genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 97507971 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97507971

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38341191--38341356	40	4.2	40	81	1	174	24	26	22	26	2.00
38342182--38342227	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
38347085--38347171	27	3.2	27	83	3	104	19	21	21	36	1.95
38354868--38354982	28	4.2	27	85	4	133	20	20	20	38	1.94
38354867--38354982	55	2.1	54	81	6	135	19	20	21	37	1.94
38366369--38366535	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
38375341--38375470	29	4.5	29	86	0	145	29	16	30	23	1.96
38377584--38377727	40	3.6	40	82	3	130	27	22	27	22	1.99
38377622--38377750	40	3.2	39	83	6	143	24	21	27	26	1.99
38383611--38383758	48	3.1	48	89	0	224	38	7	24	29	1.83
38385292--38385410	40	3.0	40	90	1	177	20	21	30	27	1.98
38385693--38385791	29	3.4	29	70	12	78	24	20	26	29	1.99
38385690--38385798	57	1.9	57	90	1	173	24	19	28	27	1.98
38386895--38387233	27	12.7	27	79	8	210	35	24	7	32	1.84
38386908--38387080	54	3.2	54	89	1	267	29	26	6	37	1.82
38386908--38387080	81	2.1	81	93	2	294	29	26	6	37	1.82
38387218--38387528	27	11.3	27	84	6	365	35	20	20	23	1.96
38387191--38387366	54	3.3	53	84	4	167	37	21	18	22	1.94
38387226--38387493	143	1.9	143	90	1	430	35	20	20	23	1.96
38387270--38387443	89	2.0	89	97	0	330	35	20	21	21	1.96
38387243--38387470	116	2.0	116	90	0	357	36	20	20	22	1.95
38387954--38388018	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38388176--38388277	27	3.8	27	81	5	116	20	21	21	36	1.95
38388434--38388593	6	26.8	6	77	16	156	20	17	12	49	1.79
38388409--38388593	30	6.4	30	81	11	215	20	17	13	48	1.80
38390592--38390929	27	12.7	27	80	7	217	36	24	7	32	1.83
38390605--38390776	54	3.2	54	89	0	274	29	26	6	37	1.81
38390605--38390776	81	2.1	80	94	1	299	29	26	6	37	1.81
38390914--38391198	27	10.3	27	84	6	320	36	20	20	23	1.95
38390966--38391139	62	2.9	62	83	7	211	37	20	20	21	1.94
38390939--38391179	89	2.8	89	85	6	311	36	20	19	22	1.95
38390922--38391139	116	1.9	116	92	0	364	36	20	20	22	1.95
38391623--38391687	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
38391845--38391946	27	3.8	27	81	5	116	20	21	21	36	1.95
38392103--38392239	6	22.8	6	79	16	151	18	17	13	49	1.79
38392106--38392239	30	4.7	30	80	17	176	18	17	14	49	1.80
38392078--38392239	60	2.7	61	88	4	231	18	17	14	48	1.81
38392078--38392260	30	6.1	29	78	14	158	18	18	14	48	1.81
38394236--38394574	27	12.7	27	80	6	217	36	24	7	32	1.83
38394249--38394421	54	3.2	54	89	0	274	30	26	6	37	1.81
38394225--38394421	81	2.4	81	90	0	304	31	25	6	36	1.82
38394559--38394842	27	10.3	27	83	7	311	36	20	20	23	1.95
38394611--38394784	62	2.9	62	83	7	211	37	20	20	21	1.94
38394584--38394815	89	2.7	89	86	5	309	36	19	20	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38394567--38394784	116	1.9	116	92	0	364	36	20	20	22	1.95
38395267--38395331	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
38395489--38395590	27	3.8	27	81	5	116	20	21	21	36	1.95
38395747--38395908	6	26.8	6	76	15	156	19	17	12	50	1.78
38395722--38395908	85	2.2	85	94	0	329	19	17	13	49	1.80
38395722--38395908	30	6.4	30	82	11	235	19	17	13	49	1.80
38399249--38399396	48	3.1	48	89	0	224	38	7	24	29	1.83
38405987--38406135	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
38406028--38406135	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
38408678--38408838	29	5.6	29	87	0	178	27	15	32	24	1.95
38414184--38414484	151	2.0	150	94	0	530	34	29	8	27	1.86
38427642--38427710	33	2.1	33	100	0	138	37	18	5	37	1.75
38431342--38431377	18	2.0	18	94	0	63	27	13	38	19	1.90
38433454--38433493	21	1.9	21	84	0	53	30	27	5	37	1.78
38436012--38436050	21	1.9	20	89	5	60	23	30	35	10	1.88
38437397--38437519	48	2.6	46	88	5	167	25	28	18	27	1.98
38437399--38437531	46	2.8	48	86	5	173	26	28	17	27	1.97
