genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   

This is table  238  of  328  ( 39316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71116714--71116855	46	3.1	45	74	18	132	28	28	19	23	1.98
71120716--71120824	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
71120970--71121155	100	1.9	96	90	6	293	31	26	6	36	1.82
71120970--71121156	48	3.8	48	90	5	286	31	26	6	35	1.82
71121126--71121272	47	3.1	47	85	0	186	27	29	9	32	1.89
71122820--71122853	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
71124628--71124717	27	3.3	28	81	6	105	38	18	10	32	1.84
71124652--71124727	27	2.8	26	76	7	80	38	19	10	31	1.86
71124630--71124746	54	2.2	53	79	13	123	37	20	11	30	1.87
71124733--71125149	81	5.1	81	95	1	703	28	24	7	40	1.81
71124723--71125149	27	15.8	27	84	5	515	27	24	7	40	1.82
71125074--71125298	27	8.3	27	77	8	134	37	19	8	35	1.81
71125357--71125421	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
71126581--71126628	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
71126672--71126730	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
71126781--71126947	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
71126781--71126948	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
71127139--71127202	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
71129457--71129627	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
71129449--71129629	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
71132004--71132091	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
71132004--71132082	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71132015--71132091	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
71135040--71135210	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
71135032--71135212	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
71140124--71140161	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
71140391--71140561	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
71140386--71140558	46	3.7	46	78	10	190	30	27	20	22	1.98
71144339--71144409	33	2.1	34	82	7	83	29	25	22	22	1.99
71144598--71144650	27	2.0	27	92	0	88	33	22	22	20	1.97
71144598--71144682	27	3.2	26	78	15	84	36	20	21	22	1.95
71144819--71144929	27	4.1	28	84	4	131	27	18	20	34	1.96
71144818--71144925	54	2.0	54	90	3	173	25	17	22	34	1.96
71145654--71145691	17	2.2	17	100	0	76	34	10	21	34	1.87
71148357--71148565	94	2.3	90	80	6	224	25	19	30	24	1.98
71148394--71148602	46	4.6	44	76	9	161	24	18	30	26	1.98
71152185--71152278	29	3.2	29	96	0	170	30	15	26	26	1.96
71152181--71152309	58	2.2	58	83	4	163	29	15	30	24	1.96
71152332--71152401	28	2.4	29	90	6	108	31	12	25	30	1.93
71155207--71155404	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
71155273--71155390	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
71155241--71155404	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
71163160--71163338	79	2.2	80	81	4	193	23	30	25	21	1.99
71163231--71163382	40	3.8	40	80	5	146	22	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71171300--71171407	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
71179657--71179720	28	2.3	28	86	5	85	34	23	10	31	1.89
71182122--71182282	29	5.6	29	87	0	178	27	15	32	24	1.95
71190012--71190234	58	3.9	58	77	6	179	29	14	29	27	1.95
71190016--71190146	29	4.5	29	87	1	174	27	16	31	25	1.96
71190134--71190234	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71192865--71192901	16	2.2	17	90	4	58	37	10	21	29	1.88
71197624--71197667	14	3.1	14	83	0	52	61	11	11	15	1.57
71198834--71198887	20	2.5	20	85	8	63	51	1	0	46	1.11
71198847--71198895	20	2.5	19	83	6	71	53	0	0	46	1.00
71198862--71198918	30	1.9	30	82	7	71	50	0	1	47	1.11
71198969--71199048	40	2.0	40	100	0	160	45	15	7	32	1.74
71199647--71199785	72	1.9	72	84	8	185	38	0	31	30	1.58
