8	16	83	9	56	40	0	2	57	1.11
89924641--89924673	16	1.9	18	88	11	52	39	0	6	54	1.25
89924727--89924824	30	3.2	30	77	18	121	44	1	2	52	1.19
89924741--89924842	30	3.3	29	76	20	109	42	0	1	54	1.18
89924727--89924842	61	1.9	62	96	1	216	42	1	1	54	1.21
89924884--89924947	32	1.9	35	81	9	80	39	0	6	54	1.26
89928233--89928308	37	2.1	37	97	0	143	36	17	19	26	1.94
89932340--89932378	14	2.6	16	84	12	55	48	12	2	35	1.55
89944500--89944602	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
89946993--89947307	46	6.8	46	79	12	358	21	21	28	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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