38440818--38440943	46	2.8	44	76	11	119	30	16	26	26	1.97
38445035--38445218	40	4.6	40	85	2	253	25	23	26	25	2.00
38448847--38448972	46	2.8	44	87	9	173	27	20	27	23	1.99
38449103--38449141	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
38454355--38454526	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38454347--38454522	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
38456904--38456991	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
38456904--38456982	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
38456915--38456991	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
38459937--38460108	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
38459929--38460104	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
38473099--38473269	43	4.0	43	80	4	177	33	26	15	24	1.95
38475813--38475885	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
38477055--38477110	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
38483710--38483782	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
38484950--38485010	27	2.1	30	82	14	76	6	16	1	75	1.09
38486972--38487067	40	2.4	40	84	3	113	30	28	15	26	1.96
38490519--38490557	16	2.4	16	95	0	69	53	25	12	7	1.65
38490514--38490557	8	5.5	8	81	10	54	54	25	11	9	1.65
38490778--38490840	29	2.2	28	80	8	65	26	15	30	26	1.96
38491921--38491954	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
38493669--38493789	64	1.9	64	98	0	233	24	23	13	38	1.90
38499559--38499756	39	5.1	39	88	1	272	25	27	19	27	1.99
38519861--38520063	42	4.7	42	70	16	144	31	24	16	27	1.96
38523426--38523628	40	5.2	40	92	2	306	23	19	28	29	1.98
38530629--38530888	119	2.2	120	92	1	432	23	20	27	29	1.98
38530629--38530888	40	6.5	40	95	0	432	23	20	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38530617--38530913	119	2.5	118	86	6	427	23	19	26	29	1.99
38532463--38532513	20	2.5	21	81	12	70	54	3	11	29	1.54
38534763--38534801	21	1.9	20	84	5	51	25	30	33	10	1.89
38536092--38536264	46	3.7	45	79	10	161	22	27	19	30	1.98
38536092--38536264	94	1.8	93	82	4	222	22	27	19	30	1.98
38548156--38548219	29	2.2	30	75	10	71	31	21	4	42	1.74
38548404--38548539	43	3.2	42	81	10	125	31	23	19	25	1.98
38561078--38561231	44	3.5	43	81	9	177	24	13	24	38	1.91
38561035--38561231	46	4.4	46	81	9	203	24	13	23	38	1.91
38564437--38564595	43	3.7	44	79	9	175	26	18	22	32	1.97
38570330--38570448	48	2.5	48	88	0	175	35	9	26	29	1.87
38570332--38570475	48	3.0	47	82	6	164	34	9	26	29	1.87
38570609--38570685	37	2.1	37	90	0	118	20	20	32	25	1.97
38574151--38574382	40	5.6	40	78	13	243	24	24	26	25	2.00
38574162--38574263	51	2.1	48	90	5	159	24	24	27	23	2.00
38585208--38585388	39	4.6	39	92	0	290	29	20	27	22	1.98
38591965--38592147	39	4.7	39	90	0	276	30	18	26	25	1.98
38596238--38596508	40	6.8	40	90	1	393	24	28	23	23	2.00
38604391--38604658	40	6.8	40	90	2	389	24	28	23	23	2.00
38617600--38617631	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
38617893--38618225	50	6.6	50	73	8	246	29	26	17	27	1.97
38617834--38618225	151	2.6	151	90	0	615	29	25	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38618034--38618223	101	1.9	101	86	0	272	28	26	18	25	1.98
38620858--38621024	43	3.9	43	77	9	162	31	23	16	28	1.96
38625608--38625783	48	3.7	48	87	4	223	27	29	17	26	1.97
38645546--38645708	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
38650220--38650773	275	2.0	276	97	0	1038	32	12	22	32	1.92
38653234--38653436	54	3.8	53	70	9	124	37	17	23	21	1.94
38656511--38656833	48	6.7	48	86	3	438	26	30	17	26	1.98
38660767--38660834	15	4.6	15	83	3	84	11	17	11	58	1.62
38660758--38660843	29	3.0	29	83	10	104	10	17	15	56	1.65
38663224--38663352	46	2.8	46	91	0	204	21	22	27	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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