71200509--71200542	16	2.1	16	94	0	59	70	2	0	26	1.01
71208262--71208869	56	10.8	56	83	5	753	30	20	16	33	1.94
71208260--71208869	111	5.4	110	84	6	735	30	20	16	33	1.94
71214140--71214184	16	2.9	16	77	16	58	51	0	0	48	1.00
71221310--71221416	44	2.5	44	83	10	123	27	26	16	29	1.97
71229275--71229307	17	1.9	17	93	0	57	24	15	18	42	1.88
71239667--71239889	58	3.9	58	77	6	179	29	14	29	27	1.95
71239671--71239801	29	4.5	29	87	1	174	27	16	31	25	1.96
71239789--71239889	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71247562--71247784	58	3.9	58	77	6	179	29	14	29	27	1.95
71247566--71247696	29	4.5	29	87	1	174	27	16	31	25	1.96
71247684--71247784	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71251867--71252061	47	4.1	47	87	5	282	32	11	29	26	1.92
71251867--71252061	98	2.0	94	90	3	300	32	11	29	26	1.92
71252035--71252171	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
71252327--71252427	36	2.8	37	89	1	150	25	17	30	25	1.97
71254087--71254340	39	6.5	39	93	1	393	18	21	29	31	1.97
71256174--71256414	47	5.1	47	95	0	428	33	12	28	25	1.92
71256441--71256614	46	3.7	46	90	6	267	34	10	32	21	1.89
71256441--71256614	96	1.8	96	93	0	303	34	10	32	21	1.89
71260675--71260853	27	6.7	27	88	1	245	41	20	7	30	1.79
71260675--71260907	81	2.9	81	82	5	233	40	21	8	30	1.82
71260837--71260911	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
71260903--71261248	27	12.8	27	89	1	399	29	22	7	40	1.82
71260727--71261034	54	5.7	54	82	5	153	35	21	9	33	1.85
71260903--71261312	54	7.6	53	83	3	176	30	22	8	39	1.83
71260930--71261292	81	4.5	81	82	5	257	29	22	7	40	1.82
71262488--71262535	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
71262578--71262638	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
71262688--71262831	24	6.0	24	90	2	209	29	22	21	26	1.99
71263022--71263085	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71264151--71264240	37	2.4	36	90	3	144	24	33	17	24	1.96
71264336--71264599	49	5.4	49	96	0	456	29	32	9	29	1.88
71269613--71269906	39	7.5	39	92	1	358	18	21	29	30	1.97
71269614--71269906	78	3.7	78	93	1	480	18	21	29	30	1.97
71269614--71269906	117	2.5	117	93	1	489	18	21	29	30	1.97
71276343--71276495	38	3.9	38	83	3	155	18	20	27	33	1.96
71291465--71291633	42	4.0	42	78	8	173	30	26	15	27	1.96
71305602--71305771	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
71307602--71307631	14	2.1	14	93	0	51	33	0	46	20	1.51
71310729--71310817	27	3.3	27	85	0	133	35	20	20	23	1.95
71310729--71310833	27	3.9	27	79	7	115	35	18	21	24	1.96
71310729--71310831	54	1.9	53	90	2	161	34	18	22	24	1.96
71311163--71311221	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
71313543--71313640	27	3.6	27	70	10	83	37	21	9	31	1.85
71313625--71313738	27	4.2	27	84	5	142	35	19	21	24	1.96
71313622--71313739	54	2.2	54	85	0	164	35	19	20	24	1.96
71313632--71313735	54	1.9	54	90	1	165	34	19	23	23	1.96
71313881--71313911	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
71314310--71314384	28	2.8	26	80	9	78	21	21	20	37	1.95
71319820--71319907	23	3.8	23	78	14	83	34	19	25	21	1.96
71330578--71330783	40	5.2	40	92	1	317	22	22	28	27	1.99
71338511--71338716	40	5.2	40	94	1	326	22	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71343970--71344127	71	2.3	67	94	5	273	34	17	29	18	1.95
71353771--71354153	27	14.2	27	79	3	403	27	21	8	42	1.82
71353771--71354153	54	7.1	54	85	3	448	27	21	8	42	1.82
71354158--71354353	54	3.6	54	86	2	259	35	18	19	26	1.95
71354158--71354352	27	7.2	27	84	2	230	35	17	20	26	1.95
71354552--71354631	27	3.0	26	88	3	97	20	22	21	36	1.95
71354722--71354780	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
71354944--71355017	27	2.8	27	81	6	80	17	22	21	37	1.94
71355135--71355400	6	43.8	6	73	16	192	21	16	13	48	1.81
71355160--71355400	30	8.2	30	81	9	280	21	16	13	48	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328